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弱人问个western 的技术问题, 有图有真相
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弱人问个western 的技术问题, 有图有真相# Biology - 生物学
l*N
1
你要出邮费, Pm我你有什么可以交换的, 没有也可以。
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d*a
2
在美国中西部广袤的大农村,存在一个神奇的城市,它正好处在美国本土东西南北的中
点。在这座神奇的城市里,存在一座神奇的博物馆,它貌不惊人,却收藏了很多来自中
国的珍宝。那么这些珍宝是如何来到这座博物馆的?这些珍宝当中的代表“一笑图”的
来历是什么?这幅图为什么要叫做“一笑图”? 本期大连话世界,请大家与老程一起
开启美国寻宝之旅!
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g*x
3
要看二聚体,做个low temperature 的western, 用的SDS PAGE, 不用任何reducing
agent, 为了避免二聚体打开,样品不煮,整个过程4C
3,4 是正常对照, 煮沸的, 加reduce agent看到清晰的单体, 没有二聚体.
1,2 是 低温下做的, 看到二聚体,也看到 一部分单体,
现在的问题是, 二聚体的带不集中,弥散开很多,
考虑原因,
可能是因为 没有reduce, 但SDS 会起到一定打开三维结构的作用,所以,dimer 虽然是
同样的分子量, 但是形状应为蛋白去折叠的程度不同而不同, 导致泳动速度不均一, 如
果是这个原因, 不知道可以用什么方法解决 多加 SDS 不知道可以可以?
还有可能是因为SDS插入的多少不均一,造成泳动速度不均一?
麻烦大家讨论讨论,高手指点指点
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t*u
4
可以用 莴笋苗换吗?
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g*5
5
it is normal.
and RT should be ok?
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l*N
6
可以, 你给我发地址吧。

【在 t*********u 的大作中提到】
: 可以用 莴笋苗换吗?
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g*x
7
弥散得有点太厉害了 文献里头的都不这样,
这样的图发不了啊,
room temperature 很可能不ok,dimer 会被打开, 不过4C会是造成弥散的原因么?

【在 g*********5 的大作中提到】
: it is normal.
: and RT should be ok?

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s*h
8
可以用菠菜种子交换吗,我没有苗,谢谢了
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C*e
9
可以跑个native page
就是running buffer还有sample buffer里面都没有SDS的
制备胶的时候也没有SDS
不知道你的二聚体有多大
另外是不是上样太多了
不过带弥散开来的话跑native page挺常见的
不过你不跑自己的样品也不知道对吧

【在 g***x 的大作中提到】
: 要看二聚体,做个low temperature 的western, 用的SDS PAGE, 不用任何reducing
: agent, 为了避免二聚体打开,样品不煮,整个过程4C
: 3,4 是正常对照, 煮沸的, 加reduce agent看到清晰的单体, 没有二聚体.
: 1,2 是 低温下做的, 看到二聚体,也看到 一部分单体,
: 现在的问题是, 二聚体的带不集中,弥散开很多,
: 考虑原因,
: 可能是因为 没有reduce, 但SDS 会起到一定打开三维结构的作用,所以,dimer 虽然是
: 同样的分子量, 但是形状应为蛋白去折叠的程度不同而不同, 导致泳动速度不均一, 如
: 果是这个原因, 不知道可以用什么方法解决 多加 SDS 不知道可以可以?
: 还有可能是因为SDS插入的多少不均一,造成泳动速度不均一?

