e*6
2 楼
在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
系列，BMC系列，包括这篇是nature系列的），都没提到过如何解决这个问题？
比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
系列，BMC系列，包括这篇是nature系列的），都没提到过如何解决这个问题？
f*8
3 楼
手写添上
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
I*r
4 楼
你说的是文章中的accuracy 吗？
M*n
5 楼
治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
e*6
6 楼
差不多吧，不过他的accuracy没细看啥意思，但是应该false positive和false
negative都是百分之一左右
【在 I**********r 的大作中提到】
: 你说的是文章中的accuracy 吗？
negative都是百分之一左右
【在 I**********r 的大作中提到】
: 你说的是文章中的accuracy 吗？
k*y
7 楼
谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
现在都用copy和pas e 了
这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
要折机器先。
【在 M****n 的大作中提到】
: 治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
: 治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
现在都用copy和pas e 了
这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
要折机器先。
【在 M****n 的大作中提到】
: 治标的办法是把软键盘调出来，用mouse点就可以了
: 治本的方法就是去网上买一个对应你笔记本的键盘，换上就可以了，简单的很，就是要折机器先。
n*g
8 楼
decent? Scientific Report is a trash journal.
Even Nature is trash
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
Even Nature is trash
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
e*e
9 楼
可以从网上搜一个词含有这个字，每次都拷贝进去：）
s*c
10 楼
1% false negative?
On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
TP:TN ~ 1:10
plos
【在 e*********6 的大作中提到】
: 在bioinformatics里边，各种做prediction是个热门话题，但是有个问题始终搞不明白
: 比如看这篇文章，http://www.nature.com/articles/srep28517
: 他的方法以及他对比的方法，都有1%的false positive，这在同类研究中已经算是非常
: 好的成果了, 画个ROC算个AUC都很好看，但
: 是有个问题很不解，因为在整个基因组上，想要的interesting points（这里是
: promoter）是非常非常稀疏的，也就几万个，人体基因组有3 billion bp，就算100个
: bp一个间隔来创造备选的样品（长度200bp来算只有50% overlap了），这就有30
: million个samples，就算百分之一的false positive，那就有30万个false positive，
: 已经是true positive的好多倍了，这种问题如何在进一步解决呢？
: 并且，类似这种paper，包括发在非常decent，high-impact的journal上的（包括plos
d*i
11 楼
pull off the cap and put it back on first to make sure it's really broken
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
e*6
12 楼
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
是一比一百万
and
【在 s*****c 的大作中提到】
:
: 1% false negative?
: On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
: 94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
: 99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
: 65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
: 94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
: TP:TN ~ 1:10
: plos
是一比一百万
and
【在 s*****c 的大作中提到】
:
: 1% false negative?
: On average, PEDLA achieved 95.0% accuracy, a 96.8% GM (99.0% sensitivity and
: 94.6% specificity) and a 78.7% F1-score (99.0% recall and 65.4% precision)
: 99% sensitivity or recall means FN is 1% of the TP.
: 65% precision means FP is 50% of TP. not 好多倍
: 94.6% specificity means FP is 5.7% of TN.
: TP:TN ~ 1:10
: plos
M*n
13 楼
学学嘛，比折一个闹钟复杂不了多少。就是拧几个螺丝的事
去网上找找有没有相应的视频或是图文并茂的文档
按图来，很快的。
不然，你去买个USB的desktop keyboard好了，插上就能用，应急呗
【在 k********y 的大作中提到】
: 谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
: 现在都用copy和pas e 了
: 这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
:
: 要折机器先。
去网上找找有没有相应的视频或是图文并茂的文档
按图来，很快的。
不然，你去买个USB的desktop keyboard好了，插上就能用，应急呗
【在 k********y 的大作中提到】
: 谢了，啊，俺不懂怎样拆呀；
: 现在都用copy和pas e 了
: 这样也好，可以少灌点水了。。。赫赫。。。
:
: 要折机器先。
r*6
14 楼
[在 nostring (尼) 的大作中提到：]
:decent? Scientific Report is a trash journal.
:Even Nature is trash
:plos
老兄火气很很大啊 哈哈哈哈哈
:decent? Scientific Report is a trash journal.
:Even Nature is trash
:plos
老兄火气很很大啊 哈哈哈哈哈
k*y
15 楼
谢谢楼上个位 让俺来试试
c*3
16 楼
Scientific reports 上面的生物信息的文章，我建议你不要看。
大部分水平都不行，但得质量可以，都会发表在，genome biology， plos CB 或者
bioinformatics上面了
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
【在 e*********6 的大作中提到】
: 问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
: 是一比一百万
:
: and
大部分水平都不行，但得质量可以，都会发表在，genome biology， plos CB 或者
bioinformatics上面了
问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
【在 e*********6 的大作中提到】
: 问题就在这里，他抽样了是tp比tn一比十，从方法上说没问题，但现实应用起来，实际
: 是一比一百万
:
: and
a*t
17 楼
ebay去买个同型号的键盘来 找人帮你换一下就是了
便宜得很。。。
便宜得很。。。
a*y
18 楼
白猫公主， "t" key 坏了？
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
j*n
19 楼
Here's a quick fix: find another key that you never use, and swap with the
missing key. Just bear in mind that's the new "T".
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
missing key. Just bear in mind that's the new "T".
【在 k********y 的大作中提到】
: 好急哦，俺的id里就有4个keys啊；
: 先谢了。。。
相关阅读
生物信息分析软件开发是是华人的强项，不一定是中国的强项请大家把对学校的评价感想都写下来，给后来人警示华人在海外都变“祥林嫂”:频问自己 回还是不回有公司卖yeast display combinatorial peptides libraries？怎么把idea转化成money呢？paper help求review 蛋白质晶体方向Paper help! 50 weibi for each. Thanks!中科院神经所李澄宇组招聘博士后你们对“我就只喜欢做实验”这种观点怎么看在找工作时隐瞒overqualify的事实会有什么后果？亲们的前途在哪里四川农业大学招聘植物分子生物学方向讲师一名请教：关于O1签证也问一个knockout小鼠的问题关于简历：文章作者名字list (转载)生物技术方向，想回国创业，如何选方向？[Job Opening] 波士顿项目经理/管理编辑职位 (转载)postdoc position (protein biochem, biophy, or struct bio)C57BL/6N 为啥生出了白色的老鼠