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请教DNA methylation 计算
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请教DNA methylation 计算# Biology - 生物学
f*n
1
终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
*************************
Timeline:
EB1A 140 DIY
- receipt 6/15/10
- approval 1/4/11 (至今网上状态还是initial review)
EB1A 485 DIY
- receipt 4/26/11
- fp 6/3/11
- approval 6/30/11
- card received 7/8/11
在此之前也申请了NIW
NIW 140 DIY
- receipt 2/15/10
- approval 3/15/10
*************************
Background:
- 专业EE
- 大陆top5 PhD
- 政府部门postdoc两年
- 现为R&D公司research scientist
- 15 SCI journal (9 first author, 6 IEEE Trans)
- 20+ conferences, 20+ chinese journal
- 1 book, 2 patents
- citation SCI 60, google scholar ~100
- reviews 30+
- letters from 3 Europe, 3 US (several IEEE fellows, 2 from federal
government, e.g. NASA)
- awards: 1 教育部级, 若干fellowship
*************************
经验分享:
- petition letter 不需要太长,我只写了5页,词句比较简练,把关键点点到即可,
避免谈及technical details,用通俗语言描述研究的重要性
- claim authorship: 首先列出publications number,其次强调所发journal在该领
域影响因子排名,一般IEEE Trans都能排在top 10%,然后罗列所发表文章被应用次数
(可以参考前辈们的各种招数,详细分析引用数据,总之简要强调一些关键数据,突出
表现所发文章的重要性)
- claim judge of the work of others: 首先罗列被邀请review的次数及期刊,其次
quote其中一份来自associate editor的letter中关于review performance的评语。(
根据本人经验,如果发email给associate editor表示愿意volunteer review,一般都
会很快收到邀请,发email的时候最好附上你的publication list,然后如果review了
几篇之后,再要求写个letter的话,应该问题不大)
- claim original contribution:列举2-4个重要工作(一般每项工作对应一篇或多
篇文章),每个重要工作首先自己简要评价一下其重要性,其次quote每份letter中关
于该项工作的评语(draft letter的时候就要安排好不同的评语到不同的letter中),
再次还可以列举其他证据,如most downloaded paper, transaction prize paper,
research highlights, 来自所引用文献中的评语等
- 我没有单独claim award,反而是用来增强original contribution的evidence
- 针对USCIS的新政策,除了上面三条一一举证之外,最后还需要再有一个section专
门针对final merit determination进行举证,我采用的策略是把每个letter中的综合
评价quote一下,这些综合评语往往需要嵌入针对性的字眼,比如top in the field,
far exceeds average, one of the highest caliber, etc.
- 关于DIY,既然大家都是写paper的老手,DIY起来应该不会太难,只是需要一些时间和精力,当
然律师肯定是更专业,所以看个人..
*************************
最后,如果有背景差不多的准备DIY的兄弟需要建议,可以发pm,提供无偿咨询。
best luck to everyone!
貌似只有3包子,有谁想要就给谁。。
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M*7
2
最近为文章补充数据开始做基因组DNA methylation分析,问一些白痴问题吧。
我们已经从别人文章里面retrieve了感兴趣的区域所有C的有methylation的sequencing
read count和total reads count,是否mC%就是等于 mC reads数目 / 总reads数吗

我们想比较ChIP-Seq peak和没有蛋白binding地方的methylation有没有差异,如何计
算peak里面的methylation比例?还有看别人文章里面都能绘制一个分布曲线,一般用
什么软件可以做?
有没有大牛可以推荐一下科普读物,最好可以速成。非常感谢。
节日快乐!
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R*s
3
Cong!
包子 :)

【在 f**n 的大作中提到】
: 终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
: *************************
: Timeline:
: EB1A 140 DIY
: - receipt 6/15/10
: - approval 1/4/11 (至今网上状态还是initial review)
: EB1A 485 DIY
: - receipt 4/26/11
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n*7
4
不是
因为一个reads上可能有多个CpG 位点
特别是CpG island区域
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c*t
5
cong
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h*9
6
会R不?要会的话我可以送的code给你。

sequencing

【在 M****7 的大作中提到】
: 最近为文章补充数据开始做基因组DNA methylation分析,问一些白痴问题吧。
: 我们已经从别人文章里面retrieve了感兴趣的区域所有C的有methylation的sequencing
: read count和total reads count,是否mC%就是等于 mC reads数目 / 总reads数吗
: ?
: 我们想比较ChIP-Seq peak和没有蛋白binding地方的methylation有没有差异,如何计
: 算peak里面的methylation比例?还有看别人文章里面都能绘制一个分布曲线,一般用
: 什么软件可以做?
: 有没有大牛可以推荐一下科普读物,最好可以速成。非常感谢。
: 节日快乐!

