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请问怎么在线看某个基因的组蛋白修饰情况？

请问怎么在线看某个基因的组蛋白修饰情况？# Biology - 生物学

D*n2012-10-05 07:10

1 楼

no cost的。

C*42012-10-05 07:10

2 楼

比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
饰情况。
这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
能否给个详细点的链接？
谢谢！

b*d2012-10-05 07:10

3 楼

看你的Loan Amount是多少了，欢迎到我的俱乐部去查询当天的贷款利率。

【在 D********n 的大作中提到】

: no cost的。

u*d2012-10-05 07:10

4 楼

UCSC啊
还有这个：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/browse/

【在 C********4 的大作中提到】

: 比如，我要看mouse HOXA9这个基因在ES细胞里面，promoter区的H3K27、DNA甲基化修
: 饰情况。
: 这类data是不是都有个公用网站，供查询啊？
: 能否给个详细点的链接？
: 谢谢！

C*42012-10-05 07:10

5 楼

谢谢
ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗比如suz12

【在 u**********d 的大作中提到】

: UCSC啊
: 还有这个：
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics/browse/

l*12012-10-05 07:10

6 楼

Here you go
for H3K27、DNA甲基化修饰情况
http://insulatordb.uthsc.edu/help.php
for HOXA9
pls go to one paper:
by
Huang Y et al. (2012)
title:
Identification and characterization of Hoxa9 binding sites in hematopoietic
cells.
Blood. 119: 388-98.
pubMed link:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22072553
or alternatively
one PhD Dissertation of University of Michigan
by Huang Y. (2011)
PDF full text link:
http://deepblue.lib.umich.edu/handle/2027.42/84435
its pp133:
>The evolutionary conservation scores were obtained from UCSC >
phastCons17way database (Siepel et al., 2005) for enriched H/M regions >and
their adjacent regions extending
>up to X6 in width.
pp146;
>Visualization tracks (UCSC) containing
>all ChIP-sequencing data, Nimblegen epigenetic modification data for >Hoxa9
and Meis1 binding sites, Hoxa9-ER gene expression data, and motif >
enrichment analysis results are available at
>http://www.pathology.med.umich.edu/index.php?t=page&id=903

【在 C********4 的大作中提到】

C*42012-10-05 07:10

7 楼

谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子。。想问个通用的办法，随便
看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
作为matrix，你怎么读不懂我的内心。。＝＝

hematopoietic

【在 l**********1 的大作中提到】

: Here you go
: for H3K27、DNA甲基化修饰情况
: http://insulatordb.uthsc.edu/help.php
: for HOXA9
: pls go to one paper:
: by
: Huang Y et al. (2012)
: title:
: Identification and characterization of Hoxa9 binding sites in hematopoietic
: cells.

u*d2012-10-05 07:10

8 楼

UCSC genome browser进去后，有一个“track search”的按钮，点进去就是搜索栏啦
，搜到了想要的，勾上，选择用“full”来显示，然后回到browser，就有了。
如果你是想砍人的，ENCODE爆了很多ChIP-seq的数据，一般都能搜到。如果是想看老鼠
的，UCSC里又搜不到，怎么办呢？
1.去我上面贴的那个NCBI的epigenomics的链接，那里面分物种分细胞类型再分不同的
ChIP-seq实验，扫描一遍看看有没有想要的，要是有，那么就选中并进入browser模式
（把你的鼠标到处试探一下，其中一个按钮就是进入browser的），就可以看了，还可
以切换到UCSC browser里去显示，挺强大的。
2.要是NCBI还是没有，那就杯具了，只好将就下了：比如这个suz12吧，你可以看看
K27me3或者Ezh2的数据来代替一下；或者看看人的同源基因上面的分布来大体推测一下。
good luck！

【在 C********4 的大作中提到】

: 谢谢
: ucsc的那个怎么选要看的修饰啊？能看一些常见蛋白的chip seq吗比如suz12

C*42012-10-05 07:10

9 楼

太棒了！！谢谢！！

【在 u**********d 的大作中提到】

: UCSC genome browser进去后，有一个“track search”的按钮，点进去就是搜索栏啦
: ，搜到了想要的，勾上，选择用“full”来显示，然后回到browser，就有了。
: 如果你是想砍人的，ENCODE爆了很多ChIP-seq的数据，一般都能搜到。如果是想看老鼠
: 的，UCSC里又搜不到，怎么办呢？
: 1.去我上面贴的那个NCBI的epigenomics的链接，那里面分物种分细胞类型再分不同的
: ChIP-seq实验，扫描一遍看看有没有想要的，要是有，那么就选中并进入browser模式
: （把你的鼠标到处试探一下，其中一个按钮就是进入browser的），就可以看了，还可
: 以切换到UCSC browser里去显示，挺强大的。
: 2.要是NCBI还是没有，那就杯具了，只好将就下了：比如这个suz12吧，你可以看看
: K27me3或者Ezh2的数据来代替一下；或者看看人的同源基因上面的分布来大体推测一下。

u*d2012-10-05 07:10

10 楼

：）

【在 C********4 的大作中提到】

: 太棒了！！谢谢！！

l*12012-10-05 07:10

11 楼

unfieldified (未场化的蛮) is MATRIX
in this bioinformatics topics
it is matrix mior/interests not major.

【在 C********4 的大作中提到】

: 谢谢。我不是要看这个具体的基因啊，只是举了个例子。。想问个通用的办法，随便
: 看哪个基因哪个修饰哪个binding 蛋白
: 作为matrix，你怎么读不懂我的内心。。＝＝
:
: hematopoietic