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王俊新作:用AI整合测序、组学和健康大数据
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王俊新作:用AI整合测序、组学和健康大数据# Biology - 生物学
L*i
1
普通白粥或者皮蛋瘦肉粥
看了一些review,咋感觉不太适合做粥捏
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c*c
2
最近两天,大概是上个周五,Discover家的手机程式,是不是刚刚做了更新或调整?画
面有变化,变得更橘黄色了。但同时问题也出来了,每次要看信用卡recent activity
的时候,程式就会自己关掉
大家有没有最近也遇到这个问题的?是Discover程式还未稳定,还是我手机的问题?
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x*6
3
http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n2/full/nbt0217-103a.html
这年头什么都要和大数据沾点边。
从实用的角度,做生信的童鞋来谈谈测序/大数据/AI到底靠不靠谱?
我个人不做高等生物,但是知道我们对单细胞的理解还非常有限,复杂程度高出几个量
级的人体加生活方式在多大程度上能受益于大数据?
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x*e
4
不喜欢这个温吞货
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b*i
5
确实app更新了不少..但是没有出现lz提到的问题
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s*r
6
这个方向很火,实用的话么呵呵

【在 x****6 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n2/full/nbt0217-103a.html
: 这年头什么都要和大数据沾点边。
: 从实用的角度,做生信的童鞋来谈谈测序/大数据/AI到底靠不靠谱?
: 我个人不做高等生物,但是知道我们对单细胞的理解还非常有限,复杂程度高出几个量
: 级的人体加生活方式在多大程度上能受益于大数据?

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c*e
7
适合。我做过,要买红国宝,通宵炖,米会开花,不过不是很黏稠。别的米,效果不好。
如果要吃那种很黏稠的粥,要把米先放在freezer里,然后煮熟,米很碎,另外一种风
格。
做粥的slow cooker,要选那种最小的size的,只够2个人吃的那种,太大的slow cooker
我没试过。

【在 L**i 的大作中提到】
: 普通白粥或者皮蛋瘦肉粥
: 看了一些review,咋感觉不太适合做粥捏

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x*6
8
遇到了和LZ同样的问题,等更新吧。
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s*s
9
没看paper,不用大概能猜到在做啥。
这个玩意儿没那么神秘,其实很多大家早就在用了,所以不存在不靠谱的问题。
当然,忽悠是肯定的,不吹大泡泡怎么拉钱。
我对他们这个公司那么多合作比较有兴趣,最后做出来的东西多少算自己的知识
产权?比如IBM据我所知这几个月到处推销Waston Genomics, 那么合作之后能有
自己的iCarbonX Genomics 2.0出来么,还是只是人家让你免费或者收费的用?
看看华大,出了消费产品试剂盒热火朝天,核心技术在哪里?就是仿造测序芯片么?

【在 x****6 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n2/full/nbt0217-103a.html
: 这年头什么都要和大数据沾点边。
: 从实用的角度,做生信的童鞋来谈谈测序/大数据/AI到底靠不靠谱?
: 我个人不做高等生物,但是知道我们对单细胞的理解还非常有限,复杂程度高出几个量
: 级的人体加生活方式在多大程度上能受益于大数据?

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x*i
10
把米洗好以后放冰箱里面冻住,然后煮,有什么锅都能煮
慢煮锅可以煮,但是米汤会粘锅,洗锅的时候很麻烦
慢煮锅煮肉不好吃,煮得稀烂了
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r*e
11
biostat那些临床数据我不敢评论
bioinformatics,主要genomics,人类基因组了解清晰的只有2%的exome
exome seq+RNA seq对于搞清楚coding region还是有用的
在忽悠大数据,AI之前,麻烦告诉我除了promoter外的noncoding region啥作用?
人类基因组50%都是repeat,请告诉我repeats的作用?
搞不清这些function,也就只是忽悠

【在 x****6 的大作中提到】
: http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n2/full/nbt0217-103a.html
: 这年头什么都要和大数据沾点边。
: 从实用的角度,做生信的童鞋来谈谈测序/大数据/AI到底靠不靠谱?
: 我个人不做高等生物,但是知道我们对单细胞的理解还非常有限,复杂程度高出几个量
: 级的人体加生活方式在多大程度上能受益于大数据?

