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Whole genome基因表达求建议

Whole genome基因表达求建议# Biology - 生物学

z*32013-02-12 08:02

1 楼

打听一下whole genome检测基因表达的问题，现在有一个蛋白，想检测一下敲除后在
human
cell里边会抑制哪些基因的表达。但是没做过细胞实验，所以不了解，想打听一下：
1.一般的收费是多少？
2. 自己需要做的是什么工作？
3. 如果自己没有这个敲除基因的细胞株的话，哪里可以买到？
4. 一般共需要多久的时间？
因为没做过这方面的实验，不了解，可能问的问题有些幼稚。希望了解这方面的人给予
指点，谢谢！

D*g2013-02-12 08:02

2 楼

你描述的好像不太准确。如果要检测基因的表达，可能应该用DNA array，更fancy一
点可以用 rna-seq, 而不是养细胞直接提dna.

【在 z*****3 的大作中提到】

: 打听一下whole genome检测基因表达的问题，现在有一个蛋白，想检测一下敲除后在
: human
: cell里边会抑制哪些基因的表达。但是没做过细胞实验，所以不了解，想打听一下：
: 1.一般的收费是多少？
: 2. 自己需要做的是什么工作？
: 3. 如果自己没有这个敲除基因的细胞株的话，哪里可以买到？
: 4. 一般共需要多久的时间？
: 因为没做过这方面的实验，不了解，可能问的问题有些幼稚。希望了解这方面的人给予
: 指点，谢谢！

C*42013-02-12 08:02

3 楼

想敲除看抑制／上调哪些基因，不是应该看mRNA的变化吗？应该做RNA seq？
ChIP seq是看该蛋白的直接target基因，也就是说该蛋白在chromatin上，绑在哪些基
因上。
如果你RNAseq和ChIP seq都做，就可以知道该蛋白直接抑制或者上调某些基因了；如果
只做RNA seq，可能是secondary effect。
做ChIP seq最关键的是有好的抗体，好的knock down用来control。
如果你有ChIP级别的抗体，和没有off target的shRNA，那你自己要做的就是养细胞，
敲低，做ChIP，得到的DNA送给公司建库测序。
不知道哪里买敲除基因的细胞。敲低的话就shRNA咯。敲除的话，得看有没有人做过，
人家给不给／卖不卖吧。或者TALEN自己敲除？这些都很花时间吧。
如果有很好得抗体，光shRNA敲除，养细胞到ChIP，两周足以。自己没做过，还是别自
己建库了，得到的DNA直接给公司，让他们做，分析好。
后面就看公司多快了。华大BGI据说把图画好，文章写好，给你最后结果。
价格不知道。
一般实验室有体系的话，一般是自己做到建库那一步；自己有pipeline和程序员的话，
自己分析数据。

【在 z*****3 的大作中提到】

C*42013-02-12 08:02

4 楼

还有，要知道，做ChIP的话，你的蛋白必须是个通过绑在chromatin发挥功能的蛋白，
比如转录因子，coactivator／repressor，而不是其他的，比如kinase，在signaling
里面发挥功能，或者E3 ligase等等，不进基因组和染色体。

【在 C********4 的大作中提到】

: 想敲除看抑制／上调哪些基因，不是应该看mRNA的变化吗？应该做RNA seq？
: ChIP seq是看该蛋白的直接target基因，也就是说该蛋白在chromatin上，绑在哪些基
: 因上。
: 如果你RNAseq和ChIP seq都做，就可以知道该蛋白直接抑制或者上调某些基因了；如果
: 只做RNA seq，可能是secondary effect。
: 做ChIP seq最关键的是有好的抗体，好的knock down用来control。
: 如果你有ChIP级别的抗体，和没有off target的shRNA，那你自己要做的就是养细胞，
: 敲低，做ChIP，得到的DNA送给公司建库测序。
: 不知道哪里买敲除基因的细胞。敲低的话就shRNA咯。敲除的话，得看有没有人做过，
: 人家给不给／卖不卖吧。或者TALEN自己敲除？这些都很花时间吧。

z*32013-02-12 08:02

5 楼

谢谢你的意见。我从来没做过这方面的实验，（自己方向主要是蛋白纯化测性等，从来
没接触过array，seq一类的技术）所以理解确实有问题，应该是检测rna的表达量更准
确一些，而不是ChIP。请问您做过这方面实验吗？如果送交公司的话自己需要准备什么
样品呢？谢谢。

【在 D****g 的大作中提到】

: 你描述的好像不太准确。如果要检测基因的表达，可能应该用DNA array，更fancy一
: 点可以用 rna-seq, 而不是养细胞直接提dna.

C*42013-02-12 08:02

6 楼

楼主要是觉得有用，给个包子好咩。。。

C*42013-02-12 08:02

7 楼

那就简单了，养点细胞，提出来RNA，直接给公司seq。
也别自己建库了，恐怕建不好。。。

【在 z*****3 的大作中提到】

: 谢谢你的意见。我从来没做过这方面的实验，（自己方向主要是蛋白纯化测性等，从来
: 没接触过array，seq一类的技术）所以理解确实有问题，应该是检测rna的表达量更准
: 确一些，而不是ChIP。请问您做过这方面实验吗？如果送交公司的话自己需要准备什么
: 样品呢？谢谢。

z*32013-02-12 08:02

8 楼

谢谢你的回复，醍醐灌顶呀。经过你这么一说我就明白多了。不好意思之前主要是做蛋
白表达纯化测性一类，没有接触过seq或者ChIP相关的实验，所以对这方面不了解。
现在的情况是我们有一个蛋白可能抑制表达，想看看在in vivo是有什么影响。老板有
钱但是要给他一个很好的具体一些的proposal和quote，他觉得很有兴趣就会支持的。
我们实验室没有做这个方向的，估计要送到公司做。但是如果真的数据很interesting
的话还是值得的。我会问下华大的quote的。
谢谢你的回复和建议。

【在 C********4 的大作中提到】

z*32013-02-12 08:02

9 楼

请看信箱，谢谢！

【在 C********4 的大作中提到】

: 楼主要是觉得有用，给个包子好咩。。。