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truth about RNAseq vs Microarray
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truth about RNAseq vs Microarray# Biology - 生物学
W*N
1
早知道是这样
像梦一场。。。
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k*e
2
我这发在花园版不会被删帖吧~好歹也有点草啊花啊神马的。。∩。∩
某人正在种几棵小花,先是喵酱小黑来陪
PU汪很不爽,把喵酱赶走了
然后就一直守在那里确保喵酱不再靠近-。-
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j*e
3
【 以下文字转载自 Headline 讨论区 】
发信人: Cnews (chinanews), 信区: Headline
标 题: 探访实拍:上海胶囊旅馆,一天最高收费88元(组图)
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 16 21:40:34 2011, 美东)
“胶囊”里看起来不是特别逼仄
服务人员为“胶囊”添置御寒设施
共用的卫生间
你住
或者不住
我就在那里
不挪不移
既像太空舱,又像火车卧铺,住在这里,洗漱淋浴看电影一应俱全……
新年伊始,这种源自日本的“胶囊旅馆”落户上海火车站北广场附近,成为在寸土寸金的大城市打拼而又买不起甚至租不起房的人们关心的热点。
这家旅馆名为“希泰胶囊旅馆”,不含住宿费的“起步价”为28元,入住后每小时收费4元,但一天最多收费88元。
这种胶囊旅馆和之前出现在北京等地的“本土版”不同,它是纯粹的“进口版”。
麻雀虽小五脏全
在上海市中山北路高架旁的一排门面中,若非按图索骥,记者差点错过了这家开面不大的胶囊旅馆。
拉开玻璃大门,是一个大约10平方米左右的接待厅,里面摆放着一张接待桌,三个单人沙发,一排带锁的鞋柜。揭开接待厅左后方的布帘,换上拖鞋,老板
塔赞带记者进入了旅馆内部区域。
进入旅馆内部,第一感觉是暖和。最近两周,上海每天的最低温一直在冰点附近徘徊,但记者一拉开布帘,就感到阵阵暖意。抬头一看,中央空调、送风系统,暖意绵绵不绝———这比大多数经济型连锁酒店都高级。
放下布帘后转身,眼前豁然开朗:层高3米多、面积300平方米左右的空间里,分A、B、C三个区域安置了68个“胶囊”,另外还设有更衣室、淋浴间、卫生间、吸烟区、消毒区等。更衣室内有分格的储物柜,可存放衣物和随身包袋;卫生间提供免费的“6件套”,包括牙刷、牙膏、棉签、一次性杯子、剃须刀、洗手液;淋浴间里则有免费的洗发水、沐浴露。
空间还行隔音差
“胶囊”本身怎么样呢?记者看到,“胶囊”共分上下两层,全钢框架的小隔间,每一间里都铺着白色床单、被子和枕头。
记者钻进一个“胶囊”,量了一下,“胶囊”的宽和高都在110厘米左右,长220厘米,比学生宿舍的床铺稍大,坐起来时头顶距“胶囊”顶部大约 20厘米,基本能活动自如。一位同在参观、身高1米93的男士说,他平时坐火车,无论软卧还是硬卧都没法在铺上坐直,但在这个“胶囊”里,他能坐直活动了。
记者看到,“胶囊”最里面的墙上装有排风扇、可调节射灯、钟、电源插头、宽带接口,侧面还装有液晶显示屏。不过“胶囊”没门,只有一个门帘,若想休息,扣住门帘就是一个相对封闭的独立空间。敲敲两侧的“胶囊”壳,隔音效果并不理想,如果旁边有人讲电话或者打呼噜,都能听见。
还能躺着看电影
入住“胶囊”旅馆的标准程序是,先到前台付款,拿到鞋柜钥匙和储物柜钥匙;然后打开鞋柜,换上里面的拖鞋,再到更衣室储存好随身包袋,换上免费提供的睡衣,拿上免费提供的浴巾,去淋浴间洗澡;洗漱干净,就可以钻进自己的“胶囊”休息了。
塔赞说,旅馆内的A、B、C三个区域,简单区分了安静、非安静区域,前台登记时会询问住客的睡眠习惯,尽量让爱静的人不和打呼噜的人睡在一个区域,“如果实在嫌吵,我们还提供耳塞”。
除了无线网络,“胶囊”里还能看电影,只需跟前台说明,并额外支付1元钱,即可领取一个视听包。视听包里有一个遥控器,一个耳麦,一个拷好指定影片的SD卡,连接上“胶囊”里的显示器,就足以打发睡前的一小段无聊时光了。
“吃螃蟹”的老板说:
“胶囊”在中国
“钱景”很广阔
曾经体会
