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大家一般都在哪里测序以及如何提高测序产率
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大家一般都在哪里测序以及如何提高测序产率# Biology - 生物学
c*n
1
【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】
发信人: iwannafly (benben), 信区: Prepaid
标 题: 设定vitality上的muve键
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 27 15:50:27 2012, 美东)
刚看到这个,正是我需要的,试了一下改成相机控制,简单好用,抄过来给大伙看看。
似乎也可以改成媒体播放控制:
[HOW TO] Remap MUVE button to FOCUS and (CAMERA)SHUTTER
----------------------------------------------------------------------------
----
Just got a phone, I have it on a regular plan. So no MUVE.
MUVE button has two positions, like on cameras. Not sure, but Samsung Admire
may have it working the right way.
1. Root the phone (described here). Make sure you installed a superuser from
the market.
2. Install root explorer.
3. Open the root explorer and go to /system/usr/keylayout
4. Tap sec_key.kl and open with Text Editor
5. Go to "# handling for touch-key codes"
6. replace in
"key 766 MUVE_SCREEN WAKE_DROPPED"
MUVE_SCREEN -> CAMERA
so it will look like
"key 766 CAMERA WAKE_DROPPED"
and
"key 528 MUVE_PLAY WAKE_DROPPED"
MUVE_PLAY -> FOCUS
so it will look like
"key 528 FOCUS WAKE_DROPPED"
7. Hit BACK button, it will ask you if you want to save, confirm it.
It will create a backup file.
8. Reboot the phone.
On active phone push the button all way down and hold to call a camera app.
Inside of the camera app half press to focus, full press to shot.
想媒体播放控制的话:(这个我没试,不知道行不行)
Try replacing FOCUS or CAMERA with MEDIA_PLAY_PAUSE.
If you want it to work when locked, change WAKE_DROPPED to WAKE
原帖在这: http://androidforums.com/samsung-vitality/519722-how-remap-muve-button-focus-camera-shutter.html
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u*1
2
估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗?
有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测
过么
另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭
。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read
pairs
如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想
办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同
的library来做不同的尝试?
另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊
。。。
因为要做high-coverage的whole genome的测序,所以对一条lane的产率还是要求很高
的,不想浪费钱
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w*o
3
Thank you
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a*m
4
BGI测序要帮你分析的,然后会霸占一作甚至通讯作者
Illumina (solexa) 要patent的,大部分人付不起

【在 u*********1 的大作中提到】
: 估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗?
: 有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测
: 过么
: 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭
: 。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read
: pairs
: 如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想
: 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同
: 的library来做不同的尝试?
: 另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊

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p*s
5
我试了下 改不了
改完了保存 再打开还是原来的样
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d*j
6
cluster不是越多越好,太多的话每个cluster信号强度降低,会造成质量下降。core的
改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的,多测几次把数据合并就可以了
。如果想省钱,可以加index,把多个样品放一个lane,控制每个样品的coverage。
bioanalyzer或miseq可能优化加样的量

【在 u*********1 的大作中提到】
: 估计每个学校都有自己的sequencing core;但测序的质量和产量都ok吗?
: 有人去找别的学校之外的地方测序么?比如BGI? BGI都开到boston来了。有人去BGI测
: 过么
: 另外不晓得Hiseq2000的100PE的一条lane一般的产率是多少?我在网上看的也众说纷纭
: 。我两个sample,一个是95 million read pairs;另外一个只有65 million read
: pairs
: 如何提高产率啊?学校的sequencing core扯了半天,测一次我说低,然后他们就再想
: 办法提高一下。难道sequencing core不是用standard pipeline么?还要通过每个不同
: 的library来做不同的尝试?
: 另外自己做的library construction,有什么需要注意的么?如何才能达到optimal啊

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c*n
7
我的打开相机没有问题。
你改不了因为你没有mount成可写

【在 p******s 的大作中提到】
: 我试了下 改不了
: 改完了保存 再打开还是原来的样

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j*x
8
在欧美市场就是纯公司化运作吧,应该没你说的这回事,当然如果你提出以共同署名合
作发表为条件降低费用就是另一回事了

【在 a**m 的大作中提到】
: BGI测序要帮你分析的,然后会霸占一作甚至通讯作者
: Illumina (solexa) 要patent的,大部分人付不起

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p*s
9
mount了 不管用 可能是我下的root explorer版本的关系
后来拷出来在电脑里改了 再放回去就可以了

【在 c********n 的大作中提到】
: 我的打开相机没有问题。
: 你改不了因为你没有mount成可写

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u*1
10
恩,got it
的确cluster太多,每个cluster的信号会降低,detection system就识别不出来,最后
会导致没有data产生。为了防止没有data产生,core的staff会很小心很小心的从low
starting material开始
另外,我是要测high-coverage,一个sample就要至少5个lane。。所以加index没意义
吧。。

【在 d*******j 的大作中提到】
: cluster不是越多越好,太多的话每个cluster信号强度降低,会造成质量下降。core的
: 改进可能是调整加样的量。样品不多的话没啥好优化的,多测几次把数据合并就可以了
: 。如果想省钱,可以加index,把多个样品放一个lane,控制每个样品的coverage。
: bioanalyzer或miseq可能优化加样的量

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