进化有几多摇鼠点标问仙人 - 未名空间MITBBS历史存档

进化有几多摇鼠点标问仙人# Biology - 生物学

C*h2012-04-07 07:04

1 楼

大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
确立表现型与基因之间的因果关系
(A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
(B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
直接因果关系。
其二是涉及蛋白层次
(A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的
突变位点。总的来说，性价比不是太高，人力物力财力消耗都相当的大。但也算是有得
有失吧，比竟这个蛋白目前没有任何人有任何已知的认识。
(B) 用GUS标定，确定了组织和器官水平上该蛋白在活体内的表达模式。
(C) 用GFP标定，完成了该蛋白的亚细胞定位工作；而且也确定了该蛋白中存在一个非
常规或者说不同任何已知核定位信号的核定位信号。
(D) 也用删除多肽链前后的办法搞清楚了真正和表型有关系的功能区；当然这一项工
作也是费尽了人力物力，虽然消耗没有前面的全多肽链丙氨酸替代扫描昂贵。但总的说
来，效价要高得多。
我和小兄弟原来一起拟定的计划是砸锅卖铁也要沿着这个意外的发现深入的做下去，进
一步找到它的互作蛋白，或者说如果是转录因子的话，确定它的靶子，而且从蛋白或者
是DOMAIN结构入手，从分子机制上把这个细胞死亡现象解释清楚，发篇高质量的文章。
但我自己时运不济，连续两年没有申请到经费，小兄弟到了六月份以后就没有钱了。我
自己本来就相当不容易，小兄弟跟我共一个裤裆，难能可贵。
人在屋檐下，怎敢不低头？我和我的小兄弟想，咱们还得走适用主义这条路，先把文章
尽快地在已有的数据基础上搞出来后投出处看能否整到点钱。然而从进化的角度上我们
很难理解：虽然这一基因在植物以及人体细胞内有中存在一些同源性基因，然而同源性
程度相当低，低到让人难以置信的程度即便是近亲的植物。按照我们的理解，功能失调
而出现这样有非常明显表现型的基因至少从进化角度讲是相对而言比较保守的。而且更
让人费解的是该蛋白真正的功能区只有很小的一个区域，绝大多数的氨基酸残基没有任
何作用。那进化过程中平白无故搞出这么多氨基酸来有啥用？“天生我才必有用”根本
就是糊弄人的啊，维持这种氨基酸的存在要消耗能量么。当然您可能会提出：可以当储
存氨基酸的用途，只是我觉得这样的解释过于牵强附会了些。
如果您有比较好的解释，我们一定加入到文章的讨论中，并引用您在mitbbs biology上
的原帖做原始文献 (I AM SERIOUS)，感谢您的CREDIT！
我也在这里向各位请教，如果您处在我们的位置，在目前这些数据的情况下对一个未知
功能的蛋白但参与广泛的生物学进程，以现有的数据 (从正向遗传学手段入手发现了
突变体；建立了该基因与多种生长发育以及胁迫反应之间的直接关系；确定了该基因产
物为核蛋白定位以及发现了新型的核定位信号，而还且找到了功能性DOMAIN以及确证了
一些关键性的残基)，您会优先选择哪个期刊？CNS；GENE&DEVELOPMENT / PNAS /
PLOS BIOLOGY / CURRENT BIOLOGY / EMBO J / CELL RESEARCH；或者专业性的
PLANT CELL？
多谢了！请您移步<http://www.youtube.com/watch?v=hrDGhxdN-TY>欣赏我们湘妹子宋祖英给您演唱的<>！

s*t2012-04-07 07:04

2 楼

这个基因有多重要？有什么生理功能。
应该投plant physiology 或者plant journal吧

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

t*u2012-04-07 07:04

3 楼

多出来的不保守的氨基酸可能是在这种植物在一定条件下与某些cofactor相互作用以调
节该蛋白的功能，在另一些物种中可能有别的调控机制，所以只有核心区域是保守的.

c*b2012-04-07 07:04

4 楼

只看核定位是GFP fusion得出来的而以前又没有人报道过，估计就只能Plant J 或者
PMB了

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

h*r2012-04-07 07:04

5 楼

你所说的细胞死亡，是不是指的是programmed cell death?
其实我觉得你们应该先找跟这个蛋白相互作用的蛋白，这个是为了更好的解释为什么这
个蛋白突变了就导致细胞死亡。其实啥功能区域的鉴定，都可以放一放。找到这个蛋白
在哪个信号通路里起作用，这个更加重要。
如果目前你没有这个上下游的联系，想投个好文章很难。reviewer肯定要问你，为什么
这个蛋白突变细胞就死了。如果你现在的data可以很好的解释这个问题，可以考虑投个
PNAS，或plant cell

y*82012-04-07 07:04

6 楼

Check your mailbox, LZ.
I will try S or N, then PlosB, CurrentB or PNAS.

C*h2012-04-07 07:04

7 楼

您这个观点确实是一个方向，是目前我们能够合理推测的一个原因吧。

【在 t******u 的大作中提到】

: 多出来的不保守的氨基酸可能是在这种植物在一定条件下与某些cofactor相互作用以调
: 节该蛋白的功能，在另一些物种中可能有别的调控机制，所以只有核心区域是保守的.

