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问做蛋白结构的同学一个傻问题
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问做蛋白结构的同学一个傻问题# Biology - 生物学
w*6
1
估计是电源出问题了,主板的灯都不亮了,AMD第一代双核的。
考虑干脆换一台,不知道现在哪个合适:
1. 自己组装。倒是Frys,Microcenter 都有
2. 等全新的dell或者其他的deal
3. 等dell outlet的退货deal
哪个更合适呢?
我现在有笔记本,可以等deal。 我基本上除了上网之外,最多就是Photoshop偶尔用,
Mathematica偶尔用, 极少数用C编程玩。
不玩任何游戏,偶尔看HD电影。
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f*n
2
请报价。
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s*y
3
突然想起了一个问题:
一个蛋白的氨基酸序列,如果颠倒过来排(就是把C-terminal 的放到
N-terminal 去),产生的蛋白和原蛋白有什么关系?
镜像关系?手性关系?还是没有关系?
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w*6
4
非常迫切需要解决的问题是噪音。
我旧机器自己买的机箱,不错的货色,可惜风扇噪音还是挺大,而且不能控制。
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B*g
5
how to change email?

【在 f**********n 的大作中提到】
: 请报价。
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s*s
6
应该没啥关系吧
首先肽链不对称啊,一边CN,一边CO啊
其次还有proline这样的怪物啊
最后,就算全对称,folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
一样

【在 s******y 的大作中提到】
: 突然想起了一个问题:
: 一个蛋白的氨基酸序列,如果颠倒过来排(就是把C-terminal 的放到
: N-terminal 去),产生的蛋白和原蛋白有什么关系?
: 镜像关系?手性关系?还是没有关系?

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w*6
7
顺便再问:
我定了Walmart的 AOC 24" Widescreen LCD Monitor, 1920 x 1080, 60Hz, 5ms,
Piano Black - 2436VW $129 税前,
这个deal如何?
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f*n
8
啥?

【在 B*****g 的大作中提到】
: how to change email?
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K*4
9
前两天JBC就有一篇这样的paper,
他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
然后提出一个进化关系
似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
然后作者四处推广,并且拉了几个人申请到了NIH的大funding,还准备大干一场
可惜基本上就是胡扯
让人哭笑不得

【在 s******y 的大作中提到】
: 突然想起了一个问题:
: 一个蛋白的氨基酸序列,如果颠倒过来排(就是把C-terminal 的放到
: N-terminal 去),产生的蛋白和原蛋白有什么关系?
: 镜像关系?手性关系?还是没有关系?

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q*g
10
选3就对了。AOC显示器不行啊,上网够了,PS的话差的远。
风扇噪音大的话,把风扇全换了算了,要是换4pin的,可以接到主板上控制转速。
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x*a
11
一个order号应该对应相应的email号吧?不然怎么通过verification?
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s*m
12
能不能说一下具体是哪篇文章

【在 K**4 的大作中提到】
: 前两天JBC就有一篇这样的paper,
: 他们发现有个蛋白 N->C 和另一个蛋白C-〉N 很相似
: 然后提出一个进化关系
: 似乎这个理论被一个大牛70年代提出来过
: 然后作者四处推广,并且拉了几个人申请到了NIH的大funding,还准备大干一场
: 可惜基本上就是胡扯
: 让人哭笑不得

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w*6
13
谢谢, IPS的 Dell 24 Ultrasharp很诱人,就是太贵了

【在 q********g 的大作中提到】
: 选3就对了。AOC显示器不行啊,上网够了,PS的话差的远。
: 风扇噪音大的话,把风扇全换了算了,要是换4pin的,可以接到主板上控制转速。

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s*y
14
如果在不考虑边合成边折叠的问题时呢?比方说如果是很短的多肽的时候?

【在 s******s 的大作中提到】
: 应该没啥关系吧
: 首先肽链不对称啊,一边CN,一边CO啊
: 其次还有proline这样的怪物啊
: 最后,就算全对称,folding的时候应该是一边合成一边fold, 所以出来的东西不一定
: 一样

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w*6
15
杯具啊,俺刷屏 Dell的那个 XPS 8300 一整天了,居然都不出来,几次在cart里面,
checkout的功夫就被人抢走了

【在 q********g 的大作中提到】
: 选3就对了。AOC显示器不行啊,上网够了,PS的话差的远。
: 风扇噪音大的话,把风扇全换了算了,要是换4pin的,可以接到主板上控制转速。

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J*n
16
Keywords: retro protein
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d*t
17
你这种最适合dell outlet蹲点了~