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c*e
12
慢煮锅煮肉是可以的,白人知道怎么用。

【在 x*****i 的大作中提到】
: 把米洗好以后放冰箱里面冻住,然后煮,有什么锅都能煮
: 慢煮锅可以煮,但是米汤会粘锅,洗锅的时候很麻烦
: 慢煮锅煮肉不好吃,煮得稀烂了

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x*6
13
华大基因到底能够盈利吗?疾病诊断应该还是有点用的,但是靠卖诊断试剂盒能养得其
这么多忽悠吗?
还是风投煞笔或者背后是国家在支撑?

【在 s******s 的大作中提到】
: 没看paper,不用大概能猜到在做啥。
: 这个玩意儿没那么神秘,其实很多大家早就在用了,所以不存在不靠谱的问题。
: 当然,忽悠是肯定的,不吹大泡泡怎么拉钱。
: 我对他们这个公司那么多合作比较有兴趣,最后做出来的东西多少算自己的知识
: 产权?比如IBM据我所知这几个月到处推销Waston Genomics, 那么合作之后能有
: 自己的iCarbonX Genomics 2.0出来么,还是只是人家让你免费或者收费的用?
: 看看华大,出了消费产品试剂盒热火朝天,核心技术在哪里?就是仿造测序芯片么?

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C*X
14
太好了。。我要拿出来。。。谢谢提醒。。
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j*g
15
腾讯/马化腾给王俊的碳云智能投了10个亿
[在 xiao86 (xiao86) 的大作中提到:]
:华大基因到底能够盈利吗?疾病诊断应该还是有点用的,但是靠卖诊断试剂盒能养得
其这么多忽悠吗?
:还是风投煞笔或者背后是国家在支撑?
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h*r
16
我不喜欢,米都烂了,而且有很重的焖了很久不新鲜的味

【在 L**i 的大作中提到】
: 普通白粥或者皮蛋瘦肉粥
: 看了一些review,咋感觉不太适合做粥捏

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m*a
17
楼主脑残吗,别人写了个news叫王俊新作?
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w*s
18
同意,觉得东西会坏掉

【在 x******e 的大作中提到】
: 不喜欢这个温吞货
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S*1
19

除了promoter外还有enhancer, insulator, non-coding RNA等等,而repeat的功能更
是多了去了。真全部搞清楚了还要那么多科学家那么多计划项目干嘛?还忽悠呢,兄弟
不是生物这个圈子里的人吧

【在 r**********e 的大作中提到】
: biostat那些临床数据我不敢评论
: bioinformatics,主要genomics,人类基因组了解清晰的只有2%的exome
: exome seq+RNA seq对于搞清楚coding region还是有用的
: 在忽悠大数据,AI之前,麻烦告诉我除了promoter外的noncoding region啥作用?
: 人类基因组50%都是repeat,请告诉我repeats的作用?
: 搞不清这些function,也就只是忽悠

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a*e
20
这哥们儿是啥背景?有大神来八一下吗?
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s*s
21
同学research做了太多,这些在商业上都不是问题。
所有的都是假的,只有actionable的才是真的,从商业角度上来说,
non-coding知道再多也没用。

【在 r**********e 的大作中提到】
: biostat那些临床数据我不敢评论
: bioinformatics,主要genomics,人类基因组了解清晰的只有2%的exome
: exome seq+RNA seq对于搞清楚coding region还是有用的
: 在忽悠大数据,AI之前,麻烦告诉我除了promoter外的noncoding region啥作用?
: 人类基因组50%都是repeat,请告诉我repeats的作用?
: 搞不清这些function,也就只是忽悠

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s*s
22
大有大的做法,比如google不对客户收费也能盈利,测序也类似。
我相信华大肯定知道的,当然,能不能做出来是另一回事。

【在 x****6 的大作中提到】
: 华大基因到底能够盈利吗?疾病诊断应该还是有点用的,但是靠卖诊断试剂盒能养得其
: 这么多忽悠吗?
: 还是风投煞笔或者背后是国家在支撑?

