s*a
2 楼
一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
set里面是负相关。
做不下去了，既然没有clinical relevance。
大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
谢谢！
，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
set里面是负相关。
做不下去了，既然没有clinical relevance。
大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
谢谢！
W*r
3 楼
不要相信他说的，如果是电面过一周到两周会安排Onsite，如果是Onsite应该很快出结
果，有时当天，有时两天，个别一周左右。面你的人一般不会当面说不好。。。
走.
【在 h*********7 的大作中提到】
: 一个MGR职位.上周二面试.说的挺好听,感觉是个GOOD FIT之类.不知下面的惯例怎么走.
: 多谢帮忙.
果，有时当天，有时两天，个别一周左右。面你的人一般不会当面说不好。。。
走.
【在 h*********7 的大作中提到】
: 一个MGR职位.上周二面试.说的挺好听,感觉是个GOOD FIT之类.不知下面的惯例怎么走.
: 多谢帮忙.
n*7
4 楼
说明B的表达可能跟很多其他因素相关
可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
h*7
5 楼
多谢.看来不管好坏这周该有回音. 下周就过节了,估计又得慢了.
【在 W**r 的大作中提到】
: 不要相信他说的，如果是电面过一周到两周会安排Onsite，如果是Onsite应该很快出结
: 果，有时当天，有时两天，个别一周左右。面你的人一般不会当面说不好。。。
:
: 走.
【在 W**r 的大作中提到】
: 不要相信他说的，如果是电面过一周到两周会安排Onsite，如果是Onsite应该很快出结
: 果，有时当天，有时两天，个别一周左右。面你的人一般不会当面说不好。。。
:
: 走.
L*T
6 楼
这么好的结果还做不下去？
e*y
7 楼
强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
s*s
8 楼
正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
的。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
的。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
s*a
9 楼
谢谢！有一个问题是非常清楚的，就是B在cell line里面和在tumor里面，可能有不同
的调节机制。我得再好好看看。
【在 n******7 的大作中提到】
: 说明B的表达可能跟很多其他因素相关
: 可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
的调节机制。我得再好好看看。
【在 n******7 的大作中提到】
: 说明B的表达可能跟很多其他因素相关
: 可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
s*a
10 楼
能把您觉得“好”的地方展开说说么，呵呵，借鉴一下，多谢。
【在 L****T 的大作中提到】
: 这么好的结果还做不下去？
【在 L****T 的大作中提到】
: 这么好的结果还做不下去？
s*a
11 楼
我知道你的意思。可能我没说明白，现在的问题是在tumor sample中没有发现跟cell
line里面一致的结果，在tumor里面不是全部负相关，只是有一些是，另外一些是没有
相关性。
【在 e***y 的大作中提到】
: 强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
line里面一致的结果，在tumor里面不是全部负相关，只是有一些是，另外一些是没有
相关性。
【在 e***y 的大作中提到】
: 强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
s*a
12 楼
你说的没错，是两码事。但如果在cell line里面有诱导的话，在理论上，或者期望上
，在tumor里面是不是应该有正相关？
TCGA 里面是有不同的data subtypes，我好想都试过，结果差不多，我再好好看看。谢
谢。
【在 s******s 的大作中提到】
: 正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
: 另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
: 话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
: Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
: 的。
，在tumor里面是不是应该有正相关？
TCGA 里面是有不同的data subtypes，我好想都试过，结果差不多，我再好好看看。谢
谢。
【在 s******s 的大作中提到】
: 正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
: 另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
: 话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
: Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
: 的。
m*h
13 楼
1. Cell line 的结果都是tumor cell吗？primary cell如何？
2. 上调的细胞在低氧条件下是否仍然上调?
粗略感觉 两个可能：transformation 相关 或者是 sensitive to oxidative stress.
因为咱们养细胞都是20% oxygen，然而生理氧浓度变化很大从1%到11%，大部分组织是
3%左右，这也是为什么好多细胞上搞出来的blabla in vivo后就完全没表型了的原因
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
2. 上调的细胞在低氧条件下是否仍然上调?
粗略感觉 两个可能：transformation 相关 或者是 sensitive to oxidative stress.
