求问RNA immunoprecipiation(RIP)问题# Biology - 生物学
b*z
1 楼
如题，各位大大们，高中老师的女儿，也就是我小师妹啦，有个到伯克利或是哥伦比亚
大学交流一学期的机会，大二下学期或大三上学期，学的是金融专业，各位懂行的大大
们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
大学交流一学期的机会，大二下学期或大三上学期，学的是金融专业，各位懂行的大大
们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
T*7
2 楼
☆─────────────────────────────────────☆
luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:04:04 2009) 提到:
抱歉, 此贴是坑,是转载
我诚挚道歉
☆─────────────────────────────────────☆
benchmark (maine) 于 (Sat May 2 18:05:04 2009) 提到:
别和别人玩
Y
☆─────────────────────────────────────☆
canterburyF (反清复明) 于 (Sat May 2 18:10:44 2009) 提到:
你男朋友识大体。而且最rational的安排也是去x地，毕竟你两个地方都没去过，去任
何一个地方即便委屈你也有限。
一起出去玩，还是要适当迁就别人的。
☆─────────────────────────────────────☆
luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:32:50 2009) 提到:
谢
luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:04:04 2009) 提到:
抱歉, 此贴是坑,是转载
我诚挚道歉
☆─────────────────────────────────────☆
benchmark (maine) 于 (Sat May 2 18:05:04 2009) 提到:
别和别人玩
Y
☆─────────────────────────────────────☆
canterburyF (反清复明) 于 (Sat May 2 18:10:44 2009) 提到:
你男朋友识大体。而且最rational的安排也是去x地，毕竟你两个地方都没去过，去任
何一个地方即便委屈你也有限。
一起出去玩，还是要适当迁就别人的。
☆─────────────────────────────────────☆
luyuDDKW (鲁豫淡定魁梧-极品丑男) 于 (Sat May 2 18:32:50 2009) 提到:
谢
a*a
3 楼
请教一下.猎头公司1先联系我,我已经发了简历给他家了.现在有猎头公司2再来联系我,
是同一个公司的同一个职位.我应该不理猎头公司2吗?还是投两家会更好??
是同一个公司的同一个职位.我应该不理猎头公司2吗?还是投两家会更好??
J*a
4 楼
最近才刚开始做RIP，用抗体从cell lysate里面pull down一个mRNA binding protein
以及和它有interaction的RNA，请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的
ratio大概是怎样的？和cell lysate的total input RNA相比，RIP出来的RNA product
里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA？
版上知道的大侠帮帮忙了，谢谢！
以及和它有interaction的RNA，请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的
ratio大概是怎样的？和cell lysate的total input RNA相比，RIP出来的RNA product
里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA？
版上知道的大侠帮帮忙了，谢谢！
b*z
5 楼
没人了解这个专业的么，还是我问的问题不专业？
w*e
6 楼
rRNA和mRNA的ratio取决于你的抗体，
RIP出来的RNA应该比input RNA 富集很多倍。
RIP出来的RNA应该比input RNA 富集很多倍。
w*5
7 楼
去哥伦比亚吧。其实一学期走马观花什么也学不到。就是增加点见识。去纽约还可以参
观一下华尔街，NYU等，如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。
【在 b*****z 的大作中提到】
: 如题，各位大大们，高中老师的女儿，也就是我小师妹啦，有个到伯克利或是哥伦比亚
: 大学交流一学期的机会，大二下学期或大三上学期，学的是金融专业，各位懂行的大大
: 们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
观一下华尔街，NYU等，如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。
【在 b*****z 的大作中提到】
: 如题，各位大大们，高中老师的女儿，也就是我小师妹啦，有个到伯克利或是哥伦比亚
: 大学交流一学期的机会，大二下学期或大三上学期，学的是金融专业，各位懂行的大大
: 们帮忙看看应该选哪个学校比较好。从以后再回美和不回来的角度。
s*r
8 楼
得看啥protein和target mRNA
用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有
protein
product
【在 J**a 的大作中提到】
: 最近才刚开始做RIP，用抗体从cell lysate里面pull down一个mRNA binding protein
: 以及和它有interaction的RNA，请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的
