如何检测一个基因的genome copy number# Biology - 生物学
c*n
1 楼
韩国人店那种铝锅表面做黑色大理石花纹处理的， 也是nonstick， 似乎比美式不粘锅
耐用， 很便宜
我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
耐用， 很便宜
我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
g*d
2 楼
如果在洛杉矶停留一晚的话，在哪个区域比较好？晚上可以出来逛逛，也比较安全。
以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
f*g
3 楼
在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
请问大家如何检测。
我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
看目的条带的强弱。
这个方法可行吗?
请大家指点, thank you
我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
请问大家如何检测。
我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
看目的条带的强弱。
这个方法可行吗?
请大家指点, thank you
c*n
4 楼
同问，问下titan锅有什么特点呢？
【在 c******n 的大作中提到】
: 韩国人店那种铝锅表面做黑色大理石花纹处理的， 也是nonstick， 似乎比美式不粘锅
: 耐用， 很便宜
: 我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
【在 c******n 的大作中提到】
: 韩国人店那种铝锅表面做黑色大理石花纹处理的， 也是nonstick， 似乎比美式不粘锅
: 耐用， 很便宜
: 我原来买了个ceramic nonstick 超贵， 不好使
c*n
5 楼
hilton plaza...valley 上，旁边全都是餐馆。
h*n
6 楼
realtime PCR
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
c*u
8 楼
oldtown Pasadena.
【在 g*********d 的大作中提到】
: 如果在洛杉矶停留一晚的话，在哪个区域比较好？晚上可以出来逛逛，也比较安全。
: 以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
: 害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
【在 g*********d 的大作中提到】
: 如果在洛杉矶停留一晚的话，在哪个区域比较好？晚上可以出来逛逛，也比较安全。
: 以前在电视上看过洛杉矶市中心的一条街，一到晚上就变成无家可归者的露营地，比较
: 害怕一出酒店的门就掉这些人堆里了。
t*u
9 楼
realtime PCR
you can order primers from ABI for both reference and target genes
you can order primers from ABI for both reference and target genes
w*e
10 楼
montery park, alhambra, san gabriel 这些华人比较集中的城市还可以，而且有很多
小型的旅馆，比较便宜。
小型的旅馆，比较便宜。
f*g
11 楼
thank you
【在 t***u 的大作中提到】
: realtime PCR
: you can order primers from ABI for both reference and target genes
【在 t***u 的大作中提到】
: realtime PCR
: you can order primers from ABI for both reference and target genes
f*g
12 楼
thank you
【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
f*g
13 楼
thank you
【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
【在 h********n 的大作中提到】
: realtime PCR
h*o
14 楼
不是pcr的专家
不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
可以定量你的copy number
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
可以定量你的copy number
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
h*n
15 楼
plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency.
【在 h*******o 的大作中提到】
: 不是pcr的专家
: 不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
: 如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
: 可以定量你的copy number
【在 h*******o 的大作中提到】
: 不是pcr的专家
: 不过我记得如果你只要相对定量可以用上面说的方法
: 如果要绝对定量要有一个含有你target gene的质粒， 来一起跑realtime PCR， 这样
: 可以定量你的copy number
h*o
16 楼
PCR efficiency 貌似是可以用不同浓度梯度算出来然后做adjustment的吧
【在 h********n 的大作中提到】
: plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency.
【在 h********n 的大作中提到】
: plasmid and genomic DNA may have different PCR efficiency.
s*y
17 楼
你说这个和楼上说的是两回事
质粒DNA和genome DNA的结构和复杂程度不一样，扩增效率差老鼻子了
你用浓度梯度很难做到你所谓adjustment，浓度梯度调节顶多也就是同类型的模板
【在 h*******o 的大作中提到】
: PCR efficiency 貌似是可以用不同浓度梯度算出来然后做adjustment的吧
质粒DNA和genome DNA的结构和复杂程度不一样，扩增效率差老鼻子了
你用浓度梯度很难做到你所谓adjustment，浓度梯度调节顶多也就是同类型的模板
【在 h*******o 的大作中提到】
: PCR efficiency 貌似是可以用不同浓度梯度算出来然后做adjustment的吧
f*g
18 楼
谢谢各位了，我就用最简单的方法，直接从ABI买引物测，反正老板不差钱
l*1
19 楼
Bayesian RNA-Seq
If you want to know real in vivo truth..
