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Single-molecule biochemistry的统计处理？

Single-molecule biochemistry的统计处理？# Biology - 生物学

e*y2012-05-09 07:05

1 楼

我LD最近两个大公司on-site, 其中一个已给offer近一个星期,指望我们这周五前给答
复. 第二家口头承诺有offer,但是细节还没落实,在下周中才可能会有消息.
请问,如何和第一个公司申请延长等待时间? 再延一个星期不离谱吧?该如何措辞呢?
多谢指教!

d*e2012-05-09 07:05

2 楼

他们都知道世人将来会为不同宗而有纷争，迷茫，为何不提前宣示？避免纷争？
比如佛不说儒道，基督。基督耶稣不提佛道儒。。。
各宗应该是接应不同根基的人，同一源吧？多谢！

s*92012-05-09 07:05

3 楼

统计问题纠结了好久，想咨询一下：
以前做biochemistry，用纯化样品，比如酶，triplicate结果就可以发表了，大家一般
就做个standard deviation的error bar。
现在类似的实验，检测single-molecule信号。比如挑5000个分子，然后算出有信号的
比例（不好简单地估计standard deviation）。我现在的操作也是也triplicate，然后
算出error bar。
我的问题是，有没有必要算confidence interval？比如用Student’s t test，n=3，
confidence interval用实验的standard deviation算，感觉就像是个redundant的值。
不知道这种基于单分子平均信号的数据，有没有标准的处理？

Q*S2012-05-09 07:05

4 楼

tell the 2nd company that you have an offer already and needs to know confir
med offer details soon, otherwise you have to take the 1st one

【在 e********y 的大作中提到】

: 我LD最近两个大公司on-site, 其中一个已给offer近一个星期,指望我们这周五前给答
: 复. 第二家口头承诺有offer,但是细节还没落实,在下周中才可能会有消息.
: 请问,如何和第一个公司申请延长等待时间? 再延一个星期不离谱吧?该如何措辞呢?
: 多谢指教!

S*n2012-05-09 07:05

5 楼

最后那句总结得很好啊，悟性很高。
用这悟性去回答自己问的问题吧。。

s*n2012-05-09 07:05

6 楼

Assuming you have done three independent data collections, each of which
contains dataset from 5000 molecules, I would analyze the data in two
different ways:
(1) calculate the statistics (mean velocity, mean FRET efficiency or ...)
for each 5000-molecule dataset, calculate the standard deviation of the mean
of the three statistical values (SEM), and present the data as
+ SEM;
Or
(2) pool all the data from three data collections and calculate the mean
statistics +/- Standard Error or Standard Deviation if the distribution of
the observable is of normal distribution in nature.
Hope this would help.

【在 s******9 的大作中提到】

: 统计问题纠结了好久，想咨询一下：
: 以前做biochemistry，用纯化样品，比如酶，triplicate结果就可以发表了，大家一般
: 就做个standard deviation的error bar。
: 现在类似的实验，检测single-molecule信号。比如挑5000个分子，然后算出有信号的
: 比例（不好简单地估计standard deviation）。我现在的操作也是也triplicate，然后
: 算出error bar。
: 我的问题是，有没有必要算confidence interval？比如用Student’s t test，n=3，
: confidence interval用实验的standard deviation算，感觉就像是个redundant的值。
: 不知道这种基于单分子平均信号的数据，有没有标准的处理？

r*e2012-05-09 07:05

7 楼

呵呵。治癌症的药和治感冒的药能一样么。那个是真药？那个是假药？

【在 S***n 的大作中提到】

: 最后那句总结得很好啊，悟性很高。
: 用这悟性去回答自己问的问题吧。。

s*92012-05-09 07:05

8 楼

谢谢！
第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
都一样。

mean
Observable>

【在 s****n 的大作中提到】

: Assuming you have done three independent data collections, each of which
: contains dataset from 5000 molecules, I would analyze the data in two
: different ways:
: (1) calculate the statistics (mean velocity, mean FRET efficiency or ...)
: for each 5000-molecule dataset, calculate the standard deviation of the mean
: of the three statistical values (SEM), and present the data as
: + SEM;
: Or
: (2) pool all the data from three data collections and calculate the mean
: statistics +/- Standard Error or Standard Deviation if the distribution of

