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Trp fluo quenching 的问题
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Trp fluo quenching 的问题# Biology - 生物学
P*b
1
Design a game: which transform a word to a target word. for example: from he
ad to tail, each step, you just can replace one character, and the word must
be valid.
这个题目咋解?感觉根edit distance不太一样啊?
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S*i
2
别的都出来了。 10天了, 有点桌急
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a*h
3
最近在做一个有2个Trp 残基蛋白的Fluo spectrum(290nm激发,300-400nm的波普. 本
来想把两个Trp都给敲掉后做负对照用的,可是突变的蛋白纯化出来后发现还是有很高
的荧光信号(接近WT的水平,稍低),不知道这个正常么?从哪里可以找到Trp/蛋白的
intrinsic fluo的信息啊?先谢过了!
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y*c
4
BFS. In each iteration, add words that have one different character, have
not been visited and are valid, into the queue.
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e*s
5
你怎么测蛋白浓度的?

【在 a*****h 的大作中提到】
: 最近在做一个有2个Trp 残基蛋白的Fluo spectrum(290nm激发,300-400nm的波普. 本
: 来想把两个Trp都给敲掉后做负对照用的,可是突变的蛋白纯化出来后发现还是有很高
: 的荧光信号(接近WT的水平,稍低),不知道这个正常么?从哪里可以找到Trp/蛋白的
: intrinsic fluo的信息啊?先谢过了!

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P*b
6
不好意思,还是不太懂。
valid怎么判断?有个dictionary?
数据结构是图吗?

【在 y*c 的大作中提到】
: BFS. In each iteration, add words that have one different character, have
: not been visited and are valid, into the queue.

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y*p
7
是在变性条件下比较的吗? Trp fluo和周围环境有关系的,这种情况是有可能的,特
别是tyr的背景高的话。

【在 a*****h 的大作中提到】
: 最近在做一个有2个Trp 残基蛋白的Fluo spectrum(290nm激发,300-400nm的波普. 本
: 来想把两个Trp都给敲掉后做负对照用的,可是突变的蛋白纯化出来后发现还是有很高
: 的荧光信号(接近WT的水平,稍低),不知道这个正常么?从哪里可以找到Trp/蛋白的
: intrinsic fluo的信息啊?先谢过了!

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f*5
8
1.get all the words in dic which have the same length as target word
2.
create a two dimensions array,
a[i,j]=1 means word[i] can change to word[j] with only one letter
replaced.
3.then your issue changed to find whether there is a path from start word
to target word
use BFS to do it.

【在 P*******b 的大作中提到】
: 不好意思,还是不太懂。
: valid怎么判断?有个dictionary?
: 数据结构是图吗?

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a*h
9
谢谢了~
我根据A280 和 Theoretical Molar Extinction Coefficient 算的浓度,这个误差很
多么? 不过我算浓度的时候没把那个差的分子量(Trp到Phe的分子量差)和
Theoretical Molar Extinction Coefficient算进去,我重新定量下再测下看吧:)

【在 e****s 的大作中提到】
: 你怎么测蛋白浓度的?
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P*b
10
thank you!
本质上graph的两个结点是否有通论。对吧。

【在 f*********5 的大作中提到】
: 1.get all the words in dic which have the same length as target word
: 2.
: create a two dimensions array,
: a[i,j]=1 means word[i] can change to word[j] with only one letter
: replaced.
: 3.then your issue changed to find whether there is a path from start word
: to target word
: use BFS to do it.

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a*h
11
先谢谢您的回复~
不是变性条件测的,是refold之后的条件下测的,蛋白里面除了2个Trp外(我给突变成
Phe了)还有4个Tyr残基,Tyr对290激发的Fluo光谱背景影响很大么?请问您知道从哪
里能找到关于这些氨基酸intrinsic fluo的信息啊,谢谢啦!

【在 y****p 的大作中提到】
: 是在变性条件下比较的吗? Trp fluo和周围环境有关系的,这种情况是有可能的,特
: 别是tyr的背景高的话。

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e*s
12
你基本已经回答你自己的问题了。
A280同Trp荧光一样主要贡献来自Trp,你mutants里不含有Trp,自然摩尔吸光系数也极
大的下降了,而且这个下降和荧光下降是一致的。
所以你观察到的的突变荧光之所以高是由于实际蛋白浓度高了很多。我推测你突变荧光
图谱的Base line会比WT高很多。
用Bradford assay或者是去Protein claculator算下突变的摩尔吸光系数。建议
Bradford。
Good luck!

【在 a*****h 的大作中提到】
: 谢谢了~
: 我根据A280 和 Theoretical Molar Extinction Coefficient 算的浓度,这个误差很
: 多么? 不过我算浓度的时候没把那个差的分子量(Trp到Phe的分子量差)和
: Theoretical Molar Extinction Coefficient算进去,我重新定量下再测下看吧:)

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a*h
13
谢谢了,今天正在测,等会儿看看结果再说:)

【在 e****s 的大作中提到】
: 你基本已经回答你自己的问题了。
: A280同Trp荧光一样主要贡献来自Trp,你mutants里不含有Trp,自然摩尔吸光系数也极
: 大的下降了,而且这个下降和荧光下降是一致的。
: 所以你观察到的的突变荧光之所以高是由于实际蛋白浓度高了很多。我推测你突变荧光
: 图谱的Base line会比WT高很多。
: 用Bradford assay或者是去Protein claculator算下突变的摩尔吸光系数。建议
: Bradford。
: Good luck!

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