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
If you want to know real in vivo truth..
【在 f******g 的大作中提到】
: 在一个数据库里，发现一个基因在某种疾病病人的基因组里面copy number减少。
: 我手头有几个病人的样品，想检测一下这个基因的copy number。
: 请问大家如何检测。
: 我的想法，设计引物 for this gene，PCR (DNA from patients vs control)，跑胶，
: 看目的条带的强弱。
: 这个方法可行吗?
: 请大家指点, thank you
f*g
20 楼
谢谢你，能给推荐一篇文章看看嘛。或者简单介绍一下，如果你愿意的话。
【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayesian RNA-Seq
: If you want to know real in vivo truth..
【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayesian RNA-Seq
: If you want to know real in vivo truth..
l*1
21 楼
Here you go,
eQtlBma,
Paper,
http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
soft free download,
http://stephenslab.uchicago.edu/software.html
more,
http://bayesian.org/forums/jobs/6162
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你，能给推荐一篇文章看看嘛。或者简单介绍一下，如果你愿意的话。
eQtlBma,
Paper,
http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
soft free download,
http://stephenslab.uchicago.edu/software.html
more,
http://bayesian.org/forums/jobs/6162
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你，能给推荐一篇文章看看嘛。或者简单介绍一下，如果你愿意的话。
K*R
22 楼
I concur
【在 l**********1 的大作中提到】
: Bayesian RNA-Seq
: If you want to know real in vivo truth..
f*g
23 楼
谢谢你
【在 l**********1 的大作中提到】
: Here you go,
: eQtlBma,
: Paper,
: http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
: soft free download,
: http://stephenslab.uchicago.edu/software.html
: more,
: http://bayesian.org/forums/jobs/6162
【在 l**********1 的大作中提到】
: Here you go,
: eQtlBma,
: Paper,
: http://www.plosgenetics.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjour
: soft free download,
: http://stephenslab.uchicago.edu/software.html
: more,
: http://bayesian.org/forums/jobs/6162
l*1
24 楼
De rien.
【在 K**R 的大作中提到】
:
: I concur
【在 K**R 的大作中提到】
:
: I concur
l*1
25 楼
You are welcome..
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你
f*g
26 楼
另外一个问题，基因在基因组上copy number下降就表示它的表达量降低吗
l*1
27 楼
Pls go to,
http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31682591/
32th floor to check one Nature 2011 paper..
or
http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31469289/
6th floor
or
http://www.weiming.info/zhuti/Biology/31662623/
19th floor
【在 f******g 的大作中提到】
: 另外一个问题，基因在基因组上copy number下降就表示它的表达量降低吗
http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31682591/
32th floor to check one Nature 2011 paper..
or
http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31469289/
6th floor
or
http://www.weiming.info/zhuti/Biology/31662623/
19th floor
【在 f******g 的大作中提到】
: 另外一个问题，基因在基因组上copy number下降就表示它的表达量降低吗
f*g
28 楼
谢谢你。
我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
我说说我的这个idea，请你看看。
第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
总共测了800个病人）。
第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
我的想法，
第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
第三，如果能导致组织B癌症，就中奖了。然后在人组织B癌症中过表达基因A，看是否
能够抑制cancer的proliferation(通过体外培养和体内异体移植实验).如果能，看看能
否找到基因A的激动剂agonist，此agonist能否抑制组织B癌症的进程。
请评价下我的这个点子如何。
相关的点子还有几个，都是为了独立后准备的，有机会多多请教。
【在 l**********1 的大作中提到】
: Pls go to,
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31682591/
: 32th floor to check one Nature 2011 paper..