C*h2012-04-07 07:04

8 楼

我们没有花精力确认这种细胞死亡类型是否为PCD。我目前的观点是确认是否为PCD，眼
下这不是最重要的，毕竟引发PCD的原因很多，已经鉴定的基因也不少了。而这个工作
的新颖之处在于这个蛋白的独特性从一点认知没有到发现它涉及的非常广泛的生理功能
。通过寻找它的互作蛋白不失为在信号通路上找突破口的好办法，但是我们担心如果用
Y2H来找的话，成本为很高，毕竟我们是小LAB，经费有限得很，人力也不够的，所以我
们把先投入后一定会有谱的东西拿到手再走下一步。实际上我们已经有了功能性完全互
补的TAG 株系，我们很快会尝试看能不能COIP有价值的东西。但不管那条线路找到互作
蛋白，都是一个BIG HOLE，我很难想象这样一个蛋白会和已知的与细胞死亡有关的蛋白
直接相联起来。假设是这种情形，后续的工作倒也简单了，但我推测这种可能性很小。
更大的可能是发现了和它相关的另外的未知功能的蛋白，这也是我们当成花大量力气走
这个课题的原因。认为它虽然目前是孤立的，但背后整个的通路会很有意思，工作可以
越做越宽。
看来上面各路仙人设置的BAR 都是相当相当相当的高啊。不说几年前，就说一年前工作
做到这样的一个层次，NS上还是有几个样本的。当然我们是新人，不指望天上掉馅饼，
但搞到PLANT JOURNAL，PLANT PHYSIOLOGY，PMB，让我们情何以堪？不过你们的观点也
是我们前进的动力。

【在 h****r 的大作中提到】

: 你所说的细胞死亡，是不是指的是programmed cell death?
: 其实我觉得你们应该先找跟这个蛋白相互作用的蛋白，这个是为了更好的解释为什么这
: 个蛋白突变了就导致细胞死亡。其实啥功能区域的鉴定，都可以放一放。找到这个蛋白
: 在哪个信号通路里起作用，这个更加重要。
: 如果目前你没有这个上下游的联系，想投个好文章很难。reviewer肯定要问你，为什么
: 这个蛋白突变细胞就死了。如果你现在的data可以很好的解释这个问题，可以考虑投个
: PNAS，或plant cell

C*h2012-04-07 07:04

9 楼

Tons of thanks for your mail!

【在 y******8 的大作中提到】

: Check your mailbox, LZ.
: I will try S or N, then PlosB, CurrentB or PNAS.

c*b2012-04-07 07:04

10 楼

其实关键是看data的质量。
现在看来确实是又有性状，又有一定的机质，但是具体到每个数据是否有说服力，就决
定了文章的层次。比如你的核定位只是做了GFP,又没有先例，要想做一个卖点的话，
plant cell肯定是过不去的。
同样的实验有的能上CNS,,有的就是5 6分，不少见。从你的描述看不出什么big
picture,在植物里面，一个新基因有功能，有一些机制，big picture不够， plant
cell 这一级别也是过不去的。一个例子，做蕃茄的基因发现ko性状是不结果，not a
big deal.

【在 C*******h 的大作中提到】

: 我们没有花精力确认这种细胞死亡类型是否为PCD。我目前的观点是确认是否为PCD，眼
: 下这不是最重要的，毕竟引发PCD的原因很多，已经鉴定的基因也不少了。而这个工作
: 的新颖之处在于这个蛋白的独特性从一点认知没有到发现它涉及的非常广泛的生理功能
: 。通过寻找它的互作蛋白不失为在信号通路上找突破口的好办法，但是我们担心如果用
: Y2H来找的话，成本为很高，毕竟我们是小LAB，经费有限得很，人力也不够的，所以我
: 们把先投入后一定会有谱的东西拿到手再走下一步。实际上我们已经有了功能性完全互
: 补的TAG 株系，我们很快会尝试看能不能COIP有价值的东西。但不管那条线路找到互作
: 蛋白，都是一个BIG HOLE，我很难想象这样一个蛋白会和已知的与细胞死亡有关的蛋白
: 直接相联起来。假设是这种情形，后续的工作倒也简单了，但我推测这种可能性很小。
: 更大的可能是发现了和它相关的另外的未知功能的蛋白，这也是我们当成花大量力气走

a*x2012-04-07 07:04

11 楼

可以做一些简单的caspase activity或者cell calcium之类简单的assays，如果有变化
也就提供了部门机制。同时可以从另一个方向看这个蛋白敲除是否mimic某种疾病表型
，然后这种疾病中是否有很多这个疾病的突变。总之要么弄一点phenotype （in vivo
level的），要么弄一点mechanism，这样投CNS希望大一些，reviewers喜欢问这些问
题。

