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做bioinformatics的同行有没有做startup的想法？

做bioinformatics的同行有没有做startup的想法？# Biology - 生物学

h*c2012-05-09 07:05

1 楼

跟着老板做bioinformatics一年多了，老板的钱几乎都是合作实验室出的，个人感觉这
方面需求量还是挺大的，特别是现在NGS的成本越来越低，屁大个实验室也能做个omic
测序，出来海量数据却不知道该怎么分析。各种软件，所谓的database水平参差不齐，
让个一直做bench work的人自己分析非常困难。就目前的发展趋势来看，sequencing在
未来一段时间内还是很有发展的。想问问版上有没有同行想自己搞个小公司startup呢
？有兴趣的进来讨论下~~

u*12012-05-09 07:05

2 楼

你说的startup是说自己做头，雇佣一些bioinformatician，专门为不同的lab提供分析
服务？
但这和学校的core facility或者lab自己的bioinformatician有啥不同呢？
感觉以后bioinfor的分析就要像什么质粒测序，有不同的小公司提供各种业务。。哈哈
我觉得bioinfor还是非常research-oriented的行业；具体到不同的project貌似要求都
不一样的，所以很难像其他那种follow standard protocol就行了的。。

omic

【在 h*********c 的大作中提到】

: 跟着老板做bioinformatics一年多了，老板的钱几乎都是合作实验室出的，个人感觉这
: 方面需求量还是挺大的，特别是现在NGS的成本越来越低，屁大个实验室也能做个omic
: 测序，出来海量数据却不知道该怎么分析。各种软件，所谓的database水平参差不齐，
: 让个一直做bench work的人自己分析非常困难。就目前的发展趋势来看，sequencing在
: 未来一段时间内还是很有发展的。想问问版上有没有同行想自己搞个小公司startup呢
: ？有兴趣的进来讨论下~~

x*m2012-05-09 07:05

3 楼

I have the same idea to have a CRO startup in China. Get some cs and
statistics undergrad and masters. The most interesting is to generate a good
software to integrate as many as functions for -omics, at least for
genomics. You can either sell the software to universities and biotech
companies or sell your company to some big one. after all you have to have a
good product.

K*S2012-05-09 07:05

4 楼

everyone cries for standardized procedure. but each lab will claim their way
is the only correct way to go.

【在 u*********1 的大作中提到】

: 你说的startup是说自己做头，雇佣一些bioinformatician，专门为不同的lab提供分析
: 服务？
: 但这和学校的core facility或者lab自己的bioinformatician有啥不同呢？
: 感觉以后bioinfor的分析就要像什么质粒测序，有不同的小公司提供各种业务。。哈哈
: 我觉得bioinfor还是非常research-oriented的行业；具体到不同的project貌似要求都
: 不一样的，所以很难像其他那种follow standard protocol就行了的。。
:
: omic

R*d2012-05-09 07:05

5 楼

我就是做生物信息的，之前在CRO干过，不过是统计为主。
下半年归北京高校，如果有想法可以面谈，见面认识认识也好。

good
a

【在 x******m 的大作中提到】

: I have the same idea to have a CRO startup in China. Get some cs and
: statistics undergrad and masters. The most interesting is to generate a good
: software to integrate as many as functions for -omics, at least for
: genomics. You can either sell the software to universities and biotech
: companies or sell your company to some big one. after all you have to have a
: good product.

n*k2012-05-09 07:05

6 楼

Cons! So which university are u going?

【在 R******d 的大作中提到】

: 我就是做生物信息的，之前在CRO干过，不过是统计为主。
: 下半年归北京高校，如果有想法可以面谈，见面认识认识也好。
:
: good
: a

n*k2012-05-09 07:05

7 楼

well, I know someone here is running a company like this and I also have
several friends are eyeing on this...

omic

【在 h*********c 的大作中提到】

s*n2012-05-09 07:05

8 楼

呵呵，今天刚和一个要走的scientist聊，原来他也是下海创业去了，居然也是是做
bioinfo的，看来大家都盯上了。

【在 n********k 的大作中提到】

: well, I know someone here is running a company like this and I also have
: several friends are eyeing on this...
:
: omic

