如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list# Biology - 生物学
h*u
1 楼
差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
个房子，inspection也做了，居
然在节骨眼上出这种差错！
个房子，inspection也做了，居
然在节骨眼上出这种差错！
j*1
2 楼
《甄嬛传》相信很多人都看过这部剧，这部剧是孙俪，蔡少芬，蒋欣，陈建斌等演员联
袂出演的清宫戏。这部剧说的是后宫宫斗戏，不知道为什么这么火？除了大陆很火，港
台也很火。并且这部剧还火到了国外。这部剧和很多古装剧，清代的宫斗戏有什么区别
。这部剧好像当年的《还珠格格》，爆红程度都差不多。《甄嬛传》播出几年了还有很
多人看这部剧，有很多朋友喜欢看这部电视剧。我承认这部电视剧拍的很好，演员演技
好，场景很美，服装道具都不错。
不过这部只是一部宫斗剧而已，为什么这么火？
袂出演的清宫戏。这部剧说的是后宫宫斗戏，不知道为什么这么火？除了大陆很火，港
台也很火。并且这部剧还火到了国外。这部剧和很多古装剧，清代的宫斗戏有什么区别
。这部剧好像当年的《还珠格格》，爆红程度都差不多。《甄嬛传》播出几年了还有很
多人看这部剧，有很多朋友喜欢看这部电视剧。我承认这部电视剧拍的很好，演员演技
好，场景很美，服装道具都不错。
不过这部只是一部宫斗剧而已，为什么这么火？
y*i
3 楼
据爆料现在的苹果系统出问题了，说是系统里安插了监视跟踪插件，现实版的《黑镜》
要上演了。面对如此情况，你会怎么办？你还会用吗？
原来正用的好好的苹果电脑和手机，你会怎么处理，你可能说了，我能有啥秘密，我又
不是什么重要人物，只是小老百姓，监视我那是既浪费人力也浪费物力。
不过我想说的是，即便如此你就任由别人监视你了，虽说我们不是什么大人物，但是也
有隐私，你的隐私都成为别人的筹码时，你不感到愤怒吗？系统安插跟踪和插件，这件
事想想很可能，想想看用苹果产品的都是什么人，至少是白领吧，否则谁买得起。
如此说来一旦情况属实，那么监视的可是中国的精英啊，如果以此推论那么苹果手机越
来越贵是有目的的。怪不得越来越贵，这本身就是要锁定部分人群，不会管你是不是有
钱买的去。原本美国可能就是想这么做，先是锁定人群，然后再监视这部分人，只是他
们失算了，没想到中国的人比较好面子，即便自己穷的叮当响，也要打肿脸充胖子，非
要买苹果手机来标榜一下自己的身份。
这么以来苹果虽然越卖越贵，可不是有钱人想要的，失算了吧，伙计！
要上演了。面对如此情况，你会怎么办？你还会用吗？
原来正用的好好的苹果电脑和手机，你会怎么处理，你可能说了，我能有啥秘密，我又
不是什么重要人物，只是小老百姓，监视我那是既浪费人力也浪费物力。
不过我想说的是，即便如此你就任由别人监视你了，虽说我们不是什么大人物，但是也
有隐私，你的隐私都成为别人的筹码时，你不感到愤怒吗？系统安插跟踪和插件，这件
事想想很可能，想想看用苹果产品的都是什么人，至少是白领吧，否则谁买得起。
如此说来一旦情况属实，那么监视的可是中国的精英啊，如果以此推论那么苹果手机越
来越贵是有目的的。怪不得越来越贵，这本身就是要锁定部分人群，不会管你是不是有
钱买的去。原本美国可能就是想这么做，先是锁定人群，然后再监视这部分人，只是他
们失算了，没想到中国的人比较好面子，即便自己穷的叮当响，也要打肿脸充胖子，非
要买苹果手机来标榜一下自己的身份。
这么以来苹果虽然越卖越贵，可不是有钱人想要的，失算了吧，伙计！
r*i
4 楼
请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
谢谢。
谢谢。
j*8
5 楼
Easy, ask pay office to reprint one for you. They have records
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
C*t
6 楼
不喜欢这部戏，试着看了几次都看不下去
f*h
7 楼
我有个script可以干这事，你给我个邮箱吧，我发给你，不是我写的，但我找不到下载
地址了
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
地址了
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
a*o
8 楼
tax return有吗?
