false discovery rate# Biology - 生物学
d*x
1 楼
AMEX HHonor第一个月的statement上显示的account number, 该怎么用这个number去注
册HHonor的会员？
每次注册都会分配一个新的account number，该怎么link信用卡和hhonor会员帐号呢？
册HHonor的会员？
每次注册都会分配一个新的account number，该怎么link信用卡和hhonor会员帐号呢？
w*a
2 楼
05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
，叫等。
还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
里了？
十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
，叫等。
还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
里了？
G*G
3 楼
when you calculate p-value, is it necessary to do correction?
what I mean is it is really better when you use corrected p-value
than when you use orignal p-value.
what I mean is it is really better when you use corrected p-value
than when you use orignal p-value.
J*i
4 楼
打电话给HH 要求合并账户不就ok了
【在 d*****x 的大作中提到】
: AMEX HHonor第一个月的statement上显示的account number, 该怎么用这个number去注
: 册HHonor的会员？
: 每次注册都会分配一个新的account number，该怎么link信用卡和hhonor会员帐号呢？
【在 d*****x 的大作中提到】
: AMEX HHonor第一个月的statement上显示的account number, 该怎么用这个number去注
: 册HHonor的会员？
: 每次注册都会分配一个新的account number，该怎么link信用卡和hhonor会员帐号呢？
B*g
5 楼
bless，发包子，攒人品
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
p*m
6 楼
显然啊
【在 G***G 的大作中提到】
: when you calculate p-value, is it necessary to do correction?
: what I mean is it is really better when you use corrected p-value
: than when you use orignal p-value.
【在 G***G 的大作中提到】
: when you calculate p-value, is it necessary to do correction?
: what I mean is it is really better when you use corrected p-value
: than when you use orignal p-value.
d*x
7 楼
可以合并账户啊，ok，电话试试
多谢～
【在 J*******i 的大作中提到】
: 打电话给HH 要求合并账户不就ok了
多谢～
【在 J*******i 的大作中提到】
: 打电话给HH 要求合并账户不就ok了
i*s
8 楼
bless，发包子，攒人品
G*G
9 楼
how to know the result is better after corrected p-value?
could you recommend some papers about the advantage?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 显然啊
could you recommend some papers about the advantage?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 显然啊
a*d
10 楼
bless
p*m
11 楼
都不用看paper啊 从p-value的基本定义就知道multiple comparison不做correction会
带来第一类错误的显著增加。
【在 G***G 的大作中提到】
: how to know the result is better after corrected p-value?
: could you recommend some papers about the advantage?
带来第一类错误的显著增加。
【在 G***G 的大作中提到】
: how to know the result is better after corrected p-value?
: could you recommend some papers about the advantage?
D*e
12 楼
bless!
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
D*a
13 楼
你得说说什么数据什么处理什么test啊
l*e
14 楼
bless
G*G
15 楼
I have another question.
suppose you identified 10 differentially expressed genes using original
p-value. (A)
and you identified another 10 differentially expressed genes using corrected
p-value. (B)
how can we know computationally that B is better than A?
One thing is true that currently there is no any markers which has been
validated by various experiments.
if this is ture, A is better than B or B is better than A doesn't make any
sense. Because we don't know the true marker at all.
If we don't know the true markers, how can we know B is better than A?
If we know the true markers, why do we waste money to do the experiment
again?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 显然啊
suppose you identified 10 differentially expressed genes using original
p-value. (A)
and you identified another 10 differentially expressed genes using corrected
p-value. (B)
how can we know computationally that B is better than A?
One thing is true that currently there is no any markers which has been
validated by various experiments.
if this is ture, A is better than B or B is better than A doesn't make any
sense. Because we don't know the true marker at all.
If we don't know the true markers, how can we know B is better than A?
If we know the true markers, why do we waste money to do the experiment
again?
【在 p*****m 的大作中提到】
: 显然啊
P*e
16 楼
bless
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
G*G
17 楼
试验证明过这个第一类错误吗？
我们有真正的真集吗？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 都不用看paper啊 从p-value的基本定义就知道multiple comparison不做correction会
: 带来第一类错误的显著增加。
我们有真正的真集吗？
【在 p*****m 的大作中提到】
: 都不用看paper啊 从p-value的基本定义就知道multiple comparison不做correction会
: 带来第一类错误的显著增加。
r*0
18 楼
bless
p*m
19 楼
这个怎么试验证明啊。。我们做的统计分析本来就是用子集来推测全集的分布的
【在 G***G 的大作中提到】
: 试验证明过这个第一类错误吗？
: 我们有真正的真集吗？
【在 G***G 的大作中提到】
: 试验证明过这个第一类错误吗？
: 我们有真正的真集吗？
B*o
20 楼
Bless
05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.十一
月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing ........