【在 w********6 的大作中提到】
: 估计是电源出问题了,主板的灯都不亮了,AMD第一代双核的。
: 考虑干脆换一台,不知道现在哪个合适:
: 1. 自己组装。倒是Frys,Microcenter 都有
: 2. 等全新的dell或者其他的deal
: 3. 等dell outlet的退货deal
: 哪个更合适呢?
: 我现在有笔记本,可以等deal。 我基本上除了上网之外,最多就是Photoshop偶尔用,
: Mathematica偶尔用, 极少数用C编程玩。
: 不玩任何游戏,偶尔看HD电影。

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s*y
18
谢谢!果然问到了行家:)
查了一下,发现早就有人想过这种“傻”问题了,测试结果是大部分
“逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构,但是三级结构会出错,经常是叠不好。

【在 J********n 的大作中提到】
: Keywords: retro protein
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s*s
19
为什么会有人问这么"无聊"的问题呢?包括你啦,呵呵
一定是最近没试验闲着慌

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢!果然问到了行家:)
: 查了一下,发现早就有人想过这种“傻”问题了,测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构,但是三级结构会出错,经常是叠不好。

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f*u
20
可以尝试用directed evolution弄个几轮,看看能不能好转

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢!果然问到了行家:)
: 查了一下,发现早就有人想过这种“傻”问题了,测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构,但是三级结构会出错,经常是叠不好。

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f*u
21
我有个类似的问题,或许不那么无聊,不知道有没有人了解。
就是说如果已知一个膜蛋白,如果我想把它里外翻一个个儿,有没有办法?
比如有个通道是往ER里面输送什么的,我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。

【在 s******s 的大作中提到】
: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢?包括你啦,呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌

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s*y
22
呵呵,这个问题其实一点都不无聊。因为事关一些蛋白折叠的基本原理。

【在 s******s 的大作中提到】
: 为什么会有人问这么"无聊"的问题呢?包括你啦,呵呵
: 一定是最近没试验闲着慌

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J*n
23
This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
doi:10.1038/nsmb0206-94
Flip-flopping membrane proteins
James U Bowie
However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
hypersensitive" one, it might be tough to flip.

【在 f**u 的大作中提到】
: 我有个类似的问题,或许不那么无聊,不知道有没有人了解。
: 就是说如果已知一个膜蛋白,如果我想把它里外翻一个个儿,有没有办法?
: 比如有个通道是往ER里面输送什么的,我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。

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p*m
24
其实这确实是一个有意思的问题,现在很多重要的membrane protein的biochemistry,
比如channels,receptors,都在reconstituted的system中间做,如果有方法能够flip
flop,比如能够让intracellular的surface变成extracellular,那么很多重要的
protein protein 相互作用都可能在biochemistry的水平上做以及被很多biophysics的
方法研究。

【在 f**u 的大作中提到】
: 我有个类似的问题,或许不那么无聊,不知道有没有人了解。
: 就是说如果已知一个膜蛋白,如果我想把它里外翻一个个儿,有没有办法?
: 比如有个通道是往ER里面输送什么的,我现在想搞个通道是从ER往外面送同样东西的。

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f*e
25
个人不相信这种基于 lattice model/monte carlo/pair potential 作出的结论。尤
其是 Skolnick
的文章。

【在 s******y 的大作中提到】
: 谢谢!果然问到了行家:)
: 查了一下,发现早就有人想过这种“傻”问题了,测试结果是大部分
: “逆”蛋白可以保留原蛋白的二级结构,但是三级结构会出错,经常是叠不好。

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f*u
26
感谢专家

【在 J********n 的大作中提到】
: This is known as the "positive-inside rule". Check out the following paper:
: Nature Structural & Molecular Biology 13, 94 - 96 (2006)
: doi:10.1038/nsmb0206-94
: Flip-flopping membrane proteins
: James U Bowie
: However, if you are dealing with a "stubborn" protein instead of a "
: hypersensitive" one, it might be tough to flip.

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K*4
27
For those people who may be interested:
Did tRNA Synthetase Classes Arise on Opposite Strands of the Same Gene?
Molecular Cell, Vol. 10, 705–708
Histidyl-tRNA Synthetase Urzymes
CLASS I AND II AMINOACYL tRNA SYNTHETASE URZYMES HAVE COMPARABLE CATALYTIC
ACTIVITIES FOR COGNATE AMINO ACID ACTIVATION
THE JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY VOL. 286, NO. 12, pp. 10387–10395,
March 25, 2011

【在 s***m 的大作中提到】
: 能不能说一下具体是哪篇文章
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