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怎么设计 Crispr 的oligo ？

怎么设计 Crispr 的oligo ？# Biology - 生物学

o*42013-09-26 07:09

1 楼

我用feng zhang实验室的网站设计的结果如下：
http://crispr.mit.edu/job/9989720016962422
all guides
scored by inverse likelihood of offtarget binding
mouse over for details ... hide legend
high quality guide
mid quality guide
low quality guide
score sequence
Guide #1 68 AGCTGTAGCATTTTCTAACT TGG
Guide #2 62 AGCTACAAACTTTAAGACAA AGG
Guide #1 44 TTACTTTCTGAAAATCATCT TGG
Guide #3 43 TTAAGCTTTCTATTGTTTGT CGG
Guide #5 40 TTTGCCTGAACAACTTAAAG AGG
Guide #4 31 CAGAAAGTAAAACTAAAAGT TGG
Guide #3 20 CTATCCTCTTTAAGTTGTTC AGG
基本上都是20bp+UGG的结构，
然后要是order oligo的话，序列应该是咋样的呢？
需要带上后面的UGG吗？
然后克隆的话，是应该克隆岛pX330上吗？
谢谢

g*s2013-09-26 07:09

2 楼

后面的UGG不带吧。希望有人上来Confirm

c*g2013-09-26 07:09

3 楼

你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。

o*42013-09-26 07:09

4 楼

看了啊，似乎是不用加吧，
但是网页上没有说的很明确

【在 c****g 的大作中提到】

: 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。

r*s2013-09-26 07:09

5 楼

不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?

【在 o**4 的大作中提到】

: 看了啊，似乎是不用加吧，
: 但是网页上没有说的很明确

o*42013-09-26 07:09

6 楼

好像是off target的可能性越小吧

【在 r********s 的大作中提到】

: 不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
: 有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?

o*42013-09-26 07:09

7 楼

g*s2013-09-26 07:09

8 楼

后面的UGG不带吧。希望有人上来Confirm

c*g2013-09-26 07:09

9 楼

你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。

o*42013-09-26 07:09

10 楼

看了啊，似乎是不用加吧，
但是网页上没有说的很明确

【在 c****g 的大作中提到】

: 你有空发文没空看Feng的网页么？一切信息都在那里。

o*42013-09-26 07:09

11 楼

好像是off target的可能性越小吧

【在 r********s 的大作中提到】

: 不用加，20bp加上4bp overhang.cloned into pX330
: 有没有人知道那些数字是什么意思？数字越大越specific or more efficient?

c*g2013-09-26 07:09

12 楼

Lei Qi的那个更好用

f*f2013-09-26 07:09

13 楼

不用加，oligo 20bp两侧加上载体对应酶切位点，可以连接上就行。Feng Zhang
nature protocol也有介绍。

【在 o**4 的大作中提到】

: 看了啊，似乎是不用加吧，
: 但是网页上没有说的很明确

m*o2013-09-26 07:09

14 楼

我就是用的这个
[在 flyskyf (flyskyf) 的大作中提到：]
：不用加，oligo 20bp两侧加上载体对应酶切位点，可以连接上就行。Feng Zhang
：nature protocol也有介绍。
：...........

v*e2013-09-26 07:09

15 楼

给我个email我把怎么设计和构建的protocol发给你，我用的pSpCas9-BB 和pLenti-
CRIPSR V2, addgene 有，适用于这个protocol

l*s2013-09-26 07:09

16 楼

可以试试这个新发表的网站： http://crispr.wustl.edu. 对绝大多数基因已经都设计好了，直接用就行了。

【在 o**4 的大作中提到】

: 我用feng zhang实验室的网站设计的结果如下：
: http://crispr.mit.edu/job/9989720016962422
: all guides
: scored by inverse likelihood of offtarget binding
: mouse over for details ... hide legend
: high quality guide
: mid quality guide
: low quality guide
: score sequence
: Guide #1 68 AGCTGTAGCATTTTCTAACT TGG