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CHIP-qPCR求助
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CHIP-qPCR求助# Biology - 生物学
d*g
1 楼
节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
好运，谢谢啦！
刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
offer　!
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L*o
3 楼
做了一个常规的chip-qPCR想检测一个转录因子有没有在某个基因的启动子区有富集，
先用特异性的抗体做CHIP，然后做qPCR，结果和mock相比，在启动子区和几个CNS区都
没有明显富集。当时错拿了一管该基因的普通qPCR引物，在该基因外显子上，结果在这
个区域像是有富集，相比mock，转化成input%大概是3%比0.1%
这怎么解释呢？
多谢指教。
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c*d
4 楼
大大滴祝福
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s*g
5 楼
洗洗睡吧

【在 F*****y 的大作中提到】
: 2012年9月份关的citi aa amex卡，现在还能申请吗？另外，大家都是从下面这个链接
: 申请的吗？
: http://www.flyertalk.com/forum/milesbuzz/1262549-citi-aa-50k-pl
: 这个过期的，确认有50k可以拿吗？请最近申请过的人来说一下，谢谢！
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l*e
6 楼
说明你的qPCR引物设计的相当之烂，因为正常人都是设计flanking intron，在DNA模板
上是拉不出东西来的。
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h*n
7 楼
big bless
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E*1
8 楼
看你是什么时候申那张已关的卡了。

【在 F*****y 的大作中提到】
: 2012年9月份关的citi aa amex卡，现在还能申请吗？另外，大家都是从下面这个链接
: 申请的吗？
: http://www.flyertalk.com/forum/milesbuzz/1262549-citi-aa-50k-pl
: 这个过期的，确认有50k可以拿吗？请最近申请过的人来说一下，谢谢！
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L*o
9 楼
这个是很多文章报道过的，我也就没仔细看

【在 l********e 的大作中提到】
: 说明你的qPCR引物设计的相当之烂，因为正常人都是设计flanking intron，在DNA模板
: 上是拉不出东西来的。
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e*e
10 楼
真心祝福哈。。。。

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
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F*y
11 楼
准备最近申请啊，难道必须要求关卡一年以上？先不管能否成功，那个已过期50k的是
直接申请，然后再打电话确定是否有50k？多谢！

【在 E***1 的大作中提到】
: 看你是什么时候申那张已关的卡了。
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L*o
12 楼
这个是很多文章报道过的，我也就没仔细看

【在 l********e 的大作中提到】
: 说明你的qPCR引物设计的相当之烂，因为正常人都是设计flanking intron，在DNA模板
: 上是拉不出东西来的。
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j*l
13 楼
big bless
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a*a
14 楼
老余说过，从开卡起18-24月后可以，估计你有点悬，再等等

【在 F*****y 的大作中提到】
: 准备最近申请啊，难道必须要求关卡一年以上？先不管能否成功，那个已过期50k的是
: 直接申请，然后再打电话确定是否有50k？多谢！
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x*e
15 楼
enhancer可以在exon里，不一定非要在promoter附近, ChIP拉的是DNA不是RNA。的确有
些发表文章用的qPCR primer不是intron spanning，所以用之前一定要double check。

【在 L**o 的大作中提到】
: 做了一个常规的chip-qPCR想检测一个转录因子有没有在某个基因的启动子区有富集，
: 先用特异性的抗体做CHIP，然后做qPCR，结果和mock相比，在启动子区和几个CNS区都
: 没有明显富集。当时错拿了一管该基因的普通qPCR引物，在该基因外显子上，结果在这
: 个区域像是有富集，相比mock，转化成input%大概是3%比0.1%
: 这怎么解释呢？
: 多谢指教。
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f*t
16 楼
bless
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F*y
17 楼
多谢啦！

【在 a****a 的大作中提到】
: 老余说过，从开卡起18-24月后可以，估计你有点悬，再等等
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T*e
18 楼
我知道enhancer可以在exon里，特别是有的exon对于有的transcript并不是真的exon。
有没有系统讲这个的文章？我只是有这个印象，这对找enhancer其实是非常关键的一件
事。
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d*g
19 楼
谢谢大家的祝福．．
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p*y
20 楼
那手上还有aa的信用卡, 不关掉会不会因为duplicate card被拒呢
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l*e
21 楼
与其相信enhancer在exon, 还不如相信楼主sonication做的不彻底，intronic
enhancer把exon sequence带出来了。