因为咱们养细胞都是20% oxygen，然而生理氧浓度变化很大从1%到11%，大部分组织是
3%左右，这也是为什么好多细胞上搞出来的blabla in vivo后就完全没表型了的原因
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
s*a
14 楼
一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
set里面是负相关。
做不下去了，既然没有clinical relevance。
大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
谢谢！
，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
set里面是负相关。
做不下去了，既然没有clinical relevance。
大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
谢谢！
n*7
15 楼
说明B的表达可能跟很多其他因素相关
可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
L*T
16 楼
这么好的结果还做不下去？
e*y
17 楼
强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
s*s
18 楼
正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
的。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
的。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
s*a
19 楼
谢谢！有一个问题是非常清楚的，就是B在cell line里面和在tumor里面，可能有不同
的调节机制。我得再好好看看。
【在 n******7 的大作中提到】
: 说明B的表达可能跟很多其他因素相关
: 可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
的调节机制。我得再好好看看。
【在 n******7 的大作中提到】
: 说明B的表达可能跟很多其他因素相关
: 可以找找在normal跟tumor cell里面都跟B相关的gene
s*a
20 楼
能把您觉得“好”的地方展开说说么，呵呵，借鉴一下，多谢。
【在 L****T 的大作中提到】
: 这么好的结果还做不下去？
【在 L****T 的大作中提到】
: 这么好的结果还做不下去？
s*a
21 楼
我知道你的意思。可能我没说明白，现在的问题是在tumor sample中没有发现跟cell
line里面一致的结果，在tumor里面不是全部负相关，只是有一些是，另外一些是没有
相关性。
【在 e***y 的大作中提到】
: 强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
line里面一致的结果，在tumor里面不是全部负相关，只是有一些是，另外一些是没有
相关性。
【在 e***y 的大作中提到】
: 强负相关跟强正相关都是很好的结果啊，零相关才是无用功
s*a
22 楼
你说的没错，是两码事。但如果在cell line里面有诱导的话，在理论上，或者期望上
，在tumor里面是不是应该有正相关？
TCGA 里面是有不同的data subtypes，我好想都试过，结果差不多，我再好好看看。谢
谢。
【在 s******s 的大作中提到】
: 正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
: 另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
: 话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
: Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
: 的。
，在tumor里面是不是应该有正相关？
TCGA 里面是有不同的data subtypes，我好想都试过，结果差不多，我再好好看看。谢
谢。
【在 s******s 的大作中提到】
: 正相关还是强烈诱导表达？两码事啊！
: 另外，你TCGA看的是什么data？不一样的平台总体可以比，个别基因可能有偏差。
: 话说，我最近比较TCGA和GTEx的data，发现了一个唯一而且极端显著的Tumor
: Specific的regulation event, 后来发现多半是RNA-Seq analysis不一样pipeline造成
: 的。
m*h
23 楼
1. Cell line 的结果都是tumor cell吗？primary cell如何？
2. 上调的细胞在低氧条件下是否仍然上调?
粗略感觉 两个可能：transformation 相关 或者是 sensitive to oxidative stress.
因为咱们养细胞都是20% oxygen，然而生理氧浓度变化很大从1%到11%，大部分组织是
3%左右，这也是为什么好多细胞上搞出来的blabla in vivo后就完全没表型了的原因
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
2. 上调的细胞在低氧条件下是否仍然上调?
粗略感觉 两个可能：transformation 相关 或者是 sensitive to oxidative stress.
因为咱们养细胞都是20% oxygen，然而生理氧浓度变化很大从1%到11%，大部分组织是
3%左右，这也是为什么好多细胞上搞出来的blabla in vivo后就完全没表型了的原因
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
l*y
24 楼
一个可能性就是 clinical samples 不纯。tumor 是 tissue，里面有很多种细胞。比
如说，TCGA 的 BRCA tumor sample 的标准是 60% 以上的细胞核是 tumor cell 的。
sample 里面的免疫细胞往往数量比较大，很多看到的关联，其实是来自于免疫细胞而
不是 tumor cell 的。
可以考虑用 cancer cell line 的 expression 数据看一下，比如说 ccle 的数据。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
如说，TCGA 的 BRCA tumor sample 的标准是 60% 以上的细胞核是 tumor cell 的。
sample 里面的免疫细胞往往数量比较大，很多看到的关联，其实是来自于免疫细胞而
不是 tumor cell 的。
可以考虑用 cancer cell line 的 expression 数据看一下，比如说 ccle 的数据。
【在 s**********a 的大作中提到】
: 一个小课题，发现在细胞里面A可以强烈诱导B的表达，不只是一种细胞内是这样的结果
: ，在发表的microarray dataset里面，50多种细胞系内显著正相关。
: 但在肿瘤标本中，包括TCGA，还有将近20个datasets里面，却没有正相关，甚至在很多
: set里面是负相关。
: 做不下去了，既然没有clinical relevance。
: 大家遇到过这种情况么？有什么可能的解释么？
: 谢谢！
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