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生物千老转Bioinformatics, 怎么弄？

生物千老转Bioinformatics, 怎么弄？# Biology - 生物学

I*A2012-09-22 07:09

1 楼

java里
Class C{
method 1{}
method 2{}
}
How can we guarantee that method 1 can only be called after method 2 is
called and finished?
Thanks a lot~

g*t2012-09-22 07:09

2 楼

由郑晓龙执导，孙俪、刘涛、黄轩、高云翔等主演。
该剧讲述了中国历史上第一个女政治家芈月极为曲折传奇的人生故事。
该剧将于2015年年底在东方卫视、北京卫视播出。

i*22012-09-22 07:09

3 楼

看这 Bioinformatics 今后似乎会有更大的出路，想转到这个方面，请问怎么转过去最
好？本人没有一点经验，想自学不知如何下手。去学4 年under 的课吗？不太现实。
或者去念个master?
有过来人指教吗？

h*d2012-09-22 07:09

4 楼

by putting them inside a synchronized block?

EA2012-09-22 07:09

5 楼

看了片花，完全不吸引人啊

【在 g****t 的大作中提到】

: 由郑晓龙执导，孙俪、刘涛、黄轩、高云翔等主演。
: 该剧讲述了中国历史上第一个女政治家芈月极为曲折传奇的人生故事。
: 该剧将于2015年年底在东方卫视、北京卫视播出。

l*12012-09-22 07:09

6 楼

dmso 缓慢冷冻到液氮温度 300Y later 快速解冻后用那会的大脑matrix transfer
technology 10 min 搞定 cs or bioinformatics PhD memory and neuron actions
materials plus N GB memory transfer to your brain (high possibility)

x*p2012-09-22 07:09

7 楼

Yes.
Suppose you define two Runnable objects r1 and r2. They share the same
object of C. r1 calls method1 and r2 calls method2 in their run method.
Then you can use
ExecutoreService es = Executors.newSingleThreadExecutor();
es.execute(r2);
es.execute(r1);
Then it is guaranteed that r2 finishes running method2 first and r1 runs
method1 second.

M*u2012-09-22 07:09

8 楼

黄轩不错。

【在 g****t 的大作中提到】

e*o2012-09-22 07:09

9 楼

小弟班门弄斧。
入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
层面。
Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
Biological Data
下载链接：
http://goo.gl/U8vaV
我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。

a*n2012-09-22 07:09

10 楼

in C++
create event
thread A------------------------
wait for event
invoke method 1
thread B------------------------
invoke method 2
set event

b*12012-09-22 07:09

11 楼

没写男主啊。补上男主：方中信

e*o2012-09-22 07:09

12 楼

transfer
Your algorithm is better now, keep it nice to others, please.

【在 l**********1 的大作中提到】

: dmso 缓慢冷冻到液氮温度 300Y later 快速解冻后用那会的大脑matrix transfer
: technology 10 min 搞定 cs or bioinformatics PhD memory and neuron actions
: materials plus N GB memory transfer to your brain (high possibility)

x*p2012-09-22 07:09

13 楼

synchronized block can not guarantee the order.

【在 h**********d 的大作中提到】

: by putting them inside a synchronized block?

N*n2012-09-22 07:09

14 楼

a very good book
3x

20Using

【在 e*******o 的大作中提到】

: 小弟班门弄斧。
: 入门：编程perl 或者python.我建议你先学点Python的编程知识。这个其实很简单。然
: 后利用很多现有的工具，你就可以处理很多问题。不少号称搞生物信息学的停留在这个
: 层面。
: Bioinformatics Programming Using Python: Practical Programming for
: Biological Data
: 下载链接：
: http://goo.gl/U8vaV
: 我是学的Perl，所以我并没学过这个书，我看了目录大致涵盖了基本内容。

a*e2012-09-22 07:09

15 楼

wait and notify可以吗

【在 x*****p 的大作中提到】

: synchronized block can not guarantee the order.

s*a2012-09-22 07:09

16 楼

Get a masters in less than 2 years. Focus on R/Bioconductor and next-gen
sequencing.
You can learn other things after you jump to your first job.
Read this article:
Establishing a Successful Bioinformatics Core Facility Team
http://www.ploscompbiol.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
and read many job ads to see what your first job would be.

y*o2012-09-22 07:09

17 楼

private AtomicBolean method2finished=new AtomicBoolean( false );
// private volatile method2finished=false; will also work and may be better
method1(){
while(!method2finished)
{ sleep(2000)}
do methods;
return;
}
method2(){
do methods;
method2finished=true;
return;
}