【在 C*******h 的大作中提到】

: 我们没有花精力确认这种细胞死亡类型是否为PCD。我目前的观点是确认是否为PCD，眼
: 下这不是最重要的，毕竟引发PCD的原因很多，已经鉴定的基因也不少了。而这个工作
: 的新颖之处在于这个蛋白的独特性从一点认知没有到发现它涉及的非常广泛的生理功能
: 。通过寻找它的互作蛋白不失为在信号通路上找突破口的好办法，但是我们担心如果用
: Y2H来找的话，成本为很高，毕竟我们是小LAB，经费有限得很，人力也不够的，所以我
: 们把先投入后一定会有谱的东西拿到手再走下一步。实际上我们已经有了功能性完全互
: 补的TAG 株系，我们很快会尝试看能不能COIP有价值的东西。但不管那条线路找到互作
: 蛋白，都是一个BIG HOLE，我很难想象这样一个蛋白会和已知的与细胞死亡有关的蛋白
: 直接相联起来。假设是这种情形，后续的工作倒也简单了，但我推测这种可能性很小。
: 更大的可能是发现了和它相关的另外的未知功能的蛋白，这也是我们当成花大量力气走

w*r2012-04-07 07:04

12 楼

No mechanistic insight right now, only detailed domain characterization.
I am not in plant field, but I don't think you could publish in journal IF>6
at the moment.
But I do think the question about evolution is interesting.
I hope this paper is helpful.
Science. 2010 Dec 17;330(6011):1682-5.
New genes in Drosophila quickly become essential.
Chen S, Zhang YE, Long M.
Abstract
To investigate the origin and evolution of essential genes, we identified
and phenotyped 195 young protein-coding genes, which originated 3 to 35
million years ago in Drosophila. Knocking down expression with RNA
interference showed that 30% of newly arisen genes are essential for
viability. The proportion of genes that are essential is similar in every
evolutionary age group that we examined. Under constitutive silencing of
these young essential genes, lethality was high in the pupal stage and also
found in the larval stages. Lethality was attributed to diverse cellular and
developmental defects, such as organ formation and patterning defects.
These data suggest that new genes frequently and rapidly evolve essential
functions and participate in development.

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

C*h2012-04-07 07:04

13 楼

核的定位不是一个买点不买点的问题，这样说似乎我们有些庸俗了点，我们都是拿买白
菜的钱操当国王的心思，呵呵。如果真要说是买点的话，我们确立新的NSL是，确立一
个新的NSL的意义更有“普世价值”，我是这么看待的。有多少软件在预测？我们已
知的有多少(包括各种模式体系)？新的NSL必定涉及的是新的转运基理，其意义不言而
预。
又比如定义一个全新蛋白的DOMAIN，并非简单的事情，可以用不同的手段，用结构生物
学多，但我们用了遗传学手段，对一个有重要广泛生理功能的蛋白能在没有任何前人已
知信息的基础上定义全新的DOMAIN ，如果PI连这点判断能量都没有，送PJ 或者PMB，
我觉得不可能吧，除非不看文献，不和人交流，想当然。
GFP不过是比较容时髦些的定位手段罢了，而且是功能性互补的；当然我们也使用了传
统的生化手段确认这个蛋白定位在核，算是不同的方法来确认吧。
一片好文章解决一个或几个问题，关键的是它能引发更多的新的问题，让人去探索，
这才是BIG PICTURE 吧。
“一个新基因有功能，有一些机制，big picture不够”能发到天差地远的刊物上，不
过这主要还是取决于作者写的技巧，当然其它的运气成分也在内。这就是个GAME，愿赌
服输。这就是为什么我到这里来给大家讨教进化的问题，无非是根据已有的DATA，把
PICTURE搞得完美一些。
您谈及其余，我觉得都是CASE BY CASE 的东西。很难讨论出一个所以然。我有郁闷的
地方是进化的角度怎么找到比较合乎逻辑的解释。
谢谢您带来的看法，这样更激起我对这个课题的热爱。

【在 c********b 的大作中提到】

: 其实关键是看data的质量。
: 现在看来确实是又有性状，又有一定的机质，但是具体到每个数据是否有说服力，就决
: 定了文章的层次。比如你的核定位只是做了GFP,又没有先例，要想做一个卖点的话，
: plant cell肯定是过不去的。
: 同样的实验有的能上CNS,,有的就是5 6分，不少见。从你的描述看不出什么big
: picture,在植物里面，一个新基因有功能，有一些机制，big picture不够， plant
: cell 这一级别也是过不去的。一个例子，做蕃茄的基因发现ko性状是不结果，not a
: big deal.

C*h2012-04-07 07:04

14 楼

谢谢您的观点，这些Physiological assays 并非我们不想做，只是钱少人也少，搞不
来手脚，按起葫芦起了瓢，所以我们眼下就抓了提到的几点，这些工作根据我自己的体
会，即便在一个资源非常丰富的大老板手下没有三个人的全力投入也是做不到这一步的
。毕竟小兄弟来我这里做薄后也就两年多一点，而且手上还有其它课题在运作，确实是
辛苦了。所以跟我们这号类型的小罗卜头，日子苦啊。当然学到东西了，算是一份回报。
另：我们在尝试把人的基因转到我们的KNOCKOUT中，看看能不能互补，如果有部分互补
，还是满有价值的。看结果吧，快了，个把月以内吧。这样可能更吸引NS追求的眼球吧。

vivo

【在 a*****x 的大作中提到】

: 可以做一些简单的caspase activity或者cell calcium之类简单的assays，如果有变化
: 也就提供了部门机制。同时可以从另一个方向看这个蛋白敲除是否mimic某种疾病表型
: ，然后这种疾病中是否有很多这个疾病的突变。总之要么弄一点phenotype （in vivo
: level的），要么弄一点mechanism，这样投CNS希望大一些，reviewers喜欢问这些问
: 题。

