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qPCR来鉴定lncRNA# Biology - 生物学
j*e
1
貌似就是自己不太愿意干或者难度较大的?比如擦窗户之类的?
正在考虑请一个,想听听大家的意见,谢谢~
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r*e
2
用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域,region1和region2;针对
这两个region分别设计了对应了primer进行扩增,primer长度都是100-200bp左右
提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
我用genomic DNA作为对照。对于gDNA,region1和region2的Ct值差不多,都是25
我也用了plasmid做对照,也是差不多的Ct值
而对于cDNA,region1和region2的Ct值分别是28和30
两对引物都做了standard curve,在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
genomic DNA/plasmid,两个region都是同样的量,引物效率都是100%,所以最后相同
的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别,是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢?
如果是的话,我能想到的可能性时有:
1.region1除了pre-mRNA之外还存在着其他的RNA比如lncRNA
2.region1在被splice形成RNA lariat之后相比于region2更佳stable
PCR的假阳性很多,所以请教大家我以上的做法是否足够严谨到给出region1有更多RNA
的结论?
另外我也查过一些网上公共RNA-seq数据。问题是一般这些数据的depth都很低;而对
于Ct 28左右的RNA,或许丰度比较低,属于rare transcript所以压根没法被RNA-seq
显示出来?
非常感谢!
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p*t
3
擦玻璃貌似不是cleaning lady能做的吧
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l*y
4
就当都是真的,then what?你的big picture是啥?做功能的话knockdown有表型吗?
纠结在一个实验上没意义,得综合其他方面看

【在 r**********e 的大作中提到】
: 用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域,region1和region2;针对
: 这两个region分别设计了对应了primer进行扩增,primer长度都是100-200bp左右
: 提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
: 我用genomic DNA作为对照。对于gDNA,region1和region2的Ct值差不多,都是25
: 我也用了plasmid做对照,也是差不多的Ct值
: 而对于cDNA,region1和region2的Ct值分别是28和30
: 两对引物都做了standard curve,在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
: genomic DNA/plasmid,两个region都是同样的量,引物效率都是100%,所以最后相同
: 的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别,是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢?
: 如果是的话,我能想到的可能性时有:

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c*o
5
修理LG
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f*9
6
你可以涉及跨junction 的primer,就是pirmer 一半在exon 1上一半在exon 2上面,这
样就可以忽略掉gDNA 的污染
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j*e
7
那有些啥比较适合呢?

【在 p******t 的大作中提到】
: 擦玻璃貌似不是cleaning lady能做的吧
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r*e
8
我的目的就是研究intron序列的功能,因为是疾病相关。而且尤其那个region1是
TGTGTGTGTG这种重复序列
如果能证明确实有noncoding RNA转录出来,也是功能发现啊;对于疾病来说就是gain-
of-function
你说的knockdown是loss-of-function我也在做

【在 l***y 的大作中提到】
: 就当都是真的,then what?你的big picture是啥?做功能的话knockdown有表型吗?
: 纠结在一个实验上没意义,得综合其他方面看

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p*t
9
cleaning lady就负责打扫房间,比如扫地擦桌子收拾床铺
你要让她洗衣服的话时间又加长,得另外算钱
简而言之,她能做的你都能做,看谁懒了

【在 j*******e 的大作中提到】
: 那有些啥比较适合呢?
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r*e
10
这个我懂,我平常也是这么设计的。
但这里的问题是我要研究intron区域,并不是coding区域啊

【在 f*********9 的大作中提到】
: 你可以涉及跨junction 的primer,就是pirmer 一半在exon 1上一半在exon 2上面,这
: 样就可以忽略掉gDNA 的污染

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l*e
11
转录本身不说明任何问题 所有intron都是转录的


: 我的目的就是研究intron序列的功能,因为是疾病相关。而且尤其那个region1是

: TGTGTGTGTG这种重复序列

: 如果能证明确实有noncoding RNA转录出来,也是功能发现啊;对于疾病来说就
是gain-

: of-function

: 你说的knockdown是loss-of-function我也在做



【在 r**********e 的大作中提到】
: 这个我懂,我平常也是这么设计的。
: 但这里的问题是我要研究intron区域,并不是coding区域啊

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r*e
12
Yes, introns mostly transcribed into pre-mRNA
But if specific regions transcribed way more than surrounding region, then
that may indicate function.

region1是

【在 l********e 的大作中提到】
: 转录本身不说明任何问题 所有intron都是转录的
:
:
: 我的目的就是研究intron序列的功能,因为是疾病相关。而且尤其那个region1是
:
: TGTGTGTGTG这种重复序列
:
: 如果能证明确实有noncoding RNA转录出来,也是功能发现啊;对于疾病来说就
: 是gain-
:
: of-function
:
: 你说的knockdown是loss-of-function我也在做
:

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N*e
13
这么专业的问题身边找不到人问?
region1和region2可能分别剪掉了

【在 r**********e 的大作中提到】
: 用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域,region1和region2;针对
: 这两个region分别设计了对应了primer进行扩增,primer长度都是100-200bp左右
: 提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
: 我用genomic DNA作为对照。对于gDNA,region1和region2的Ct值差不多,都是25
: 我也用了plasmid做对照,也是差不多的Ct值
: 而对于cDNA,region1和region2的Ct值分别是28和30
: 两对引物都做了standard curve,在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
: genomic DNA/plasmid,两个region都是同样的量,引物效率都是100%,所以最后相同
: 的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别,是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢?
: 如果是的话,我能想到的可能性时有:

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f*9
14
你说的这种是intronic lncrna吧,做下race或者northern确定下,根据ranseq设计跨
exon primer, 这里的exon是你的lncrna的exon

【在 r**********e 的大作中提到】
: 用qPCR研究一段intron的表达以及功能。intron有两个区域,region1和region2;针对
: 这两个region分别设计了对应了primer进行扩增,primer长度都是100-200bp左右
: 提取了同一种cell line的genomic DNA和total RNA
: 我用genomic DNA作为对照。对于gDNA,region1和region2的Ct值差不多,都是25
: 我也用了plasmid做对照,也是差不多的Ct值
: 而对于cDNA,region1和region2的Ct值分别是28和30
: 两对引物都做了standard curve,在25-30这个范围内efficiency都是100%左右。对于
: genomic DNA/plasmid,两个region都是同样的量,引物效率都是100%,所以最后相同
: 的Ct值。而cDNA有两个cycle的差别,是不是意味着region1产生的RNA的量更多呢?
: 如果是的话,我能想到的可能性时有:

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y*u
15
研究这种问题靠qpcr而不是rnaseq简直就是行为艺术
还有楼上也说了,奇奇怪怪的transcription events多海了去了,没phenotyoe 支持没
什么好做的
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