s*0
2 楼
EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
S*e
3 楼
As in title. Coupon is from movers guide. Thanks!
z*o
4 楼
大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
起作用的？
还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
希望各位能人帮我分析下这些问题。谢谢呀！
knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
起作用的？
还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
希望各位能人帮我分析下这些问题。谢谢呀！
n*1
5 楼
impossible. why should they care you who can not vote within at least 5
years.
years.
K*4
6 楼
你的knockdown的效率指的是什么
一个特定的marker gene 的表达？
感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
一个特定的marker gene 的表达？
感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
s*0
7 楼
政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
i*l
8 楼
firstly,
time point of your mRNA knockdown
=/=
time point of your protein clearance
1.5,
i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
sensitivity of WB and QPCR
2.
is normalizing control gene the same in different methods?
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
time point of your mRNA knockdown
=/=
time point of your protein clearance
1.5,
i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
sensitivity of WB and QPCR
2.
is normalizing control gene the same in different methods?
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
l*7
9 楼
要我说还能什么10月啊，趁乱在总统的忽悠感召下，三月就全进门发卡吧，都在门外冻
了那么多年了。
了那么多年了。
l*y
10 楼
什么样品啊，in vivo还是cell culture
估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
s*0
11 楼
行政程序还是要走的，又不是老毛。
H*e
12 楼
Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
1. By multiple sequences.
2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
partial blocking translation + partial inducing degradation.
For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
My point is to do western-blot.
1. By multiple sequences.
2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
partial blocking translation + partial inducing degradation.
For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
My point is to do western-blot.
c*t
13 楼
谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
c*e
14 楼
你的蛋白在核内吗？
RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
In addition to mapping rate, incompletely spliced
transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
your analysis. You should trust your RT-PCR.
【在 z********o 的大作中提到】
: 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
: knockdown的效率有73%， 但是micoarray做出来只有～50%。后来又去做了RNAseq，结
: 果也差不多。microarray和RNAseq的结果看，这个被knockdown的factor几乎没引起什
: 么基因表达的变化。但是在蛋白水平上，这个factor几乎被knockdown清除了。不知道
: 是怎么回事？是不是这个factor根本不值得做，还是在我这类细胞里不是作为转录因子
: 起作用的？
: 还有，我的RNAseq的library是让学校的测序部门做的，然后他们再测序。测
: 100mer/reads，一共测了30 million。但是得降到70mer时mapping efficiency才只有
: ～50%左右。那这个测序结果好吗？可信吗？我刚接触这些东西，分析也是一个专门做
: bioinformatics的韩国学生帮我分析的。
G*h
15 楼
O8 will let EB2 in before February 9th to celebrate the Spring Festival.
A great dream.
【在 s****0 的大作中提到】
: EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
: 移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
: 最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
: 非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
A great dream.
【在 s****0 的大作中提到】
: EB2, EB3 2013年10月会大水，立马交485！
: 移民改革好多议案，远胜于stem那个单一的议案。
: 最差的结局也是，大家立马交了485，老中排期缩至1年，烙印缩至1年。
: 非法移民要交手续费，大约1万美子，等上半年到一年，拿卡。
z*o
16 楼
knockdown的效率是从qPCR看mRNA的表达量。
我这个gene研究的不多，在我这类细胞里面也不晓得有什么具体功能，所以假设是
marker gene。knockdown后做microarray和RNAseq确实没什么结果。
【在 K**4 的大作中提到】
: 你的knockdown的效率指的是什么
: 一个特定的marker gene 的表达？
: 感觉如果敲掉个基因，芯片和RNAseq总会出来结果的吧
b*d
17 楼
里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
【在 c********t 的大作中提到】
: 谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
【在 c********t 的大作中提到】
: 谁知道当年里根时代是咋放水的？？？
z*o
18 楼
time point很重要。我最开始做microarray是用的诱导shRNA表达knockdown后48h的细
胞做的。只找出了10个左右的gene有2-fold change，都是零散的，这样的结果是没法
做GO term的。后来看了下protein的变化，在诱导shRNA表达后第四天，蛋白几乎被
clear了。所以有拿这个时间点的样品去做RNAseq，结果还是不行。
【在 i***l 的大作中提到】
: firstly,
: time point of your mRNA knockdown
: =/=
: time point of your protein clearance
: 1.5,
: i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
: sensitivity of WB and QPCR
: 2.
