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问蛋白结合结构预测
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问蛋白结合结构预测# Biology - 生物学
S*y
1 楼
当年还挺喜欢看这个电视剧的，董洁那个时候的扮相很清纯，而刘亦菲当时还挺小的，
应该还不到20岁，在剧里看着就很小，那也是刘亦菲刚出道演的一个反派人物，娇生惯
养又蛮横的千金大小姐，跟董洁演的冷清秋抢陈坤演的金燕西。
当时还很喜欢这部剧的主题曲，沙宝亮的《暗香》，歌曲唱的很有感觉，很伤感，跟这
部电视剧的结局很搭配，因为是个悲剧，最终男女主角没能在一起。
就因为这样的结局，恨不得想给编剧寄刀片了都，看的还是很入戏的，演员颜值和演技
都好。
现在流行各种翻拍，连这部剧也没能逃过被翻拍这一关，不过陈坤和董洁演的已经很深
入人心了，颜值和气质都很不错，谁还能接替他俩呢，年轻演员压力很大呀。
新版的《金粉世家》据说要变成喜剧，就是金燕西和冷清秋在一起了，这样的结局反转
，不知道习惯了老版是悲剧的观众能不能接受，不过改结局不重要了，重要的是谁来演。
金燕西或许容易找，但是冷清秋却不容易，董洁扮相的那种清纯，现在没有几个小花能
有这样的feel的，就连95后的关晓彤也显得没有那么清纯。
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f*f
2 楼
问：
两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。
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D*t
3 楼
这种剧就不该翻拍
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C*e
4 楼
Rosetta
不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序
当然还要有些别的扶助的信息
比如map conservation onto structure
看有没有那些地方高度保守
很有可能那些区域比较重要，更有可能involve protein-protein interaction

【在 f*****f 的大作中提到】
: 问：
: 两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。
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S*y
5 楼
金燕西也不好找演员了
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f*f
6 楼
好吧，谢谢。连安装也不会，有没有傻瓜一点的？

【在 C*******e 的大作中提到】
: Rosetta
: 不过Rosetta不是一个非常user friendly的程序
: 当然还要有些别的扶助的信息
: 比如map conservation onto structure
: 看有没有那些地方高度保守
: 很有可能那些区域比较重要，更有可能involve protein-protein interaction
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s*r
7 楼
民国时代的情感剧都不错，像雾像雨又像风也该重拍，里面美女如云啊
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C*e
8 楼
如果两个蛋白都功能已知，从那个角度来找interaction motif吧
如果别的信息都没有
我可能会先map conservation onto structure看看

【在 f*****f 的大作中提到】
: 好吧，谢谢。连安装也不会，有没有傻瓜一点的？
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r*y
9 楼
现在的年轻女演员里真没有谁有董洁的气质--干净清丽略带悲情和清冷，和角色的名字
特别符合。
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f*f
10 楼
谢谢，不过功能信息很少。
map conservation onto structure 是什么意思？是说interaction surface一般很保
守？
以clathrin 为例，如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构，在clathrin
complex结构解析出来之前，如果没有生化实验验证，可以大致预测出两者如何结合么？

【在 C*******e 的大作中提到】
: 如果两个蛋白都功能已知，从那个角度来找interaction motif吧
: 如果别的信息都没有
: 我可能会先map conservation onto structure看看
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o*e
11 楼
刘诗诗有点菊苦之气，但不会演戏。不过董洁演技也不怎么样。

【在 r*********y 的大作中提到】
: 现在的年轻女演员里真没有谁有董洁的气质--干净清丽略带悲情和清冷，和角色的名字
: 特别符合。
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C*e
12 楼
map conservation onto structure参看这个
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
他们有online server
基本上就是对每个residue position会按照保守－不保守给个grade，0－9
然后每个grade用颜色区分，
应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守，哪些地方不保守
对于protein-protein interaction partners来说
两者共同进化
用这样的方法可能得到一些启发
但如果是抗原－抗体这种，这样的assumption就不成立了
此外不管是什么预测手段，都只是预测，没有别的试验佐证，都不好说到底预测对不对啊

clathrin
么？

【在 f*****f 的大作中提到】
: 谢谢，不过功能信息很少。
: map conservation onto structure 是什么意思？是说interaction surface一般很保
: 守？
: 以clathrin 为例，如果仅仅知道heavy chain 和 light chain单独结构，在clathrin
: complex结构解析出来之前，如果没有生化实验验证，可以大致预测出两者如何结合么？
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r*y
13 楼
刘诗诗上镜不够美，可能因为五官和脸型不够立体，镜头再一放大，就略显饼脸。而且
她眼神不灵动（好像本人就比较木），估计会看得尴尬。


: 刘诗诗有点菊苦之气，但不会演戏。不过董洁演技也不怎么样。



【在 o********e 的大作中提到】
: 刘诗诗有点菊苦之气，但不会演戏。不过董洁演技也不怎么样。
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s*m
15 楼
可以用protein-protein docking来预测
一下的链接里有些相关的软件
http://zlab.umassmed.edu/zlab/protein.shtml

【在 f*****f 的大作中提到】
: 问：
: 两个蛋白结合，pdb结构已知，有能预测binding site的方法或软件么？谢谢。
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f*f
16 楼
好的，非常感谢。

【在 C*******e 的大作中提到】
: map conservation onto structure参看这个
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12499312
: 他们有online server
: 基本上就是对每个residue position会按照保守－不保守给个grade，0－9
: 然后每个grade用颜色区分，
: 应用在pdb结构上以后就能很直观的看到哪些地方更保守，哪些地方不保守
: 对于protein-protein interaction partners来说
: 两者共同进化
: 用这样的方法可能得到一些启发
: 但如果是抗原－抗体这种，这样的assumption就不成立了
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s*n
19 楼
这种还是找专业合作者比较靠谱吧
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