“希泰胶囊旅馆”老板塔赞是东北人,2000年至2008年在日本留学打工,关注到了当时日本独有的“胶囊旅馆”,甚至在2005年读MBA 时,专门写了一篇关于胶囊旅馆的论文:“论文里研究了胶囊旅馆的特征、受众人群、在其他国家发展的可能性。现在看来那篇论文比较幼稚,但是我确实很早就注意到了这种旅馆形态。”
之所以选择做“胶囊旅馆”并将第一家店放在上海,塔赞说,是因为他觉得上海和东京有很多相似的地方:“上海的地价贵、生活节奏快,和东京很像。在东京打车很贵,上班族有时加班到半夜,就去胶囊旅馆住一晚。在上海,晚上11点以后地铁没了,打车也很贵,第二天一早还要赶公交回来,挤车,堵车……那还不如住一下胶囊旅馆,也就几十块钱,还能多睡几个小时。”
塔赞说,日本的胶囊旅馆往往选址在交通方便的地方,他也按此标准选址。“希泰胶囊旅馆”毗邻上海火车站北广场和长途客运站,周边公交线路四通八达,还有地铁1号线等轨道交通。“比如说有人想去太仓,车票卖完了,也可以在我这里休息几个小时”。
看好前景
记者在这家胶囊旅馆附近看到,除了星级酒店外,还有消费200多元起的经济型连锁酒店,有“99元旅馆”,甚至更便宜的私人旅馆。竞争激烈,可想而知。
身处如此环境,塔赞对“胶囊旅馆”仍寄予了很大希望,他认为像上海这样的大城市,缺乏一个胶囊旅馆类的住宿选择,这是细分市场状态下的一块空白。塔赞说:“有人说在这里睡几个小时还不如去网吧,可是年纪大一些的、想抓住几个小时休息一下的人,大有人在。即使对于背包族,这也是一个比青年旅馆有优势的地方,不用住多人间暴露睡姿,不用在多人间为手机充电找不到插头而担心。”
塔赞介绍,旅馆内的主要清洁工作都会外包给专业的保洁公司。此外,被单一人一换,也交给保洁公司清洗。
为了压缩成本,胶囊旅馆的安全保障主要交给摄像头。在更衣室、过道等区域,都有摄像头,以便前台监控。旅馆还与公安部门联网,同时也安排1人巡视,保障住客安全。此外,出于安全考虑,塔赞的胶囊旅馆目前暂不接待女客入住。
“2000年左右,日本就有200多家胶囊旅馆了,最近,日本著名的胶囊旅馆连锁品牌9H还宣布,要在未来两三年在日本和海外大力拓展,开50 多家分店。”塔赞对经营如此一家胶囊旅馆的资金投入情况严格保密,但他说,国内大城市的生活越来越像日本,胶囊旅馆既然能在日本遍地开花,在中国也应该有广阔的前景。
■原型
日式“胶囊”
在日本常见的胶囊旅馆,最初由日本建筑家黑川纪章设计。
1979年,新日本观光株式会社在大阪梅田开办了首家胶囊旅馆;1985年,随着国际科学技术博览会的举行,为容纳大量观光客而紧急修建的胶囊旅馆,经电视台报道后开始被日本普通大众接受。
在日本,胶囊旅馆的住宿费比普通商务旅馆便宜一半,约为大宾馆的1/5。根据胶囊旅馆的地段、提供的服务不同,住一夜的花销在 3000-5000日元不等(约合人民币220-370元)。不过,由于日本经济连续不景,失业人口增加,有些单身汉干脆就把“家”安在了胶囊旅馆里。因为价格低廉,一般选址又都在电车站旁边,交通方便,所以现在胶囊旅馆也成为年轻人旅行时的歇脚处。
2009年开业的9H胶囊旅馆,可以说是日本胶囊旅馆中的豪华版。9H在时间上定义了住客的生活模式:1小时洗漱、7小时睡眠再加1小时的休息,共9 小时。之所以说它豪华,是因为9H的内部设计和平面设计分别由日本著名设计师柴田文江(Fumie Shibata)和广村正彰(Masaaki Hiro-mura)操刀,蜂巢一样排列的睡眠格子由加固塑料制成,房间内部温度、光线、时钟和音乐可自行调节。旅馆提供的服务均属四星级水准,每晚住宿价格为4900日元(约370元人民币)。
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c*e
4
I'd like to hear your input.
1)Microarray,but not RNAseq correlate well with QPCR.
2)Gene expression uniquely determined by RNA-seq is more likely
to be false positive.
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g*o
5
形势比人强,黑人都当总统了,老莫都要半边天了,给老中wsn点汤喝就成这样?
有些老中就跟当年黑人奴隶一样,给他说,你自由了,丫还想,这不是做梦吧
斯德哥尔摩症
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m*h
6
狗爸很勤快