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j*g
23
很对。Google免费给你搜索、免费给你用gmail,照样赚钱。
王俊说他打算免费给用户测基因组。你测不测?
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:大有大的做法,比如google不对客户收费也能盈利,测序也类似。
:我相信华大肯定知道的,当然,能不能做出来是另一回事。
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s*r
24
不测,他肯定会要我的个人信息病史,应该付我钱

【在 j*********g 的大作中提到】
: 很对。Google免费给你搜索、免费给你用gmail,照样赚钱。
: 王俊说他打算免费给用户测基因组。你测不测?
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :大有大的做法,比如google不对客户收费也能盈利,测序也类似。
: :我相信华大肯定知道的,当然,能不能做出来是另一回事。

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w*a
25
repeats为什么一定就得有用?
阿米巴变形虫genome size是人的200倍,少几个repeats有个毛线区别。

【在 r**********e 的大作中提到】
: biostat那些临床数据我不敢评论
: bioinformatics,主要genomics,人类基因组了解清晰的只有2%的exome
: exome seq+RNA seq对于搞清楚coding region还是有用的
: 在忽悠大数据,AI之前,麻烦告诉我除了promoter外的noncoding region啥作用?
: 人类基因组50%都是repeat,请告诉我repeats的作用?
: 搞不清这些function,也就只是忽悠

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n*7
26
这玩意genome这么大??
很惊讶

【在 w***a 的大作中提到】
: repeats为什么一定就得有用?
: 阿米巴变形虫genome size是人的200倍,少几个repeats有个毛线区别。

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M*P
27
repeat没用,搞没用的东西有什么用?之所以你搞不大,就是因为连题目都选不对。

【在 r**********e 的大作中提到】
: biostat那些临床数据我不敢评论
: bioinformatics,主要genomics,人类基因组了解清晰的只有2%的exome
: exome seq+RNA seq对于搞清楚coding region还是有用的
: 在忽悠大数据,AI之前,麻烦告诉我除了promoter外的noncoding region啥作用?
: 人类基因组50%都是repeat,请告诉我repeats的作用?
: 搞不清这些function,也就只是忽悠

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n*7
28
repeat还是有用的,捣乱用

【在 M*P 的大作中提到】
: repeat没用,搞没用的东西有什么用?之所以你搞不大,就是因为连题目都选不对。
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r*e
29
拜托,我自己就是做基因组学的,各个方面都有涉及,尤其是noncoding。
你说的很正确,promoter,enhancer,insulator,你还可以给我来很多3d genome一堆
fancy的。noncoding rna就不晓得分了多少种。所以多少学术界的也就是靠着这个混饭
碗呢。
但很抱歉我们这里讨论的是华大,是业界,是使用价值,是利润。
除了promoter区域我们是比较了解的,姑且可以算作是和coding一样;其他所有的
enhancer blabla的,我们有多清楚?noncoding的规律过于复杂,什么xx snp可以导致
2倍的gene upregulation之类的,反正我是不信的。
换句话说,我们对noncoding区域生物学功能以及在疾病里功能了解太少,导致我们就
算是做了whole genome sequencing也没法interpret。
基础科学层面我们都研究不清楚,请问如何做成有利润的商品呢?
所以我说,看好的是exome seq+rna-seq
哪怕我们就说coding区域,你seq病人得到一个rare nonsynonymous mutation;你能基
于此进行疾病预测甚至diagnosis吗?有些病可以,有些病就非常复杂。

【在 S******1 的大作中提到】
:
: 除了promoter外还有enhancer, insulator, non-coding RNA等等,而repeat的功能更
: 是多了去了。真全部搞清楚了还要那么多科学家那么多计划项目干嘛?还忽悠呢,兄弟
: 不是生物这个圈子里的人吧

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r*e
30
如果你要推出whole genome sequencing的产品给客户,你就要面对repeats
人类基因组30-50%都是repeats,广义的repeats。
whole genome可以帮我们找到large structural variation;不过就算找到了,怎么解
释呢?一个micro deletion,啥功能呢

【在 w***a 的大作中提到】
: repeats为什么一定就得有用?
: 阿米巴变形虫genome size是人的200倍,少几个repeats有个毛线区别。

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r*e
31
所有的都是假的,只有actionable的才是真的,从商业角度上来说
不是很懂这句。请多指教

【在 s******s 的大作中提到】
: 同学research做了太多,这些在商业上都不是问题。
: 所有的都是假的,只有actionable的才是真的,从商业角度上来说,
: non-coding知道再多也没用。