C*h2012-04-07 07:04

15 楼

已经看过此文，谢谢。

>6

【在 w***r 的大作中提到】

: No mechanistic insight right now, only detailed domain characterization.
: I am not in plant field, but I don't think you could publish in journal IF>6
: at the moment.
: But I do think the question about evolution is interesting.
: I hope this paper is helpful.
: Science. 2010 Dec 17;330(6011):1682-5.
: New genes in Drosophila quickly become essential.
: Chen S, Zhang YE, Long M.
: Abstract
: To investigate the origin and evolution of essential genes, we identified

i*g2012-04-07 07:04

16 楼

楼主做事不是很准确
这年头讲究的是 making story（功能）
你做到 (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型
之间的直接因果关系。
这一步后，就赶紧考虑功能问题
mechanism是精细研究，要是没有story，根本价值很小，投不出去
又： GFP fusion sometimes get artifact

i*g2012-04-07 07:04

17 楼

story 有大，就投多高的刊物
所以，米帝生物科研界，大把大把的好莱坞编剧，讽刺地说

f*u2012-04-07 07:04

18 楼

从进化上来说，并不是天生我才必有用。
一个东西只要对生物体无害，就有可能存在，不一定非要有什么用。
当然也有可能是有什么功能你们还没有发现。
这种现象其实并不少见，很多蛋白把很大一部分去掉了还可以rescue mutant。
所以我建议还是别往这个方向去讨论了，做做功能然后发个中等文章应该是可以的。

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

C*h2012-04-07 07:04

19 楼

多谢指点。

【在 i*****g 的大作中提到】

: 楼主做事不是很准确
: 这年头讲究的是 making story（功能）
: 你做到 (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型
: 之间的直接因果关系。
: 这一步后，就赶紧考虑功能问题
: mechanism是精细研究，要是没有story，根本价值很小，投不出去
: 又： GFP fusion sometimes get artifact

C*h2012-04-07 07:04

20 楼

谢谢您的建议！

【在 f**u 的大作中提到】

: 从进化上来说，并不是天生我才必有用。
: 一个东西只要对生物体无害，就有可能存在，不一定非要有什么用。
: 当然也有可能是有什么功能你们还没有发现。
: 这种现象其实并不少见，很多蛋白把很大一部分去掉了还可以rescue mutant。
: 所以我建议还是别往这个方向去讨论了，做做功能然后发个中等文章应该是可以的。

l*12012-04-07 07:04

21 楼

Bingo
plus
Hochberg M.E. & Hawkins B.A.
Refuges as a predictor of parasitoid diversity. (1992)
Science 255:973-
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17793160
Hawkins B.A., Thomas M. & Hochberg M.E.
Refuge theory and classical biological control. (1993)
Science 262:1429-
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17736826
both were from
//mike.hochberg.free.fr/

【在 f**u 的大作中提到】

: 从进化上来说，并不是天生我才必有用。
: 一个东西只要对生物体无害，就有可能存在，不一定非要有什么用。
: 当然也有可能是有什么功能你们还没有发现。
: 这种现象其实并不少见，很多蛋白把很大一部分去掉了还可以rescue mutant。
: 所以我建议还是别往这个方向去讨论了，做做功能然后发个中等文章应该是可以的。

S*s2012-04-07 07:04

22 楼

Smac is a similar case.
It has homologs in other species, but only first AVPI amino acid is
functional since this protein use this AVPI to antagonize IAPs during
apoptosis.
From what you have described, I guess the essential domain in your protein
may interact with other proteins.

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

o*p2012-04-07 07:04

23 楼

LZ有没有考虑过用GFP抗体免疫共沉淀目标蛋白或突变体，然后用质谱分析相互作用蛋
白？

c*b2012-04-07 07:04

24 楼

可以很负责的说在植物里面，还是核蛋白，只有一个tag那真的是太不容易了。

【在 o******p 的大作中提到】

: LZ有没有考虑过用GFP抗体免疫共沉淀目标蛋白或突变体，然后用质谱分析相互作用蛋
: 白？

A*t2012-04-07 07:04

25 楼

It is difficult to judge since no actual data are presented (of course we
all understand the confidentiality issue). The convincingness of the data as
LZ claimed, the quality of data, and writing/packaging of your story, who
you are (unfortunately) and whom (editors/reviewers) you will deal with are
all important. Wish LZ best luck!

A*t2012-04-07 07:04

26 楼

see email too.

C*h2012-04-07 07:04

27 楼

多谢提供文献！

【在 l**********1 的大作中提到】

: Bingo
: plus
: Hochberg M.E. & Hawkins B.A.
: Refuges as a predictor of parasitoid diversity. (1992)
: Science 255:973-
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17793160
: Hawkins B.A., Thomas M. & Hochberg M.E.
: Refuge theory and classical biological control. (1993)
: Science 262:1429-
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17736826

C*h2012-04-07 07:04

28 楼

多谢您提供的参考实例！

【在 S*********s 的大作中提到】

: Smac is a similar case.
: It has homologs in other species, but only first AVPI amino acid is
: functional since this protein use this AVPI to antagonize IAPs during
: apoptosis.
: From what you have described, I guess the essential domain in your protein
: may interact with other proteins.