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C*l
7
祝贺!(排包子)

【在 f**n 的大作中提到】
: 终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
: *************************
: Timeline:
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: - receipt 6/15/10
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a*r
8
纯算methyl 的话,我觉得R 的methylKit 不错,Biseq也可以
我不太懂你要在ChIP的算methylation的意思
前几年有个几个组 ChIP做完之后的DNA 再bisulfite 测序,量很低但是做出来了
这个technique 叫 ChIP-BS-seq
你要是两个样品一个做ChIP 另一个做 methylation 会有 bias
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l*2
9
GXGX!!
Baozi
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h*9
10
这些分分析定制的东西比较多,我还不知道那些软件可以,不过用R的话,半天就可以
搞定。
基本办法是把 ChIP-Seq peak region 和 methylated sites 都编码成 R GRange
objects, 然后用 R 提供的 operations on GRanges , find and count overlaps。
如果要计算 differentially methylated sites, you can use beta-binomial
regression. If you want to identify differentially methylated regions,
hidden Markov model is a good option.
最近写了一个 regression hidden Markov model for methylation data, 还没来及测
试。
Below is some sample code:
library(GenomicRanges)
library(GenomicFeatures)
library(data.table)
library(AnnotationDbi)
## save your peak regions in a bed file and encode them as GRanges
peak.df peak end = peak.df$V3), ids = peak.df$V4)
## encode methylated sites as GRanges
meth.gr=GRanges(seqnames=meth.ratio$chr,ranges=IRanges(start=meth.ratio$
start, end=meth.ratio$end),
strand=meth.ratio$strand,
id=meth.ratio$id,
data.frame(meth.ratio[,6:ncol(meth.ratio)])
)

## find overlaps
mat=as.matrix( findOverlaps(peak,meth.gr) )
## Use data.table for faster computing
DT=data.table(id=names(regions)[mat[,1]],meth.ratio[mat[,2],c(6,7)])
setkey(DT,id)
## The next step is to conduct whatever statistical tests you need.
## Say, beta-binomial regression and hidden Markov model.

sequencing

【在 M****7 的大作中提到】
: 最近为文章补充数据开始做基因组DNA methylation分析,问一些白痴问题吧。
: 我们已经从别人文章里面retrieve了感兴趣的区域所有C的有methylation的sequencing
: read count和total reads count,是否mC%就是等于 mC reads数目 / 总reads数吗
: ?
: 我们想比较ChIP-Seq peak和没有蛋白binding地方的methylation有没有差异,如何计
: 算peak里面的methylation比例?还有看别人文章里面都能绘制一个分布曲线,一般用
: 什么软件可以做?
: 有没有大牛可以推荐一下科普读物,最好可以速成。非常感谢。
: 节日快乐!

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v*e
11
恭喜恭喜!

【在 f**n 的大作中提到】
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h*9
12
methylKit 用了 logistic regression, 不是很好的办法。

【在 a******r 的大作中提到】
: 纯算methyl 的话,我觉得R 的methylKit 不错,Biseq也可以
: 我不太懂你要在ChIP的算methylation的意思
: 前几年有个几个组 ChIP做完之后的DNA 再bisulfite 测序,量很低但是做出来了
: 这个technique 叫 ChIP-BS-seq
: 你要是两个样品一个做ChIP 另一个做 methylation 会有 bias

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b*d
13
gx, baozi

【在 f**n 的大作中提到】
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J*L
14
citation 属于authorship,还是contribution啊?

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n*8
15
cong

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H*7
16
恭喜恭喜!谢谢分享!
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g*x
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gxgx!
485也很快。

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s*n
18
Congratulations
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P*z
19
Big Cong!

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b*r
20
cong, which center?
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l*t
21
cong

发信人: fynn (flyingpig), 信区: Immigration
标 题: EB1A DIY 终于绿了 经验分享
发信站: BBS 未名空间站 (Sat Jul 9 00:55:01 2011, 美东)
终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
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government, e.g. NASA)
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quote其中一份来自associate editor的letter中关于review performance的评语。(
根据本人经验,如果发email给associate editor表示愿意volunteer review,一般都
会很快收到邀请,发email的时候最好附上你的publication list,然后如果review了
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- claim original contribution:列举2-4个重要工作(一般每项工作对应一篇或多
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和精力,当
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T*y
22
Big Cong!
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m*q
23
cong

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T*y
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Citation is the evidence for both authorship and contribution, that's why it
's rather important.
However, authorship also requires the quantity and quality of your
publications, which you may elaborate by the importance of the journals
where you have published papers, etc.
Contribution can be also supported by reference letters, others requesting
your paper and code, some unclaimed report/award/patent (not worthy of
individual claims, but mentionable here), etc.