【在 k*******e 的大作中提到】
: 我这发在花园版不会被删帖吧~好歹也有点草啊花啊神马的。。∩。∩
: 某人正在种几棵小花,先是喵酱小黑来陪
: PU汪很不爽,把喵酱赶走了
: 然后就一直守在那里确保喵酱不再靠近-。-

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T*t
7
太贵了!
77元都能在京城租一个月的两居室了。
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S*s
8
感觉RNAseq有很多false positive, QPCR confirm不了
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d*d
9
###此帖已应当事人要求删除###
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c*p
10
pu汪太帅了!
小黑猫可怜,收pu当小弟吧,就不怕了
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r*e
11
上海从还都是哈日的最前沿

【在 j****e 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Headline 讨论区 】
: 发信人: Cnews (chinanews), 信区: Headline
: 标 题: 探访实拍:上海胶囊旅馆,一天最高收费88元(组图)
: 发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan 16 21:40:34 2011, 美东)
: “胶囊”里看起来不是特别逼仄
: 服务人员为“胶囊”添置御寒设施
: 共用的卫生间
: 你住
: 或者不住
: 我就在那里

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l*m
12
听过一个讲座,human和mouse的一般需求建议用microarray;
其他species,没有完美基因组的,或者有特殊需求,比如想看isoform的建议用RNAseq。
特别少量的用QPCR
实际发文章的时候可能RNAseq更favorable更好接受些。

【在 c********e 的大作中提到】
: I'd like to hear your input.
: 1)Microarray,but not RNAseq correlate well with QPCR.
: 2)Gene expression uniquely determined by RNA-seq is more likely
: to be false positive.

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k*e
13
咳咳,家里就两口人,他不勤快也没法子呀。。

【在 m***h 的大作中提到】
: 狗爸很勤快
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b*a
14
塔赞... Tarzan?
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g*n
15
Microarray 和 RNAseq 都属于呼悠类的。半斤八两。但是,从道理上讲,RNAseq更可
靠。用QPCR来确认?QPCR就可靠?要用Northern,大伙都忘了吧?
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k*e
16
小黑不可怜的,他总hiss PU,还拍过PU一巴掌,不过看我面子上没亮指甲便是。。-。-

【在 c***p 的大作中提到】
: pu汪太帅了!
: 小黑猫可怜,收pu当小弟吧,就不怕了

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S*r
17
怎么跟洗衣房一样,每人睡个烘干机。
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M*n
18
I have just done an RNAseq, the preliminary analysis not good. many false
hits.
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m*h
19
偶家的这个狗爸基本十指不沾杨春水的。。。

【在 k*******e 的大作中提到】
: 咳咳,家里就两口人,他不勤快也没法子呀。。
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f*a
20
如果只是做differential expression的话,是不是microarray 更成熟一些呢?
觉得RNA-seq再数据分析中还是有不少问题的。
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k*e
21
不能跟你们豪门人家比撒。。,每次看到你家院子就吐血 T.T

【在 m***h 的大作中提到】
: 偶家的这个狗爸基本十指不沾杨春水的。。。
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M*n
22
但是RNAseq 数据在那里,你可以reanalyze
microarray就只有这么些gene, 不能发现新gene
genome 不完整的话,都是有问题的。

【在 f*******a 的大作中提到】
: 如果只是做differential expression的话,是不是microarray 更成熟一些呢?
: 觉得RNA-seq再数据分析中还是有不少问题的。

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p*y
23
小黑和PU都很喜欢 赞幸福生活
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H*N
24
In my hands, RNA-seq is much more reliable than microarrays. I have done
side by side comparisons.
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y*8
25
本班欢迎奔ld,鼓掌,发包子!
删贴一说真是天方夜谭啊!
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c*e
26

Did you perform analysis by yourself? Which pipeline did you use?

【在 H****N 的大作中提到】
: In my hands, RNA-seq is much more reliable than microarrays. I have done
: side by side comparisons.

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m*h
27
捶捶

【在 k*******e 的大作中提到】
: 不能跟你们豪门人家比撒。。,每次看到你家院子就吐血 T.T
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H*N
28
cuffdiff 2
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T*4
29
pu这个照片看起来很老成的样子,不像正面照,全都很幼齿

【在 k*******e 的大作中提到】
: 我这发在花园版不会被删帖吧~好歹也有点草啊花啊神马的。。∩。∩
: 某人正在种几棵小花,先是喵酱小黑来陪
: PU汪很不爽,把喵酱赶走了
: 然后就一直守在那里确保喵酱不再靠近-。-

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y*t
30
你那个Microarray数据是不是坏了?

【在 H****N 的大作中提到】
: In my hands, RNA-seq is much more reliable than microarrays. I have done
: side by side comparisons.