【在 I**A 的大作中提到】

: java里
: Class C{
: method 1{}
: method 2{}
: }
: How can we guarantee that method 1 can only be called after method 2 is
: called and finished?
: Thanks a lot~

i*22012-09-22 07:09

18 楼

Thanks a lot.

l*o2012-09-22 07:09

19 楼

多线程的情况下好像不能保证想要的顺序，因为这是有操作系统的调度来决定。一个笨
办法好像是强制让一个thread睡眠一段时间，利用这段时间完成另一端，从而保证了按
照一个既定顺序。

z*a2012-09-22 07:09

20 楼

我目前正在转的过程中
找了一个做core facility director的PI，给PI做实验（老鼠实验，分子生物学方面的
实验），也做NGS的数据处理，同时跟着core facility新成立的computational unit里
的头学习，一边做一边学。
入门的时候学习Perl/Python/各种工具是好的，但感觉要真正在这个领域找到decent
pay的位置，还是要补算法/machine learning等方面的知识。另外编程方面也建议学
Java。
新手的粗浅认识，不知道大牛们怎么看。

x*p2012-09-22 07:09

21 楼

In Java, you have two waits to control.
1. Use wait-notify pairs to control the order of tasks
2. In concurrent package, use scheduled thread pool.

【在 l*******o 的大作中提到】

: 多线程的情况下好像不能保证想要的顺序，因为这是有操作系统的调度来决定。一个笨
: 办法好像是强制让一个thread睡眠一段时间，利用这段时间完成另一端，从而保证了按
: 照一个既定顺序。

i*22012-09-22 07:09

22 楼

Thanks for the suggestion and book.

20Using

【在 e*******o 的大作中提到】

a*n2012-09-22 07:09

23 楼

用event或者signal!!!
不知道java里面有没有实现, C++跨平台的实现
void create_event()
{
#ifdef _MSC_VER
m_event = CreateEvent(NULL,FALSE,FALSE,L"SESSION");
#else
pthread_mutex_init(&m_mutex, NULL);
pthread_cond_init (&m_event, NULL);
#endif
}
bool wait_event()
{
#ifdef _MSC_VER
DWORD ret = WaitForSingleObject(m_event,10000);
return WAIT_OBJECT_0 == ret;
#else
timespec ts;
ts.tv_sec = time(NULL) + 5;
ts.tv_nsec = 0;
pthread_mutex_lock(&m_mutex);
int ret = pthread_cond_timedwait(&m_event, &m_mutex, &ts);
//int ret = pthread_cond_wait(&m_event, &m_mutex);
pthread_mutex_unlock(&m_mutex);
return ret == 0;
#endif
}
void set_event()
{
#ifdef _MSC_VER
SetEvent(m_event);
#else
pthread_mutex_lock(&m_mutex);
pthread_cond_signal(&m_event);
pthread_mutex_unlock(&m_mutex);
#endif
}
linux下还可以用 signal 做

y*j2012-09-22 07:09

24 楼

这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
图也用得上，所以现在R比较熟悉。
biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
java好像不是我的菜。
另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine
learning。感觉线性代数是个缺陷，自学过，但是很不扎实，准备暑假到社区大学业余
修一下（生统和CS课老板出钱就不错了，线性代数这么数学的课，不太好意思让老板出
钱了）。
还有啥课比较必须么？

20Using

【在 e*******o 的大作中提到】

I*A2012-09-22 07:09

25 楼

不行的话，我就试试这个笨法子。。。
我想了一下，要解决我的这个问题，貌似必须创建独立的thread，而且调控要it们，太
麻烦了

【在 l*******o 的大作中提到】

N*n2012-09-22 07:09

26 楼

python 主要做些数据库处理。比如一个大的数据包，R可能就打不开，只能用python读
一部分。
如果你是给wetlab服务和数据分析，也够了。
但是，要自己能发文章，还有有新的算法，要求就很高，至少很多数学，信号系统，优
化，和一些计算机的概念。