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【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.十一
月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing ........
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.39
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
G*G
21 楼
没有试验验证，为什么说引入了一类错误。
这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
reviewer对你的结果的相信度。
为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个怎么试验证明啊。。我们做的统计分析本来就是用子集来推测全集的分布的
这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
reviewer对你的结果的相信度。
为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个怎么试验证明啊。。我们做的统计分析本来就是用子集来推测全集的分布的
p*l
22 楼
bless
M*P
23 楼
t结果应该一样
【在 G***G 的大作中提到】
: I have another question.
: suppose you identified 10 differentially expressed genes using original
: p-value. (A)
: and you identified another 10 differentially expressed genes using corrected
: p-value. (B)
: how can we know computationally that B is better than A?
: One thing is true that currently there is no any markers which has been
: validated by various experiments.
: if this is ture, A is better than B or B is better than A doesn't make any
: sense. Because we don't know the true marker at all.
【在 G***G 的大作中提到】
: I have another question.
: suppose you identified 10 differentially expressed genes using original
: p-value. (A)
: and you identified another 10 differentially expressed genes using corrected
: p-value. (B)
: how can we know computationally that B is better than A?
: One thing is true that currently there is no any markers which has been
: validated by various experiments.
: if this is ture, A is better than B or B is better than A doesn't make any
: sense. Because we don't know the true marker at all.
h*y
24 楼
Bless
y*j
25 楼
基本概率问题，我这种土人都能回答,p=0.05时候，１００随机表达的基因，中间平均
会有５个显著。
ｐｖａｌｕｅ和ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ完全两个不同的量度。
ｐｖａｌｕｅ只说明这两个东西是不是来自一个群体。如果ｐ很小说明这两个东西很大
概率上是不同的，具体有多大的不同，是不能确定的。例如你方差很小的时候mean 1和
mean 1.1会有区别，但是有可能1和1.1的区别在统计上显著但是生物学上没有意义。
但是方差大了的时候mean1 和mean10可能统计上不显著。这里说明这两个东西可能来自
一个群体，如果你不相信，就要算一下power，如果power很小的话很可能是你的实验重
复不够，加些实验次数解决了。
fold change上的区别对与生物体来说可能更重要，但是这个fold change是真正的差别
还是随机误差呢？p value是回答的这个问题。
另外仔细想想fold change也可能是无意义的，尤其是在基因组水平的研究。例如，一
个基因可能只需要2-4个特异的转录因子，group A 平均表达100个，group B平均表达
1000,其实对生物的影响也是一样的。
老夫经常考虑统计学显著，与生物学显着的关系，经常是越想越烦 。
【在 G***G 的大作中提到】
: 没有试验验证，为什么说引入了一类错误。
: 这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
: 其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
: reviewer对你的结果的相信度。
: 为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
: 说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
: 更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
: 但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
: 但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
: 不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
会有５个显著。
