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Bioinformatics学术界就业 (转载)
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Bioinformatics学术界就业 (转载)# Biology - 生物学
N*D
1
谁给推荐一个?谢谢
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b*3
2
【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: bioinform123 (bioinformatics), 信区: Faculty
标 题: Bioinformatics学术界就业
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 25 09:11:25 2017, 美东)
经过几年摸索,研究学术界就业市场,发现如下:
1.生物信息的博后岗位非常多,平均一天5个;作为对比,博后以上级别(定义为工资
比博后高至少一级,比如Grade 8及以上)包括教职系列(Lecturer, assistant
professor, associate professor, senior lecturer, reader, professor)和研究系
列(各种title,花样百出,一般为两类:一类是给一群老板提供生物信息服务的,有
的一个中心,有的是整个学校;另外一类是立足于一个研究组,只给一个老板服务,这
种情况主要是研究人类疾病的研究组,能够拿到特别经费),经过统计,这一级别一年
的岗位数有大约不超过50个(不计算EBI,该机构有特别的管理和工资系统)。其中绝
大多数都是contract-fixed position。如果只计算讲师职位(一般博后找教职的话只
能从讲师起步),一年的岗位不超过10个。
2.按照这个计算模式,一年招聘的博后岗位大约为260*5=1300个。也就是说所有学校的
老博后+1300个新博后+其它国家的博后竞争这50个岗位。
3.如果具体到某个生物学方向,比如糖尿病,神经退行性疾病,拟南芥抗旱机制,果蝇
进化;那么几年都不一定有一个岗位招聘。
4.虽然生物信息是一个工具学科,同样的技术用到哪个生物学问题都可以。但是现在招
聘的倾向是,尽量招以前就做过该生物学问题的候选者。
5.生物信息有很多不同的方向:比如做工具算法软件的,做数据库的,分子进化的,分
析NGS数据的等等。目前的岗位90%以上都是分析NGS数据的;同时,其它方向基本没有
高级岗位。
6.结论:目前生物信息虽然大热,但需求的只是基层的数据分析员,职业前景不容乐观
,高级岗位竞争惨烈,胜出可能性很小,从而导致职业生涯一直停留在博后岗位。
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b*n
3
一起问个问题:
washer和dryer, 你们大家都choose front load还是top load?
Thanks, ~BL

【在 N*D 的大作中提到】
: 谁给推荐一个?谢谢
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z*e
4
总结的比较到位,不过感觉有点悲观了。如果你要么生物很强,要么信息很强的话(两
个都强的话最好),不愁找不到工作。当我们竞争失败的时候,应该问下自己自己败在
那里,然后提高对应的部分。
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N*D
5
我觉得front load的方便

【在 b*****n 的大作中提到】
: 一起问个问题:
: washer和dryer, 你们大家都choose front load还是top load?
: Thanks, ~BL

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b*3
6
有道理

【在 z*****e 的大作中提到】
: 总结的比较到位,不过感觉有点悲观了。如果你要么生物很强,要么信息很强的话(两
: 个都强的话最好),不愁找不到工作。当我们竞争失败的时候,应该问下自己自己败在
: 那里,然后提高对应的部分。

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w*r
7
front load省水,top load便宜。front load for me, because dryer is also front
loaded.

【在 b*****n 的大作中提到】
: 一起问个问题:
: washer和dryer, 你们大家都choose front load还是top load?
: Thanks, ~BL

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s*s
8
你这个grade 8啥概念?federal的gs-8? 这个可是很低的
我觉得和你相反,现在形式前两年好。大家都考虑到了bioinformatician在
学术界的career track问题,NCI专门有bioinformatician的funding, 芝加哥大学
这里我们重新定义了job code, 加了很多level, 而且待遇向IT人员靠拢,而不再
是类似bench work research staff了。

【在 b**********3 的大作中提到】
: 有道理
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x*0
9
dryer到底应该买电的还是gas的?
有人说电的很费电,但是gas的貌似有安全隐患?
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s*s
10
借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
bioinformatician.
自己google,我就不贴link了。
有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招
人。
1. 要求PhD, 有NGS经验,最好有大数据NGS pipeline development and production经
验。
2. 要求编程比较好,prefer Python. 我们发现很多来申请的bioinformatician的编程
水平大概也就是so so /ok。也许发论文bash script + R就能搞定了,许多研究性的
这样就足够了。不过我们主要做工程项目,对reproduction/automation要求很高,
所以编程的要求会稍微高一点。
3. 如果在做TCGA/PCAWG这种组,使用docker/cwl/wdl的,我们会特别感兴趣。
当然没做过的不要瞎吹,我们招的大多数没这些经验。
另外,有人想改行做project manager的,不想做技术的活的,我们也缺人。
反正大家通过link申请就行。欢迎在本版咨询相关问题。