【在 y***j 的大作中提到】

: 这行现在流行用啥？bioinfo的后狗一般要求什么语言呢？
: 我自学过python，很早学过好像跟着官网某文档学过一边，然后前一两年无聊又过了一
: 遍learn python the hard way。但是基本没怎么用过。
: 现在做一些NGS的wet实验，自己分析，R上的包用的比较顺手，而且平常分析数据和作
: 图也用得上，所以现在R比较熟悉。
: biopython和bioconductor比起来有啥优势？快？容易和别的整合？包多？biopython是
: 不是必须的？地下还有个大姐说要学java？这个一定么自己看过一点点书，但是感觉
: java好像不是我的菜。
: 另外需要修什么课么？修过基本的生统，还有研究生水平专门的一门linear
: regression，现在在修CS的data mining，如果明年还没毕业，准备再修个machine

T*i2012-09-22 07:09

27 楼

java monitor
wait/notify/notifyAll

【在 I**A 的大作中提到】

: 不行的话，我就试试这个笨法子。。。
: 我想了一下，要解决我的这个问题，貌似必须创建独立的thread，而且调控要it们，太
: 麻烦了

e*o2012-09-22 07:09

28 楼

我看了不少招人的广告，Perl/Python/R 也有C++ 。这个不重要。
biopython和bioconductor我都没用过。：）
如果用别人的代码，有现成模块，我只是用，能解决问题，语言无所谓；如果自己写，
我自己选，除了作图(R)，我用Python。
Java, C++ 之类的主要是用在速度比较关键的地方。比如Blast（C/C++)。
搞数据就是玩矩阵，大学的时候不知道有什么用，完全为了考试，现在有点小后悔。
我不清楚Data mining 和 Machine Learning的区别，感觉好乱。要学的东西太多了。
还是等大牛回答。如果你有机会选，当然不要错过。

【在 y***j 的大作中提到】

j*u2012-09-22 07:09

29 楼

it depends on the behavior you want
do you want the caller to be blocked in m2 and notified when m1 is done?
or do you want m2 to return to caller immediately?
both are pretty easy to implement with some thread sync approeach.
blocking is bad, usually.

【在 I**A 的大作中提到】

: java里
: Class C{
: method 1{}
: method 2{}
: }
: How can we guarantee that method 1 can only be called after method 2 is
: called and finished?
: Thanks a lot~

l*n2012-09-22 07:09

30 楼

转生物信息何不转码工？码工很容易找工作。

I*A2012-09-22 07:09

31 楼

就是要求m2在m1finish之前绝对不能被call
否则就deadlock瞭。。。

【在 j*****u 的大作中提到】

: it depends on the behavior you want
: do you want the caller to be blocked in m2 and notified when m1 is done?
: or do you want m2 to return to caller immediately?
: both are pretty easy to implement with some thread sync approeach.
: blocking is bad, usually.

y*j2012-09-22 07:09

32 楼

那还好，您说的那部分python的应用应该很快上手。
“至少很多数学，信号系统，优化，和一些计算机的概念。”大概有那些方面？感觉自
己修的课加上自学其实统计方面差不多够了，至少比一般CS背景的强很多，就算不够，
需要的时候也能比较迅速上手。数学方面最大缺陷没有专门学过线性代数，自己学的终
究不扎实。另外微积分忘得太多了，当时第一次看ODE，1分钟就能看懂，2分钟会自己
写（主要因为写方程还算是生物学范畴，把生物问题换成数学语言），但是真正解起来
就完全不行了，再加上PDE，DDE，也是会写，不会解。CS方面基本瞎来，凭着小聪明，
会好几种语言，但是都是野路子。
感觉现在主要是两个大方向。
一个方向大部分都是数学或者CS背景的，纯做理论，弄网上的现成数据库分析。有空跟
别的实验室合作一下，帮忙分析分析数据。
另外一个大方向，学生物的多一些，搞应用更多点儿，主要用现成的工具，小改动一下
，例如原来做RNAseq只做coding的，小改一下看看non-coding的序列，其实也没啥技术
含量，你说的不少wetlab在召的生统博后都干这些吧。
现在想法是，找个做NGS的wetlab，做些实验，但是主要做数据分析，然后一边后狗，
一边修课，估计学位是不想再拿了，把知识水平争取2-3年第一轮博后的时候混成一般
bioinformatics甚至CS的MS水平，然后是不是基本就可以脱离做wet实验苦海？

【在 N******n 的大作中提到】

: python 主要做些数据库处理。比如一个大的数据包，R可能就打不开，只能用python读
: 一部分。
: 如果你是给wetlab服务和数据分析，也够了。
: 但是，要自己能发文章，还有有新的算法，要求就很高，至少很多数学，信号系统，优
: 化，和一些计算机的概念。

j*u2012-09-22 07:09

33 楼

如果m2是public，caller可以在任何时候call它，你没有办法阻止
你要确定是当m2被call（而m1还没有finish）的时候，你希望m2的behavior是什么？