ｐｖａｌｕｅ和ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ完全两个不同的量度。
ｐｖａｌｕｅ只说明这两个东西是不是来自一个群体。如果ｐ很小说明这两个东西很大
概率上是不同的，具体有多大的不同，是不能确定的。例如你方差很小的时候mean 1和
mean 1.1会有区别，但是有可能1和1.1的区别在统计上显著但是生物学上没有意义。
但是方差大了的时候mean1 和mean10可能统计上不显著。这里说明这两个东西可能来自
一个群体，如果你不相信，就要算一下power，如果power很小的话很可能是你的实验重
复不够，加些实验次数解决了。
fold change上的区别对与生物体来说可能更重要，但是这个fold change是真正的差别
还是随机误差呢？p value是回答的这个问题。
另外仔细想想fold change也可能是无意义的，尤其是在基因组水平的研究。例如，一
个基因可能只需要2-4个特异的转录因子，group A 平均表达100个，group B平均表达
1000,其实对生物的影响也是一样的。
老夫经常考虑统计学显著，与生物学显着的关系，经常是越想越烦 。
【在 G***G 的大作中提到】
: 没有试验验证，为什么说引入了一类错误。
: 这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
: 其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
: reviewer对你的结果的相信度。
: 为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
: 说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
: 更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
: 但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
: 但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
: 不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
a*a
26 楼
bless
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
time
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
p*m
27 楼
说实话 你要觉得统计是伪科学那谁也没办法啊 呵呵。。
【在 G***G 的大作中提到】
: 没有试验验证，为什么说引入了一类错误。
: 这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
: 其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
: reviewer对你的结果的相信度。
: 为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
: 说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
: 更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
: 但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
: 但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
: 不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
【在 G***G 的大作中提到】
: 没有试验验证，为什么说引入了一类错误。
: 这篇文章关于type one error的，当初是怎么逃过reviewer的眼睛的？
: 其实，根据我多年p-value的经验，我认为p-value corrected与否只是改变
: reviewer对你的结果的相信度。
: 为什么，因为永远也没有真集来验证和比较到底哪个p-value更准。
: 说白了，p-value是不是比fold change更好，目前也没有实验证明。
: 更说白了，同一个disease的实验，张三实验室得出不同于别的实验室的marker。
: 但是谁也说明不了谁发现的marker是真正的marker。
: 但是他们都使用了具有false discovery rate的软件来计算。
: 不知道这种false discoery rate是怎么算出来的。
l*o
28 楼
bless
G*G
29 楼
其实就是因为我们没有真集。
所以不知道用什么方法虑噪。
还有一个trick，就是threshold如何选取。如果你认为corrected pvalue最好，
或者你认为fold change 最好，或者你认为常规pvalue最好，
那么这个threshold取多少呢？ 显然这个对结果影响很大。
我经常看到一些人的论文，对同一个数据集，前后发表的不同论文中，居然采用
不同的threshold来得到不同意义的markers。
也就是说，threshold是随意的，是你认为什么结果能打动reviewer，你就用什么
threshold。
这就是目前科学界的状态。
【在 y***j 的大作中提到】
: 基本概率问题，我这种土人都能回答,p=0.05时候，１００随机表达的基因，中间平均
: 会有５个显著。
: ｐｖａｌｕｅ和ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ完全两个不同的量度。
: ｐｖａｌｕｅ只说明这两个东西是不是来自一个群体。如果ｐ很小说明这两个东西很大
: 概率上是不同的，具体有多大的不同，是不能确定的。例如你方差很小的时候mean 1和
: mean 1.1会有区别，但是有可能1和1.1的区别在统计上显著但是生物学上没有意义。
: 但是方差大了的时候mean1 和mean10可能统计上不显著。这里说明这两个东西可能来自
: 一个群体，如果你不相信，就要算一下power，如果power很小的话很可能是你的实验重
: 复不够，加些实验次数解决了。
: fold change上的区别对与生物体来说可能更重要，但是这个fold change是真正的差别
所以不知道用什么方法虑噪。