【在 x********e 的大作中提到】
: enhancer可以在exon里，不一定非要在promoter附近, ChIP拉的是DNA不是RNA。的确有
: 些发表文章用的qPCR primer不是intron spanning，所以用之前一定要double check。
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h*7
22 楼
bless
我也是一样的情况，节前周四的on-site，自我感觉良好，但是至今无消息。
难以蛋定。。。
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h*u
23 楼
最近想申请milage卡，下半年回国用。请问这个deal好吗？没概念，谢谢！
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g*3
24 楼
LZ的实验结果不一定可靠。
只说两个数字0.1% Vs.3%.
可以参考Abcam及其他抗体的说明书，一般你的input%能达到0.3%就已经非常牛叉了。(
我这里说的是histone的)，对于TF，我基本没有见过有人敢报出input% (因为实在太低
了，不过也不要紧，得和mock比较)。
你的mock都有0.1%之高，说明你的mock IP有太多input DNA，除了楼上说的sonication
不完全，还有wash是不是extensive的等等其他因素。（可以google好好看看chip
protocol）。
你的IP有3%，这个简直是让我震惊。。。。同样存在我上一段解释的问题，另外你是不
是overcrosslink了等其他因素
你的这些数字如果是给真正做ChIP的人review，会有涉嫌造假的嫌疑。还是先好好优化
下chip条件（除了有mock，还得有IgG，negative primer等等其他一起比较），chip-
qpcr不是一个容易的活儿，论坛上以前讨论过的。
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u*e
25 楼
bless
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E*1
26 楼
看你什么时候申的卡了，见搂上上。

【在 p********y 的大作中提到】
: 那手上还有aa的信用卡, 不关掉会不会因为duplicate card被拒呢
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x*e
27 楼
这不是在说ChIP么？genomic DNA分什么intron exon？如果是真信号，往两边几百bp设
计一系列引物就知道到底哪里是peak了。

【在 l********e 的大作中提到】
: 与其相信enhancer在exon, 还不如相信楼主sonication做的不彻底，intronic
: enhancer把exon sequence带出来了。
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g*g
28 楼
bless

【在 u*******e 的大作中提到】
: bless
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F*y
29 楼
Got approved immediately. However, the credit line is too high.

【在 F*****y 的大作中提到】
: 准备最近申请啊，难道必须要求关卡一年以上？先不管能否成功，那个已过期50k的是
: 直接申请，然后再打电话确定是否有50k？多谢！
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v*a
30 楼
路过。。。
这个不是有kit么？
想问问大家，sonication到底怎样操作，才是规范的？
我最近在做RBP,用1.5ml ep管（多少体积的液体比较合适），超声5sec，然后冰上
20sec,重复3次。这样合适么？如何判断超声是否彻底，完全释放出细胞内容物？
此外，所有的protocol都提示不要出现泡沫，但是我发现无法不产生泡沫。
求指教，谢谢
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r*8
31 楼
big BLESS!
我是节前周三 onsite, 我似乎是第一个面的,director 说还有两三个其他candidate,
等面完所有人后, 给我消息. 到现在也还没什么消息. 我也不淡定. 求祝福! 也祝
福大家都尽快拿到心仪的
offer　!

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
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B*y
32 楼
high credit line 为什么还要 However呢？

【在 F*****y 的大作中提到】
: Got approved immediately. However, the credit line is too high.
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k*n
33 楼
1.5ml的管子700ul-1ml，tip在不接触管壁的情况下尽量往下插，shearing的够不够主
要看片段了150-1000 for seq，200-1500 for pcr
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s*n
34 楼
Same here. Interviewed on Monday, and HR has not collected the feedback. He
is doing.
Bless us
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F*y
35 楼
太高了，没啥好处吧。影响申其他信用卡，贷款等等啊 。。。

【在 B******y 的大作中提到】
: high credit line 为什么还要 However呢？
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d*s
36 楼

找台bioruptor。非常简单

【在 v********a 的大作中提到】
: 路过。。。
: 这个不是有kit么？
: 想问问大家，sonication到底怎样操作，才是规范的？
: 我最近在做RBP,用1.5ml ep管（多少体积的液体比较合适），超声5sec，然后冰上
: 20sec,重复3次。这样合适么？如何判断超声是否彻底，完全释放出细胞内容物？
: 此外，所有的protocol都提示不要出现泡沫，但是我发现无法不产生泡沫。
: 求指教，谢谢
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h*7
37 楼
看来和我一样等offer的人很多
等待的滋味很难受！
祝福大家都拿到dream offer!!!!
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a*s
38 楼
现在是不是只能搞一张了？谢谢

【在 F*****y 的大作中提到】
: 太高了，没啥好处吧。影响申其他信用卡，贷款等等啊 。。。
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l*e
39 楼
跑胶或者bioanalyzer看size,超声的目的是打碎DNA

【在 v********a 的大作中提到】
: 路过。。。
: 这个不是有kit么？
: 想问问大家，sonication到底怎样操作，才是规范的？
: 我最近在做RBP,用1.5ml ep管（多少体积的液体比较合适），超声5sec，然后冰上
: 20sec,重复3次。这样合适么？如何判断超声是否彻底，完全释放出细胞内容物？
: 此外，所有的protocol都提示不要出现泡沫，但是我发现无法不产生泡沫。
: 求指教，谢谢
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r*8
40 楼
Monday the same week Thanksgiving?