C*h2012-04-07 07:04

29 楼

我自己以前的工作中曾经尝试过这种工作，但效果不是很好。所以眼下我们用了另外的
标记。

【在 o******p 的大作中提到】

: LZ有没有考虑过用GFP抗体免疫共沉淀目标蛋白或突变体，然后用质谱分析相互作用蛋
: 白？

C*h2012-04-07 07:04

30 楼

确实，这种做法，成功的例子不多，但也还是有一些，看运气成分的多寡。
生命体系就是那样，往往想有一个有共性的东西，但特异性马上就出来了，真是千人千
面，不带重样的。

【在 c********b 的大作中提到】

: 可以很负责的说在植物里面，还是核蛋白，只有一个tag那真的是太不容易了。

C*h2012-04-07 07:04

31 楼

Thanks! This is the real life. it's tough but promising.

as
are

【在 A******t 的大作中提到】

: It is difficult to judge since no actual data are presented (of course we
: all understand the confidentiality issue). The convincingness of the data as
: LZ claimed, the quality of data, and writing/packaging of your story, who
: you are (unfortunately) and whom (editors/reviewers) you will deal with are
: all important. Wish LZ best luck!

b*n2012-04-07 07:04

32 楼

How about check microarray data to see which genes are co-expressed with
your gene?
You may also want to check if it is an intrinsic disordered protein, which
is known to be involved in protein protein interaction.

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

C*h2012-04-07 07:04

33 楼

这个基因在特定组织有组成性表达的特点，但到目前为止，我们还没有找到诱导表达的
条件，如果只是分析一下野生型和突变体中的表达，觉得价值有限，所以没有开展这个
工作。远一点目标我们想研究蛋白水平的调控，毕竟我们有不同位点的突变体在手。
我现在的看法是确认该蛋白是否属于IUP其实并不重要，关键还是机制的问题，互作蛋
白或者互作因子是什么？

【在 b****n 的大作中提到】

: How about check microarray data to see which genes are co-expressed with
: your gene?
: You may also want to check if it is an intrinsic disordered protein, which
: is known to be involved in protein protein interaction.

A*e2012-04-07 07:04

34 楼

楼主现在的数据是不是这样的，你难道一个全新的mutant，表型为细胞死亡；你克隆
到了基因，该基因是一个全新蛋白，没有任何已知的domain，motif之类的，你blast
database也许得不到任何的信息对吗？然后你证明了是核定位，说明该蛋白是一个核
蛋白。
不知道楼主是什么植物里做的，arabidopsis吗？现在的数据我觉得最好的一点就是
novelty，这年头克隆到全新蛋白，几率很低了。我觉得你首先应该把表型搞得清清楚
楚的，所有的detail，全部量化。你的表型重要不重要，很大程度上决定了你文章的大
小。你表型清楚了，全新表型，全新基因，个人觉得在pnas级别了，若是你下游做清
楚了，解释了表型，还能上档次。

a*s2012-04-07 07:04

35 楼

我是进化生物学领域的，主要做比较基因组。
植物方面我不太熟悉，不过从我个人有限的经验看来，一些难以找到同源并且功能重要
的基因是广泛存在的，我不认为这是一个很新颖的点。很少能见到报道的原因是这方
面的研究很难开展。
另外，楼主是否试过最简单的NCBI的低同源度blast，包括蛋白水平跟核酸水平？跨所
有物种的那种。

b*s2012-04-07 07:04

36 楼

首先恭喜你取得了进展。
你们基因对应表型的工作如果很solid的话，应该可以考虑上plant cell。
因为这个蛋白是个未知功能蛋白，从保守domain和功能domain下手是比较传统的考虑。
但是现在看起来应该是很费时费力，并且很可能很难得到最终的确定结果。我觉得不如
跳过这一步，而直接从其他角度开研究这个蛋白的功能。
如你说的，这个是一个核蛋白（GFP有时候并不完全可靠，free GFP也能定位到核内）
，可以考虑转录因子或者参与Chromatin remodeling等。如果你想搞到这个蛋白的
interator，当然很好。但是会费时费力，尤其是植物里，很多实验很难做。我不建议
朝这个方向。而且很多时候这个很可能跟一堆蛋白有interaction，结果转了一圈又回
到原地。
你还不如做个这个gene的inducible表达系统去看microarray。尤其是当你们已经知道
这个基因的功能跟凋亡和胁迫有关，很可能可以找到一些下游的重要基因。如果运气好
，找到一些重要的下游基因，后面的工作就够你5-10年做的了。
关于杂志.CNS恐怕会有难度，但是plant cell应该很有机会。如果你们还有一些solid
并且有趣的结果，可以试试G&D.
好运！

【在 C*******h 的大作中提到】

: 大约一年半载前，跟我一起奋斗的小兄弟纯属偶然从我们自己建立的EMS突变体库中筛
: 选出一个有细胞死亡现象的突变体。接下来，我们主要做了以下两个方面的工作：
: 确立表现型与基因之间的因果关系
: (A) 锁定细胞死亡，用传统的位置克隆法克隆到了基因。
: (B) 用遗传互补的方式也确证了突变中的点突和包括细胞死亡在内的多种表型之间的
: 直接因果关系。
: 其二是涉及蛋白层次
: (A) 全多肽链丙氨酸替代扫描，通过转基因手段在突变体 (系KNOCKOUT) 背景上转入
: 自身启动子驱动的携带某个位点丙氨酸替代的突变基因，考察替代位点和表型之间的关
: 系。工作量庞大，但所得并不多，虽找到了几个残基位点突变导致蛋白完全没有活性的

