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请教研究过荧光蛋白的同学一段话
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请教研究过荧光蛋白的同学一段话# Biology - 生物学
l*o
1
何谓三藏十二部?
「三藏」,就是经藏、律藏、论藏。经藏是说定学,律藏是说戒学,论藏是说慧学。释
迦牟尼佛入涅盘之后,大迦叶尊者率领五百位证果的罗汉在七叶窟结集三藏,阿难尊者
将佛一生所说的法,记录成为「经藏」;优波离尊者将佛所规定的戒律,整理成为「律
藏」;大迦叶尊者将佛弟子读经研律的心得,收集成为「论藏」。
「十二部」,十二部,并不是指十二本佛经,而是依佛经的体载,内容,文法分为十二
个种类。就是经典的体裁,分为十二部。所以有一首偈颂说:
「长行重颂并授记,
孤起无问而自说,
因缘譬喻及本事,
本生方广未曾有,
论议共成十二部。」
(一)长行部:就是经文一行一行的长文。
(二)重颂部:用偈颂方式重复地再把经义说一遍,把长行经文重说。
(三)授记部:佛给菩萨授记的,譬如汝于某某劫,应当成佛,名号为何,寿命有多长
,教化众生有多少,在什么国土里……等等,都预先说明了。
(四)孤起部:孤单独立的偈颂,与前文不相连,而且与后面的经文也没有关系。
(五)自说部:平时有人请法,佛才说法,唯独《阿弥陀经》,无人请法,佛不问自说。
(六)因缘部:叙述某种事发生的因缘。
(七)譬喻部:用比方来说明经文的义理。
(八)本事部:说佛、菩萨在因地所行的事迹。
(九)本生部:说佛、菩萨今生弘法利生的事迹。
(十)方广部:就是方正广大的经,有圆融无碍的境界。
(十一)未曾有部:从来没有见过的神通变化。
(十二)论议部:佛弟子研究经律的报告,或者佛与弟子讨论的记录。
今将三藏十二部简单介绍,希望大家能深入经藏,智慧如海。
http://www.drbachinese.org/online_reading/dharma_talks/volume4/
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m*5
2
下面第二句,为什么这是个advantage? 看起来非常糟糕啊,说明在488和550左右都能
被激发
或者blue laser和green laser有别的意思?
DsRed-Express2 has additional advantages. It is excited efficiently
by both blue and green lasers that are routinely used in
flow cytometers. In bacteria, DsRed-Express2 is expressed from the
endogenous start codon much more strongly than DsRed-Express
(Supplementary Fig. 4). Another important property is phototoxicity,
which has only rarely been measured for engineered
fluorescent proteins. Our results indicate that DsRed-Express2
has low phototoxicity (Supplementary Results and Supplementary
Fig. 8 online). Thus, for whole-cell labeling, DsRed-Express2 is
the RFP of choice.
DsRed-Express2 is
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i*i
3
From clontech:
DsRed-Express is a rapidly maturing variant of Discosoma sp. red fluorescent
protein (DsRed). DsRed-Express fluorescent protein has enhanced solubility,
reduced green emission, and faster maturation than the original DsRed.
Although it is likely to have a tetrameric, DsRed-Express fluorescent
protein displays a reduced tendency to aggregate (1).
DsRed-Express2 fluorescent protein has even higher solubility, and was
designed for whole-cell and stem cell applications (2).
DsRed-Express excitation and emission maxima are 554 and 586 nm,
respectively
DsRed-Express2 excitation and emission maxima are 554 and 591 nm,
respectively
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m*5
4
The word I cited was from the paper who originally characterized DsRed
expression2, The clontech Manuel seems to have provided very different
information. I rather believe the former.

fluorescent
solubility,

【在 i*****i 的大作中提到】
: From clontech:
: DsRed-Express is a rapidly maturing variant of Discosoma sp. red fluorescent
: protein (DsRed). DsRed-Express fluorescent protein has enhanced solubility,
: reduced green emission, and faster maturation than the original DsRed.
: Although it is likely to have a tetrameric, DsRed-Express fluorescent
: protein displays a reduced tendency to aggregate (1).
: DsRed-Express2 fluorescent protein has even higher solubility, and was
: designed for whole-cell and stem cell applications (2).
: DsRed-Express excitation and emission maxima are 554 and 586 nm,
: respectively

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s*y
5
我看他们也就是那么随便一说而已,没有必要把这个advantage这个词眼看得
太重。