【在 b**********3 的大作中提到】
: 有道理
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p*5
11
front load, 老是需要弯腰,买个底座吧,两个就400多。

front

【在 w********r 的大作中提到】
: front load省水,top load便宜。front load for me, because dryer is also front
: loaded.

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s*y
12
你这种要求先把工钱亮出了吧,免得最后浪费大家时间,别告诉我六七万刀

【在 s******s 的大作中提到】
: 借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: bioinformatician.
: 自己google,我就不贴link了。
: 有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: 专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
: (GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
: 机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
: 等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
: Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招

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s*s
13
以前贴过,工资看match和经验,但是最差的也比六七万多. offer不是我发,不过如果
你很有自信都能符合的话,我看六位数可以上。

:你这种要求先把工钱亮出了吧,免得最后浪费大家时间,别告诉我六七万刀
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z*e
14
建了一个Slack的group,做生物信息的同志们可以加进来聊:
互相学习,共同进步。
https://bioin4cn.slack.com/signup
链接如果不work的话,也可以私信我。
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n*g
15
麻烦具体说说Python 那方面需要比较强?难道是web framework ? 还是就一般的oop?
还是吧spark API 用熟?
感谢
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
:Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
:bioinformatician.
:自己google,我就不贴link了。
:有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
:专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
:(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
:机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
:等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
:Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要
招人。
:..........
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s*s
16
bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
bioinformatician就算了,除非有其他特特特长

oop?

【在 n******g 的大作中提到】
: 麻烦具体说说Python 那方面需要比较强?难道是web framework ? 还是就一般的oop?
: 还是吧spark API 用熟?
: 感谢
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: :Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: :bioinformatician.
: :自己google,我就不贴link了。
: :有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: :专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons

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O*O
17
这么多要求
得pay到150K了

【在 s******s 的大作中提到】
: bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
: 的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
: 要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
: 哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
: 我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
: 大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
: 高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
: background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
: bioinformatician就算了,除非有其他特特特长
:

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s*s
18
你搞笑吧!
就是有人问了,我举几个栗子组里平常干啥,也没让你一人干5份活。

【在 O*O 的大作中提到】
: 这么多要求
: 得pay到150K了

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n*g
19
还是要找科研类Python 这种就是Python for data scientce 那套 做的好的真的不止
15万 除非人特别木讷
不然你能找到的就是懂皮毛的人 不是说你不好 看来这行的确如此
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
:的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
:要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
:哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
:我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
:大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
:高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
:background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
:bioinformatician就算了,除非有其他特特特长
:oop?
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s*s
20
你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
可能15万。

【在 n******g 的大作中提到】
: 还是要找科研类Python 这种就是Python for data scientce 那套 做的好的真的不止
: 15万 除非人特别木讷
: 不然你能找到的就是懂皮毛的人 不是说你不好 看来这行的确如此
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
: :的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
: :要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
: :哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
: :我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
: :大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再

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n*g
21
说的有道理 其实是个不错的职位 喜欢生信的比较适合
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
:比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
:定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
:可能15万。
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n*g
22
哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
他何苦作director 不涨工资。。
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
:比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
:定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
:可能15万。
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s*y
23
这就说明了一个很尴尬的局面
真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
的大神
会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
剩下的就是
不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是
生物信息的主力军,很多学校的生物信息都属于这个档次。基本上找不到工作,给你你
也不要。很多垃圾学校现在大量制造这种生物信息。既不懂生物,也不懂code,也不懂
统计。

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: 比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: 定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: 可能15万。

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s*s
24
他要来的话,我给老板讲,给他20万,哈哈
不过估计人不愿意做director,还要管人管事

【在 n******g 的大作中提到】
: 哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
: 他何苦作director 不涨工资。。
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: :比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: :定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: :可能15万。

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o*c
25
生物信息的软件又多又杂,即使是搞统计的或者数学的,,完全理解每个算法,也基本
是不可能的。还要懂genetics, transcriptomes, 还要大量的NGS分析经验,这很困难
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c*e
26