P*62012-05-09 07:05

9 楼

团队最重要，有想法的大家可以彼此熟悉一下
另外就是市场，这个需要详细分析。至于标准化，个人觉得有利有弊。标准化很容易的
化，就都让havard genepattern等占了。没有小公司什么事了

omic

【在 h*********c 的大作中提到】

h*c2012-05-09 07:05

10 楼

这个CRO我一直不是很明白，是任何人或者团队都可以做CRO么？这并不是一个公司，而
只是一种做project的形式？还是说是很多公司联合在一起的组织，然后针对项目“投
标”？我还在读书，近几年可能都没法回国，但是希望能够保持联系，多多交流！不知
道你归哪个高校呢，可以站内一下么？谢谢！

【在 R******d 的大作中提到】

: 我就是做生物信息的，之前在CRO干过，不过是统计为主。
: 下半年归北京高校，如果有想法可以面谈，见面认识认识也好。
:
: good
: a

h*c2012-05-09 07:05

11 楼

CRO或许是个快捷的途径，但是如果想做长远还是一定要有自己的产品。我认为标准化
是一个遥远的目标，microarray发展了将近十年才换来一些大家都接受的procedure，
NGS还是有一段路要走的。现阶段来看只要这个tool/software能够beat掉大多数的软件
就是一个好的hit了。要不怎么开发chip-seq都和MACS比呢。
ingenuity就是个很好的例子，完全自己curated的database和pathway，但是有一个致
命的问题就是他的信息覆盖量太大了，广度够宽，但是具体到researcher的问题上却不
够specific。我认为理想的数据分析公司应该是有自己的software，有自己的database
，同时有一个队伍随时跟进客户的project，这样有问题才能更加specific。

R*d2012-05-09 07:05

12 楼

cro就是外包服务，所有的事都可以外包，当然一般以辅助研究为主。
任何人都可以做，只要资质能被认可。

【在 h*********c 的大作中提到】

: 这个CRO我一直不是很明白，是任何人或者团队都可以做CRO么？这并不是一个公司，而
: 只是一种做project的形式？还是说是很多公司联合在一起的组织，然后针对项目“投
: 标”？我还在读书，近几年可能都没法回国，但是希望能够保持联系，多多交流！不知
: 道你归哪个高校呢，可以站内一下么？谢谢！

y*n2012-05-09 07:05

13 楼

CRO的想法我觉得不错，应该是一个趋势。应该有越来越多的实验室想把一个课题整套
数据分析外包给一个公司，这样省得到处找人合作了

【在 R******d 的大作中提到】

: 我就是做生物信息的，之前在CRO干过，不过是统计为主。
: 下半年归北京高校，如果有想法可以面谈，见面认识认识也好。
:
: good
: a

y*n2012-05-09 07:05

14 楼

恩系统生物学也在向软件功能整合方向发展了
过几年也许会有更系统的软件跟database
到那时候标准化就开始形成了吧

omic

【在 h*********c 的大作中提到】

y*n2012-05-09 07:05

15 楼

很多方面已经有很标准的软件了
比如blast PAML

way

【在 K******S 的大作中提到】

: everyone cries for standardized procedure. but each lab will claim their way
: is the only correct way to go.

y*n2012-05-09 07:05

16 楼

另外一个是免费的软件太多了，而且很多做的也很好用，只不过需要一些计算机知识
商业话的话我觉得傻瓜式的操作很重要

【在 P*****6 的大作中提到】

: 团队最重要，有想法的大家可以彼此熟悉一下
: 另外就是市场，这个需要详细分析。至于标准化，个人觉得有利有弊。标准化很容易的
: 化，就都让havard genepattern等占了。没有小公司什么事了
:
: omic

i*r2012-05-09 07:05

17 楼

做计算神经生物学的，想跳生物信息得坑，不知道欢迎不？
人在偏远的louisiana，希望能move到科研和思维更活跃的地方。。。
要不先建一个QQ群，或者email list，大家熟悉一下，然后选合适的时机面谈？！
只要有人参加，我可以来做这个粗活

