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请教如何找一个基因在不同物种的cDNA,然后做sequence alignment
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请教如何找一个基因在不同物种的cDNA,然后做sequence alignment# Biology - 生物学
w*r
1
多谢
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B*v
2
老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧?
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
我的感觉是很多不完整的序列在里面,鱼龙混杂,对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序
列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗?我只要找到不同物种的ORF即
可。
sequence alignment哪个软件比较好?或者是基于web的。最好是免费的,基本可以肯
定老板不会同意花钱买的。
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k*o
3
付过 within 2年,一般refi都还是划算的

【在 w********r 的大作中提到】
: 多谢
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p*l
4
sequence alignment的话MEGA就可以做,fasta输入。
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h*g
5
如果是no cost refinance,和付过多少年根本没关系。

【在 k******o 的大作中提到】
: 付过 within 2年,一般refi都还是划算的
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b*c
6
NCBI BLAST

【在 B***v 的大作中提到】
: 老板交代的任务。寻找cDNA的序列NCBI gene就可以吧?
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/
: 我的感觉是很多不完整的序列在里面,鱼龙混杂,对一个不熟悉的基因很难分辨哪个序
: 列是对的。还有其他的更可靠的数据库查询cDNA序列吗?我只要找到不同物种的ORF即
: 可。
: sequence alignment哪个软件比较好?或者是基于web的。最好是免费的,基本可以肯
: 定老板不会同意花钱买的。

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k*o
7
这个要具体分析哈,可以参考我另外一个帖子的解释

【在 h**********g 的大作中提到】
: 如果是no cost refinance,和付过多少年根本没关系。
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B*v
8
多谢。BLAST的问题是只能一对一align,我希望做好几个species在一起的align。最后
的输出格式也不太好看。

【在 b********c 的大作中提到】
: NCBI BLAST
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b*2
9
只要是没有Cost,肯定划算.

【在 w********r 的大作中提到】
: 多谢
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B*v
10
这个我试了,功能挺多的,但是最后的alignment好像没法输出或者打印。
我最后用了Vector NTI里面的AlignX,还不错,还有一些二级结构分析,穿膜片段预测
等功能,不过这些功能都是基于web的第三方,要是能在align的图上直接标注这些功能
模块就更好了。

【在 p**********l 的大作中提到】
: sequence alignment的话MEGA就可以做,fasta输入。
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y*a
11
You are not quite right.
Assume loan amount 400k, 4.5% 30 yr. NO COST Refi @4.25% at 5, 10, 15, 20
and 25 years. Monthly payment is 2026.74. You made additional catch-on
payment so that you pay exactly if you DO NOT refi. The interest saved
compares at the same monthly payment if you do not refi. No tax factor is
considered.
Years Remaining Balance Int' Paid Refi Monthly Catch-on
Int' Saved
0 400000 0 1967.76
58.98 41358
5 364632 86236 1793.77
232.97 26810
10 320358 163567 1575.97
450.77 16015
15 264936 229749 1303.32
723.42 8415
20 195559 281977 962.03
1064.71 3499
25 108713 316736 534.8
1491.94 824
You can see, there is ALWAYS have a saving as long as it is a no-cost refi.
Whether you bother with the effort is your sole rationale (e.g., $824
saving after you already paid 25 year is worthwhile).
Cost will make it more complex. But you can always use a mortgage
spreadsheet to make your comparison.

【在 k******o 的大作中提到】
: 这个要具体分析哈,可以参考我另外一个帖子的解释
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a*t
12


76
这个是正解。
KELLYLUO 要出来澄清一下喔

【在 y*****a 的大作中提到】
: You are not quite right.
: Assume loan amount 400k, 4.5% 30 yr. NO COST Refi @4.25% at 5, 10, 15, 20
: and 25 years. Monthly payment is 2026.74. You made additional catch-on
: payment so that you pay exactly if you DO NOT refi. The interest saved
: compares at the same monthly payment if you do not refi. No tax factor is
: considered.
: Years Remaining Balance Int' Paid Refi Monthly Catch-on
: Int' Saved
: 0 400000 0 1967.76
: 58.98 41358

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k*o
13
版上的牛人很多,小女子只是抛砖引玉哈,希望大家多多讨论
请注意下我的前提哈,30年的FIXED, 只剩下几年来还请,而且利率相差不大的基础上。
所以大家讨论的时候要注意下前提条件哟。如果你不refi的话,可以算个30年总共的cost(包括本金+利息), 如果你REFI的话,可以把之前已经付清的总的cost加上这次refi之后的总的COST,看哪个数字更大。
这个只是我的拙见,希望大牛们来指正,错的地方要轻拍,呵呵
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m*o
14
我觉得你的省利息这一块算得有问题。
就拿0年这块算省的利息应该是21232.8才对。
公式是(2026.74-1967.76)x30x12=21232.8
其实做refiance,能越早做就越划算,到最后几年就算省也没几个钱了,准备材料都不够麻烦的。


76

【在 y*****a 的大作中提到】
: You are not quite right.
: Assume loan amount 400k, 4.5% 30 yr. NO COST Refi @4.25% at 5, 10, 15, 20
: and 25 years. Monthly payment is 2026.74. You made additional catch-on
: payment so that you pay exactly if you DO NOT refi. The interest saved
: compares at the same monthly payment if you do not refi. No tax factor is
: considered.
: Years Remaining Balance Int' Paid Refi Monthly Catch-on
: Int' Saved
: 0 400000 0 1967.76
: 58.98 41358

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h*g
15
大家已经注意到了你的前提,不过你还是错的。既然要轻拍,我就不拍了。

上。
cost(包括本金+利息), 如果你REFI的话,可以把之前已经付清的总的cost加上这次
refi之后的总的COST,看哪个数字更大。

【在 k******o 的大作中提到】
: 版上的牛人很多,小女子只是抛砖引玉哈,希望大家多多讨论
: 请注意下我的前提哈,30年的FIXED, 只剩下几年来还请,而且利率相差不大的基础上。
: 所以大家讨论的时候要注意下前提条件哟。如果你不refi的话,可以算个30年总共的cost(包括本金+利息), 如果你REFI的话,可以把之前已经付清的总的cost加上这次refi之后的总的COST,看哪个数字更大。
: 这个只是我的拙见,希望大牛们来指正,错的地方要轻拍,呵呵

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k*o
16
欢迎各位筒子能开诚不公的探讨一下哟,大家共同提高,省税省钱

【在 h**********g 的大作中提到】
: 大家已经注意到了你的前提,不过你还是错的。既然要轻拍,我就不拍了。
:
: 上。
: cost(包括本金+利息), 如果你REFI的话,可以把之前已经付清的总的cost加上这次
: refi之后的总的COST,看哪个数字更大。

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