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qPCR SD 和SEM 计算的争议
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qPCR SD 和SEM 计算的争议# Biology - 生物学
y*a
1
是不是传说中的天然呆啊
我:这是几呀?
娃:这是几呀。
我:你数数。
娃:一、二、三、四、五。
我:是几?
娃:是几。
我:你刚刚数了呀!是五!
娃:五!
妈呀,我该说他识数还是不识呢??
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m*o
2
two groups: wt and ko.
6 animals from each group.
方法一: 可以把其中一个WT 作为normalizer(fold change=1),then based on
this WT,get the fold change of other WT and KO mice using ddCt.Now you get
12 fold change from each animal,then set WT fold change mean as 1, and get
KO mean fold change.
Now the question is could I calculate SD or SEM using the 6 fold change
number in each group?
方法2:Labmates 认为方法一不对。应该把6个WT set as normalizer (from the Ct
value), then your WT mean will be one and you get SD or SEM from the Ct
value directly.Based on the Ct's SD value, calculate the fold change SD.
This will give you the range of WT. But this way you could not get
individual mice fold change.
Any suggestions?
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M*o
3
不厚道的笑了。
人家明明数的很好嘛。
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i*e
4
2nd method, I am using that way.
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e*e
5
你娃太可爱了!

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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z*6
6
Both are fine...
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y*a
7
咳,数了也白数

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【在 M****o 的大作中提到】
: 不厚道的笑了。
: 人家明明数的很好嘛。

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m*o
8
现在文章要投,都是按方法一做的图,和分析的。现在labmate认为方法一是把fold
change的值按正常的distribution 的值来算SEM 是不对的。我有些搞不清。好像ddct
的文章是方法2.有没有方法1方面的文章?
当时按方法一也是问了公司一个讲qPCR的,他也认为方法一可以,就一直这样算的,但
是现在找不到文献来support。
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y*a
9
他是真听不懂问题,不是在装可爱


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【在 e*****e 的大作中提到】
: 你娃太可爱了!
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G*h
10
这套数据里面,WT 相当于本地,KO 相当于实验组。正常的情况下,是先得到 WO 各个
样本的含量,由此求得平均值。这个平均值做本地,得到 WT 和 KO 两组的各个样本的
相对值。再得到两组样本的均值和SD(或者SEM)。最终 WT 的均值应该是 1,但可以
由此计算 SD。
现在的问题是原始数据是 Ct 指,不是含量。但Ct指与含量之间是指数关系,所以WT中
不同样本的Ct值,原则上是不能直接求平均值的(但 technical replicates 似乎可以
)。
这样的话,需要先把Ct 数据换算成含量,然后按照上述方法,求得本地的均值,再计
算各个样本的相对量。但先换算成绝对含量的话有不可能,除非你有绝对标准的
standard curve。因为只是知道 Y = A*X+B 里面的 A,不知道 B。所以比较可行的方
法是先用一个“参考点”(假设为 Ct0)来计算相对含量,这样 Ct 之间是互相加减关
系。
因为你的这个系统是比较同一个基因,样本也来自同一组织。所以每个样本的 PCR 效
率相同。也就是 A、B 相同。你用“任何一个参考点”来先计算各个样本的 delta Ct
值,再计算 ddCt 的时候,这个参考点Ct 都正好被除掉,得到的 ddCt 都应该是相同
的。
所以原则上来讲,第一方案应该没有问题。如果第二方法只是选个平均 Ct 在做参考点
,然后 算 dCt 和 ddCt,那么两个方案最终得到的结果应该是一样的,只是选的参考
点不同而已。
如果第二个方案是直接从平均 Ct 来先计算含量,那应该不行。 而 Based on the Ct'
s SD value, calculate the fold change SD 有点不懂。fold changes 不可能从
standard deviations 计算得到。
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h*e
11
报年龄先。
娃<=3岁的话,娃表现很好,“我”该打屁屁。

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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l*e
12
要深究的确是不对的.

ddct

【在 m***o 的大作中提到】
: 现在文章要投,都是按方法一做的图,和分析的。现在labmate认为方法一是把fold
: change的值按正常的distribution 的值来算SEM 是不对的。我有些搞不清。好像ddct
: 的文章是方法2.有没有方法1方面的文章?
: 当时按方法一也是问了公司一个讲qPCR的,他也认为方法一可以,就一直这样算的,但
: 是现在找不到文献来support。

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y*a
13
2.5
这么说正常喽?我发现这娃经常听不懂特殊疑问句。

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【在 h*********e 的大作中提到】
: 报年龄先。
: 娃<=3岁的话,娃表现很好,“我”该打屁屁。

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m*o
14
这里跟lab里一样还是有争议。看来是改用第二个。
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y*8
15
哈哈哈,太乐了
你不觉得是你娃在逗你吗?

