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请教一个dna sequence的alignment得问题

请教一个dna sequence的alignment得问题# Biology - 生物学

m*12013-03-04 08:03

1 楼

买了个groupon的，有问题，要dispute
听说fia服务不好，是不是很难啊？

p*q2013-03-04 08:03

2 楼

准备去锈后　买黑漆刷刷
请问有什么注意事项么?

l*o2013-03-04 08:03

3 楼

刚才带她去狗公园。
大雨刚过，公园里只有两只澳牧。艾迪没理他们，就和我玩球。
过了一会儿后来了只pitbull puppy, 冲进来就往一只澳牧身上奔，结果被反过来hump
。然后就见那三只狗追跑着打成一团，那只pitbull被扯着脸，打得满地乱滚，不过他
也不生气，屡败屡战。
打到我和艾迪身边后正好他们分开了，一只澳牧显然过high, 顺口去咬了艾迪的脸。
结果艾迪立即就怒了，立马边吼边把他打翻在地并且咬脖子直到那只狗开始惨叫... 幸
好她把对方打翻两次后就不再追究了。
哎，说实话碰到这种情况我还是不知道该怎么办。他们都在跑，我想抓也抓不住...

C*U2013-03-04 08:03

4 楼

生物里面有没有一个程序是用来计算两个string之间的edit distance得啊？
我需要一个程序来做benchmark
blast好像做的比这个事情要多

f*d2013-03-04 08:03

5 楼

服务不好，你别dispute了，愿意么？

a*n2013-03-04 08:03

6 楼

没事总擦擦干？

【在 p**q 的大作中提到】

: 准备去锈后　买黑漆刷刷
: 请问有什么注意事项么?

s*r2013-03-04 08:03

7 楼

汗

hump

【在 l*****o 的大作中提到】

: 刚才带她去狗公园。
: 大雨刚过，公园里只有两只澳牧。艾迪没理他们，就和我玩球。
: 过了一会儿后来了只pitbull puppy, 冲进来就往一只澳牧身上奔，结果被反过来hump
: 。然后就见那三只狗追跑着打成一团，那只pitbull被扯着脸，打得满地乱滚，不过他
: 也不生气，屡败屡战。
: 打到我和艾迪身边后正好他们分开了，一只澳牧显然过high, 顺口去咬了艾迪的脸。
: 结果艾迪立即就怒了，立马边吼边把他打翻在地并且咬脖子直到那只狗开始惨叫... 幸
: 好她把对方打翻两次后就不再追究了。
: 哎，说实话碰到这种情况我还是不知道该怎么办。他们都在跑，我想抓也抓不住...

p*t2013-03-04 08:03

8 楼

啥叫edit distance啊
pair-wise alignment么，local还是global
还有你要bench mark啥，local/global alignmeng各自都有杂七杂八各种speedup

【在 C***U 的大作中提到】

: 生物里面有没有一个程序是用来计算两个string之间的edit distance得啊？
: 我需要一个程序来做benchmark
: blast好像做的比这个事情要多

p*q2013-03-04 08:03

9 楼

??
忘了问怎么除锈　拿砂纸磨磨?

【在 a***n 的大作中提到】

: 没事总擦擦干？

b*i2013-03-04 08:03

10 楼

赞艾迪！

hump

【在 l*****o 的大作中提到】

C*U2013-03-04 08:03

11 楼

edit distance也叫hamming distance
就是从一个string变成另外一个string需要的insertion, deletion, transform得最少
操作个数
生物里面的dna变异就是这么写操作吧
我写了个程序用来计算两个string的global edit distance
但是需要和另外一个生物里面的程序做比较看速度如何

【在 p**********t 的大作中提到】

: 啥叫edit distance啊
: pair-wise alignment么，local还是global
: 还有你要bench mark啥，local/global alignmeng各自都有杂七杂八各种speedup

p*q2013-03-04 08:03

12 楼

刚google了一下
要用钢丝球
http://www.wikihow.com/Paint-a-Mailbox

【在 p**q 的大作中提到】

: ??
: 忘了问怎么除锈　拿砂纸磨磨?

j*62013-03-04 08:03

13 楼

下次你应该拍下来，让大家看看神勇的ID

C*U2013-03-04 08:03

14 楼

计算主要是给定一个database 然后给一个query string
我进行查询可以在database里面找到所有edit distance小于某一个threshold的
string

【在 p**********t 的大作中提到】

: 啥叫edit distance啊
: pair-wise alignment么，local还是global
: 还有你要bench mark啥，local/global alignmeng各自都有杂七杂八各种speedup

T*U2013-03-04 08:03

15 楼

除完锈，要拿防锈漆先做底漆

【在 p**q 的大作中提到】

: 准备去锈后　买黑漆刷刷
: 请问有什么注意事项么?

w*y2013-03-04 08:03

16 楼

ID好神勇阿
一般黑皮如果一边吼一边很凶的去咬其他的狗（经常是倒霉蛋阿彪！◎＃¥％……
），我们就大吼‘黑皮！NO！ ’ 他明白的，都会停下来。
反正我是不去拉狗，万一咬我一口怎么办//汗

P*d2013-03-04 08:03

17 楼

You can take any program that uses purely the smith-waterman algorithm, and
set the gap penalty as well all entries in the scoring matrix to 1.
Crossmatch by phil green is widely regarded as a very efficient
implementation of smith-waterman.
BTW, what are you trying to achieve through the comparison? If you're
thinking about developing a better tool for sequence alignment, you might
have picked a wrong fight.