【在 I**A 的大作中提到】

: 就是要求m2在m1finish之前绝对不能被call
: 否则就deadlock瞭。。。

N*n2012-09-22 07:09

34 楼

ODE 不是很懂，biomedical engineering里面做疾病模型，或者进化模型里面很多。
cs方面用的很多data mining的知识，比如，graphic theory, bayesian modeling.
不过能发方法学的文章，难度就很大了。

【在 y***j 的大作中提到】

: 那还好，您说的那部分python的应用应该很快上手。
: “至少很多数学，信号系统，优化，和一些计算机的概念。”大概有那些方面？感觉自
: 己修的课加上自学其实统计方面差不多够了，至少比一般CS背景的强很多，就算不够，
: 需要的时候也能比较迅速上手。数学方面最大缺陷没有专门学过线性代数，自己学的终
: 究不扎实。另外微积分忘得太多了，当时第一次看ODE，1分钟就能看懂，2分钟会自己
: 写（主要因为写方程还算是生物学范畴，把生物问题换成数学语言），但是真正解起来
: 就完全不行了，再加上PDE，DDE，也是会写，不会解。CS方面基本瞎来，凭着小聪明，
: 会好几种语言，但是都是野路子。
: 感觉现在主要是两个大方向。
: 一个方向大部分都是数学或者CS背景的，纯做理论，弄网上的现成数据库分析。有空跟

y*o2012-09-22 07:09

35 楼

i do not think that is possible if both of your method expose to the client.
If that is the case, you should not expose both method to your client.
you need to have to full control to the method

【在 I**A 的大作中提到】

: 就是要求m2在m1finish之前绝对不能被call
: 否则就deadlock瞭。。。

y*j2012-09-22 07:09

36 楼

生物信息领域里，大部分PI，主要是靠什么吃饭呢?
发方法学的文章？把其他领域方法直接用到生物？做工具，例如做个数据库啥的？跟别
人一起申大funding然后做数据分析那部分？

【在 N******n 的大作中提到】

: ODE 不是很懂，biomedical engineering里面做疾病模型，或者进化模型里面很多。
: cs方面用的很多data mining的知识，比如，graphic theory, bayesian modeling.
: 不过能发方法学的文章，难度就很大了。

c*h2012-09-22 07:09

37 楼

两个thread用一个对象吗?

N*n2012-09-22 07:09

38 楼

做到最后都是data mining and data integration
大牛： Michel Jordan 已经很多他的学生，Eric Xing 都是graphic theory在生物上
面的应用。

【在 y***j 的大作中提到】

: 生物信息领域里，大部分PI，主要是靠什么吃饭呢?
: 发方法学的文章？把其他领域方法直接用到生物？做工具，例如做个数据库啥的？跟别
: 人一起申大funding然后做数据分析那部分？

b*n2012-09-22 07:09

39 楼

c++的话用boost::thread::join()

y*j2012-09-22 07:09

40 楼

Eric Xing挺有意思，双PhD

【在 N******n 的大作中提到】

: 做到最后都是data mining and data integration
: 大牛： Michel Jordan 已经很多他的学生，Eric Xing 都是graphic theory在生物上
: 面的应用。

h*32012-09-22 07:09

41 楼

恕我弩钝, 请问这题和career cup 上的那个题目有啥区别啊?
class F{
public A(); public B(); public C();
}
Can you design a mechanism to make sure that B is executed after A, C is
executed after B?
And the solution is using two semaphore synchronize between A&B, B&C. I
think the question is talking about multithreads share the same objects.
在Java里就是用wait and notifyall.
谢谢

【在 I**A 的大作中提到】

: java里
: Class C{
: method 1{}
: method 2{}
: }
: How can we guarantee that method 1 can only be called after method 2 is
: called and finished?
: Thanks a lot~