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b*i
10
我很小白,只是好奇:
为什么Lane 1没有Actin的带?
Load少一点样品,会不会没有这么弥散呢?那团dimer很浓啊。。。。
你做的LT的是根据文献做的?Reducing Agent你指的是什么啊?beta-ME or DTT? 这些
不是通常只是打断二硫键的么(如果我错了别笑~~)?你的Dimer是由二硫键所形成
的么?我曾经跑过一个Non-reducing的Gel,不加bete-ME or DTT,同样用高温处理过
,也可以跑出很好看的带型啊。
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g*x
11
我的二聚体是280KD, 特别大,但是分离没啥问题
上样量大概在35ug 左右, 不算少,我可以再少上点儿
en, 准备试试native page,不过我觉得跑native gel 更容易弥散,但你说的对,不试
试总是没法知道,试了不行至少排除了一个方法,也就算了
多谢

【在 C*******e 的大作中提到】
: 可以跑个native page
: 就是running buffer还有sample buffer里面都没有SDS的
: 制备胶的时候也没有SDS
: 不知道你的二聚体有多大
: 另外是不是上样太多了
: 不过带弥散开来的话跑native page挺常见的
: 不过你不跑自己的样品也不知道对吧

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g*x
12
那个lane1 develop 的时候ecl没有覆盖上,后来又重新develop了一次就没问题。应该
和这个没关系
我做的LT 是根据文献做的,reducing agent 就是指beta-ME,DTT 这些,你说的对,
是打开氧化的键,主要包括二硫键的,我的dimer 不是二硫键,是范德华力。
你说的你的例子是不用reducing agent, 但是用煮的,这样也会破坏dimer 之间的键
,起到的也是尽量reduce 蛋白的作用吧,你说的也可以跑出好看的带型,是指二硫键
没有被破坏,dimer 也没有破坏么?

【在 b******i 的大作中提到】
: 我很小白,只是好奇:
: 为什么Lane 1没有Actin的带?
: Load少一点样品,会不会没有这么弥散呢?那团dimer很浓啊。。。。
: 你做的LT的是根据文献做的?Reducing Agent你指的是什么啊?beta-ME or DTT? 这些
: 不是通常只是打断二硫键的么(如果我错了别笑~~)?你的Dimer是由二硫键所形成
: 的么?我曾经跑过一个Non-reducing的Gel,不加bete-ME or DTT,同样用高温处理过
: ,也可以跑出很好看的带型啊。

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l*y
13
不加 SDS 的话,电泳主要靠蛋白质自己的电荷量,还要保证负电荷为主,需要 pH 高
于所关心的蛋白质的等电点。带的位置和蛋白质大小也没有严格的关系,要靠
antibody 来标记。同时因为电荷量不够,蛋白质会 aggregate,所以对 detergent 的
浓度很敏感。
SDS 主要靠长烷基链的憎水性来和憎水的蛋白链结合,所以会 denature 掉蛋白质,破
坏靠范德华力维持的 protein association。可以考虑用一系列浓度不同的低浓度 SDS
处理 sample 跑电泳,看 dimers 带的变化,做曲线再外推。这个方法还是对
detergent 的浓度特别敏感。而且外推的曲线很不直。。。
还可以考虑一些不会显著 denature 蛋白质的引入负电荷的办法,比如说 Coomassie G
-250 据说只会在 protein 表面引入负电荷。一直想试。哪位试过,谈谈感受?

【在 g***x 的大作中提到】
: 那个lane1 develop 的时候ecl没有覆盖上,后来又重新develop了一次就没问题。应该
: 和这个没关系
: 我做的LT 是根据文献做的,reducing agent 就是指beta-ME,DTT 这些,你说的对,
: 是打开氧化的键,主要包括二硫键的,我的dimer 不是二硫键,是范德华力。
: 你说的你的例子是不用reducing agent, 但是用煮的,这样也会破坏dimer 之间的键
: ,起到的也是尽量reduce 蛋白的作用吧,你说的也可以跑出好看的带型,是指二硫键
: 没有被破坏,dimer 也没有破坏么?