S*n2012-05-09 07:05

9 楼

那行啊，光给你治癌症的药，把治感冒的药都焚毁，这下你满意了没？。。。：）

【在 r*****e 的大作中提到】

: 呵呵。治癌症的药和治感冒的药能一样么。那个是真药？那个是假药？

s*y2012-05-09 07:05

10 楼

我得先问问你是打算做什么的。如果是两组数据进行比较的话，那么就要计算SEM,
而且第一种比较好，但是我建议不要直接写n=3因为这个有歧义。我的建议是
分组做SEM, 然后/sqrt(3) 计算pooled SEM，最后在数据后面注明说你重复了三次试
验，每次采样5000个。
但是如果你是为了测量数值的话（比方说测量某个分子的速度）而不进行任何比较的话
就应该用STD。在这个情况下，应该是把三个STD分开算，然后再依照某个公式来算总的
STD （这个不是SEM!!!!!)。这个怎么算我不知道。。。

【在 s******9 的大作中提到】

: 谢谢！
: 第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
: 都一样。
:
: mean
: Observable>

M*A2012-05-09 07:05

11 楼

你们俩说的本来是一回事，呛什么火

【在 S***n 的大作中提到】

: 那行啊，光给你治癌症的药，把治感冒的药都焚毁，这下你满意了没？。。。：）

l*12012-05-09 07:05

12 楼

LZ can try
stepwise selection method:
1
先單獨計算各X變項的p-value
2
逐一選出p-value<.05>3
加入model
4
進入model後再檢查ㄧ次p-value
5
Entry prob=0.05 or more
6
Removal prob=0.05 or less
cited from
one tw online ppt slide show:
//www.docstoc.com/docs/23426602/Essentials-of-Writing-Biomedical-Research-
Papers-Results-and
original
please go to
//www.stanford.edu/~kcobb/courses/hrp258/index.html
then click this one:
April 25: Statistical Inference I: CLT, confidence intervals, p-values
got that 80s page PPT file.

总的

【在 s******y 的大作中提到】

: 我得先问问你是打算做什么的。如果是两组数据进行比较的话，那么就要计算SEM,
: 而且第一种比较好，但是我建议不要直接写n=3因为这个有歧义。我的建议是
: 分组做SEM, 然后/sqrt(3) 计算pooled SEM，最后在数据后面注明说你重复了三次试
: 验，每次采样5000个。
: 但是如果你是为了测量数值的话（比方说测量某个分子的速度）而不进行任何比较的话
: 就应该用STD。在这个情况下，应该是把三个STD分开算，然后再依照某个公式来算总的
: STD （这个不是SEM!!!!!)。这个怎么算我不知道。。。

S*n2012-05-09 07:05

13 楼

你说得很对！谢谢！是我理解问题，对不起了，rosyice (逍遥)师兄！
相由心生，我要自省。。

【在 M*******A 的大作中提到】

: 你们俩说的本来是一回事，呛什么火

l*12012-05-09 07:05

14 楼

LZ can go to
//www.stanford.edu/~kcobb/hrp259/
lecture11.ppt 09-Nov-2009 482K
then click this one:
title:
Introduction to sample size and power calculations
then refer it.
plus one online free book:
//www.docstoc.com/docs/23426602/Essentials-of-Writing-Biomedical-Research-
Papers-Results-and

【在 s******9 的大作中提到】

r*e2012-05-09 07:05

15 楼

不客气 ; )

【在 S***n 的大作中提到】

: 你说得很对！谢谢！是我理解问题，对不起了，rosyice (逍遥)师兄！
: 相由心生，我要自省。。

s*n2012-05-09 07:05

16 楼

I want to clarify that in the first approach it should be "calculate the
error of the mean of the three statistical values (SEM)" instead of "
calculate the standard deviation of the mean of the three statistical values
(SEM)"
My apology for the confusion, and I would specify the # of experiment repeat
(n=3 in your case) for both SEM and SD.

【在 s******9 的大作中提到】

: 谢谢！
: 第一种处理, 是不是SEM做error bar要比用standard deviation注明n=3要好？我感觉
: 都一样。
:
: mean
: Observable>

r*e2012-05-09 07:05

17 楼

赞冰雪聪明： D

【在 M*******A 的大作中提到】

: 你们俩说的本来是一回事，呛什么火

s*92012-05-09 07:05

18 楼

Many thanks!!

d*e2012-05-09 07:05

19 楼

在下愚昧，还是没明白，这跟感冒药治癌真假比喻不同吧，
深浅是有别，如同净土，律，禅，只是各宗主不点破是为各宗学人安心于中，信心专注
，不至强攀高下？都是方便，信心才是关键？