: ratio大概是怎样的？和cell lysate的total input RNA相比，RIP出来的RNA product
: 里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA？
: 版上知道的大侠帮帮忙了，谢谢！
用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有
protein
product
【在 J**a 的大作中提到】
: 最近才刚开始做RIP，用抗体从cell lysate里面pull down一个mRNA binding protein
: 以及和它有interaction的RNA，请问这样isolate出来的RNA里面一般rRNA和mRNA的
: ratio大概是怎样的？和cell lysate的total input RNA相比，RIP出来的RNA product
: 里面是不是supposed应该很大幅度的enrich mRNA？
: 版上知道的大侠帮帮忙了，谢谢！
g*t
9 楼
还能找强东
【在 w**5 的大作中提到】
: 去哥伦比亚吧。其实一学期走马观花什么也学不到。就是增加点见识。去纽约还可以参
: 观一下华尔街，NYU等，如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。
【在 w**5 的大作中提到】
: 去哥伦比亚吧。其实一学期走马观花什么也学不到。就是增加点见识。去纽约还可以参
: 观一下华尔街，NYU等，如果有认识的人可以参观一下大银行或投行。
J*a
10 楼
谢谢了！我做了TapeStation RNA Tape, 所以看的不是一个target mRNA transcript，
而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多
数，18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但
是我assume 18S，28S两个峰底下那些background就是mRNA，看上去这些mRNA并没有明
显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
【在 s******r 的大作中提到】
: 得看啥protein和target mRNA
: 用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有
:
: protein
: product
而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多
数，18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但
是我assume 18S，28S两个峰底下那些background就是mRNA，看上去这些mRNA并没有明
显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
【在 s******r 的大作中提到】
: 得看啥protein和target mRNA
: 用rRNA做normalize的话IP前后target mRNA/rRNA ratio差几百几千倍都有
:
: protein
: product
b*z
11 楼
嗯，我之前给的建议也是去哥伦比亚。
但是一说只有一个学期，我就不建议纽约了。
一个学期我也觉得以体验为主，感觉纽约纽约乱糟糟的，加州体验会不会好一点?
伯克利有方便的公共交通么？
但是一说只有一个学期，我就不建议纽约了。
一个学期我也觉得以体验为主，感觉纽约纽约乱糟糟的，加州体验会不会好一点?
伯克利有方便的公共交通么？
J*a
12 楼
多谢！请问一般用什么方法比较reliable的测出rRNA/mRNA ratio? 我做了TapeStation
RNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数，18S和28S
的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但是我
assume 18S，28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA，但是看上去这些mRNA并
没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
【在 w*e 的大作中提到】
: rRNA和mRNA的ratio取决于你的抗体，
: RIP出来的RNA应该比input RNA 富集很多倍。
RNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数，18S和28S
的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但是我
assume 18S，28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA，但是看上去这些mRNA并
没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
【在 w*e 的大作中提到】
: rRNA和mRNA的ratio取决于你的抗体，
: RIP出来的RNA应该比input RNA 富集很多倍。
t*d
13 楼
你问的这些问题和faculty有啥关系？伯克利的体验自己找下不就行了。
这种一学期的交流，你自己也知道是走马观花。 问faculty难道能得到更专业的解答吗？
【在 b*****z 的大作中提到】
: 嗯，我之前给的建议也是去哥伦比亚。
: 但是一说只有一个学期，我就不建议纽约了。
: 一个学期我也觉得以体验为主，感觉纽约纽约乱糟糟的，加州体验会不会好一点?
: 伯克利有方便的公共交通么？
这种一学期的交流，你自己也知道是走马观花。 问faculty难道能得到更专业的解答吗？
【在 b*****z 的大作中提到】
: 嗯，我之前给的建议也是去哥伦比亚。
: 但是一说只有一个学期，我就不建议纽约了。
: 一个学期我也觉得以体验为主，感觉纽约纽约乱糟糟的，加州体验会不会好一点?