: or
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31469289/
: 6th floor
: or
: http://www.weiming.info/zhuti/Biology/31662623/
: 19th floor
我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
我说说我的这个idea，请你看看。
第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
总共测了800个病人）。
第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
我的想法，
第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
第三，如果能导致组织B癌症，就中奖了。然后在人组织B癌症中过表达基因A，看是否
能够抑制cancer的proliferation(通过体外培养和体内异体移植实验).如果能，看看能
否找到基因A的激动剂agonist，此agonist能否抑制组织B癌症的进程。
请评价下我的这个点子如何。
相关的点子还有几个，都是为了独立后准备的，有机会多多请教。
【在 l**********1 的大作中提到】
: Pls go to,
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31682591/
: 32th floor to check one Nature 2011 paper..
: or
: http://www.ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31469289/
: 6th floor
: or
: http://www.weiming.info/zhuti/Biology/31662623/
: 19th floor
l*1
29 楼
Pitfall: a,KO offtarget
b, tissue inducible CRISPR-Cas9 now is still on the voyage,
Pls check,
i)
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31525123/
ii)
http://www.ndm.ox.ac.uk/doctoral-projects/project/targeting-dna
iii)
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31806903_0_1.html
null floor
or
http://allfunnews.blogspot.co.uk/2013/11/blog-post_1153.html?m=
，
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你。
: 我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
: 我说说我的这个idea，请你看看。
: 第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
: 总共测了800个病人）。
: 第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
: 我的想法，
: 第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
: 第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
: 因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
b, tissue inducible CRISPR-Cas9 now is still on the voyage,
Pls check,
i)
http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31525123/
ii)
http://www.ndm.ox.ac.uk/doctoral-projects/project/targeting-dna
iii)
http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31806903_0_1.html
null floor
or
http://allfunnews.blogspot.co.uk/2013/11/blog-post_1153.html?m=
，
【在 f******g 的大作中提到】
: 谢谢你。
: 我最近比较闲，没事就去各个数据库里转转。想些点子，为自己独立后的课题做准备。
: 我说说我的这个idea，请你看看。
: 第一，我发现基因A在人类某种组织（姑且说组织B）癌症中copy number下降 （45%，
: 总共测了800个病人）。
: 第二，基因A的直接敲除小鼠是胚胎致死的。其中组织B异常。
: 我的想法，
: 第一，验证基因A 的copy number在组织B癌症中是否下降，蛋白是否下降。
: 第二，做个条件敲除小鼠，然后与组织B特异的cre杂交，iducible的cre，然后研究基
: 因A的deletion是否能够导致组织B癌症。
r*e
30 楼
Reference query pyrosequencing
http://cshprotocols.cshlp.org/content/2010/9/pdb.prot5491.full
http://cshprotocols.cshlp.org/content/2010/9/pdb.prot5491.full
f*g
31 楼
谢谢
【在 l**********1 的大作中提到】
: Pitfall: a,KO offtarget
: b, tissue inducible CRISPR-Cas9 now is still on the voyage,
: Pls check,
: i)
: http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31525123/
: ii)
: http://www.ndm.ox.ac.uk/doctoral-projects/project/targeting-dna
: iii)
: http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31806903_0_1.html
: null floor
【在 l**********1 的大作中提到】
: Pitfall: a,KO offtarget
: b, tissue inducible CRISPR-Cas9 now is still on the voyage,
: Pls check,
: i)
: http://ipv6.weiming.info/zhuti/Biology/31525123/
: ii)
: http://www.ndm.ox.ac.uk/doctoral-projects/project/targeting-dna
: iii)
: http://www.mitbbs.com/article_t1/Biology/31806903_0_1.html
: null floor
f*g
32 楼
谢谢
【在 r********e 的大作中提到】
: Reference query pyrosequencing
: http://cshprotocols.cshlp.org/content/2010/9/pdb.prot5491.full
【在 r********e 的大作中提到】
: Reference query pyrosequencing
: http://cshprotocols.cshlp.org/content/2010/9/pdb.prot5491.full
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