请教HOMER/findPeaks方法和MACS和MUltiScale的差别大吗？# Biology - 生物学
x*i
1 楼
也来宝地求大家祝福！
140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
尽家财，抱歉包子有限。
并祝没绿的早绿！！
140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
尽家财，抱歉包子有限。
并祝没绿的早绿！！
u*g
2 楼
【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】
发信人: ubcxzhang (Now we are one!), 信区: Prepaid
标 题: 正在用freedompop的进来看看
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 8 16:30:47 2013, 美东)
打算上freedompop，需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?
解决了防备大家complain过的乱收费的问题，准备用boa的shopsafe。
现在还有几个问题：
1. 有办法知道自己的打他用量么？比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能？
如果有是不是实时的更新？
2. 如果用过量了，怎么办？他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务？
如果过量后试图收钱，有没有办法控制流量，那shopsafe就搞不定了。
发信人: ubcxzhang (Now we are one!), 信区: Prepaid
标 题: 正在用freedompop的进来看看
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 8 16:30:47 2013, 美东)
打算上freedompop，需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?
解决了防备大家complain过的乱收费的问题，准备用boa的shopsafe。
现在还有几个问题：
1. 有办法知道自己的打他用量么？比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能？
如果有是不是实时的更新？
2. 如果用过量了，怎么办？他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务？
如果过量后试图收钱，有没有办法控制流量，那shopsafe就搞不定了。
j*g
3 楼
有一个转录因子的两组ChIPseq数据，用MUltiScale或者MACS来分析，只能得到几十个
或者上百个peaks，assign到基因，基本没有什么有效信息。
而用HOMER的findPeaks command，却得到数千个peaks，并且通过motif分析，这些
peaks确实含有该转录因子的binding motif。根据peaks附近TSS去assign到数百个基因
，这些基因也确实跟该TF的功能非常相关。
但是有人跟我说findPeaks command的方法很不好。
想请教一下怎么会有这么大的差异？
谢谢！
或者上百个peaks，assign到基因，基本没有什么有效信息。
而用HOMER的findPeaks command，却得到数千个peaks，并且通过motif分析，这些
peaks确实含有该转录因子的binding motif。根据peaks附近TSS去assign到数百个基因
，这些基因也确实跟该TF的功能非常相关。
但是有人跟我说findPeaks command的方法很不好。
想请教一下怎么会有这么大的差异？
谢谢！
i*i
4 楼
Bless
g*g
5 楼
1. freedompop每15分钟统计一次流量（以MB为单位），（几分钟或者半小时1小时）之
后会在网站自己帐号下显示出来。
2.我的理解是最基本的免费计划关了auto topup之后，用到限量会停止服务。但是由于
覆盖在本地区不好，我基本没用，所以没测试过。
【在 u*******g 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】
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: 标 题: 正在用freedompop的进来看看
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: 打算上freedompop，需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?
: 解决了防备大家complain过的乱收费的问题，准备用boa的shopsafe。
: 现在还有几个问题：
: 1. 有办法知道自己的打他用量么？比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能？
: 如果有是不是实时的更新？
: 2. 如果用过量了，怎么办？他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务？
后会在网站自己帐号下显示出来。
2.我的理解是最基本的免费计划关了auto topup之后，用到限量会停止服务。但是由于
覆盖在本地区不好，我基本没用，所以没测试过。
【在 u*******g 的大作中提到】
: 【 以下文字转载自 Prepaid 俱乐部 】
: 发信人: ubcxzhang (Now we are one!), 信区: Prepaid
: 标 题: 正在用freedompop的进来看看
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Jan 8 16:30:47 2013, 美东)
: 打算上freedompop，需要解决一些问题。用过的能帮忙答两个问题么?