C*h2012-04-07 07:04

37 楼

是全新的基因，当然也是全新的突变体，而且公共资源的突变体库中没有这个基因的突
变体，可以说NOVELTY 是断然不成问题的。
我现在的看法是PNAS应该没有太大的问题，也和几个资深PI讨论过。只是人嘛，总有人
心不足蛇吞象的时候，或者说 ambitious。

【在 A*******e 的大作中提到】

: 楼主现在的数据是不是这样的，你难道一个全新的mutant，表型为细胞死亡；你克隆
: 到了基因，该基因是一个全新蛋白，没有任何已知的domain，motif之类的，你blast
: database也许得不到任何的信息对吗？然后你证明了是核定位，说明该蛋白是一个核
: 蛋白。
: 不知道楼主是什么植物里做的，arabidopsis吗？现在的数据我觉得最好的一点就是
: novelty，这年头克隆到全新蛋白，几率很低了。我觉得你首先应该把表型搞得清清楚
: 楚的，所有的detail，全部量化。你的表型重要不重要，很大程度上决定了你文章的大
: 小。你表型清楚了，全新表型，全新基因，个人觉得在pnas级别了，若是你下游做清
: 楚了，解释了表型，还能上档次。

C*h2012-04-07 07:04

38 楼

哦，原来是这样的。有了大量的GENOMES，这方面的工作应该相对于以往容易些了。
各种形式的BLAST被我们翻烂了，但所得信息实在太少，看起来跟孤证一样。所以在这
个基因或者蛋白的进化上，很郁闷。

【在 a*******s 的大作中提到】

: 我是进化生物学领域的，主要做比较基因组。
: 植物方面我不太熟悉，不过从我个人有限的经验看来，一些难以找到同源并且功能重要
: 的基因是广泛存在的，我不认为这是一个很新颖的点。很少能见到报道的原因是这方
: 面的研究很难开展。
: 另外，楼主是否试过最简单的NCBI的低同源度blast，包括蛋白水平跟核酸水平？跨所
: 有物种的那种。

C*h2012-04-07 07:04

39 楼

谢谢！单纯的GFP核定位是有问题，在这一点上，我们做得比较彻底，用了不同的方法。
NS喜欢时髦的方法，引领时代潮流，我钱不够啊，玩不起，所以看起来走的是传统老路
。把能积累的都积累到手，看FUNDING的情况，遗憾的是今年又没有整到钱，只能零打
碎敲。

【在 b******s 的大作中提到】

: 首先恭喜你取得了进展。
: 你们基因对应表型的工作如果很solid的话，应该可以考虑上plant cell。
: 因为这个蛋白是个未知功能蛋白，从保守domain和功能domain下手是比较传统的考虑。
: 但是现在看起来应该是很费时费力，并且很可能很难得到最终的确定结果。我觉得不如
: 跳过这一步，而直接从其他角度开研究这个蛋白的功能。
: 如你说的，这个是一个核蛋白（GFP有时候并不完全可靠，free GFP也能定位到核内）
: ，可以考虑转录因子或者参与Chromatin remodeling等。如果你想搞到这个蛋白的
: interator，当然很好。但是会费时费力，尤其是植物里，很多实验很难做。我不建议
: 朝这个方向。而且很多时候这个很可能跟一堆蛋白有interaction，结果转了一圈又回
: 到原地。

a*s2012-04-07 07:04

40 楼

你说同源性低到难以置信的程度，我想知道一下到底有多低。
你在NCBI上database选others， program 选 Somewhat similar sequences。出来的
第一个hit（自身hit除外）大概多长，百分之几相同，E值，还有score 是多少？前几
个hit分别是哪几个物种？

【在 C*******h 的大作中提到】

: 哦，原来是这样的。有了大量的GENOMES，这方面的工作应该相对于以往容易些了。
: 各种形式的BLAST被我们翻烂了，但所得信息实在太少，看起来跟孤证一样。所以在这
: 个基因或者蛋白的进化上，很郁闷。

i*g2012-04-07 07:04

41 楼

光是细胞死亡这个function, phenotype是不够的
细胞有一千种死法
精细做结构和功能，domain 定位，好的论文可以发到nature cell biology之类的，但
楼主的是植物
另外，标题可以想想sexy一点
比如说：plant to animal transition mediated through signaling complex
assembled by domainX of protein Y
nerve regeneration regluated by protein Y from plants
blackhole formation required domain X of 楼主proteinX during PCD process
indispensable role of 楼主protein Y regulated with domain X associated
transcriptional kinase complex in hypersonic space shuttle construction
你看，我随便就想出一些乱七八糟的文章题目，这个就叫sexy title，我们这个时代的
玩法

l*12012-04-07 07:04

42 楼

给你介绍几个mentors 吧
ps: LZ 老板有一大堆CNS last/corresponding authorship records >=3 的话以下请略去不用看啦
瑞士日内瓦大学的Prof. Jerzy Paszkowski
//www.unige.ch/sciences/biologie/plantsciences/grpaszkowski/Paszkowski_lab/
Members.html
his team Nature 2011 paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21399627
和
法国克莱蒙费朗第一大学 Universite De Clermont - FerrandⅠ
Olivier Mathieu CR - CNRS
his Nature (2009) last/corresponding author paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19734882
//www.gred-clermont.fr/index.php?option=com_content&task=view&id=40&Itemid=
33
楼主可以试探性地询问下你老板: 有兴趣和瑞士或法国Lab 合作不
如PI他/她有兴趣
就直接请你老板联系欧洲的PI 用国际传真比较好然后打国际电话谈
如任何一mentor 答应和你老板合作的话 Nature 2013 accepted >75% (possible)
then 2014 就会搞定纺锭喽
然后再来篇Science一作的话
楼主也就是下一个 sunnyday within Plant Science.

