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准备做RNA sequencing,需要多少的RNA

准备做RNA sequencing,需要多少的RNA# Biology - 生物学

M*22014-10-06 07:10

1 楼

某月某日国会通过了CIR 但其中合法移民条款悉数抖落无一幸免，但是同性婚姻条款侥
幸以微弱多数通过。
本版华人各显神通，有的走一笔文，有的一笔武，自不用分说。
憧憬着舔人家黑穆三屁股华人童鞋的又心生一计，干脆嫁娶同性墨西哥大伯大嫂，一举
搞定米国绿卡。这下好了，磨墨们不用从事在烈日下割草的低级工作了，因为家里有了
心灵手巧的老中配偶，只需把模范屁屁露出让华人童鞋舔舔就可坐收渔利。华人童鞋倒
也乐此不疲夜夜劳作，因为绿卡到手舔啥都香，何况那劳动模范的屁屁香艳无比，舔起
来犹如蘸了麻油的鸡屁股！如此配偶双方相安无事，大批华人童鞋获得了空前的职业发
展。这些童鞋大多购置了令人尊敬的假美丽迎着朝阳上班去，对陷于异臂兔异臂山18年
排期的苦逼华人童鞋露出难以掩饰的优越感，三句话不离民主自由。
欲知后事如可，且听下回分解。

b*n2014-10-06 07:10

2 楼

有一辆Illinois的车子，想运来加州，要换牌照么？
若要，请问费用和手续大概如何？
谢谢！

d*r2014-10-06 07:10

3 楼

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(9) Texas1234
(10) xing2012
(11) lc1

z*u2014-10-06 07:10

4 楼

准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
细胞。
按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
问：
够不。
要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
--------------------------------
我的摄影作品网站
www.oxygenfoto.com

b*e2014-10-06 07:10

5 楼

蛤蛤

【在 M********2 的大作中提到】

: 某月某日国会通过了CIR 但其中合法移民条款悉数抖落无一幸免，但是同性婚姻条款侥
: 幸以微弱多数通过。
: 本版华人各显神通，有的走一笔文，有的一笔武，自不用分说。
: 憧憬着舔人家黑穆三屁股华人童鞋的又心生一计，干脆嫁娶同性墨西哥大伯大嫂，一举
: 搞定米国绿卡。这下好了，磨墨们不用从事在烈日下割草的低级工作了，因为家里有了
: 心灵手巧的老中配偶，只需把模范屁屁露出让华人童鞋舔舔就可坐收渔利。华人童鞋倒
: 也乐此不疲夜夜劳作，因为绿卡到手舔啥都香，何况那劳动模范的屁屁香艳无比，舔起
: 来犹如蘸了麻油的鸡屁股！如此配偶双方相安无事，大批华人童鞋获得了空前的职业发
: 展。这些童鞋大多购置了令人尊敬的假美丽迎着朝阳上班去，对陷于异臂兔异臂山18年
: 排期的苦逼华人童鞋露出难以掩饰的优越感，三句话不离民主自由。

d*u2014-10-06 07:10

6 楼

要，做inspection，
交registration，多少钱就不知道了，好像看车子

c*p2014-10-06 07:10

7 楼

头了

D*a2014-10-06 07:10

8 楼

跟你们RNA seq的人谈。现在有single cell RNA seq了。如果你搞30只都混到一起，才
一个点，没有biological replicate，也不一定做出来的数据就有什么意义。你最好先
找好分析数据的人，和做那个的facility，先谈完了再去杀老鼠，省得白杀了
本人也是小白，最近课题有点扯到这个了，以上是个人理解，欢迎纠正。

e*u2014-10-06 07:10

9 楼

有意思吗？

【在 M********2 的大作中提到】

h*82014-10-06 07:10

10 楼

我的车还挂Illinois 牌，一年多了，不打算换。
LA保费太贵。

z*u2014-10-06 07:10

11 楼

关于是否sample 混杂. 我的理解是，因为我在寻找一个在这个population里高表达的
gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达，所以把很多sample pool together应该有
好处。500个cell/mouse实在太少了。
我们的core说mRNA量在20ng以上，按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算，预测需要1ug
的总RNA.
对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心，能推荐个啥公司
做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。

D*a2014-10-06 07:10

12 楼

所以说你最好先找个分析数据的谈谈，看看他怎么说。这个你早不找晚也要找。RNA
seq主要就是依赖统计分析，去噪音，normalization，来出结果，你只有两个sample
（一个control一个treatment，或者一个population A一个population B），后续说不
定很难分析出啥来。
再说如果他专门做生物信息，说不定也处理过single cell数据，或者你这种数据，他
可以帮你推荐一下。我说single cell也不是说一定要去做single cell，就是觉得也不
至于稍微小一点量就没办法了，但是至于是不是像我想象的那样我也说不准。
我也是打算找marker，也是这个问题，怕拿到手的是一堆垃圾。你不先去谈谈，到最后
他也无力回天，然后很可能你直接对你的数据失去信心了。也许你谈了他说这样也可以
，那么你至少会知道这是正确的方法。

1ug

【在 z****u 的大作中提到】

: 关于是否sample 混杂. 我的理解是，因为我在寻找一个在这个population里高表达的
: gene, 希望在不同的老鼠里都同样的高表达，所以把很多sample pool together应该有
: 好处。500个cell/mouse实在太少了。
: 我们的core说mRNA量在20ng以上，按照mRNA占总RNA 5%左右的比例计算，预测需要1ug
: 的总RNA.
: 对single cell sequencing或者RNA amplification 实在有些没信心，能推荐个啥公司
: 做这玩意的吗。我们的core 反正做不了。

z*u2014-10-06 07:10

13 楼

好。去跟人商量先。

s*r2014-10-06 07:10

14 楼

如果想看的mRNA表达量不低，只是数数每个mRNA有多少足够了

target

【在 z****u 的大作中提到】

: 准备开始做RNA sequencing .从小鼠的incisor里面提取细胞，一个incisor能sort出大
: 概600个细胞。计划用30只小鼠，每个小鼠取俩下颌incisor, sort出大概3万个target
: 细胞。
: 按有些信息来源说大概从30K细胞能抽出来 0.5 ug的 RNA
: 问：
: 够不。
: 要是不够有啥别的办法做。扩增靠谱不。
: --------------------------------
: 我的摄影作品网站
: www.oxygenfoto.com

c*r2014-10-06 07:10

15 楼

500 ng 做transcriptome没问题，刚刚做了！

c*r2014-10-06 07:10

16 楼

不过replication最好还是要有三个吧。强烈同意Dua说的先和靠谱的做数据分析的人谈
一下。

p*l2014-10-06 07:10

17 楼

Our lab is working on RNA-seq with small RNA input. Honestly, if you use
available commercial kit, you should be fine with 100-200ng RNA. The core
usually request more just for backup.

d*o2014-10-06 07:10

18 楼

换好点的机器吧，哪里要这么大的量。

target

【在 z****u 的大作中提到】

z*u2014-10-06 07:10

19 楼

什么？！我不敢相信自己眼睛。。。
Dodo?! 同行？

【在 d******o 的大作中提到】

: 换好点的机器吧，哪里要这么大的量。
:
: target

f*a2014-10-06 07:10

20 楼

No, amplification----->80ng
Amplification--------single cell.

s*s2014-10-06 07:10

21 楼

不知道你这个细胞的大小。做fibroblast一类的，千来个细胞肯定没问题。

target

【在 z****u 的大作中提到】