: 解决了防备大家complain过的乱收费的问题，准备用boa的shopsafe。
: 现在还有几个问题：
: 1. 有办法知道自己的打他用量么？比如他们的网站登陆自己账号后有没有这个功能？
: 如果有是不是实时的更新？
: 2. 如果用过量了，怎么办？他们是直接停止服务还是试图收钱继续提供服务？
R*n
6 楼
peak calling 一般不会差这么多的，5-10% vairation正常，估计里面那些para需要调
整
整
p*s
7 楼
Bless
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
: 尽家财，抱歉包子有限。
: 并祝没绿的早绿！！
★ 发自iPhone App: ChineseWeb 8.6
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
: 尽家财，抱歉包子有限。
: 并祝没绿的早绿！！
j*g
8 楼
是调哪里的para？是比对的时候，还是peak calling的时候？？
【在 R****n 的大作中提到】
: peak calling 一般不会差这么多的，5-10% vairation正常，估计里面那些para需要调
: 整
【在 R****n 的大作中提到】
: peak calling 一般不会差这么多的，5-10% vairation正常，估计里面那些para需要调
: 整
e*f
9 楼
bless!
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
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: 并祝没绿的早绿！！
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
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: 尽家财，抱歉包子有限。
: 并祝没绿的早绿！！
l*7
10 楼
你需要请教码工，改正／校正一下编码。
转录因子应该很具有特异性，
它调节的基因／组应该是起协同，反馈，或中和/拮抗作用的， 不应该是杂乱无章的。
转录因子应该很具有特异性，
它调节的基因／组应该是起协同，反馈，或中和/拮抗作用的， 不应该是杂乱无章的。
m*9
11 楼
祝福你，也祝福自己。
R*n
12 楼
我用过MACS和homer,但是没有深入比较。有一篇文章比较这些通用的peak calling程序
，差距都不是很大。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 是调哪里的para？是比对的时候，还是peak calling的时候？？
，差距都不是很大。
【在 j*********g 的大作中提到】
: 是调哪里的para？是比对的时候，还是peak calling的时候？？
g*4
13 楼
一月的同求bless!!!
F*g
14 楼
【在 x****i 的大作中提到】
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F*g
15 楼
Bless!
【在 x****i 的大作中提到】
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【在 x****i 的大作中提到】
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: 并祝没绿的早绿！！
s*t
16 楼
Bless! RD in early January still waiting.
【在 g****4 的大作中提到】
: 一月的同求bless!!!
【在 g****4 的大作中提到】
: 一月的同求bless!!!
f*7
17 楼
Bless!
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
: 尽家财，抱歉包子有限。
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: 并祝没绿的早绿！！
e*f
18 楼
bless bless!!!
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
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x*i
19 楼
人气不旺，继续求...
Turn Green faster!!!
Turn Green faster!!!
y*o
20 楼
马上轮到你！
【在 x****i 的大作中提到】
: 人气不旺，继续求...
: Turn Green faster!!!
【在 x****i 的大作中提到】
: 人气不旺，继续求...
: Turn Green faster!!!
f*r
21 楼
祝福！
x*i
22 楼
Thanks to all. Best wishes to you!!!
a*i
23 楼
希望早绿啊
你是哪个center的？
你是哪个center的？
z*n
24 楼
bless
x*i
25 楼
NSC.
D*r
26 楼
bless!
n*h
27 楼
Bless!~
w*z
28 楼
co-bless
y*0
29 楼
bless！
C*o
30 楼
祝福你早绿！
f*a
31 楼
bless bless bless!!baozi!
c*i
32 楼
bless
f*r
33 楼
Bless.
l*n
34 楼
Bless! Bless me too. :-)
b*o
35 楼
bless
b*r
36 楼
Big bless! Do not forget to send me back zi.
l*m
37 楼
Bless
y*n
38 楼
Bless,同求4月绿
l*u
39 楼
真是块宝地啊，天天bless。
A*y
40 楼
bless!
x*o
41 楼
Bless!!!!!!
f*e
42 楼
bless
f*8
43 楼
Bless！！！
同求绿！3次PP都拒了的人现在很不淡定 T_T
同求绿！3次PP都拒了的人现在很不淡定 T_T
x*0
44 楼
跟你一天 bless bless 同绿同绿 你哪个center的
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
: 尽家财，抱歉包子有限。
: 并祝没绿的早绿！！
【在 x****i 的大作中提到】
: 也来宝地求大家祝福！
: 140很不顺，3次PP才批。1/21的RD，还在熬着。周围都一片绿油油了.如果四月绿，散
: 尽家财，抱歉包子有限。
: 并祝没绿的早绿！！
x*i
45 楼
装了300伪币给本版，烦请版主代发包子给在本楼的xdjm。共30个包子。多谢大家！
V*t
46 楼
Bless
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