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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w*t
16
我家娃想数数的时候,自己数什么都很带劲
如果不想数的时候,我问他,他就跟你家一样
或者就是
这是几啊? “恩?“声调往上
你数数啊? ”恩?“声调往上
妈妈说让你数数啊 ”哦“声调往下
。。。。。。。。。。。
不管我怎么问,人家就这2个调
我现在明白了,他一这样,我就直接不问了

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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w*t
17
玩弄我,我觉得小孩子2岁多以后,真的开始长心眼了
不象1岁多的时候会直接答应或拒绝

【在 y*********8 的大作中提到】
: 哈哈哈,太乐了
: 你不觉得是你娃在逗你吗?

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y*a
18
他是经常逗我玩儿
可这回真不是

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【在 y*********8 的大作中提到】
: 哈哈哈,太乐了
: 你不觉得是你娃在逗你吗?

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y*a
19
他听得懂"这是几"是啥意思不?我家的问题在于光知道数,数完还是答不上来。

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【在 w********t 的大作中提到】
: 我家娃想数数的时候,自己数什么都很带劲
: 如果不想数的时候,我问他,他就跟你家一样
: 或者就是
: 这是几啊? “恩?“声调往上
: 你数数啊? ”恩?“声调往上
: 妈妈说让你数数啊 ”哦“声调往下
: 。。。。。。。。。。。
: 不管我怎么问,人家就这2个调
: 我现在明白了,他一这样,我就直接不问了

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w*t
20
开始不知道,过几个月就知道了,你们不要要求太高啊
还没学过数学怎么知道啥叫数数?
能指着一个一个的数,我觉得已经很好了
有些孩子是背书一样1-10就过了

【在 y**a 的大作中提到】
: 他听得懂"这是几"是啥意思不?我家的问题在于光知道数,数完还是答不上来。
:
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f*n
21
哈哈,我家娃近两岁半,是这样的情况——
我:这是几个?
娃:数数看,1-2-3-4-5
我:几个呀?
娃:两个!
我:再数一遍好吗?
娃:好,1-2-3-4-5
我:几个呀?
娃:两个!
我:你刚才数到几了?
娃:5
我:数到几,就应该是几个,那是几个呢?
娃:两个!
反正,就是不管数到几,数都是数对的,单独问她几个,永远是两个!orz

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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y*a
22
比我们强呢,知道回答“两个”,我们这个只会跟着学舌“这是几个”。

【在 f******n 的大作中提到】
: 哈哈,我家娃近两岁半,是这样的情况——
: 我:这是几个?
: 娃:数数看,1-2-3-4-5
: 我:几个呀?
: 娃:两个!
: 我:再数一遍好吗?
: 娃:好,1-2-3-4-5
: 我:几个呀?
: 娃:两个!
: 我:你刚才数到几了?

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a*g
23
几岁了?
小孩子要建立起序数 和 个数的关联,也需要一个步骤的。

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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a*g
24
正常的。
在大人看来最简单的事情,小孩子都要锻炼的
他们还没有建立起数序数的最后一个就是总个数的概念
放心,现在的2岁半太小了。很快就会建立起这个数感了。

【在 f******n 的大作中提到】
: 哈哈,我家娃近两岁半,是这样的情况——
: 我:这是几个?
: 娃:数数看,1-2-3-4-5
: 我:几个呀?
: 娃:两个!
: 我:再数一遍好吗?
: 娃:好,1-2-3-4-5
: 我:几个呀?
: 娃:两个!
: 我:你刚才数到几了?

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k*e
25
我们一开始学数字的时候都没有数的概念
后来学数手指以后才开始有数这个概念
我家娃两岁的时候就能数到100了,可是数是一回事,根本就对不上数
现在都四岁半了,能对上到20的数就差不多了。加法可能偶尔能算10以内的数,减法还
不会,怎么教都没办法。上学考试数学才75。。。。。
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a*g
26
人的大脑对大的数字的理解是模糊的
只有大概 1-3 个的时候,是一眼就能看出来的,专业术语叫“subitization”
超过 3 个之后如果要精确就要靠数数,大概200毫秒一个
超过了20之后,基本上就非常模糊了,这时候就是靠数感在思考了

【在 k******e 的大作中提到】
: 我们一开始学数字的时候都没有数的概念
: 后来学数手指以后才开始有数这个概念
: 我家娃两岁的时候就能数到100了,可是数是一回事,根本就对不上数
: 现在都四岁半了,能对上到20的数就差不多了。加法可能偶尔能算10以内的数,减法还
: 不会,怎么教都没办法。上学考试数学才75。。。。。

