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【求助】如何从Scaffold批量导出 gi number

【求助】如何从Scaffold批量导出 gi number# Biology - 生物学

i*S2014-05-30 07:05

1 楼

我最近做了质谱，在某个小鼠样品里鉴定出了将近一千个蛋白。质谱不是我自己做的，
而是花钱去research facility做的，质谱的结果后来用Scaffold文件的格式返回给我。
我的Scaffold文件里面的蛋白是用NCBI的gi number来代表的。我发现好多蛋白对应有
多个
NCBI的gi number。比如说蛋白XYZ，里面对应的是gi|123456, gi|24680, gi|13579,
gi|9876543，如果在scaffold里面选择用excel导出：就变成了
Identified Portein Accession Number
XYZ gi|123456(+3)
而不是gi bunumber四个都显示。
我想请教一下大家，有没有什么办法够批量的导出所有的gi numbers？
我是希望做一下Gene Ontology的分析，不过用了Panther以后发现有的gi number有对
应的蛋白ontology信息，有的没有，所以想全部看一下！
包子重谢！

M*72014-05-30 07:05

2 楼

发几行数据上来看看，我写个简单的脚本帮你提出来。

我。

【在 i*S 的大作中提到】

: 我最近做了质谱，在某个小鼠样品里鉴定出了将近一千个蛋白。质谱不是我自己做的，
: 而是花钱去research facility做的，质谱的结果后来用Scaffold文件的格式返回给我。
: 我的Scaffold文件里面的蛋白是用NCBI的gi number来代表的。我发现好多蛋白对应有
: 多个
: NCBI的gi number。比如说蛋白XYZ，里面对应的是gi|123456, gi|24680, gi|13579,
: gi|9876543，如果在scaffold里面选择用excel导出：就变成了
: Identified Portein Accession Number
: XYZ gi|123456(+3)
: 而不是gi bunumber四个都显示。
: 我想请教一下大家，有没有什么办法够批量的导出所有的gi numbers？