He

【在 s******n 的大作中提到】
: Same here. Interviewed on Monday, and HR has not collected the feedback. He
: is doing.
: Bless us
avatar
F*y
41 楼
不知，我只打算搞个amex。

【在 a********s 的大作中提到】
: 现在是不是只能搞一张了？谢谢
avatar
z*t
42 楼
mock 0.1%的确很高
不过比3% IP高的paper发出来的有一大把...
最后好多人干脆relative enrichment了事，嘿嘿

。(
sonication

【在 g*********3 的大作中提到】
: LZ的实验结果不一定可靠。
: 只说两个数字0.1% Vs.3%.
: 可以参考Abcam及其他抗体的说明书，一般你的input%能达到0.3%就已经非常牛叉了。(
: 我这里说的是histone的)，对于TF，我基本没有见过有人敢报出input% (因为实在太低
: 了，不过也不要紧，得和mock比较)。
: 你的mock都有0.1%之高，说明你的mock IP有太多input DNA，除了楼上说的sonication
: 不完全，还有wash是不是extensive的等等其他因素。（可以google好好看看chip
: protocol）。
: 你的IP有3%，这个简直是让我震惊。。。。同样存在我上一段解释的问题，另外你是不
: 是overcrosslink了等其他因素
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r*1
43 楼
wo ye shi a. bless lz and all of us.
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a*e
44 楼
为啥影响贷款？
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a*r
45 楼
我做的histone一般都在0.1%- 2%之间
negative 好像必须小于0.01%要不然算渣

【在 z*t 的大作中提到】
: mock 0.1%的确很高
: 不过比3% IP高的paper发出来的有一大把...
: 最后好多人干脆relative enrichment了事，嘿嘿
:
: 。(
: sonication
avatar
s*n
46 楼
Yes. But the company is known for their quick reply. I am trying to move on.
T T

【在 r*******8 的大作中提到】
: Monday the same week Thanksgiving?
:
: He
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a*s
47 楼
是不是1里面的personal Amex card

【在 F*****y 的大作中提到】
: 不知，我只打算搞个amex。
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g*3
48 楼
恩 参考ambiencr的回复，和我的数字基本一致。
histone这种和DNA绕在一起的蛋白，才有2%。 那种动不动TF就有2%（见过一个日本哥
们report 10%的），数据要么就是故意造假，要么就是不怎么clean。
能够诚实摆出来relative enrichment还算好的。不过TF 2%的时候（我本人做过各种优
化，基本对于TF很难达到这么多，何况有谁真正count过TF在某个时刻在某个基因上结
合的个数），这种enrichment又有多少可信度呢。

【在 z*t 的大作中提到】
: mock 0.1%的确很高
: 不过比3% IP高的paper发出来的有一大把...
: 最后好多人干脆relative enrichment了事，嘿嘿
:
: 。(
: sonication
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s*7
49 楼
bless楼主也bless自己。
也是节前面onsite，发邮件问了没回复。

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
avatar
t*y
50 楼
coask

【在 a********s 的大作中提到】
: 是不是1里面的personal Amex card
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g*3
51 楼
恩 参考ambiencr的回复，和我的数字基本一致。
histone这种和DNA绕在一起的蛋白，才有2%。 那种动不动TF就有2%（见过一个日本哥
们report 10%的），数据要么就是故意造假，要么就是不怎么clean。
能够诚实摆出来relative enrichment还算好的。不过TF 2%的时候（我本人做过各种优
化，基本对于TF很难达到这么多，何况有谁真正count过TF在某个时刻在某个基因上结
合的个数），这种enrichment又有多少可信度呢。

【在 z*t 的大作中提到】
: mock 0.1%的确很高
: 不过比3% IP高的paper发出来的有一大把...
: 最后好多人干脆relative enrichment了事，嘿嘿
:
: 。(
: sonication
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x*n
52 楼
haha..祝福啊。
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D*a
53 楼
问一下ChIP－qPCR三次重复做统计的问题，文章里面的error bar都很小，我的数据就
做不出来这么小的error bar。跟input比，比如第一次0.8％ vs 0.2％，第二次0.4％
vs 0.1％，趋势是一样子的，但error bar算出来很大。真的有可能每次都能做到相似
的input比例？
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d*g
54 楼
对啊，之前每一步都很紧凑，基本上都是第二天回复的，所以．．．我也告诉自己要
move on了
既然我们努力了，后面很多事情也不是我们可以决定的了。谋事在人，成事在天。
大家都一起加油啊！

on.