法。
----
进入未名形象秀
我的博客
[回复]
[ 14 ]
发信人: Clonetech (Clonetech), 信区: Biology
标题: Re: 进化有几多摇鼠点标问仙人
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Apr 7 21:09:42 2012, 美东)
谢谢您的观点，这些Physiological assays 并非我们不想做，只是钱少人也少，搞不
来手脚，按起葫芦起了瓢，所以我们眼下就抓了提到的几点，这些工作根据我自己的体
会，即便在一个资源非常丰富的大老板手下没有三个人的全力投入也是做不到这一步的
。毕竟小兄弟来我这里做薄后也就两年多一点，而且手上还有其它课题在运作，确实是
辛苦了。所以跟我们这号类型的小罗卜头，日子苦啊。当然学到东西了，算是一份回报。
另：我们在尝试把人的基因转到我们的KNOCKOUT中，看看能不能互补，如果有部分互补
，还是满有价值的。看结果吧，快了，个把月以内吧。这样可能更吸引NS追求的眼球吧。
vivo

【在 C*******h 的大作中提到】

: 谢谢！单纯的GFP核定位是有问题，在这一点上，我们做得比较彻底，用了不同的方法。
: NS喜欢时髦的方法，引领时代潮流，我钱不够啊，玩不起，所以看起来走的是传统老路
: 。把能积累的都积累到手，看FUNDING的情况，遗憾的是今年又没有整到钱，只能零打
: 碎敲。

l*12012-04-07 07:04

43 楼

De rien.

【在 C*******h 的大作中提到】

: 多谢提供文献！

C*h2012-04-07 07:04

44 楼

我觉得这种工作和大牛合作,纯粹从发文章拿饭鼎的角度来说当然有利.
但也觉得特别伤自己的人品.有绑大款的意思在内.而我这人似乎有反骨头,
对那些所谓的大牛真的不屑.当然, 业内也有我尊重的长辈, 看情况吧.

请略去不用看啦

【在 l**********1 的大作中提到】

: 给你介绍几个mentors 吧
: ps: LZ 老板有一大堆CNS last/corresponding authorship records >=3 的话以下请略去不用看啦
: 瑞士日内瓦大学的Prof. Jerzy Paszkowski
: //www.unige.ch/sciences/biologie/plantsciences/grpaszkowski/Paszkowski_lab/
: Members.html
: his team Nature 2011 paper:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21399627
: 和
: 法国克莱蒙费朗第一大学 Universite De Clermont - FerrandⅠ
: Olivier Mathieu CR - CNRS

C*h2012-04-07 07:04

45 楼

是有那么点意思, 呵呵, 我们这个时代的科学家玩性感标题还真是空前,虽然不能说绝
后.

【在 i*****g 的大作中提到】

: 光是细胞死亡这个function, phenotype是不够的
: 细胞有一千种死法
: 精细做结构和功能，domain 定位，好的论文可以发到nature cell biology之类的，但
: 楼主的是植物
: 另外，标题可以想想sexy一点
: 比如说：plant to animal transition mediated through signaling complex
: assembled by domainX of protein Y
: nerve regeneration regluated by protein Y from plants
: blackhole formation required domain X of 楼主proteinX during PCD process
: indispensable role of 楼主protein Y regulated with domain X associated

l*12012-04-07 07:04

46 楼

叶家老三那赵姨娘要暗笑了

【在 C*******h 的大作中提到】

: 我觉得这种工作和大牛合作,纯粹从发文章拿饭鼎的角度来说当然有利.
: 但也觉得特别伤自己的人品.有绑大款的意思在内.而我这人似乎有反骨头,
: 对那些所谓的大牛真的不屑.当然, 业内也有我尊重的长辈, 看情况吧.
:
: 请略去不用看啦

C*h2012-04-07 07:04

47 楼

请查邮箱.

【在 a*******s 的大作中提到】

:
: 你说同源性低到难以置信的程度，我想知道一下到底有多低。
: 你在NCBI上database选others， program 选 Somewhat similar sequences。出来的
: 第一个hit（自身hit除外）大概多长，百分之几相同，E值，还有score 是多少？前几
: 个hit分别是哪几个物种？

C*h2012-04-07 07:04

48 楼

这里头有什么典故, 不好意思地问, 我这人神经稀稀, 有点不接地气.