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a*g
27
我写完这些个,想到了和围棋的一个联系
围棋里面有对杀,需要看了之后数,看谁气多
围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个,
下熟练之后基本上就是扫一眼就识别出来。
这样岂不是增加了 subitization 的门限?
我从前还没思考到这个事情呢

法还

【在 a*****g 的大作中提到】
: 人的大脑对大的数字的理解是模糊的
: 只有大概 1-3 个的时候,是一眼就能看出来的,专业术语叫“subitization”
: 超过 3 个之后如果要精确就要靠数数,大概200毫秒一个
: 超过了20之后,基本上就非常模糊了,这时候就是靠数感在思考了

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k*e
28
多谢解惑啊。不过我不会围棋,不大懂和围棋相关的东西,啊哈。

【在 a*****g 的大作中提到】
: 我写完这些个,想到了和围棋的一个联系
: 围棋里面有对杀,需要看了之后数,看谁气多
: 围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个,
: 下熟练之后基本上就是扫一眼就识别出来。
: 这样岂不是增加了 subitization 的门限?
: 我从前还没思考到这个事情呢
:
: 法还

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w*0
29
哈哈,太可耐了
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y*a
30
你们家娃一定在学围棋,多大啦?

【在 a*****g 的大作中提到】
: 我写完这些个,想到了和围棋的一个联系
: 围棋里面有对杀,需要看了之后数,看谁气多
: 围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个,
: 下熟练之后基本上就是扫一眼就识别出来。
: 这样岂不是增加了 subitization 的门限?
: 我从前还没思考到这个事情呢
:
: 法还

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A*8
31
比我家的强些。
娃2.7岁
我:这是几呀?
娃:1,2,3,4,5,6,7,8,9,10
我:再数一下
娃:1,2,3,4,5,6,7,8,9,10
晕啊,明明5个嘛

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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y*i
32
围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个,下熟练之后基本上就是扫一眼就
识别出来。 这样岂不是增加了 subitization 的门限?
根据你先前对subitization的解释,我认为上述情况不算subitization。充其量是记忆
基础上的重现,就类似我们看到五角星,一下子就知道那形状有五个角,看到stop
sign就知道那个是八边形,做出这些判断中我们都没有数数的过程,但这并不说明我们
突破了subitization的门限。
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a*g
33
你的质疑是对的。不好意思,是我说的时候漏掉了信息
“围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个”
完整说法应该是 3-5 个围住相连的交叉点。
1-4 个交叉点组成的任意图形上对围棋都有意义
5个交叉点的,其中几个有特殊意义,其他的被忽略了。
(因为基于4个的组合已经判断清楚了,5个就用的是排除法。
举个例子:吃4个包子就吃饱了,那吃5个包子肯定更饱了,就不用多思考了。)
6个交叉点的,也有几个。
这样加在一起,有 40来个形状了。(感兴趣的,可以去看 Polyomino )
从 subitization 角度来说,
数字的 1-4 (而且是可视化的 1-4 )
是大脑在下围棋中基础死活部分必须 subitizated 的信息。

【在 y****i 的大作中提到】
: 围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个,下熟练之后基本上就是扫一眼就
: 识别出来。 这样岂不是增加了 subitization 的门限?
: 根据你先前对subitization的解释,我认为上述情况不算subitization。充其量是记忆
: 基础上的重现,就类似我们看到五角星,一下子就知道那形状有五个角,看到stop
: sign就知道那个是八边形,做出这些判断中我们都没有数数的过程,但这并不说明我们
: 突破了subitization的门限。

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y*a
34
我想到了扑克牌,哈哈

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【在 a*****g 的大作中提到】
: 你的质疑是对的。不好意思,是我说的时候漏掉了信息
: “围棋里面有几个最基本是死活形状,大概在 3-5 个”
: 完整说法应该是 3-5 个围住相连的交叉点。
: 1-4 个交叉点组成的任意图形上对围棋都有意义
: 5个交叉点的,其中几个有特殊意义,其他的被忽略了。
: (因为基于4个的组合已经判断清楚了,5个就用的是排除法。
: 举个例子:吃4个包子就吃饱了,那吃5个包子肯定更饱了,就不用多思考了。)
: 6个交叉点的,也有几个。
: 这样加在一起,有 40来个形状了。(感兴趣的,可以去看 Polyomino )
: 从 subitization 角度来说,

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h*t
35
我一直以为这是正常2岁娃的智商啊!!!何况你们都从头数啊!我们有时候从中间开
始数!
我们是这样:
我:有几只鹿啊?
娃:这边一只,那边两只。
我:对了!回家爸爸要问看到几只鹿,你怎么说?
娃:6只!
我:。。。。。。。。。。。。。。。。
回家马上跟爸爸说,看到鹿了;爸爸问几只啊?二只!
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a*g
36
正常滴。
在正式学会加法之前,
孩子还要学从某个数字(被加数)开始数,
数特定的个数(加数),
然后得到一个新数(就是和)

