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请教关于肿瘤CGH的问题
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请教关于肿瘤CGH的问题# Biology - 生物学
t*s
1
例子1
这啥么,右边怎么多出来一条,而且上面标题people显示不完全,成了peopl epsilon,
不能调小点么
例子2
标题games显示不完全,成了ames
啥么!垃圾
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t*8
2
理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验
室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。
我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的
方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无
关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。
有经验的同学请指教,谢谢!
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g*g
3
故意的。提示你右边还有信息,扫一下可以看更多。给人一种信息是连续的感觉 通过
手机看到的是一部分,

epsilon,

【在 t*s 的大作中提到】
: 例子1
: 这啥么,右边怎么多出来一条,而且上面标题people显示不完全,成了peopl epsilon,
: 不能调小点么
: 例子2
: 标题games显示不完全,成了ames
: 啥么!垃圾

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w*a
4
A genes up/down regulated in aCGH result does not equal to its protein
expression.
I guess only 50% of the expanded genes in aCGH really have significant
protein expression. It is what happened to me 2 years ago.

【在 t**********8 的大作中提到】
: 理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验
: 室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。
: 我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的
: 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无
: 关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。
: 有经验的同学请指教,谢谢!

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g*g
5
整个 metro ui很有现代感。习惯ios,android ui的人可能会有点不习惯

【在 g*********g 的大作中提到】
: 故意的。提示你右边还有信息,扫一下可以看更多。给人一种信息是连续的感觉 通过
: 手机看到的是一部分,
:
: epsilon,

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i*0
6
CGH可以发现gene 的扩增或缺失,要是我没有记错的话,传统的cgh的精度是MB以上的,很
难判断那个gene和你的phenotype有关.要是精度好点的,可以做array-cgh, 这个可以
screen一些break point.
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C*a
7
以后弄个柔性amoled屏卷成卷赛手机里, 一边安个把手放在机身右侧, 平时只在机身内
显示普通手机的那么大一块,分辨率1280*720, 要看右边信息时一拉把手, 整个屏幕都
能拉出来,分辨率最多能达到1289*3600

【在 g*********g 的大作中提到】
: 故意的。提示你右边还有信息,扫一下可以看更多。给人一种信息是连续的感觉 通过
: 手机看到的是一部分,
:
: epsilon,

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t*d
8
CGH 一整就整出几百个candidates,这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
法给几百个都做function,所以问题是你怎么从几百到几个?
cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
loss,其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少,自己再找找。
不用过分迷信技术,但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。

【在 t**********8 的大作中提到】
: 理论上说,CGH可以发现扩增或缺失的基因,由此找到肿瘤的driver基因,但我们实验
: 室好几个人做这样的课题,根据CGH的data做function,拿到的都是要死不活的结果。
: 我查了一下pubmed,类似的课题基本都是发的是比较烂的杂志,好像没几个人用CGH的
: 方法找到driver基因。我怀疑这些基因copy的gain 或loss,其本身与肿瘤恶性程度无
: 关,更重要的应该是其上游事件,即引起genomic instability的因素。
: 有经验的同学请指教,谢谢!

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w*d
9
Best UI I've seen.

epsilon,

【在 t*s 的大作中提到】
: 例子1
: 这啥么,右边怎么多出来一条,而且上面标题people显示不完全,成了peopl epsilon,
: 不能调小点么
: 例子2
: 标题games显示不完全,成了ames
: 啥么!垃圾

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t*8
10
我做的是一個短臂,上面基因很少,<10个。我已經試了兩個了,雖然其表達(包括
mrna 和蛋白)輿腫瘤負相關,但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標(增殖凋
亡等)沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper,說的也是我做的這個短臂,用
CGH發現跟腫瘤負相關,但他們認為另一個基因是driver,沒function 實驗,湊了一點
data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
我的感覺是,這個短臂之所以跟disease有關,也許不是由它本身的基因決定的,而是
其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因,找死
也找不到。
“拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”-----求推薦