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
f*h
9 楼
给你贴了吧，大家想用都可以
#!/usr/bin/perl -w
#############################################
#Author: Jiang Li
#email: r**********[email protected]
#Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
#Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
#############################################
use strict;
use warnings;
=pod
=head1 SYNOPSIS
Given a genbank format file (.gb), parse its feature parts (mRNA feature to
get exon regions) to get information like transcript id, gene name, etc.,
and store the result in gtf format
=head1 USAGE
perl genbank2gtf_mRNA.pl input.gb chromosome >chromosome_mRNA.gtf
=head1 RESULTS
The output is a file named as chromosome_mRNA.gtf, in which chromosome is
given as the input parameter
=cut
#Script begin
#Convert a genbank file into a gtf format file (Only parse mRNA feature)
my $usage = "perl $0 GenBank.gb chromosome >chromosome.gtf n";
die $usage unless (@ARGV==2);
genbank2gtf($ARGV[0],$ARGV[1]);
sub genbank2gtf{
my ($in,$chr) = @_;
print $in," ",$chr,"n";
open(IN,$in) or die "The genbank annotation is not exists n";
my $feature="";
my $flag=0;
#Getting feature lines
while(){
if(/^FEATURES/){
$flag=1;
next;
}
last if(/^ORIGIN/); #The following lines display the sequences
$feature.=$_ if ($flag);
}
close IN;
#Begin parse the $feature;
#print $feature;
my @features;
while($feature=~/^ {5}S.*n(^ {21}S.*n)*/gm){
push @features,$&;
# print $&,"hahan";
# print $feature,"wawan";
}
#Loop each feature and only parse those mRNA features to get the exon
region, together with other
#information like gene name, transcript id, etc.
foreach my $f (@features){
if($f=~/^ {5}(S+).*n(^ {21}S.*n)*/){
#Only feature is mRNA
if($1 ne "source"){
# information need to be fetched
my ($gene_id,$transcript_id,$gene_name,$transcript_name);
my $strand="+";
$strand="-" if($f=~/complement(/);
#transcript_id and transcript_name share the same name
if($f=~//transcript_id="(.*?)"/){
$transcript_id=$1;
$transcript_name=$1;
}
#gene id
if($f=~//db_xref="GeneID:(d+)"n/){
$gene_id=$1;
}
#gene name
if($f=~//gene="(.*?)"/){
$gene_name=$1;
}
=head1 EXON REGION PARSE
=head2 CODE
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
}
=head2 EXAMPLE
mRNA complement(join(102429..103045,104811..104942,
105561..105643,105732..105835,105910..106035))
/gene="CCDC115"
/product="coiled-coil domain containing 115"
/note="Derived by automated computational analysis
using
gene prediction method: GNOMON. Supporting evidence
includes similarity to: 4 ESTs, 1 Protein"
/transcript_id="XM_003980242.1"
/db_xref="GI:410947098"
/db_xref="GeneID:101080349"
=cut
#Parse exons
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
#if($gene_name eq "ITK"){print STDERR $tmp,"n";print
STDERR join "n",@array;};
for(my $i=0;$imy $j=$i+1;
my $group="gene_id "$gene_id"; transcript_id "$
transcript_id"; exon_number "$j"; gene_name "$gene_name"; transcript_name "$
transcript_name";n";
print join "t",($chr,"protein_coding","exon",$start[
$i],$end[$i],
".",$strand,".",$group);
}
}
}
}
}
}
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
#!/usr/bin/perl -w
#############################################
#Author: Jiang Li
#email: r**********[email protected]
#Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
#Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
#############################################
use strict;
use warnings;
=pod
=head1 SYNOPSIS
Given a genbank format file (.gb), parse its feature parts (mRNA feature to
get exon regions) to get information like transcript id, gene name, etc.,
and store the result in gtf format
=head1 USAGE
perl genbank2gtf_mRNA.pl input.gb chromosome >chromosome_mRNA.gtf
=head1 RESULTS
The output is a file named as chromosome_mRNA.gtf, in which chromosome is
given as the input parameter
=cut
#Script begin
#Convert a genbank file into a gtf format file (Only parse mRNA feature)
my $usage = "perl $0 GenBank.gb chromosome >chromosome.gtf n";
die $usage unless (@ARGV==2);
genbank2gtf($ARGV[0],$ARGV[1]);
sub genbank2gtf{
my ($in,$chr) = @_;
print $in," ",$chr,"n";
open(IN,$in) or die "The genbank annotation is not exists n";
my $feature="";
my $flag=0;
#Getting feature lines
while(
if(/^FEATURES/){
$flag=1;
next;
}
last if(/^ORIGIN/); #The following lines display the sequences
$feature.=$_ if ($flag);
}
close IN;
#Begin parse the $feature;
#print $feature;
my @features;
while($feature=~/^ {5}S.*n(^ {21}S.*n)*/gm){
push @features,$&;
# print $&,"hahan";
# print $feature,"wawan";
}
#Loop each feature and only parse those mRNA features to get the exon
region, together with other
#information like gene name, transcript id, etc.