还有一个trick，就是threshold如何选取。如果你认为corrected pvalue最好，
或者你认为fold change 最好，或者你认为常规pvalue最好，
那么这个threshold取多少呢？ 显然这个对结果影响很大。
我经常看到一些人的论文，对同一个数据集，前后发表的不同论文中，居然采用
不同的threshold来得到不同意义的markers。
也就是说，threshold是随意的，是你认为什么结果能打动reviewer，你就用什么
threshold。
这就是目前科学界的状态。
【在 y***j 的大作中提到】
: 基本概率问题，我这种土人都能回答,p=0.05时候，１００随机表达的基因，中间平均
: 会有５个显著。
: ｐｖａｌｕｅ和ｆｏｌｄ ｃｈａｎｇｅ完全两个不同的量度。
: ｐｖａｌｕｅ只说明这两个东西是不是来自一个群体。如果ｐ很小说明这两个东西很大
: 概率上是不同的，具体有多大的不同，是不能确定的。例如你方差很小的时候mean 1和
: mean 1.1会有区别，但是有可能1和1.1的区别在统计上显著但是生物学上没有意义。
: 但是方差大了的时候mean1 和mean10可能统计上不显著。这里说明这两个东西可能来自
: 一个群体，如果你不相信，就要算一下power，如果power很小的话很可能是你的实验重
: 复不够，加些实验次数解决了。
: fold change上的区别对与生物体来说可能更重要，但是这个fold change是真正的差别
s*n
30 楼
bless
G*G
31 楼
统计在没有真集之前，难道不是伪科学吗？
google是最好的例子。他的data mining 算法就是基于统计学的。
但是人们发现很多搜索不准。
但是人们发现google是搜索最准的一个engine。同事人们也认识到，
google的搜索引擎当中，人为输入了很多东西。
也就是说 加入了 if else 语句，这种和data mining 并存的判断。
if 你输入google，then 第一条记录就是google.com
而不是经过统计学分析，google是pvalue最低的一条记录。
我们今天讨论的和真伪科学无关。 F=Ma 谁敢说它不对？
但是当下一个牛顿出现的时候，它绝对是错误的了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 说实话 你要觉得统计是伪科学那谁也没办法啊 呵呵。。
google是最好的例子。他的data mining 算法就是基于统计学的。
但是人们发现很多搜索不准。
但是人们发现google是搜索最准的一个engine。同事人们也认识到，
google的搜索引擎当中，人为输入了很多东西。
也就是说 加入了 if else 语句，这种和data mining 并存的判断。
if 你输入google，then 第一条记录就是google.com
而不是经过统计学分析，google是pvalue最低的一条记录。
我们今天讨论的和真伪科学无关。 F=Ma 谁敢说它不对？
但是当下一个牛顿出现的时候，它绝对是错误的了。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 说实话 你要觉得统计是伪科学那谁也没办法啊 呵呵。。
s*d
32 楼
bless
y*j
33 楼
真集是啥东西？google了一下都是美女写真集。
你说的情况，不就是审稿的觉得用false discovery rate比较好，你非要用没有矫正过
的p值么。跟你说的每个人一个标准一个意思么。没有矫正的过的pvalue肯定不十分适用于multtest，原因我上面已经说过了
。或者你不怕假阳性，这样搞也可以，后续验证的工作量等着你。
而且为什么不能同时用调整后pvalue（当然这里有不同方法选择的问题）和fold change（有几倍选择的问题），但是跟没调整过的p值来比，已经不是核心问题了。
【在 G***G 的大作中提到】
: 其实就是因为我们没有真集。
: 所以不知道用什么方法虑噪。
: 还有一个trick，就是threshold如何选取。如果你认为corrected pvalue最好，
: 或者你认为fold change 最好，或者你认为常规pvalue最好，
: 那么这个threshold取多少呢？ 显然这个对结果影响很大。
: 我经常看到一些人的论文，对同一个数据集，前后发表的不同论文中，居然采用
: 不同的threshold来得到不同意义的markers。
: 也就是说，threshold是随意的，是你认为什么结果能打动reviewer，你就用什么
: threshold。
: 这就是目前科学界的状态。
你说的情况，不就是审稿的觉得用false discovery rate比较好，你非要用没有矫正过
的p值么。跟你说的每个人一个标准一个意思么。没有矫正的过的pvalue肯定不十分适用于multtest，原因我上面已经说过了
。或者你不怕假阳性，这样搞也可以，后续验证的工作量等着你。
而且为什么不能同时用调整后pvalue（当然这里有不同方法选择的问题）和fold change（有几倍选择的问题），但是跟没调整过的p值来比，已经不是核心问题了。
【在 G***G 的大作中提到】
: 其实就是因为我们没有真集。
: 所以不知道用什么方法虑噪。
: 还有一个trick，就是threshold如何选取。如果你认为corrected pvalue最好，
: 或者你认为fold change 最好，或者你认为常规pvalue最好，
: 那么这个threshold取多少呢？ 显然这个对结果影响很大。
: 我经常看到一些人的论文，对同一个数据集，前后发表的不同论文中，居然采用
: 不同的threshold来得到不同意义的markers。
: 也就是说，threshold是随意的，是你认为什么结果能打动reviewer，你就用什么
: threshold。
: 这就是目前科学界的状态。
C*X
34 楼
big bless to you
D*a
35 楼
不是最近有篇文章讨论大规模测序的统计问题么，版上就有。
K*7
36 楼
Huge bless
l*1
37 楼
表现亮眼 7位华裔华人获美国国家科学院院士或外籍院士
2012-May-03 19:42:27 美国中文网
qq32964
评论日期：2012-May-03 22:09:38
生物是软科学。 甚至是伪科学。
//news.creaders.net/us/newsViewer.php?nid=514431&id=1150053
LZ 就是那位qq32964 or at least holds similar opinion?