【在 C***U 的大作中提到】

: 生物里面有没有一个程序是用来计算两个string之间的edit distance得啊？
: 我需要一个程序来做benchmark
: blast好像做的比这个事情要多

d*e2013-03-04 08:03

18 楼

换个塑料的吧

Z*o2013-03-04 08:03

19 楼

赞忍无可忍无须再忍。

C*U2013-03-04 08:03

20 楼

我的硕士论文。。。。
前面的理论做完了
现在老板让我和一个benchmark做比较
最好是生物里面的那样还能说做的东西多少有点用
非常感谢你的建议
我去看看crossmatch

and

【在 P****d 的大作中提到】

: You can take any program that uses purely the smith-waterman algorithm, and
: set the gap penalty as well all entries in the scoring matrix to 1.
: Crossmatch by phil green is widely regarded as a very efficient
: implementation of smith-waterman.
: BTW, what are you trying to achieve through the comparison? If you're
: thinking about developing a better tool for sequence alignment, you might
: have picked a wrong fight.

c*u2013-03-04 08:03

21 楼

塑料的太阳暴晒，没几年就挂了吧，要么买个铝的？

【在 d********e 的大作中提到】

: 换个塑料的吧

j*u2013-03-04 08:03

22 楼

艾迪都被咬了，当然应该反抗了。

l*o2013-03-04 08:03

23 楼

艾迪是不肯停的... 一般：
1. 她迅速把对方打服，然后走开。
2. 她迅速占据上风，但对方不怎么服，她就不让对方动，只好我去把她拉开,她也就罢
手了。
3. 双方实力相近，打的停不下来，只好靠两主人拉开。这种情况的话我一定要把她带
走，不然的话一松手她就会继续冲上去...

【在 w***y 的大作中提到】

: ID好神勇阿
: 一般黑皮如果一边吼一边很凶的去咬其他的狗（经常是倒霉蛋阿彪！◎＃¥％……
: ），我们就大吼‘黑皮！NO！ ’ 他明白的，都会停下来。
: 反正我是不去拉狗，万一咬我一口怎么办//汗

w*y2013-03-04 08:03

24 楼

ID很猛阿，是不是因为长大了所以这种保护意识变的更强。
黑皮似乎很少跟其他狗打起来，大概因为我们平时出去也很少看到跟他个头差不多的狗
对他凶。一般都是小狗看到大狗叫的凶，黑皮完全置之不理。有时候是经过别人的院
子，别人的狗叫；黑皮好像知道人家出不来似的，也完全无视。
黑皮很会在家里耍横，nnd。有一次他吼阿彪，不许阿彪靠近rawhide，后来rawhide都
被收走了，阿彪都还不敢从那边经过

【在 l*****o 的大作中提到】

: 艾迪是不肯停的... 一般：
: 1. 她迅速把对方打服，然后走开。
: 2. 她迅速占据上风，但对方不怎么服，她就不让对方动，只好我去把她拉开,她也就罢
: 手了。
: 3. 双方实力相近，打的停不下来，只好靠两主人拉开。这种情况的话我一定要把她带
: 走，不然的话一松手她就会继续冲上去...

w*y2013-03-04 08:03

25 楼

不过昨天遛狗，看到一只猫，对着黑皮叫。黑皮非常淡定的一只看着那个猫，把那个
猫气坏了，弓着背一直叫。
阿彪在旁边激动极了，背上的毛都炸起来了。

l*o2013-03-04 08:03

26 楼

我总结下来艾迪发飙就两种情况：
一种是别的狗先呲牙凶她，发生过三四次，基本上都是因为抢球。
第二种是别的狗有小动作，突然咬了她一下，也有过三四次。
可怜的阿彪...

【在 w***y 的大作中提到】

: ID很猛阿，是不是因为长大了所以这种保护意识变的更强。
: 黑皮似乎很少跟其他狗打起来，大概因为我们平时出去也很少看到跟他个头差不多的狗
: 对他凶。一般都是小狗看到大狗叫的凶，黑皮完全置之不理。有时候是经过别人的院
: 子，别人的狗叫；黑皮好像知道人家出不来似的，也完全无视。
: 黑皮很会在家里耍横，nnd。有一次他吼阿彪，不许阿彪靠近rawhide，后来rawhide都
: 被收走了，阿彪都还不敢从那边经过

m*h2013-03-04 08:03

27 楼

as long as she didn't initialize the war, she is good.

【在 l*****o 的大作中提到】

: 我总结下来艾迪发飙就两种情况：
: 一种是别的狗先呲牙凶她，发生过三四次，基本上都是因为抢球。
: 第二种是别的狗有小动作，突然咬了她一下，也有过三四次。
: 可怜的阿彪...