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r*e
32
我笑
很多neurodegenerative disease都是repeats expansion disease,谢谢

【在 M*P 的大作中提到】
: repeat没用,搞没用的东西有什么用?之所以你搞不大,就是因为连题目都选不对。
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M*P
33
你说的这个是coding region里的repeat,占基因组不到3%. 跟原帖讲的那些repeat没
关系。

【在 r**********e 的大作中提到】
: 我笑
: 很多neurodegenerative disease都是repeats expansion disease,谢谢

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s*s
34
要么是个marker, 要么是个药物靶点,这样的variant就是actionable.
剩下的再fancy, 不能指导诊断治疗的也没啥意义,所以说其实coding
和promoter基本也就够了。
当然,不actionable的,撺着数据以后再用或者再卖也可以。

【在 r**********e 的大作中提到】
: 所有的都是假的,只有actionable的才是真的,从商业角度上来说
: 不是很懂这句。请多指教

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M*P
35
就是即使你知道repeat能致病,但是没有办法根据这个来做药物,所以工业界不会投资。

【在 r**********e 的大作中提到】
: 所有的都是假的,只有actionable的才是真的,从商业角度上来说
: 不是很懂这句。请多指教

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x*6
36
问题是google搜索引擎确实为大家提供了信息获取的方便,是非常有用的,所以能够可
持续的吸引超量的用户,这个群体为广告收入提供了坚实基础。
同样的道理,如果AI+组学+健康记录能够为用户/病人提供有利健康的实用信息,自然
能够走google模式。要害是目前的知识能不能使盈利条件实现?
关于目前生信的用处,我粗浅的认识是:通过测序来了解自己的人类学历史,一些已知
机制的遗传疾病的诊断,产前诊断。问题是这些用处够不够支撑华大和这个新公司声称
的那么大的公司体量和野心。

【在 s******s 的大作中提到】
: 大有大的做法,比如google不对客户收费也能盈利,测序也类似。
: 我相信华大肯定知道的,当然,能不能做出来是另一回事。

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j*g
37
所以需要AI,从数据中挖掘新的应用…
[在 xiao86 (xiao86) 的大作中提到:]
:问题是google搜索引擎确实为大家提供了信息获取的方便,是非常有用的,所以能够
可持续的吸引超量的用户,这个群体为广告收入提供了坚实基础。
:同样的道理,如果AI+组学+健康记录能够为用户/病人提供有利健康的实用信息,自然
:能够走google模式。要害是目前的知识能不能使盈利条件实现?
:关于目前生信的用处,我粗浅的认识是:通过测序来了解自己的人类学历史,一些已
知机制的遗传疾病的诊断,产前诊断。问题是这些用处够不够支撑华大和这个新公司声
称的那么大的公司体量和野心。
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v*e
38
那些杂七杂八的东西,repeats,non coding之类的东西,有没有function?有没有用处
?可以说,其中可能还隐藏着有一定用处的东西。就像那些Alu之类促进进化的东西,
将来可能还可以发现一些。至于大多数东西,就是垃圾。有没有function?就好像问,
垃圾有没有function?答案是当然有,比如你国内楼道里的垃圾,可以让你摔一跤,也
可以让你看了不爽,结果和女朋友分手。这些都是function。还有雾霾,让你飞机降不
下来,让太阳暗淡无光,这些都是function。你要找全这些function,那得累死,而且
不用AI的话恐怕很多function都找不到。DNA里面那些东西,就是这样的。
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r*e
39
......
你说的只是polyQ疾病吧
有NN多repeat expansion都是在noncoding比如intron的

【在 M*P 的大作中提到】
: 你说的这个是coding region里的repeat,占基因组不到3%. 跟原帖讲的那些repeat没
: 关系。

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r*e
40
要么是个marker
GWAS鉴定出来的都是所谓的marker
你如果没法证明这个SNP marker致病机制,坦白说大部分marker都是不知道可信不可信的

【在 s******s 的大作中提到】
: 要么是个marker, 要么是个药物靶点,这样的variant就是actionable.
: 剩下的再fancy, 不能指导诊断治疗的也没啥意义,所以说其实coding
: 和promoter基本也就够了。
: 当然,不actionable的,撺着数据以后再用或者再卖也可以。

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D*a
41
个人认为王俊开了个风投基金
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