【在 s******n 的大作中提到】
: Yes. But the company is known for their quick reply. I am trying to move on.
: T T
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D*a
55 楼
re

％

【在 D***a 的大作中提到】
: 问一下ChIP－qPCR三次重复做统计的问题，文章里面的error bar都很小，我的数据就
: 做不出来这么小的error bar。跟input比，比如第一次0.8％ vs 0.2％，第二次0.4％
: vs 0.1％，趋势是一样子的，但error bar算出来很大。真的有可能每次都能做到相似
: 的input比例？
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m*9
56 楼
bless
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A*u
57 楼


【在 L**o 的大作中提到】
: 做了一个常规的chip-qPCR想检测一个转录因子有没有在某个基因的启动子区有富集，
: 先用特异性的抗体做CHIP，然后做qPCR，结果和mock相比，在启动子区和几个CNS区都
: 没有明显富集。当时错拿了一管该基因的普通qPCR引物，在该基因外显子上，结果在这
: 个区域像是有富集，相比mock，转化成input%大概是3%比0.1%
: 这怎么解释呢？
: 多谢指教。
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m*9
58 楼
bless
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a*2
59 楼
bless
avatar
r*8
60 楼

各位在等待的有消息没有哇? 询问了一experienced hiring manager, 他说这星期五应该有回信.说
Thanksgiving 会delay.
现在每天需要pray, pray. 除了努力奋斗, 还是需要如来老祖保佑的!!! 真的想找个地方去烧香磕头.

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
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h*7
61 楼
我还是没有消息，刚发信给2个supervisor了
best wishes to myself and all of your guys!!!

五应该有回信.说
地方去烧香磕头.

【在 r*******8 的大作中提到】
:
: 各位在等待的有消息没有哇? 询问了一experienced hiring manager, 他说这星期五应该有回信.说
: Thanksgiving 会delay.
: 现在每天需要pray, pray. 除了努力奋斗, 还是需要如来老祖保佑的!!! 真的想找个地方去烧香磕头.
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d*g
62 楼
我今天也打电话了，hr,hm　通通都没有人接．．．
Best wishes to all of us～～
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s*n
63 楼
越来越好奇你是哪家了
不过太desperate是不是不太好

【在 d*********g 的大作中提到】
: 我今天也打电话了，hr,hm　通通都没有人接．．．
: Best wishes to all of us～～
avatar
e*l
64 楼
Bless
avatar
d*g
65 楼
哈哈，我不是cs，所以跟版上的这些公司通通不沾边儿，所以也不用猜了
嗯，关于desperate的问题，我也觉得自己有点儿，不好。在努力调整中，move on，努
力去做自己能做好的事情，呵呵，还是谢谢你的建议．．．

【在 s******n 的大作中提到】
: 越来越好奇你是哪家了
: 不过太desperate是不是不太好
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h*7
66 楼
不知道各位有没有等到好消息。
我问了公司内部热心的中国人（不决策），说现在是面试高峰期，决定都还没做出。。
。
avatar
c*l
67 楼
bless
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r*8
68 楼
大家有消息吗? 明天就是星期五了,要是再没有response, 准备下星期一email 问了.

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
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x*a
69 楼
bless!
avatar
r*8
70 楼
大家有消息吗? 今天发了email. 还是没有reply!
Director 说的: once done with other candidate, let me know.
难道是假的?
是不是可以打电话给director问一下? 如果明天还没有reply.

【在 d*********g 的大作中提到】
: 节前的周五onsite,到现在都没有消息．．．
: 之前的hr电面，本来不确定是不是支持H1b,说去问下，第二天就安排了hm的电面
: hm的电面结束前就告诉我会invite onsite，hm面完所有人立即就安排了onsite
: 但节前的周五onsite,一切都还比较顺利，到现在也没什么消息
: 开始有点小扑腾了，第一次来求个祝福哈，希望这块宝地和广大同胞的祝福给我带来点
: 好运，谢谢啦！
: 刚来没多久，还没什么包子可以发给大家，只能真心的祝福大家都尽快拿到心仪的
: offer　!
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d*g
71 楼
大家都怎么样啦？
在onsite过去了近四周的时候，hr打电话过来update,说feedback很positive,是top
candidate,希望下周就会有最后结果...
继续求祝福吧，谢谢大家！
也祝福一起在等待的战友们，hold住，很快听到好消息，拿到心仪的offer!
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s*n
72 楼
加油 offer is coming.
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