【在 h**t 的大作中提到】
: 我一直以为这是正常2岁娃的智商啊!!!何况你们都从头数啊!我们有时候从中间开
: 始数!
: 我们是这样:
: 我:有几只鹿啊?
: 娃:这边一只,那边两只。
: 我:对了!回家爸爸要问看到几只鹿,你怎么说?
: 娃:6只!
: 我:。。。。。。。。。。。。。。。。
: 回家马上跟爸爸说,看到鹿了;爸爸问几只啊?二只!

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a*g
37
是滴。扑克牌、dominos 牌,也有类似的效果
但是我不喜欢他们,尤其不喜欢 dominos,
因为玩 dominos 的时候两个牌一对,正好 12 点,和英语的 twelve 凑上了
非常伤孩子的 place value
搞教育的,或者是做爸妈的,应该都知道
小孩子一旦教会了某个东西,反过头想再教基本概念,那就非常难了。

【在 y**a 的大作中提到】
: 我想到了扑克牌,哈哈
:
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s*n
38
你是真心在提问么。。。要求太高了
我开始以为你在说笑话呢。。。2岁半的娃,你要人家怎样啊~~~

【在 y**a 的大作中提到】
: 2.5
: 这么说正常喽?我发现这娃经常听不懂特殊疑问句。
:
: ★ 发自iPhone App: ChineseWeb - 中文网站浏览器

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w*y
39
和我家 的一模一样啊。

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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l*r
40
有人跟我说,1,2,3,4,5是机械记忆,4后面是5是逻辑思维,不能因为孩子会了一
个就认为她应该会另一个。
我家元宝至今不知道3后面是4

【在 y**a 的大作中提到】
: 是不是传说中的天然呆啊
: 我:这是几呀?
: 娃:这是几呀。
: 我:你数数。
: 娃:一、二、三、四、五。
: 我:是几?
: 娃:是几。
: 我:你刚刚数了呀!是五!
: 娃:五!
: 妈呀,我该说他识数还是不识呢??

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y*a
41
"天然呆"是玩笑话。呵呵。还是真心问,因为他选择问句、一般问句都会答啊,这个
反复教"数出来多少就是多少"教不会我就纳闷了,所以来问问呗。

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【在 s**n 的大作中提到】
: 你是真心在提问么。。。要求太高了
: 我开始以为你在说笑话呢。。。2岁半的娃,你要人家怎样啊~~~

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a*g
42
很多时候是小孩子不知道你的问题的意思。
曾经有认识学方面的学者做试验,
拿两堆 marker(都是10个以内),
一边比较靠拢在一起,一边是一字摆开,然后问小朋友哪个更多。
小朋友会胡乱选。
然后另外一个类似的试验不用 marker 用糖糖
一边的糖糖靠拢在一起,一边的糖糖一字排开
让小朋友选,而小朋友明显就选个数多的那边。
说明很小的小朋友就是有数感的,所不理解的是语言部分。

【在 y**a 的大作中提到】
: "天然呆"是玩笑话。呵呵。还是真心问,因为他选择问句、一般问句都会答啊,这个
: 反复教"数出来多少就是多少"教不会我就纳闷了,所以来问问呗。
:
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s*y
43
看了你写的我笑s了,跟我们家的一模一样一模一样!大概他们这么大的就是还不是很理
解数东西吧。

【在 y**a 的大作中提到】
: "天然呆"是玩笑话。呵呵。还是真心问,因为他选择问句、一般问句都会答啊,这个
: 反复教"数出来多少就是多少"教不会我就纳闷了,所以来问问呗。
:
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y*a
44
我们两家娃太有缘啦!

很理
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【在 s********y 的大作中提到】
: 看了你写的我笑s了,跟我们家的一模一样一模一样!大概他们这么大的就是还不是很理
: 解数东西吧。

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y*a
45
太专业了,我以后能跟你混么?

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【在 a*****g 的大作中提到】
: 很多时候是小孩子不知道你的问题的意思。
: 曾经有认识学方面的学者做试验,
: 拿两堆 marker(都是10个以内),
: 一边比较靠拢在一起,一边是一字摆开,然后问小朋友哪个更多。
: 小朋友会胡乱选。
: 然后另外一个类似的试验不用 marker 用糖糖
: 一边的糖糖靠拢在一起,一边的糖糖一字排开
: 让小朋友选,而小朋友明显就选个数多的那边。
: 说明很小的小朋友就是有数感的,所不理解的是语言部分。

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