2012-May-03 19:42:27 美国中文网
qq32964
评论日期：2012-May-03 22:09:38
生物是软科学。 甚至是伪科学。
//news.creaders.net/us/newsViewer.php?nid=514431&id=1150053
LZ 就是那位qq32964 or at least holds similar opinion?
G*4
38 楼
Bless!
l*1
39 楼
sure
搞GWAS SNP RNA-seq 必看的 references:
@ARTICLE{Holmans09,
AUTHOR = {P. Holmans and E. K. Green and J. S. Pahwa and M. A.
Ferreira and S. M. Purcell and P. Sklar and {the Wellcome Trust Case-
Control Consortium} and M. J. Owen and M. C. {O'Donovan} and N. Craddock},
TITLE = {Gene Ontology Analysis of GWA Study Data Sets
Provides Insights into the Biology of Bipolar Disorder},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2009},
volume = {85(1)},
pages = {13-24},
}
@ARTICLE{Purcell07,
AUTHOR = {S. M. Purcell and B. Neale and K. Todd-Brown and L.
Thomas and M. A. Ferreira and D. Bender and J. Maller and P. Sklar and P. I.
{de Bakker} and {M. J. Daly {\em et al.}}},
TITLE = {PLINK: a toolset for whole-genome association and
population-based linkage analysis},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2007},
volume = {81},
pages = {559-575},
}
@ARTICLE{WB07,
AUTHOR = {K. Wang and M. Li and M. Bucan},
TITLE = {Pathway-Based Approaches for Analysis of Genomewide
Association Studies},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2007},
volume = {81(6)},
pages = {1278-1283},
}
@ARTICLE{Chen10,
AUTHOR = {Lin S. Chen and Carolyn M. Hutter and John D. Potter
and Yan Liu and Ross L. Prentice and Ulrike Peters and Li Hsu},
TITLE = {Insights into Colon Cancer Etiology via a
Regularized Approach to Gene Set Analysis of GWAS Data},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2010},
volume = {86(6)},
pages = {860-871},
}
from
//linchen.fhcrc.org/index.html
Software
SNPath: Chen LS (2010), an R software package for pathway analysis in SNP
association study.
[Source Code] Icon try to click here...
Software Package for GRASS Algorithm and Three Alternative Algorithms
Description
The SNPath package contains algorithms for evaluating the association between disease risk and a set of
SNPs that belongs to the same functional gene set or pathways.
//linchen.fhcrc.org/grass.html
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20560206
Ps:
original link was from:
同主题阅读：Re: 这个是美女么？
[版面:生物学][首篇作者：ratluos] , 2012年04月19日
[回复]
[ 32 ]
发信人: nanog (大家好), 信区: Biology
标 题: Re: 这个是美女么？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 9 18:12:12 2012, 美东)
这个更漂亮啊：
http://linchen.fhcrc.org/index.html
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31660111_0_2.html
&
[回复]
[ 5 ]
发信人: XOXO2012 (♂♀), 信区: Biology
标 题: Re: NGS分析嘴仗：RNA studies under fire
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 27 10:59:26 2012, 美东)
类似的文章还有很多。
都是在数学或统计，或是mcmc“近似”计算时出问题。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31662031.html
【在 D*a 的大作中提到】
: 不是最近有篇文章讨论大规模测序的统计问题么，版上就有。
搞GWAS SNP RNA-seq 必看的 references:
@ARTICLE{Holmans09,
AUTHOR = {P. Holmans and E. K. Green and J. S. Pahwa and M. A.
Ferreira and S. M. Purcell and P. Sklar and {the Wellcome Trust Case-
Control Consortium} and M. J. Owen and M. C. {O'Donovan} and N. Craddock},
TITLE = {Gene Ontology Analysis of GWA Study Data Sets
Provides Insights into the Biology of Bipolar Disorder},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2009},
volume = {85(1)},
pages = {13-24},
}
@ARTICLE{Purcell07,
AUTHOR = {S. M. Purcell and B. Neale and K. Todd-Brown and L.
