怎么找一个motif是否在这个gene存在，求助 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

怎么找一个motif是否在这个gene存在，求助

怎么找一个motif是否在这个gene存在，求助# Biology - 生物学

t*l2013-06-10 07:06

1 楼

我现在想研究一个gene是否和CCCTC-Binding Factor 有关系。
我想知道这个CTCF的consensus sequence: CCGCGNGGNGGCAG 时候存在我想研究的这个
gene的上下游和内含子中。我应该怎么入手，从来没做个bioinfo方面的工作。还有就
是想biochemially 证明这个CTCF可以结合到这个gene的DNA，但是我不知道哪个地方，
要是做CHIP,怎么选primer呢，总不能一上来就chip-seq，

b*82013-06-10 07:06

2 楼

http://insulatordb.uthsc.edu/
Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D188-94. doi: 10.1093/nar/
gks1165. Epub 2012 Nov 27.CTCFBSDB 2.0: a database for CTCF-binding sites
and genome organization.
Ziebarth JD, Bhattacharya A, Cui Y.

c*e2013-06-10 07:06

3 楼

This website is not user friendly.

【在 b**********8 的大作中提到】

: http://insulatordb.uthsc.edu/
: Nucleic Acids Res. 2013 Jan;41(Database issue):D188-94. doi: 10.1093/nar/
: gks1165. Epub 2012 Nov 27.CTCFBSDB 2.0: a database for CTCF-binding sites
: and genome organization.
: Ziebarth JD, Bhattacharya A, Cui Y.

c*e2013-06-10 07:06

4 楼

This website is not user friendly.

【在 b**********8 的大作中提到】