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g*5
14
用invitrogen 4-12% 的bistris胶试试?
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C*e
15
lz没说做的是强酸电泳啊
普通蛋白的话跑native gel还是一样的碱性条件下跑的
不放SDS也就是看个大概
“ pH低于所有蛋白等电点”这个应该是跑的high pI蛋白吧
我跑过两种pH<7的电泳
不好使是真的
不过跟lz遇到的问题完全无关啊

SDS
G

【在 l***y 的大作中提到】
: 不加 SDS 的话,电泳主要靠蛋白质自己的电荷量,还要保证负电荷为主,需要 pH 高
: 于所关心的蛋白质的等电点。带的位置和蛋白质大小也没有严格的关系,要靠
: antibody 来标记。同时因为电荷量不够,蛋白质会 aggregate,所以对 detergent 的
: 浓度很敏感。
: SDS 主要靠长烷基链的憎水性来和憎水的蛋白链结合,所以会 denature 掉蛋白质,破
: 坏靠范德华力维持的 protein association。可以考虑用一系列浓度不同的低浓度 SDS
: 处理 sample 跑电泳,看 dimers 带的变化,做曲线再外推。这个方法还是对
: detergent 的浓度特别敏感。而且外推的曲线很不直。。。
: 还可以考虑一些不会显著 denature 蛋白质的引入负电荷的办法,比如说 Coomassie G
: -250 据说只会在 protein 表面引入负电荷。一直想试。哪位试过,谈谈感受?

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l*y
16
oops,写反了,是高 pH 条件下跑胶。改过来了。
最近在准备尝试这个 protocol,哪位做过的推荐一下公司?
http://stke.sciencemag.org/cgi/content/full/sigtrans;2006/345/p

【在 C*******e 的大作中提到】
: lz没说做的是强酸电泳啊
: 普通蛋白的话跑native gel还是一样的碱性条件下跑的
: 不放SDS也就是看个大概
: “ pH低于所有蛋白等电点”这个应该是跑的high pI蛋白吧
: 我跑过两种pH<7的电泳
: 不好使是真的
: 不过跟lz遇到的问题完全无关啊
:
: SDS
: G

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C*e
17
还好吧
吹得很神奇
不过用起来一般般啦
可以跑2-D就是了
invitrogen有卖
不过我一直不喜欢invitrogen,贵
不过他们把实验室的东西转化为商品倒是手脚很快
我一般就跑native page就好了
就用的bio-rad家的anykd TGX胶
不用SDS

【在 l***y 的大作中提到】
: oops,写反了,是高 pH 条件下跑胶。改过来了。
: 最近在准备尝试这个 protocol,哪位做过的推荐一下公司?
: http://stke.sciencemag.org/cgi/content/full/sigtrans;2006/345/p

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g*x
18
我 用的是3-8% 的 Tris Acetate,分得很好
有什么特别得原因要试 4-12% bis-tris,MOP buffer 或是 MES buffer 都是SDS
buffer?
请大鸟明示

【在 g*********5 的大作中提到】
: 用invitrogen 4-12% 的bistris胶试试?
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g*x
19
我是打算改变lysis buffer 里头的SDS量, 但running gel 里头,buffer 里头都还有
SDS,
实在不行就职能上Native 了,这令我很忧愁

SDS
G

【在 l***y 的大作中提到】
: 不加 SDS 的话,电泳主要靠蛋白质自己的电荷量,还要保证负电荷为主,需要 pH 高
: 于所关心的蛋白质的等电点。带的位置和蛋白质大小也没有严格的关系,要靠
: antibody 来标记。同时因为电荷量不够,蛋白质会 aggregate,所以对 detergent 的
: 浓度很敏感。
: SDS 主要靠长烷基链的憎水性来和憎水的蛋白链结合,所以会 denature 掉蛋白质,破
: 坏靠范德华力维持的 protein association。可以考虑用一系列浓度不同的低浓度 SDS
: 处理 sample 跑电泳,看 dimers 带的变化,做曲线再外推。这个方法还是对
: detergent 的浓度特别敏感。而且外推的曲线很不直。。。
: 还可以考虑一些不会显著 denature 蛋白质的引入负电荷的办法,比如说 Coomassie G
: -250 据说只会在 protein 表面引入负电荷。一直想试。哪位试过,谈谈感受?

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