C*e2012-09-22 07:09

42 楼

歪一下楼
纯感想
前两天一个纯CS背景现在做Bioinfo薄厚的朋友刚发了一作N

l*92012-09-22 07:09

43 楼

Mutex

K*n2012-09-22 07:09

44 楼

wtf 一把年纪了别折腾technology了。我哥们儿清华自动化系毕业开了一个IT公司自任
CEO多年，今年再问，已经去安徽一个砖厂烧砖去了，还问我要不要入伙。true story
还是倒点儿货吧，卖卖试剂不行么，国际生意，一步到位，明年校友聚会就可以给学弟
做presentation了。

l*12012-09-22 07:09

45 楼

>再加上PDE，DDE，也是会写，不会解
please try master how to use Mathworks/Matlab coding for 解 those PDE DDE or
martrix PDE DDE

【在 y***j 的大作中提到】

i*22012-09-22 07:09

46 楼

大家说说这bioinformatics 以后在 health care （比如医院系统）应用如何，貌似今
后都可以把NGS 在病人身上用了。诊断和治疗都可以personalized 了。不一定总在学
校混。

z*i2012-09-22 07:09

47 楼

跟生物贴边的，都太辛苦了。有这毅力，学计算机吧。
3思。

【在 i******2 的大作中提到】

: 大家说说这bioinformatics 以后在 health care （比如医院系统）应用如何，貌似今
: 后都可以把NGS 在病人身上用了。诊断和治疗都可以personalized 了。不一定总在学
: 校混。

s*a2012-09-22 07:09

48 楼

BioPython can never catch up with Bioconductor. R is the most practical tool
for most bioinformatics tasks.
It's really hard to manage R code beyond a few hundred lines, while Python
is enterprise-ready, e.g. Google App Engine. Java is not necessarily fast.
Python with C libraries can be very fast.
IMHO, it becomes a different game if you wanna be good at programming.

【在 y***j 的大作中提到】

u*12012-09-22 07:09

49 楼

我弱弱的说下我的看法
作为一个初学的菜鸟，也就是熟悉linux系统，bash code，写一点简单的python来
process那些很大规模的sequencing数据
其实很多东西都已经搭建好了。都是跑现成的program，大量的时间还是花在如何优化
parameter上；选择最optimal的program
真正的好的工作还是需要很好的生物学的素材。。。有的计算机的systems biology的
paper做的好fancy，但其实很脱离实际的生物学应用
我有点纳闷的是，我好像都没怎么用到R。。。除了简单的统计的需要绘图的。。
当然要做到高层，还是需要方法上原创，就需要很好的计算机和数学的知识，尤其data
mining，linear regression，甚至probability。。但问题是，作为非计算出身的人
，我们去看那些一大厚本的书觉得找不到头绪。。所以只能是边做project边学零星的
数学知识。。但又觉得自己心里没底，毕竟不是科班出身

【在 i******2 的大作中提到】

: 看这 Bioinformatics 今后似乎会有更大的出路，想转到这个方面，请问怎么转过去最
: 好？本人没有一点经验，想自学不知如何下手。去学4 年under 的课吗？不太现实。
: 或者去念个master?
: 有过来人指教吗？

l*s2012-09-22 07:09

50 楼

re, a degree in stats is very helpful.

data

【在 u*********1 的大作中提到】

: 我弱弱的说下我的看法
: 作为一个初学的菜鸟，也就是熟悉linux系统，bash code，写一点简单的python来
: process那些很大规模的sequencing数据
: 其实很多东西都已经搭建好了。都是跑现成的program，大量的时间还是花在如何优化
: parameter上；选择最optimal的program
: 真正的好的工作还是需要很好的生物学的素材。。。有的计算机的systems biology的
: paper做的好fancy，但其实很脱离实际的生物学应用
: 我有点纳闷的是，我好像都没怎么用到R。。。除了简单的统计的需要绘图的。。
: 当然要做到高层，还是需要方法上原创，就需要很好的计算机和数学的知识，尤其data
: mining，linear regression，甚至probability。。但问题是，作为非计算出身的人

y*j2012-09-22 07:09

51 楼

但是我认识的统计MS大部分都是准备去工业界赚钱的（当然MS就是以就业为目的），学
得东西都挺实用的，毕业的project一般也就弄堆data，非常程序化的分析一下，很多
是帮助临床试验设计和分析的，没啥创新能力，对方法建立帮助不大。
昨天晚上看了些大牛的CV，我觉得不管生物信息还是系统生物学啥的搞方法真要搞到高
端，CS，STAT或者EE的phd水平还是需要的。
生物背景未来估计还是做omics的半干半湿的PI，或者大牛已经干到一定水平，申个巨
型funding，手下几个CS背景的小老板。

【在 l*********s 的大作中提到】

: re, a degree in stats is very helpful.
:
: data