: is normalizing control gene the same in different methods?
胞做的。只找出了10个左右的gene有2-fold change，都是零散的，这样的结果是没法
做GO term的。后来看了下protein的变化，在诱导shRNA表达后第四天，蛋白几乎被
clear了。所以有拿这个时间点的样品去做RNAseq，结果还是不行。
【在 i***l 的大作中提到】
: firstly,
: time point of your mRNA knockdown
: =/=
: time point of your protein clearance
: 1.5,
: i saw good KD on WB with ~70% on qPCR before, probably due to different
: sensitivity of WB and QPCR
: 2.
: is normalizing control gene the same in different methods?
j*n
19 楼
据说奥吧驴刚和墨西哥总统谈判，额外再从墨西哥弄进来2千万人！
【在 b*****d 的大作中提到】
: 里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
【在 b*****d 的大作中提到】
: 里根搞得是大赦.直接把非法合法了.
z*o
20 楼
cell culture
我也不知道kd的效率怎么回事，我qPCR和WT做的kd的效率都很高的，但是上了
microarray和RNAseq kd效率就只有～50%。我觉得我一步步做的很小心仔细了（我有点
完美主义似的强迫症），但是microarray和RNAseq结果就是没什么变化。我个人都怀疑
这个课题的方向是不是存在问题，但是老板和实验室的人现在都揪着这个kd的效率，说
microarray和RNAseq测的效率只有～50%，这个效率不足以引起变化，所以我的RNAseq
和microarray的结果很flat。
【在 l***y 的大作中提到】
: 什么样品啊，in vivo还是cell culture
: 估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
: 另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: : 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
我也不知道kd的效率怎么回事，我qPCR和WT做的kd的效率都很高的，但是上了
microarray和RNAseq kd效率就只有～50%。我觉得我一步步做的很小心仔细了（我有点
完美主义似的强迫症），但是microarray和RNAseq结果就是没什么变化。我个人都怀疑
这个课题的方向是不是存在问题，但是老板和实验室的人现在都揪着这个kd的效率，说
microarray和RNAseq测的效率只有～50%，这个效率不足以引起变化，所以我的RNAseq
和microarray的结果很flat。
【在 l***y 的大作中提到】
: 什么样品啊，in vivo还是cell culture
: 估kd效率不会很精确，73%和50%区别不大
: 另外看到phenotype了？【 在 zhoumaomao (周毛毛) 的大作中提到: 】
: : 大家遇到这样的情况吗？在送totalRNA去做microarray之前做qPCR确定了
a*x
21 楼
你这是真名暴露贴
【在 s****0 的大作中提到】
: 政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
【在 s****0 的大作中提到】
: 政治本身就没有逻辑！纯属操蛋！
z*o
22 楼
我的细胞是stable cell lines。先用WT确定了KD后，才决定去测microarray和RNAseq
的。
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
的。
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
z*o
23 楼
我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
complicated
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 你的蛋白在核内吗？
: RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
: In addition to mapping rate, incompletely spliced
: transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
: your analysis. You should trust your RT-PCR.
RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
complicated
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 你的蛋白在核内吗？
: RNAseq目前虽然有很多方法，但定量不太准确。
: In addition to mapping rate, incompletely spliced
: transcripts, partially degraded RNA in your total RNA that will complicated
: your analysis. You should trust your RT-PCR.
v*a
24 楼
的确如此
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
you
I
knockdown
an
【在 H*****e 的大作中提到】
: Whenever I review manuscript with knockdown. I have two requirements:
: 1. By multiple sequences.
