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植物基因调控网络分析工具--求推荐

植物基因调控网络分析工具--求推荐# Biology - 生物学

B*r2012-09-10 07:09

1 楼

目前基于公共数据库整合、结合文本挖据库的基因调控网络分析工具，商业化做的比较
好的（先不管数据质量如何，呵呵）有Ingenuity（IPA），GeneGo（MetaCore）等，但
基本都不支持植物相关物种。
请教目前有没有针对模式植物的调控-互作网络/通路分析工具，类似IPA/MetaCore，通
过输入gene list，可以分析诸如shortest-path network，enriched pathway等，免费
/收费工具均可。
非常感谢！

l*12012-09-10 07:09

2 楼

Here you go,
States server:
TAIR
AraCyc: Arabidopsis thaliana metabolic pathway database
http://www.arabidopsis.org/biocyc/index.jsp
more pls go to
http://www.avatar.se/xref/wr/index
-----
white rabbit server:
agriGO -- GO Analysis Toolkit and Database for Agricultural Community
http://bioinfo.cau.edu.cn/agriGO/
or
ProFITS - Protein Families Involved in the Transduction of Signalling
http://bioinfo.cau.edu.cn/ProFITS/

【在 B*********r 的大作中提到】

: 目前基于公共数据库整合、结合文本挖据库的基因调控网络分析工具，商业化做的比较
: 好的（先不管数据质量如何，呵呵）有Ingenuity（IPA），GeneGo（MetaCore）等，但
: 基本都不支持植物相关物种。
: 请教目前有没有针对模式植物的调控-互作网络/通路分析工具，类似IPA/MetaCore，通
: 过输入gene list，可以分析诸如shortest-path network，enriched pathway等，免费
: /收费工具均可。
: 非常感谢！