【在 t*d 的大作中提到】
: CGH 一整就整出几百个candidates,这些candidates 中很有可能存在driver。没有办
: 法给几百个都做function,所以问题是你怎么从几百到几个?
: cytogentics 是很多癌症在临床上用得最多的一种指标之一。所以DNA copy的gain 或
: loss,其本身与肿瘤恶性程度肯定有某些关联。
: 拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少,自己再找找。
: 不用过分迷信技术,但是也不要盲目贬低。一种工具而已嘛。

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t*y
11
偶觉得还行,偶最看不惯的UI就是Facebook那个SB UI,从字体到颜色到页面布局,没
一个顺眼的地方,好几个月不去登录了。
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t*d
12
随便给一篇吧:
A genetic screen for candidate tumor suppressors identifies REST. Cell 2005

【在 t**********8 的大作中提到】
: 我做的是一個短臂,上面基因很少,<10个。我已經試了兩個了,雖然其表達(包括
: mrna 和蛋白)輿腫瘤負相關,但overexpression對一些腫瘤細胞的常規指標(增殖凋
: 亡等)沒什麼影響。前幾天看到plos one上一個paper,說的也是我做的這個短臂,用
: CGH發現跟腫瘤負相關,但他們認為另一個基因是driver,沒function 實驗,湊了一點
: data。之前也有幾個group 在不同的腫瘤中發現這個短臂缺失輿腫瘤相關。
: 我的感覺是,這個短臂之所以跟disease有關,也許不是由它本身的基因決定的,而是
: 其upstream的event, 引起genomic instability,所以去找其上面的driver基因,找死
: 也找不到。
: “拿着 CGH 数据发好杂志文章的不少”-----求推薦

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m*r
13
我一般去people hub, 很少用那个app

【在 t*******y 的大作中提到】
: 偶觉得还行,偶最看不惯的UI就是Facebook那个SB UI,从字体到颜色到页面布局,没
: 一个顺眼的地方,好几个月不去登录了。

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b*r
14
我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
但是平时还是经常关注思考肿瘤,所以也来评一下吧
平心而论,我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同,不是好方向
肿瘤太复杂了,你用什么做材料?如果是原代肿瘤,里面可能是很多细胞clone的混合
物,可能还有大量的stroma cell,你得到的CGH结果到底是什么意思,是有些clone缺
了,有些clone得了copy的综合结果吗?
再如你说的,大部分肿瘤都有genome instability的问题,可以想象,很多gain/loss
其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很有可能只是和真
正的driver连锁了,然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
另外,做实验难免都要放到体外来,而体外的环境和体内太不一样了,肿瘤在体内要面
对那么多不同的stress,到体外培养条件下都完全不同了,几乎没有stress,唯一的决
定因素就是细胞的增值速度,你养着养着细胞可能就根本不是一群东西了,你再基于这
个做实验,意义何在呢。也许能发点文章,但是对于领域的贡献又何在,这project本
身能走多远,你又学到了一些什么,在我个人看来都是个疑问号
可能有说的不对的地方大家批评
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t*y
15
俺说的不是Facebook的APP,而是那个网站本身啊。

【在 m********r 的大作中提到】
: 我一般去people hub, 很少用那个app
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t*8
16
"很多gain/loss其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很
有可能只是和真正的driver连锁了"我现在就是充满了这种疑惑。

loss

【在 b****r 的大作中提到】
: 我是做遗传的对肿瘤涉及不太多
: 但是平时还是经常关注思考肿瘤,所以也来评一下吧
: 平心而论,我觉得就这么根据一点缺失啥的找肿瘤病因很容易进死胡同,不是好方向
: 肿瘤太复杂了,你用什么做材料?如果是原代肿瘤,里面可能是很多细胞clone的混合
: 物,可能还有大量的stroma cell,你得到的CGH结果到底是什么意思,是有些clone缺
: 了,有些clone得了copy的综合结果吗?
: 再如你说的,大部分肿瘤都有genome instability的问题,可以想象,很多gain/loss
: 其实都是无关紧要的随机事件,从遗传上来说,你发现的gain/loss很有可能只是和真
: 正的driver连锁了,然后随着clone增生被一起带到后来的细胞群里
: 另外,做实验难免都要放到体外来,而体外的环境和体内太不一样了,肿瘤在体内要面