你们俩说的本来是一回事，呛什么火

【在 M*******A 的大作中提到】

: 你们俩说的本来是一回事，呛什么火

M*A2012-05-09 07:05

20 楼

每个人烦恼不同，要对症下药。

【在 d***e 的大作中提到】

: 在下愚昧，还是没明白，这跟感冒药治癌真假比喻不同吧，
: 深浅是有别，如同净土，律，禅，只是各宗主不点破是为各宗学人安心于中，信心专注
: ，不至强攀高下？都是方便，信心才是关键？
:
: 你们俩说的本来是一回事，呛什么火

S*n2012-05-09 07:05

21 楼

很多时候，对不同的烦恼的人群的教导，往往是相反的。
举个例子说，对执着于快的人，比如说有一宗是针对他们的。直接说放下快，恐怕很难
让他们去领会吧，所以开始的时候，会说试试慢，慢下来试试，看看慢有什么好处，有
什么坏处。。那样，慢慢其实从领会慢的好处，就开始品味出快的坏处了，也更懂得快
的好处在哪里更适用了。。
那假如有另外一宗，对执着于慢的人群有特效，同样的也要慢慢教导，先快起来试试。。
在这个例子里，你看，相互介绍对方的宗，本就执着于快的，是不是有关快的好处的话
更容易听进去呢？是不是对尝试慢多了障碍了？执着于慢的是否也有同样的问题呢？。。
其实，世界就是由这样一对对的对立矛盾组成的，比对立高一个层次，下层就不是对立
了，而是可选项，该拿起的时候拿起，该放下的时候放下。。它们其实本不对立，是过
头了，才妨碍了另一边的发展与发挥的。这个过头与规避，就是烦恼的根源，就是贪与
嗔。。
没有人是傻的，去硬守住坏东西的。是守住了好东西，才连带得到坏的。。修道难，就
难在这里，世界充满了一对对矛盾。。所以，教导起来也很难。。
到最后，会发现本没有对立，连二分也没有。。刚开始直接就这样教，恐怕行不通，成
是非不分了。。。

【在 d***e 的大作中提到】

d*e2012-05-09 07:05

22 楼

哦，如果提前宣示此宗适合。。。彼宗适合。。同一源不要打，是否又一番？
类似净土律等好像有说，但耶伊斯兰教等没有，后学如盲人摸象，依片面文字理解，大
部分基督徒把圣经句语理解成只我一门其余皆错，伊斯兰打基督，基督又。。纷纷扰扰
，各宗主不提对方而唯我独尊是？

。。
。。

【在 S***n 的大作中提到】

: 很多时候，对不同的烦恼的人群的教导，往往是相反的。
: 举个例子说，对执着于快的人，比如说有一宗是针对他们的。直接说放下快，恐怕很难
: 让他们去领会吧，所以开始的时候，会说试试慢，慢下来试试，看看慢有什么好处，有
: 什么坏处。。那样，慢慢其实从领会慢的好处，就开始品味出快的坏处了，也更懂得快
: 的好处在哪里更适用了。。
: 那假如有另外一宗，对执着于慢的人群有特效，同样的也要慢慢教导，先快起来试试。。
: 在这个例子里，你看，相互介绍对方的宗，本就执着于快的，是不是有关快的好处的话
: 更容易听进去呢？是不是对尝试慢多了障碍了？执着于慢的是否也有同样的问题呢？。。
: 其实，世界就是由这样一对对的对立矛盾组成的，比对立高一个层次，下层就不是对立
: 了，而是可选项，该拿起的时候拿起，该放下的时候放下。。它们其实本不对立，是过

S*n2012-05-09 07:05

23 楼

我举例的，是快与慢的矛盾。。。
那整体与局部的矛盾呢？。。。排斥性？。。。

【在 d***e 的大作中提到】

: 哦，如果提前宣示此宗适合。。。彼宗适合。。同一源不要打，是否又一番？
: 类似净土律等好像有说，但耶伊斯兰教等没有，后学如盲人摸象，依片面文字理解，大
: 部分基督徒把圣经句语理解成只我一门其余皆错，伊斯兰打基督，基督又。。纷纷扰扰
: ，各宗主不提对方而唯我独尊是？
:
: 。。
: 。。

Y*u2012-05-09 07:05

24 楼

因为佛没有说过法，是众生在说法。耶酥也不曾传过教，是众生在传教。胳膊非
不喜欢腿，是胳膊的问题，非心的责任。

【在 d***e 的大作中提到】

: 他们都知道世人将来会为不同宗而有纷争，迷茫，为何不提前宣示？避免纷争？
: 比如佛不说儒道，基督。基督耶稣不提佛道儒。。。
: 各宗应该是接应不同根基的人，同一源吧？多谢！