l*12012-05-09 07:05

18 楼

try contact to her:
Contact Bonnie Chung (tel: 650-723-5301;
bchung [at] stanford.edu) to be on the e-mail list.
from
Workshop in Biostatistics
Center for Clinical Sciences Research (CCSR)
4th Floor, Rm 4205 (The side with Deli)
1:15 pm - 3:00 pm
April 5 - May 31, 2012
Statistical Methods for the Analysis of Ribosome Profiling Data
Adam B. Olshen
Associate Professor in Residence
Dept of Epidemiology and Biostatistics and Helen Diller Family Comprehensive
Cancer Center, UCSF
During translation messenger RNA produced by transcription is decoded by
ribosomes to produce specific polypeptides. Recently, a second generation
sequencing methodology was developed called ribosomal profiling that
measures the position and counts of ribosomes. When combined with
corresponding mRNA sequencing data, ribosomal data can give insights into
translational efficiency. I will discuss issues that arise when analyzing
such data, including normalization and testing hypotheses. This is joint
work with Barry Taylor and Richard Olshen.
I will also discuss the segmentation of DNA copy number data from
comparative genomic hybridization to
Suggested readings:
Adam B. Olshen, Henrik Bengtsson, Pierre Neuvial, Paul T. Spellman, Richard
A. Olshen and Venkatraman E Seshan. Parent-specific copy number in paired
tumor-normal studies using circular binary segmentation. Bioinformatics 2011
. Aug 1;27 (15):2038-46. Epub 2011 Jun 11.
Andrew C. Hsieh, Yi Liu, Merritt P. Edlind, et al. The translational
landscape of mTOR signalling steers cancer iniatiation and metastasis.
Nature (2012). Published online 2/22/2012.
//med.stanford.edu/biostatistics/abstract/ABOlshen_05312012.html
more please go to
//med.stanford.edu/biostatistics/workshop.html
or
//med.stanford.edu/employeerecognition/honorees/20years/2009/

【在 i***r 的大作中提到】

: 做计算神经生物学的，想跳生物信息得坑，不知道欢迎不？
: 人在偏远的louisiana，希望能move到科研和思维更活跃的地方。。。
: 要不先建一个QQ群，或者email list，大家熟悉一下，然后选合适的时机面谈？！
: 只要有人参加，我可以来做这个粗活

i*r2012-05-09 07:05

19 楼

duoxie

【在 l**********1 的大作中提到】

: try contact to her:
: Contact Bonnie Chung (tel: 650-723-5301;
: bchung [at] stanford.edu) to be on the e-mail list.
: from
: Workshop in Biostatistics
: Center for Clinical Sciences Research (CCSR)
: 4th Floor, Rm 4205 (The side with Deli)
: 1:15 pm - 3:00 pm
: April 5 - May 31, 2012
: Statistical Methods for the Analysis of Ribosome Profiling Data

b*82012-05-09 07:05

20 楼

我在加州湾区，非常感兴趣。
希望站内信箱联系！

A*02012-05-09 07:05

21 楼

我不是生物信息出班。但是做很多序列分析，最近急切想补充这方面的知识。如果各
位允许我旁听或者说是当个观众。感激不尽。

j*p2012-05-09 07:05

22 楼

This workshop is very Statistics.
There are three other workshops in Stanford that talks about bioinformatics
data analysis.
uhts-workshop mailing list
u***********[email protected]
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/uhts-workshop
wgs_club_stanford mailing list
w***************[email protected]
https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/wgs_club_stanford
I forget the last one, but it is in Beckman 4th floor every Friday morning
10am-11am.

【在 l**********1 的大作中提到】

l*12012-05-09 07:05

23 楼

Mark.

bioinformatics

【在 j*p 的大作中提到】

: This workshop is very Statistics.
: There are three other workshops in Stanford that talks about bioinformatics
: data analysis.
: uhts-workshop mailing list
: u***********[email protected]
: https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/uhts-workshop
: wgs_club_stanford mailing list
: w***************[email protected]
: https://mailman.stanford.edu/mailman/listinfo/wgs_club_stanford
: I forget the last one, but it is in Beckman 4th floor every Friday morning

H*e2012-05-09 07:05

24 楼

生物信息确实是个大方向，国内药明康德已经成立了一个专门接这块项目的
informatics的部门了。
创业是条很诱人的路子，但前期要搞定的除国外大药厂的人脉圈子、团队及现金流之外
，政府关系很关键（指国内创业）；
有一条折中的路线可供参考，目前各大药厂都有高级别Bioinformatician的职位出来，
虽然内部级别不低，但是前期因为项目不多，是 individual的角色，大概半年到一年
的时间开始搭建自己的团队。借助这样的机会回来对创业有几大好处：1，给自己一个
适应中国的缓冲期；2，快速建立在国内的圈内人脉；3，积累搭建团队，人员管理经验
；4，几乎木有经济压力，国内大药厂类似职位总年薪跟国外持平。