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s*c
17
明显缺乏细微的调试 上架太仓促了
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Z*5
18
08年有一篇号称cell年度十佳第一的文章就是用这个技术结合RNAi高通量筛选,一下子
找到了十几个oncogene.
Please cite this article in press as: Zender et al., An Oncogenomics-Based
In Vivo RNAi Screen Identifies Tumor Suppressors in Liver Cancer,
Cell (2008), doi:10.1016/j.cell.2008.09.061
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T*n
19
应该是有意的的,不过这种实现方式实在有点怪。

【在 g*********g 的大作中提到】
: 故意的。提示你右边还有信息,扫一下可以看更多。给人一种信息是连续的感觉 通过
: 手机看到的是一部分,
:
: epsilon,

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g*g
20
习惯了就好。
标题缺一角,但你仍然知道是什么,说明不影响信息完整。

【在 T****n 的大作中提到】
: 应该是有意的的,不过这种实现方式实在有点怪。
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u*r
21
一个横向的滚动条就可以了啊?我看了ames至少要1秒钟才能反应过来, 难道界面设计
不是因该简洁明了的吗?
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g*g
22
看看这张WP7的宣传图片,就知道它的设计理念了。
反正我觉得这样比滚动条酷多了,第一次你反应了一秒,第二次还要一秒吗。

【在 u*****r 的大作中提到】
: 一个横向的滚动条就可以了啊?我看了ames至少要1秒钟才能反应过来, 难道界面设计
: 不是因该简洁明了的吗?

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g*g
23
IOS/Android/WebOS的UI大同小异。
WP7的UI风格很独特,不要拿老眼光看。
好歹这套UI还得过设计奖,不至于傻到连边都对不齐吧
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s*v
24
我对标题显示不全不是太感冒,虽然我不同意上面说的显示不完整是提示用户还有内容
这个说法,哪怕像电视的字幕新闻那样滚动也好,怎么可以逼着用户养成习惯去来回划
屏幕呢。
还有就是最普遍的那个待机界面,干嘛旁边要有一个箭头结果下面那么长的区域什么都
不显示,这不是浪费屏幕么。
风格独特不等于风格合适,可能我老了,唉。
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k*n
25
屏幕上最好能堆上几十个图标,充分利用每一寸空间

【在 s***v 的大作中提到】
: 我对标题显示不全不是太感冒,虽然我不同意上面说的显示不完整是提示用户还有内容
: 这个说法,哪怕像电视的字幕新闻那样滚动也好,怎么可以逼着用户养成习惯去来回划
: 屏幕呢。
: 还有就是最普遍的那个待机界面,干嘛旁边要有一个箭头结果下面那么长的区域什么都
: 不显示,这不是浪费屏幕么。
: 风格独特不等于风格合适,可能我老了,唉。

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s*v
26
过犹不及,抬杠就没意思了。

【在 k****n 的大作中提到】
: 屏幕上最好能堆上几十个图标,充分利用每一寸空间
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g*g
27
我也不喜欢主界面那个单箭头,留下一长条黑区。而且这个单箭头还没什么用。因为往
左一划,就切换到列表了。
IOS/ANDOID/WEOS里面应用程序的窗口基本上就是没了标题栏/最大/最下化,永远最大
化的DESKTOP窗口。WP7的窗口是一个观看更大世界的窗口。窗口小,世界大,就要不停
的来回划。
我觉得逼着用户养成习惯去来回划屏幕,比逼着用户点按钮切换屏幕好(尤其是IOS里
面很多程序把这种按钮还放在最上面)。毕竟来回划屏幕不用看准。
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G*h
28
偶很烦那些图标都是矩阵排列
偶喜欢图标能用不同的背景、半透明过渡的
而且同组的图标能挨着
拼成一些短的拐弯的小路
跟个小地图似的
就很好记位置了

【在 s***v 的大作中提到】
: 过犹不及,抬杠就没意思了。
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G*h
29
对,webos 这样划来划去的就比 android 爽多了
以后都改划
从左往右是 back
从右往左是 next
从下往上出菜单
从上往下出卡片
这样那几个 android 按钮就不需要了