: 2. By western-blot. Even you can detect it by array or PCR, I still ask you
: to do it because I feel I am being fooled. Many knockdown in my hand is
: partial blocking translation + partial inducing degradation.
: For certain cases, I ask for stable lines not oligos. For these reasons, I
: had rejected quite few manuscripts from China. They like to show knockdown
: using oligos and like to show knockdown effect by PCR. One rebuttal with an
: efficiency of 100%. I asked editor to make his decision.
: My point is to do western-blot.
l*y
25 楼
首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
功能，否则，应当以 WB 为准。
最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
功能，否则，应当以 WB 为准。
最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
c*e
26 楼
如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
【在 z********o 的大作中提到】
: 我的蛋白在胞质和核内都用，可以在两者之间shuttle。
: RNAseq分析我真不懂，至于您说的这些问题我也不知道存不存在。我把totalRNA送
: 到测序的部门，他们帮我纯化,去除了ribosome RNA，在做了library。每一步他们都用
: bioanalyzer测了，结果看起来都不错。
:
: complicated
z*o
27 楼
正如楼上一位仁兄所说，好像现在人人都要做一做各种seq。
老板很老，没钱，但是心很大，要我做我也不能反抗。每次测只能做两个重复，也
不能采集多个时间点。韩国学生总是说P-value太高，要多重复什么的。但是我感觉跟
老板也无法沟通，例如P-value跟他说半天他也不明白这个高了跟结果的可行信之间的
关系。我个人比较包子，说两句就被他接着无休止地自顾自说。只好回来自个郁闷。
接下来还要ChIP-seq。这个还没找到人给分析的。老板叫我自己学，狂汗！要是实
验室有人教还能学会点皮毛。也没人教，还不知道到时怎么办呢！
谢谢ciphergene！
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
老板很老，没钱，但是心很大，要我做我也不能反抗。每次测只能做两个重复，也
不能采集多个时间点。韩国学生总是说P-value太高，要多重复什么的。但是我感觉跟
老板也无法沟通，例如P-value跟他说半天他也不明白这个高了跟结果的可行信之间的
关系。我个人比较包子，说两句就被他接着无休止地自顾自说。只好回来自个郁闷。
接下来还要ChIP-seq。这个还没找到人给分析的。老板叫我自己学，狂汗！要是实
验室有人教还能学会点皮毛。也没人教，还不知道到时怎么办呢！
谢谢ciphergene！
【在 c********e 的大作中提到】
:
: 如果你自己不会bioinformatics,现在不要碰RNAseq.
z*o
28 楼
我觉得您分析地好赞！
谢谢您呀！
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
谢谢您呀！
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
z*t
29 楼
Can you explain why RNA-Seq is not for quantification of transcripts?
FPKM is not considered as a way of quantification of transcripts? I'm a
little confused:)
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
FPKM is not considered as a way of quantification of transcripts? I'm a
little confused:)
【在 l***y 的大作中提到】
: 首先，microarray 本身就是 high-throughput 方法中定量不是很靠谱的一种 -- 当然
: 了，别的更不靠谱，所以应当以 qPCR 为准；
: 其次，RNA-seq 的定量更是笑话 -- 人家不是干这个的好不好？RNA-seq 的泛滥和试图
: 取代 microarray 是当前的一大流弊啊。
: 再次，“kd 某个基因”这个表述本身就误导。大家往往关心的是 kd 的 protein/
: proteins。所以，除非想强调被 kd 的是个 non-coding RNA，或者强调 mRNA 的某种
: 功能，否则，应当以 WB 为准。
: 最后，看 kd 是否在 mRNA degradation 上起了作用，应当测对应的 mRNA 的降解速率
: ，而不是其表达水平。这一点对于研究 kd 失败的原因很重要。
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