【在 l**********1 的大作中提到】

: 叶家老三那赵姨娘要暗笑了

l*12012-04-07 07:04

49 楼

http://www.mitbbs.com/article_t/Military/37465333.html
//www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-8%2F&q=叶家+老三+&btnG=Hae&as_
sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-ab&q=叶家+赵+姨娘+++site:www.mitbbs.com&
oq=叶家+赵+姨娘+++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_l=serp.12...
29610l30987l1l32228l4l4l0l0l0l0l113l358l3j1l4l0.frgbld.&pbx=1&bav=on.2,or.r_
gc.r_pw.r_qf.,cf.osb&fp=47b381e3cc04075a&biw=1198&bih=596

【在 C*******h 的大作中提到】

: 这里头有什么典故, 不好意思地问, 我这人神经稀稀, 有点不接地气.

C*h2012-04-07 07:04

50 楼

SIGN! 科学界这个圈子只是全社会的一个部分.中外一样.程度不同罢了.

com&
r_

【在 l**********1 的大作中提到】

: http://www.mitbbs.com/article_t/Military/37465333.html
: //www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-8%2F&q=叶家+老三+&btnG=Hae&as_
: sitesearch=utu.fi#hl=en&sclient=psy-ab&q=叶家+赵+姨娘+++site:www.mitbbs.com&
: oq=叶家+赵+姨娘+++site:www.mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_l=serp.12...
: 29610l30987l1l32228l4l4l0l0l0l0l113l358l3j1l4l0.frgbld.&pbx=1&bav=on.2,or.r_
: gc.r_pw.r_qf.,cf.osb&fp=47b381e3cc04075a&biw=1198&bih=596

l*12012-04-07 07:04

51 楼

nowadays H-O-U-Q-I-N is controlled by 赵姨娘的叶家和还有几家吧啊
ZZ
1971年林彪死后，叶剑英主持军委工作，并在1973年的中共“十大”上成为党的副主
席，至此叶剑英在“文革”期间的崛起达到了顶峰。毛泽东在自己最后的时日里又想贬
黜叶剑英。1976年“四。五事件”之后，毛甚至不让叶剑英参加政治局会议。但当时毛
实际上已无法控制局面，即便有心贬黜叶剑英，也已无力处置。1976年逮捕毛夫人江青
等“四人帮”时，叶剑英的位置与作用已别无他人可以替代。
//www.21ccom.net/articles/lsjd/lsjj/article_2010062011750_2.html

【在 C*******h 的大作中提到】

: SIGN! 科学界这个圈子只是全社会的一个部分.中外一样.程度不同罢了.
:
: com&
: r_

A*e2012-04-07 07:04

52 楼

cns的选文标准是novelty和general sense。另外人家还会考虑你文章被引用率。全新
表型和全新基因，novelty足够了。你到任何的cns上找一篇从mutant做起克隆基因的
paper，那个基因没有个motif domain之类的。你在基因组上可以找到很多没有注视的
基因，但是这些基因的功能做起来谈何容易，从0开始。你任何在这个基因上的工作都
是开创性的。也可以顺着你的说法说，是因为这方面的研究难以开展。别人难以开展的
东西你开展了，是不是说明你的工作意义了。个人觉得新基因新表型这是最大的卖点。
搁往年，这些就足够上ns了。但现在不行了，你得做下游，解释表型。还是那句话，
表型重要与否，直接决定文章大小。
若我市楼主的话，既然你互补成功了，我会尽力做下游，找到它调控那条pathway，而
不是focus在那个氨基酸重要，这些或许是下一篇文章，你的核定位既然做出了，已经
没有什么太大问题了，不要纠缠于GFP fusion是不是足够好，cns上大把的用这方法定
位的。expression profiling是必须的，RNA seq或microarray，或许找到target。还
有就是查查paper，看看有无相关表型的mutant，做做cross什么的。这些完成了，觉
得差不多cns了，当然还要看你后面的狮子是否足够大，如果第一篇还是有点悬。但是
这东西要是放那些有名实验室，上cns机会很大。很好奇楼主没有在mutant database
找到，要知道现在的基因突变都几乎饱和了，除了那些致死基因。你这个是loss of
function吗

C*h2012-04-07 07:04

53 楼

Loss of function，现在认为突变覆盖了每个基因，是基于认定的基因组的所有
ANNOTATION 是正确的这么个假设，其实细胞遗传学的人(我的一个合作者)发现物理图
谱即便是ARABIDOPSIS，不少地方还是错的。

【在 A*******e 的大作中提到】

: cns的选文标准是novelty和general sense。另外人家还会考虑你文章被引用率。全新
: 表型和全新基因，novelty足够了。你到任何的cns上找一篇从mutant做起克隆基因的
: paper，那个基因没有个motif domain之类的。你在基因组上可以找到很多没有注视的
: 基因，但是这些基因的功能做起来谈何容易，从0开始。你任何在这个基因上的工作都
: 是开创性的。也可以顺着你的说法说，是因为这方面的研究难以开展。别人难以开展的
: 东西你开展了，是不是说明你的工作意义了。个人觉得新基因新表型这是最大的卖点。
: 搁往年，这些就足够上ns了。但现在不行了，你得做下游，解释表型。还是那句话，
: 表型重要与否，直接决定文章大小。
: 若我市楼主的话，既然你互补成功了，我会尽力做下游，找到它调控那条pathway，而
: 不是focus在那个氨基酸重要，这些或许是下一篇文章，你的核定位既然做出了，已经