【在 g*********g 的大作中提到】
: 我也不喜欢主界面那个单箭头,留下一长条黑区。而且这个单箭头还没什么用。因为往
: 左一划,就切换到列表了。
: IOS/ANDOID/WEOS里面应用程序的窗口基本上就是没了标题栏/最大/最下化,永远最大
: 化的DESKTOP窗口。WP7的窗口是一个观看更大世界的窗口。窗口小,世界大,就要不停
: 的来回划。
: 我觉得逼着用户养成习惯去来回划屏幕,比逼着用户点按钮切换屏幕好(尤其是IOS里
: 面很多程序把这种按钮还放在最上面)。毕竟来回划屏幕不用看准。

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g*g
30
ANDROID里面不就可以自由排列图标吗

【在 G*****h 的大作中提到】
: 偶很烦那些图标都是矩阵排列
: 偶喜欢图标能用不同的背景、半透明过渡的
: 而且同组的图标能挨着
: 拼成一些短的拐弯的小路
: 跟个小地图似的
: 就很好记位置了

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G*h
31
挨不到一起,总是有间隔

【在 g*********g 的大作中提到】
: ANDROID里面不就可以自由排列图标吗
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g*g
32
隔太近容易点错吧。
在一屏20个图标里面找到想要的,比看上去困难。长得独特的还好,很多图标都很像。
。。。

【在 G*****h 的大作中提到】
: 挨不到一起,总是有间隔
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g*g
33
微软应该在广告里教用户用UI,水果在这方面做得很好
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G*h
34
所以要连成小片、小路
就容易记住在哪里了

【在 g*********g 的大作中提到】
: 隔太近容易点错吧。
: 在一屏20个图标里面找到想要的,比看上去困难。长得独特的还好,很多图标都很像。
: 。。。

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G*h
35
那一个长长的 list 拉出来
本来想买的都不敢买了

【在 g*********g 的大作中提到】
: 微软应该在广告里教用户用UI,水果在这方面做得很好
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g*g
36
要是改成这样:
划一下,显示最近用的多的十几个程序,
再划一下,显示所有程序。。。。
MANGO升级有一个很让人烦的东西,就是搜索键变成了BING专用,BING的搜索好像只能
搜WEB。要搜索APP还要去点那个小按钮。

【在 G*****h 的大作中提到】
: 那一个长长的 list 拉出来
: 本来想买的都不敢买了

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s*v
37
我觉得吧,微软的想法是要迁就用户,用户吃咸的微软就给咸的,用户吃辣的微软就给
辣的,结果还不讨好;苹果的想法是用户是傻逼,所以用户得听苹果的,苹果说用户得
吃屎,用户就只能吃屎,不过很难理解有些果粉真的吃的很香;google就是另一条路了
,扔下一堆屎告诉用户你们随便吧,原料在这儿呢,爱怎么吃就怎么吃。

【在 g*********g 的大作中提到】
: 微软应该在广告里教用户用UI,水果在这方面做得很好
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G*h
38
难怪 android 卖得最好 hehe

【在 s***v 的大作中提到】
: 我觉得吧,微软的想法是要迁就用户,用户吃咸的微软就给咸的,用户吃辣的微软就给
: 辣的,结果还不讨好;苹果的想法是用户是傻逼,所以用户得听苹果的,苹果说用户得
: 吃屎,用户就只能吃屎,不过很难理解有些果粉真的吃的很香;google就是另一条路了
: ,扔下一堆屎告诉用户你们随便吧,原料在这儿呢,爱怎么吃就怎么吃。

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m*r
39
太他妈形象了

【在 s***v 的大作中提到】
: 我觉得吧,微软的想法是要迁就用户,用户吃咸的微软就给咸的,用户吃辣的微软就给
: 辣的,结果还不讨好;苹果的想法是用户是傻逼,所以用户得听苹果的,苹果说用户得
: 吃屎,用户就只能吃屎,不过很难理解有些果粉真的吃的很香;google就是另一条路了
: ,扔下一堆屎告诉用户你们随便吧,原料在这儿呢,爱怎么吃就怎么吃。

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