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k*e
31
PU都4岁多啦,是大叔啦
有时是镜头角度取巧,看着萌而已啦~

【在 T*******4 的大作中提到】
: pu这个照片看起来很老成的样子,不像正面照,全都很幼齿
avatar
H*N
32
没坏
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k*e
33
谢静版!亲一口,嘻~

【在 y*****8 的大作中提到】
: 本班欢迎奔ld,鼓掌,发包子!
: 删贴一说真是天方夜谭啊!

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k*l
34
I tried confirming gene expression data from RNA-seq by qPCR, 9 out of 10
correlated very well (e.g., RNA-seq shows 8 fold up regulation), PCR shows 8
-16 fold

【在 c********e 的大作中提到】
: I'd like to hear your input.
: 1)Microarray,but not RNAseq correlate well with QPCR.
: 2)Gene expression uniquely determined by RNA-seq is more likely
: to be false positive.

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k*e
35
谢妹纸喜欢小黑和PU~

【在 p*****y 的大作中提到】
: 小黑和PU都很喜欢 赞幸福生活
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s*s
36
我觉得microarray主要是做法比较统一, 而seq各实验室手法不一样, 还经常不做
repeat.
不过比如遇到alternative splicing这种, microarray作出来的表达量可能错误百出.

【在 f*******a 的大作中提到】
: 如果只是做differential expression的话,是不是microarray 更成熟一些呢?
: 觉得RNA-seq再数据分析中还是有不少问题的。

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T*m
37
只秀某人,不秀自己。删帖!LOL

【在 k*******e 的大作中提到】
: 我这发在花园版不会被删帖吧~好歹也有点草啊花啊神马的。。∩。∩
: 某人正在种几棵小花,先是喵酱小黑来陪
: PU汪很不爽,把喵酱赶走了
: 然后就一直守在那里确保喵酱不再靠近-。-

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c*e
38

8
Which pipeline did you use? Tophat,STAR?Deseq or cufflinks,cuffdiff?

【在 k****l 的大作中提到】
: I tried confirming gene expression data from RNA-seq by qPCR, 9 out of 10
: correlated very well (e.g., RNA-seq shows 8 fold up regulation), PCR shows 8
: -16 fold

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S*L
39
这里也能看到pu!
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z*8
40
I used tophat and cufflinks for mapping(DNAnexus) and DESeq for analyzing
differentially expressed gene. DEseq is very nice for beginners like me. I
dont know any R language, but I was able to use the example script to apply
in my case and get the results that I wanted. For pathway analysis, I used
IPA and metacore.
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h*e
41
帅哥+帅狗

【在 k*******e 的大作中提到】
: 我这发在花园版不会被删帖吧~好歹也有点草啊花啊神马的。。∩。∩
: 某人正在种几棵小花,先是喵酱小黑来陪
: PU汪很不爽,把喵酱赶走了
: 然后就一直守在那里确保喵酱不再靠近-。-

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I*M
42
mm你居然是做生物的。。看来是富二代,或者LG是?

apply

【在 z*********8 的大作中提到】
: I used tophat and cufflinks for mapping(DNAnexus) and DESeq for analyzing
: differentially expressed gene. DEseq is very nice for beginners like me. I
: dont know any R language, but I was able to use the example script to apply
: in my case and get the results that I wanted. For pathway analysis, I used
: IPA and metacore.

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m*f
43
4岁多就大叔啦???! odie 一边吐血ing....

【在 k*******e 的大作中提到】
: PU都4岁多啦,是大叔啦
: 有时是镜头角度取巧,看着萌而已啦~

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k*e
44
同意后一个!^^

【在 h******e 的大作中提到】
: 帅哥+帅狗
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k*e
45
游士表酱子~ 俺就是个到处打酱油滴,木有人帮俺拍。。可怜说!

【在 T*******m 的大作中提到】
: 只秀某人,不秀自己。删帖!LOL
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k*e
46
嘘~ 俺就是无聊到处秀秀PU,噗哈哈

【在 S*******L 的大作中提到】
: 这里也能看到pu!
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k*e
47
odie才2岁多吧,吐啥血,赶紧擦擦干净~

【在 m*****f 的大作中提到】
: 4岁多就大叔啦???! odie 一边吐血ing....
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m*6
48
猫,狗,人都很帅~~~
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k*e
49
谢小仙MM~
赞同前两个!lol

【在 m**6 的大作中提到】
: 猫,狗,人都很帅~~~
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T*m
50
好,这次就不删了,但得补个本人的照片!哈哈。

【在 k*******e 的大作中提到】
: 游士表酱子~ 俺就是个到处打酱油滴,木有人帮俺拍。。可怜说!
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j*p
51
我就看旁边的男主去了。哈哈。
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