foreach my $f (@features){
if($f=~/^ {5}(S+).*n(^ {21}S.*n)*/){
#Only feature is mRNA
if($1 ne "source"){
# information need to be fetched
my ($gene_id,$transcript_id,$gene_name,$transcript_name);
my $strand="+";
$strand="-" if($f=~/complement(/);
#transcript_id and transcript_name share the same name
if($f=~//transcript_id="(.*?)"/){
$transcript_id=$1;
$transcript_name=$1;
}
#gene id
if($f=~//db_xref="GeneID:(d+)"n/){
$gene_id=$1;
}
#gene name
if($f=~//gene="(.*?)"/){
$gene_name=$1;
}
=head1 EXON REGION PARSE
=head2 CODE
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
}
=head2 EXAMPLE
mRNA complement(join(102429..103045,104811..104942,
105561..105643,105732..105835,105910..106035))
/gene="CCDC115"
/product="coiled-coil domain containing 115"
/note="Derived by automated computational analysis
using
gene prediction method: GNOMON. Supporting evidence
includes similarity to: 4 ESTs, 1 Protein"
/transcript_id="XM_003980242.1"
/db_xref="GI:410947098"
/db_xref="GeneID:101080349"
=cut
#Parse exons
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
my $tmp=$3;
$tmp=~s/s|n|>//g;
my @array = split ",",$tmp;
my @start;
my @end;
foreach my $s(@array){
if($s=~/(d+)..(d+)/){
push @start,$1;
push @end,$2;
}else{
push @start,$s;
push @end,$s+1;
}
}
if($strand eq "-"){
@start=reverse @start;
@end=reverse @end;
}
#if($gene_name eq "ITK"){print STDERR $tmp,"n";print
STDERR join "n",@array;};
for(my $i=0;$imy $j=$i+1;
my $group="gene_id "$gene_id"; transcript_id "$
transcript_id"; exon_number "$j"; gene_name "$gene_name"; transcript_name "$
transcript_name";n";
print join "t",($chr,"protein_coding","exon",$start[
$i],$end[$i],
".",$strand,".",$group);
}
}
}
}
}
}
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
d*n
10 楼
没关系的，反正我们可以帮客人向IRS request W2。不是什么大事，问一下你的broker。
r*i
11 楼
谢谢，
好人一生平安
【在 f*****h 的大作中提到】
: 给你贴了吧，大家想用都可以
: #!/usr/bin/perl -w
: #############################################
: #Author: Jiang Li
: #email: r**********[email protected]
: #Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
: #Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
: #############################################
: use strict;
: use warnings;
好人一生平安
【在 f*****h 的大作中提到】
: 给你贴了吧，大家想用都可以
: #!/usr/bin/perl -w
: #############################################
: #Author: Jiang Li
: #email: r**********[email protected]
: #Creat Time: Tue 23 Oct 2012 01:37:54 PM CDT
: #Vanderbilt Center for Quantitative Sciences
: #############################################
: use strict;
: use warnings;
s*n
12 楼
我的loan agent说一年就行！
d*7
13 楼
use ucsc table browser
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
w*i
14 楼
我们当时也没有要前年的W2。就是要了一年的。
X*n
15 楼
bioconductor packages:
org.Hs.eg.db
org.Mm.eg.db
org.Hs.eg.db
org.Mm.eg.db
l*o
16 楼
找当时单位的payroll, 他们可以直接email给你的。
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
r*i
17 楼
谢谢各位
b*d
18 楼
给HR打个电话就搞定了.
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
【在 h****u 的大作中提到】
: 差前年的W2表找不到，怎么办？没有W2表是不是一定不能贷款？天哪！好不容易看上一
: 个房子，inspection也做了，居
: 然在节骨眼上出这种差错！
y*n
19 楼
MARK,3x
y*n
20 楼
能解释下这句什么意思？
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
Perl编译报错：
Unmatched ( in regex; marked by )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
Perl编译报错：
Unmatched ( in regex; marked by )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
f*h
21 楼
话说我原来的Script可以用，肯定是由于mitbbs每行只能显示若干字符，把原来script
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
join(
【在 y****n 的大作中提到】
: 能解释下这句什么意思？
: if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
: Perl编译报错：
: Unmatched ( in regex; marked by : )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
join(
【在 y****n 的大作中提到】
: 能解释下这句什么意思？
: if($f=~/(complement()?(join()?(d+[d.n,> ]+d)())?/){
: Perl编译报错：
: Unmatched ( in regex; marked by : )?(d+[d.n,> ]+d)())?/ at genbank2gtf.pl line 135.
f*h
22 楼
话说我原来的Script可以用，由于mitbbs每行只能显示若干字符，原来script被
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
truncate了。。。 我刚找到原网址
https://sites.google.com/site/riverlee2008/post/
asetofscriptstogetannotationingtffromncbigenbankfiles
【在 r*****i 的大作中提到】
: 请问各位xdjm，如何拿到人类和小鼠整个基因组的基因list。
: 谢谢。
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