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深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗?
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深度测序的精确度会随被测的目的基因改变吗?# Biology - 生物学
s*l
1
假如说要测
1,一百个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
2,一千个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
3,一万个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
4,一次上升到百万级别,大概就相当于基因组重测序吧。
这四组相比,测序的精确度会改变吗?为什么?
我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量,这样下来每个组的coverage会怎么样不
同。我想知道,某个测序方法,可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454,这个测序
方法的每个碱基(per base)的精确度会不会改变?
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s*s
2
首先,哪个叫做准确度,不叫精确度。
准确度当然不会变。不过你一个序列测10000编最后分析能提高10000倍

的。
的。
的。

【在 s****l 的大作中提到】
: 假如说要测
: 1,一百个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 2,一千个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 3,一万个随机片段,每个片段两三百碱基,两段的引物都是基因组内独特没有重复的。
: 4,一次上升到百万级别,大概就相当于基因组重测序吧。
: 这四组相比,测序的精确度会改变吗?为什么?
: 我不是想知道同样的测序方法同样的测序通量,这样下来每个组的coverage会怎么样不
: 同。我想知道,某个测序方法,可以是Illumina or Ion or SOLiD or 454,这个测序
: 方法的每个碱基(per base)的精确度会不会改变?

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s*l
3
叫什么度先不管,就是那个意思

~~~~~~~~~~~~~~~~~你这个说法很显然经不住推敲啊,老兄,如果你说的提高的是我指
的测序本身的准确度,而不是指第三个染色体上的第一百个碱基我现在更有10000倍高
的把握肯定它是C.我指的是测序技术本身。

【在 s******s 的大作中提到】
: 首先,哪个叫做准确度,不叫精确度。
: 准确度当然不会变。不过你一个序列测10000编最后分析能提高10000倍
:
: 的。
: 的。
: 的。

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s*s
4
你到底墨迹半天想说啥

【在 s****l 的大作中提到】
: 叫什么度先不管,就是那个意思
:
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~你这个说法很显然经不住推敲啊,老兄,如果你说的提高的是我指
: 的测序本身的准确度,而不是指第三个染色体上的第一百个碱基我现在更有10000倍高
: 的把握肯定它是C.我指的是测序技术本身。

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l*1
5
人家可能打算否定人类基因组库的现SNP数据内容
by Illumina or Ion or SOLiD or 454
一句话 并行高通量测的样本越多
不同run之间的同一sample (i.e. 乔教主的blood serum sample)
同位点的同SNP的
p<0.05 的可能失去 成了>1.0或其它值
from chip wells interaction with their target might had some error contact (random artificial SNP data)
----Sorry just my thought from his words.
要是其成功了 并提出解决protocol
炸药奖提名至少吧

【在 s******s 的大作中提到】
: 你到底墨迹半天想说啥
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s*l
6
我知道深度测序的精确度会随被测的目的基因改变,举个简单的例子就是一段序列比如
ACGTGGGGGGGGGGGGCTGAC,用454 or Ion来测,精确度或者说准确度肯定会比
ACGTGTACGTCGTACACCGTA要糟糕得多。
但是这不是我想问的,我更想知道除了这种很显然的这两家的技术上的限制之外,有没
有什么原因会导致跨技术平台的精确度的降低。
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l*1
7
just go to
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31624641_0_4.html
65F

【在 s****l 的大作中提到】
: 我知道深度测序的精确度会随被测的目的基因改变,举个简单的例子就是一段序列比如
: ACGTGGGGGGGGGGGGCTGAC,用454 or Ion来测,精确度或者说准确度肯定会比
: ACGTGTACGTCGTACACCGTA要糟糕得多。
: 但是这不是我想问的,我更想知道除了这种很显然的这两家的技术上的限制之外,有没
: 有什么原因会导致跨技术平台的精确度的降低。

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k*z
8
coverage varies between regions, such as CpG, promoter, regulatory regions,
CDs, so accuracy will also change
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