Thomas and M. A. Ferreira and D. Bender and J. Maller and P. Sklar and P. I.
{de Bakker} and {M. J. Daly {\em et al.}}},
TITLE = {PLINK: a toolset for whole-genome association and
population-based linkage analysis},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2007},
volume = {81},
pages = {559-575},
}
@ARTICLE{WB07,
AUTHOR = {K. Wang and M. Li and M. Bucan},
TITLE = {Pathway-Based Approaches for Analysis of Genomewide
Association Studies},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2007},
volume = {81(6)},
pages = {1278-1283},
}
@ARTICLE{Chen10,
AUTHOR = {Lin S. Chen and Carolyn M. Hutter and John D. Potter
and Yan Liu and Ross L. Prentice and Ulrike Peters and Li Hsu},
TITLE = {Insights into Colon Cancer Etiology via a
Regularized Approach to Gene Set Analysis of GWAS Data},
JOURNAL = {The American Journal of Human Genetics},
YEAR = {2010},
volume = {86(6)},
pages = {860-871},
}
from
//linchen.fhcrc.org/index.html
Software
SNPath: Chen LS (2010), an R software package for pathway analysis in SNP
association study.
[Source Code] Icon try to click here...
Software Package for GRASS Algorithm and Three Alternative Algorithms
Description
The SNPath package contains algorithms for evaluating the association between disease risk and a set of
SNPs that belongs to the same functional gene set or pathways.
//linchen.fhcrc.org/grass.html
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20560206
Ps:
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同主题阅读：Re: 这个是美女么？
[版面:生物学][首篇作者：ratluos] , 2012年04月19日
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[ 32 ]
发信人: nanog (大家好), 信区: Biology
标 题: Re: 这个是美女么？
发信站: BBS 未名空间站 (Wed May 9 18:12:12 2012, 美东)
这个更漂亮啊：
http://linchen.fhcrc.org/index.html
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31660111_0_2.html
&
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[ 5 ]
发信人: XOXO2012 (♂♀), 信区: Biology
标 题: Re: NGS分析嘴仗：RNA studies under fire
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 27 10:59:26 2012, 美东)
类似的文章还有很多。
都是在数学或统计，或是mcmc“近似”计算时出问题。
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31662031.html
【在 D*a 的大作中提到】
: 不是最近有篇文章讨论大规模测序的统计问题么，版上就有。
s*e
40 楼
bless!
c*t
41 楼
Bless
05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.十一
月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing ........
★ Sent from iPhone App: iReader Mitbbs Lite 7.39
【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
: 的两个senators，和本辖区的congressman，都不管用，人家说的TSC processing time
: 不到不给处理, TSC不给做SR,同样理由. Infopass做了两次, 人家说你的case一切正常
: ，叫等。
: 还有十月的人没绿吗？我黔驴技穷了,请大家帮我想想办法, 我的case是不是stuck在哪
: 里了？
05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.十一
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n*n
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43 楼
big bless
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46 楼
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b*g
47 楼
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48 楼
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Bless!
s*d
51 楼
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big bless!
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53 楼
bless ！ Hope you will get it soon.
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【在 w******a 的大作中提到】
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i*n
54 楼
big bless!
s*p
55 楼
请科普一下，啥叫PWMB？
c*s
56 楼
bless,
你有没RFE，这个不太正常。
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y*r
57 楼
Bless!
h*8
58 楼
bless
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【在 w******a 的大作中提到】
: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
: 十一月打了指纹，十二月收到EAD和AP，TSC processing time 还在04/2011,找了本州
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: 05/2007 PD, PWMB, 10/12 RD, TSC, 还有人没有绿吗？只能在版上求大大的祝福.
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w*a
59 楼
RFE也没有，EAD, AP, FP都正常，从办绿卡开始就在一个公司呆着，我的名字是两个字
，比较简单，不知道是不是这个原因卡住了。
【在 c**s 的大作中提到】
: bless,
: 你有没RFE，这个不太正常。
:
: time
，比较简单，不知道是不是这个原因卡住了。
【在 c**s 的大作中提到】
: bless,
: 你有没RFE，这个不太正常。
:
: time
b*s
60 楼
Bless!
s*1
61 楼
bless，发包子，攒人品
m*t
62 楼
bless
r*0
63 楼
bless
l*b
64 楼
Bless
l*n
65 楼
bless
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