: 伯克利有方便的公共交通么？
s*r
14 楼
光跑胶看不了enrichment，mRNA到处都是，也看不出组分，rRNA永远是大头
有已知target的做qPCR，没有的做seq，array
【在 J**a 的大作中提到】
: 谢谢了！我做了TapeStation RNA Tape, 所以看的不是一个target mRNA transcript，
: 而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多
: 数，18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但
: 是我assume 18S，28S两个峰底下那些background就是mRNA，看上去这些mRNA并没有明
: 显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
有已知target的做qPCR，没有的做seq，array
【在 J**a 的大作中提到】
: 谢谢了！我做了TapeStation RNA Tape, 所以看的不是一个target mRNA transcript，
: 而是所有的total RNA profile。IP前后的RNA在TapeStation跑出来都是rRNA占绝大多
: 数，18S和28S的2个peak都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但
: 是我assume 18S，28S两个峰底下那些background就是mRNA，看上去这些mRNA并没有明
: 显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
b*z
15 楼
吗？
发现整个mit就这版块有点人气，发考题的见多识广。如果占了你位置，抱歉，不好意
思啦
【在 t****d 的大作中提到】
: 你问的这些问题和faculty有啥关系？伯克利的体验自己找下不就行了。
: 这种一学期的交流，你自己也知道是走马观花。 问faculty难道能得到更专业的解答吗？
g*6
16 楼
可以deplete rRNA后做NGS。不知道你用什么beads做IP，magnetic beads有很高的
background binding。
TapeStation
28S
【在 J**a 的大作中提到】
: 多谢！请问一般用什么方法比较reliable的测出rRNA/mRNA ratio? 我做了TapeStation
: RNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数，18S和28S
: 的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但是我
: assume 18S，28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA，但是看上去这些mRNA并
: 没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
background binding。
TapeStation
28S
【在 J**a 的大作中提到】
: 多谢！请问一般用什么方法比较reliable的测出rRNA/mRNA ratio? 我做了TapeStation
: RNA Tape, IP前后的RNA在TapeStation跑出来的trace都是rRNA占绝大多数，18S和28S
: 的2个peak IP前后都很高。不知道TapeStation对mRNA的sensitivity怎么样，但是我
: assume 18S，28S两个峰底下那些看似background的就是mRNA，但是看上去这些mRNA并
: 没有明显的相对于18S,28S的峰有enrich。。。不知道这个正常么？
p*i
17 楼
应该去Minnesota，那里是美国研究宏观经济金融的重镇。
但是别犯小A的错误就行。
但是别犯小A的错误就行。
J*a
18 楼
多谢建议，我是用protein G/Ab conjugated dynabeads，不过我的negative control
用了一个irrelavent的抗体（不和任何已知蛋白有相互作用）。做出来的RIP结果rna浓
度比真正的ip实验低很多。请问有啥降低background的方法么，或者啥beads更好？
【在 g********6 的大作中提到】
: 可以deplete rRNA后做NGS。不知道你用什么beads做IP，magnetic beads有很高的
: background binding。
:
: TapeStation
: 28S
用了一个irrelavent的抗体（不和任何已知蛋白有相互作用）。做出来的RIP结果rna浓
度比真正的ip实验低很多。请问有啥降低background的方法么，或者啥beads更好？
【在 g********6 的大作中提到】
: 可以deplete rRNA后做NGS。不知道你用什么beads做IP，magnetic beads有很高的
: background binding。
:
: TapeStation
: 28S
T*g
19 楼
感觉硅谷附近生活好些啊。
X*g
20 楼
這個技術被認可嗎？
內行的說說，好像背景很高，看review說的。
內行的說說，好像背景很高，看review說的。
T*h
21 楼
他的意思是，你为什么会有发考题见多识广的错觉。。。 这都是群没出过校门的人啊
。。。
【在 b*****z 的大作中提到】
:
: 吗？
: 发现整个mit就这版块有点人气，发考题的见多识广。如果占了你位置，抱歉，不好意
: 思啦
。。。
【在 b*****z 的大作中提到】
:
: 吗？
: 发现整个mit就这版块有点人气，发考题的见多识广。如果占了你位置，抱歉，不好意
: 思啦
b*z
22 楼
唉，你怎么没get我的point呢，我这么说就是抬一下...
另外，发考题圈子里都是搞学问的啊，应该知道得多一点吧..
【在 T**********h 的大作中提到】
: 他的意思是，你为什么会有发考题见多识广的错觉。。。 这都是群没出过校门的人啊
: 。。。
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