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没人转？CLARITY
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m*a
2 楼
breakthrough! one step closer to Nobel
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b*r
6 楼
平时组织不透明的主要原因是什么呢

【在 s******y 的大作中提到】
: 不错，很简单也很聪明的方法。
: 大概说一下就是用acrylamide 先渗透到脑子里面去，然后再加热让胶体聚合，
: 然后再用SDS 处理除去膜脂
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b*s
7 楼
acrylamide不是有神经毒性？这样处理不会对组织结构产生影响吗？

【在 s******y 的大作中提到】
: 不错，很简单也很聪明的方法。
: 大概说一下就是用acrylamide 先渗透到脑子里面去，然后再加热让胶体聚合，
: 然后再用SDS 处理除去膜脂
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s*y
10 楼
文章里面说主要是因为细胞里的膜透光性不好，所以用SDS 把大部分脂类抽掉之后就透
明了

【在 b****r 的大作中提到】
: 平时组织不透明的主要原因是什么呢
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s*y
11 楼
此神经毒性非彼神经毒性。
acrylamide在这里是作为一个支撑细胞结构的胶体，在本质上和我们做切片的
石蜡包埋是类似的道理。只不过acrylamide胶体是透光的而石蜡不透光。
在我的理解中，这么处理至少对细胞层次的结构影响不会很大。但是具体到里面的蛋白
和亚细胞结构就比较难说。因为acrylamide聚合的时候是有可能导致某些细微结构产生
形变的。

【在 b******s 的大作中提到】
: acrylamide不是有神经毒性？这样处理不会对组织结构产生影响吗？
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p*c
12 楼
这比普通的whole－mount immunostaining强多少？BABB也可以clear啊
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s*y
13 楼
好奇的问一下，BABB溶液是用什么原理让组织透明的？另外，普通的whole－mount
immunostaining能够做脑子么？

【在 p*****c 的大作中提到】
: 这比普通的whole－mount immunostaining强多少？BABB也可以clear啊
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p*c
14 楼
是不是溶解lipid？甘油也行
可以做脑子
现在我知道为什么了，以前的whole mount一般只能做mouse/chick embryo，这个新方
法可以做adult tissue

【在 s******y 的大作中提到】
: 好奇的问一下，BABB溶液是用什么原理让组织透明的？另外，普通的whole－mount
: immunostaining能够做脑子么？
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d*m
15 楼
觉得主要是还是imaging方面的工作吧。
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n*w
16 楼
whole-mount是可以做脑子的，但是一般要先用vibratome或者cryostat先slice一下，
一般几十到100micron吧。
用multi-photon直接in vivo看也只能深入到脑子里100－200micron吧。
"Solvents such as BABB clear the opaque tissues of the embryo by replacing
water, rendering the refractive index of the embryo the same as the solution
."
from http://www.nature.com/nprot/journal/v7/n3/full/nprot.2011.441.html

【在 s******y 的大作中提到】
: 好奇的问一下，BABB溶液是用什么原理让组织透明的？另外，普通的whole－mount
: immunostaining能够做脑子么？
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n*w
17 楼
babb都是organic solvents吧。。。这样处理脑子，结构是不是就要没了。。。

【在 p*****c 的大作中提到】
: 这比普通的whole－mount immunostaining强多少？BABB也可以clear啊
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n*w
18 楼
这个工作的重要性还是在于能保证脑子的完整性吧，可以直接观察脑子内部的联系，而
不像以前做切片观察到的是局部，除非做serial sections然后3d重建。。。
太崇拜karl了！版上有人在他实验室做博后吗？
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s*y
19 楼
恩，而且非常简洁的原理，居然大家都没有早点想到。
不过，我觉得他这个技术的一个局限就是不合适使用抗体吧，大概只能用荧光蛋白来成
像。

【在 n***w 的大作中提到】
: 这个工作的重要性还是在于能保证脑子的完整性吧，可以直接观察脑子内部的联系，而
: 不像以前做切片观察到的是局部，除非做serial sections然后3d重建。。。
: 太崇拜karl了！版上有人在他实验室做博后吗？
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n*w
20 楼
嗯，有可能。如果能把那些brainbow的老鼠脑子用来做这个，应该很酷！
而且，有些荧光蛋白在经过固定啊等处理后就不荧光了。也许他们就light microscopy
，然后pseduo color。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 恩，而且非常简洁的原理，居然大家都没有早点想到。
: 不过，我觉得他这个技术的一个局限就是不合适使用抗体吧，大概只能用荧光蛋白来成
: 像。
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s*y
21 楼
大部分荧光蛋白，在比较简单的SDS 处理之后肯定是会受损的，但应该还是有一些荧光
的。如果他们只是想看看细胞之间的连接这种分辨率的话，这个技术应该是足够用的了
。如果要看细胞内部的蛋白分布什么的话可能会有点够呛。
另，他们贴出的那个照片貌似就是用brainbow表达的（？）

microscopy

【在 n***w 的大作中提到】
: 嗯，有可能。如果能把那些brainbow的老鼠脑子用来做这个，应该很酷！
: 而且，有些荧光蛋白在经过固定啊等处理后就不荧光了。也许他们就light microscopy
: ，然后pseduo color。。。
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c*r
22 楼
I tried the UREA protocol before, it didn't work....
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c*r
23 楼
They mentioned that "CLARITY also enables intact-tissue in situ
hybridization, immunohistochemistry with multiple rounds of staining and de-
staining in non-sectioned tissue, and antibody labelling throughout the
intact adult mouse brain. "
and actually they used anti-GFP antibody.
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s*y
24 楼
哦！这个倒是有点意外。可能需要比较好的渗透和洗脱步骤吧？

de-

【在 c********r 的大作中提到】
: They mentioned that "CLARITY also enables intact-tissue in situ
: hybridization, immunohistochemistry with multiple rounds of staining and de-
: staining in non-sectioned tissue, and antibody labelling throughout the
: intact adult mouse brain. "
: and actually they used anti-GFP antibody.
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n*w
25 楼
可以看他们文章里的methods,都是几天几周的。。。

【在 s******y 的大作中提到】
: 哦！这个倒是有点意外。可能需要比较好的渗透和洗脱步骤吧？
:
: de-
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a*l
26 楼
他手下出来的人都很牛啊
那个一作很牛的，因为以前做工程的所以才想到这个方法，据说老板本来不是这个idea
来着。人现在好几个名校AP offer在手，不知道最后会去哪个
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a*i
27 楼
Scale: a chemical approach for fluorescence imaging and reconstruction of
transparent mouse brain
Nature Neuroscience 14, 1481–1488 (2011) doi:10.1038/nn.2928
版上牛人能否解释下，和这篇文章比，这片nature article强在哪儿？
karl太cool了，不光在brain的activity领域开创Optogenetics， 如果这篇文章大规模
应用，在brain morphology领域贡献也很大。当年Cajal就凭借Golgi staining，开创
现代神经生物学。。。
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b*k
28 楼
scale也很不错 要实际比较一下才知道有没有本质改善

【在 a****i 的大作中提到】
: Scale: a chemical approach for fluorescence imaging and reconstruction of
: transparent mouse brain
: Nature Neuroscience 14, 1481–1488 (2011) doi:10.1038/nn.2928
: 版上牛人能否解释下，和这篇文章比，这片nature article强在哪儿？
: karl太cool了，不光在brain的activity领域开创Optogenetics， 如果这篇文章大规模
: 应用，在brain morphology领域贡献也很大。当年Cajal就凭借Golgi staining，开创
: 现代神经生物学。。。
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m*q
29 楼
不知道这个能不能做骨头呀？
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