【在 J********L 的大作中提到】
: citation 属于authorship,还是contribution啊?
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a*n
25
Cong!

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J*2
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GX!
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y*t
27
CONG

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l*d
28
lz好人,祝福!!!
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s*t
29
CONG.
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y*i
30
gx
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s*g
31
恭喜!
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z*b
32
cong

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c*7
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gongxi!
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d1
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gx
wgcwcty.

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a*m
35
Cong
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t*y
36
GX!!!
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J*n
37
GX!
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t*y
38
GXGX!!!
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x*i
39
恭喜
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a*t
40
GX! 不过你才等了两个月多一点就批了485, 终于两个字会让很多人气死的
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H*e
41
Gxgx
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m*7
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Cong!!!

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h*c
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Re
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s*o
44
congratulations

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n*o
45
cong
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h*y
46
5页PL,短小精悍阿。
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m*s
47
gxgx

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P*y
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gxgx!

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m*x
49
gx
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i*n
50
GXGX!
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p*h
51
Big cong!
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j*u
52
恭喜恭喜!
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j*l
53
恭喜恭喜
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I*t
54
这个也好快啊,恭喜lz,粘粘喜气
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C*y
55
恭喜恭喜!

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J*n
56
Cong
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g*6
57
Big Congrats! Baozi:)估计没了,等有时候在发哈。。。
真是有先见啊,早早485就交了
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g*a
58
Dear Fynn:
Tks for sharing your experience. I wish to apply EB1a, and I wish to know
how strong my case is. Would you please email me: j*********[email protected]
My background:
Ph.D. in Earth and Environmental Sciences, focused on water comtainaiton and
water quality (nutirent transport in rivers, combined sewer overflow impact
on river water quality)
Publication: first author 6 coauthor1
citation: 20
conference: 30, session chair: 6
My OPT will expire in two month, and I am very stressed. My cell: 917-334-
6669
currently I am adjunct, college does not sponsor H1b. What should I do? Tks,
Gemma

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y*8
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cong

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L*e
60
恭喜。
不要包子了。
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g*1
61
gxgx

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p*y
62
congrats!

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g*a
63
Dear Fynn:
I wish to apply EB1a, and I wish to know how strong my case is. Would you
please email me: j*********[email protected]
My background:
Ph.D. in Earth and Environmental Sciences, focused on water comtainaiton and
water quality (nutirent transport in rivers, combined sewer overflow impact
on river water quality)
Publication: first author 6 coauthor1
citation: 20
conference: 30, session chair: 6
My OPT will expire in two month, and I am very stressed. My cell: 917-334-
6669
currently I am adjunct, college does not sponsor H1b. What should I do? Tks,
Gemma

【在 f**n 的大作中提到】
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P*F
64
wow, niuniu de!

【在 f**n 的大作中提到】
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h*i
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gxgx
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g*1
66
恭喜
他们都不要包子?
我要,呵呵
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n*z
67
恭喜楼主!谢谢分享!
如果还有包子请发给我,我来不久,包子太少了,谢谢!
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m*r
68
CONG!!!
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s*m
69
恭喜
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d*1
70
congrats~~~!
petition letter 不需要太长,我只写了5页,词句比较简练,
怎么写的?
能不能分享下? 我的怎么写都有20 页左右
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h*8
71
congrats!

【在 f**n 的大作中提到】
: 终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
: *************************
: Timeline:
: EB1A 140 DIY
: - receipt 6/15/10
: - approval 1/4/11 (至今网上状态还是initial review)
: EB1A 485 DIY
: - receipt 4/26/11
: - fp 6/3/11
: - approval 6/30/11

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l*9
72
gxgx!!

【在 f**n 的大作中提到】
: 终于绿了,曾经在版上获得许多帮助,分享下经验
: *************************
: Timeline:
: EB1A 140 DIY
: - receipt 6/15/10
: - approval 1/4/11 (至今网上状态还是initial review)
: EB1A 485 DIY
: - receipt 4/26/11
: - fp 6/3/11
: - approval 6/30/11

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f*r
73
Cong
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n*z
74
恭喜恭喜!
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z*g
75
Congratulations!
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t*r
76
可以发pm,提供无偿咨询, 是什么意思?
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s*c
77
CONG!
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a*r
78
cong!!!
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