【在 m******5 的大作中提到】
: 下面第二句,为什么这是个advantage? 看起来非常糟糕啊,说明在488和550左右都能
: 被激发
: 或者blue laser和green laser有别的意思?
: DsRed-Express2 has additional advantages. It is excited efficiently
: by both blue and green lasers that are routinely used in
: flow cytometers. In bacteria, DsRed-Express2 is expressed from the
: endogenous start codon much more strongly than DsRed-Express
: (Supplementary Fig. 4). Another important property is phototoxicity,
: which has only rarely been measured for engineered
: fluorescent proteins. Our results indicate that DsRed-Express2

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i*i
6
没有仔细研究过荧光蛋白。
但是绝大部分的荧光蛋白和荧光染料如Alexa 488,594之类的都会有Excitation 和
Emission spectra,这个光谱是连续的概念。如附件一样,都是一个钟形的peak。当然
用峰值波长激发是最有效的,但是附近波长的光也会有一定程度的激发。也有一些荧光
蛋白或者染料的Excitation光谱不是非常的光滑,会形成一个类似的次要峰。 但是目
前我看到的荧光染料而言,还没有看到有两个等高的Excitation波长的。
一般来讲Excitation 和Emission的波长相距不远,488已经是标准的绿色范围了,如果
这样讲就是dsgreen,而不是dsred了。
我觉得看波普是最靠谱的,Invitrogen的molecular probe是很值得一看的。
个人愚见。

【在 m******5 的大作中提到】
: 下面第二句,为什么这是个advantage? 看起来非常糟糕啊,说明在488和550左右都能
: 被激发
: 或者blue laser和green laser有别的意思?
: DsRed-Express2 has additional advantages. It is excited efficiently
: by both blue and green lasers that are routinely used in
: flow cytometers. In bacteria, DsRed-Express2 is expressed from the
: endogenous start codon much more strongly than DsRed-Express
: (Supplementary Fig. 4). Another important property is phototoxicity,
: which has only rarely been measured for engineered
: fluorescent proteins. Our results indicate that DsRed-Express2

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b*n
7
对于荧光蛋白来说,如果要做fusion,最值得考虑的是三点
1)颜色
2)发光形式是多聚还是单体。最好是单体,比如EGFP,AcGFP, mCherry,mStrawberry。
DsRed,ZsGreen等等都是臭名昭著的tetramer,做了fusion之后经常一个皿中没几个发
光的,这种发光的细胞往往对于研究是无效的(这种定位不可靠)
3)relative brightness。如果以EGFP为100,那么GFP(48),AcGFP(82),mCherry(47)
mStrawberry(78), DsRed(176),DsRed-Express T1(58),DsRed-Monomer(10),Zsgreen(
117)
相对而言,别的参数大部分都是浮云
如果不做fusion,尽可以选择那些相对发光强度大的比如DsRed,Zsgreen

【在 m******5 的大作中提到】
: 下面第二句,为什么这是个advantage? 看起来非常糟糕啊,说明在488和550左右都能
: 被激发
: 或者blue laser和green laser有别的意思?
: DsRed-Express2 has additional advantages. It is excited efficiently
: by both blue and green lasers that are routinely used in
: flow cytometers. In bacteria, DsRed-Express2 is expressed from the
: endogenous start codon much more strongly than DsRed-Express
: (Supplementary Fig. 4). Another important property is phototoxicity,
: which has only rarely been measured for engineered
: fluorescent proteins. Our results indicate that DsRed-Express2

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f*e
8
能被不同的激光波长激发当然是个优势啊。比如你同时还要看另外一个 green 的标记
,这样只要用同一个绿的激光激发,然后两个不同 emission 颜色可以根据波长来分别
检测,可以 multiplexing。
通常 488 是指 blue, 532 是 green,在这两个波段,看光谱,的确都有不弱的激发。
但是 emission 不管是哪个 laser 激发,都还是那同样的在 600 的峰。
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m*5
9
我用这个DsRed Express 2做repoter标记lineage,结果杯具了,因为我的绿光filter
是long pass……

【在 f*******e 的大作中提到】
: 能被不同的激光波长激发当然是个优势啊。比如你同时还要看另外一个 green 的标记
: ,这样只要用同一个绿的激光激发,然后两个不同 emission 颜色可以根据波长来分别
: 检测,可以 multiplexing。
: 通常 488 是指 blue, 532 是 green,在这两个波段,看光谱,的确都有不弱的激发。
: 但是 emission 不管是哪个 laser 激发,都还是那同样的在 600 的峰。

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