那他工资是工业界标准,director是26万。

【在 n******g 的大作中提到】
: 哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
: 他何苦作director 不涨工资。。
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: :比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: :定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: :可能15万。

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c*e
27

工程项目不需要在生物就业,学校工资无法匹敌。

【在 s******s 的大作中提到】
: 借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: bioinformatician.
: 自己google,我就不贴link了。
: 有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: 专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
: (GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
: 机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
: 等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
: Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招

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s*s
28
学校还是有很多freedom的,不能全按照工资比较。而且很多政府项目,
尤其是NIH这种想要扶持学术发展的,会更加prefer学校/nonprofit拿。
不过还是developer比较自由,这些都是transferable的技术,我们早期
都是很多刚毕业的或者芝大物理系直接来实习的留下的,经验有了,
跳槽的到处都是。
老板是哈佛/普林斯顿数学系科班出身,特长是高速网络传输和cloud.

【在 c********e 的大作中提到】
:
: 工程项目不需要在生物就业,学校工资无法匹敌。

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m*b
29
私信请教你了 多谢
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:学校还是有很多freedom的,不能全按照工资比较。而且很多政府项目,
:尤其是NIH这种想要扶持学术发展的,会更加prefer学校/nonprofit拿。
:不过还是developer比较自由,这些都是transferable的技术,我们早期
:都是很多刚毕业的或者芝大物理系直接来实习的留下的,经验有了,
:跳槽的到处都是。
:老板是哈佛/普林斯顿数学系科班出身,特长是高速网络传输和cloud.
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f*n
30
真是说出了我的心声
就是这样

这样
研究

【在 s******y 的大作中提到】
: 这就说明了一个很尴尬的局面
: 真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
: 的大神
: 会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
: 去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
: 不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
: 需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
: 好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
: 剩下的就是
: 不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是

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s*s
31
你说的没错,要求太多确实很难招。
又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
只想自己做研究的,比如Li Heng.
另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。

这样
研究

【在 s******y 的大作中提到】
: 这就说明了一个很尴尬的局面
: 真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
: 的大神
: 会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
: 去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
: 不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
: 需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
: 好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
: 剩下的就是
: 不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是

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c*e
32

还是介绍一下你们究竟做啥东西吧?host更多data? wget就好了。

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的没错,要求太多确实很难招。
: 又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
: 我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
: faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
: 只想自己做研究的,比如Li Heng.
: 另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
: 多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
: 不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
: 纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。
:

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y*6
33
你好,我有生物信息学博士学位,开发过NGS算法,本身也是生物医学出身,干过两轮
生物信息学博后,分析过TCGA的RNAseq数据,本来要去一家机构做博后的,但是很不顺
利,他们准备给我发offer时,我的签证过期2周了,后来花了大半年时间办了个
J1waiver ,但是那边老板嫌等太久将职位给了另一人了,请问你们支持H1b签证吗?在
你们那有机会出一作paper吗?像我这种经历的年薪大概能到多少?另外我是临床医学
出身,希望对你们分析数据有所帮助,也可以加我微信81676503 细聊

:借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
:Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
:bioinformatician.
:自己google,我就不贴link了。
:有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
:专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
:(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
:机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
:等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
:Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要
招人。
:..........

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的没错,要求太多确实很难招。
: 又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
: 我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
: faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
: 只想自己做研究的,比如Li Heng.
: 另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
: 多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
: 不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
: 纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。
:

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b*3
34
【 以下文字转载自 Faculty 讨论区 】
发信人: bioinform123 (bioinformatics), 信区: Faculty
标 题: Bioinformatics学术界就业
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Oct 25 09:11:25 2017, 美东)
经过几年摸索,研究学术界就业市场,发现如下:
1.本文以UK作为研究对象,只涉及学术界,不涉及工业界工作。
2.生物信息的博后岗位非常多,平均一天5个;作为对比,博后以上级别(定义为工资
比博后高至少一级,比如Grade 8及以上)包括教职系列(Lecturer, assistant
professor, associate professor, senior lecturer, reader, professor)和研究系
列(各种title,花样百出,一般为两类:一类是给一群老板提供生物信息服务的,有
的一个中心,有的是整个学校;另外一类是立足于一个研究组,只给一个老板服务,这
种情况主要是研究人类疾病的研究组,能够拿到特别经费),经过统计,这一级别一年
的岗位数有大约不超过50个(不计算EBI,该机构有特别的管理和工资系统)。其中绝
大多数都是contract-fixed position。如果只计算讲师职位(一般博后找教职的话只
能从讲师起步),一年的岗位不超过10个。
3.按照这个计算模式,一年招聘的博后岗位大约为260*5=1300个。也就是说所有学校的
老博后+1300个新博后+其它国家的博后竞争这50个岗位。
4.如果具体到某个生物学方向,比如糖尿病,神经退行性疾病,拟南芥抗旱机制,果蝇
进化;那么几年都不一定有一个岗位招聘。
5.虽然生物信息是一个工具学科,同样的技术用到哪个生物学问题都可以。但是现在招
聘的倾向是,尽量招以前就做过该生物学问题的候选者。
6.生物信息有很多不同的方向:比如做工具算法软件的,做数据库的,分子进化的,分
析NGS数据的等等。目前的岗位90%以上都是分析NGS数据的;同时,其它方向基本没有
高级岗位。
7.关于文章的问题,想要找到Lecturer级别的,要求还是较高的,质量最重要,如果没
有CNS,恐怕至少得有一些诸如Genome Research, Genome Biology,MBE, Plos
Genetics, Blood, NAR, Current Biology, Plant Cell, Plant Journal, New
Phytologist, Cancer Research等专业一流期刊。如果是提供服务的岗位,
Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics也可以考虑。
8.结论:目前生物信息虽然大热,但需求的只是基层的数据分析员,职业前景不容乐观
,高级岗位竞争惨烈,胜出可能性很小,从而导致职业生涯一直停留在博后岗位。
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z*e
35
总结的比较到位,不过感觉有点悲观了。如果你要么生物很强,要么信息很强的话(两
个都强的话最好),不愁找不到工作。当我们竞争失败的时候,应该问下自己自己败在
那里,然后提高对应的部分。
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b*3
36
有道理

【在 z*****e 的大作中提到】
: 总结的比较到位,不过感觉有点悲观了。如果你要么生物很强,要么信息很强的话(两
: 个都强的话最好),不愁找不到工作。当我们竞争失败的时候,应该问下自己自己败在
: 那里,然后提高对应的部分。

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s*s
37
你这个grade 8啥概念?federal的gs-8? 这个可是很低的
我觉得和你相反,现在形式前两年好。大家都考虑到了bioinformatician在
学术界的career track问题,NCI专门有bioinformatician的funding, 芝加哥大学
这里我们重新定义了job code, 加了很多level, 而且待遇向IT人员靠拢,而不再
是类似bench work research staff了。

【在 b**********3 的大作中提到】
: 有道理
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s*s
38
借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
bioinformatician.
自己google,我就不贴link了。
有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招
人。
1. 要求PhD, 有NGS经验,最好有大数据NGS pipeline development and production经
验。
2. 要求编程比较好,prefer Python. 我们发现很多来申请的bioinformatician的编程
水平大概也就是so so /ok。也许发论文bash script + R就能搞定了,许多研究性的
这样就足够了。不过我们主要做工程项目,对reproduction/automation要求很高,
所以编程的要求会稍微高一点。
3. 如果在做TCGA/PCAWG这种组,使用docker/cwl/wdl的,我们会特别感兴趣。
当然没做过的不要瞎吹,我们招的大多数没这些经验。
另外,有人想改行做project manager的,不想做技术的活的,我们也缺人。
反正大家通过link申请就行。欢迎在本版咨询相关问题。

【在 b**********3 的大作中提到】
: 有道理
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s*y
39
你这种要求先把工钱亮出了吧,免得最后浪费大家时间,别告诉我六七万刀

【在 s******s 的大作中提到】
: 借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: bioinformatician.
: 自己google,我就不贴link了。
: 有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: 专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
: (GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
: 机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
: 等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
: Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招

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s*s
40
以前贴过,工资看match和经验,但是最差的也比六七万多. offer不是我发,不过如果
你很有自信都能符合的话,我看六位数可以上。

:你这种要求先把工钱亮出了吧,免得最后浪费大家时间,别告诉我六七万刀
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z*e
41
建了一个Slack的group,做生物信息的同志们可以加进来聊:
互相学习,共同进步。
https://bioin4cn.slack.com/signup
链接如果不work的话,也可以私信我。
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n*g
42
麻烦具体说说Python 那方面需要比较强?难道是web framework ? 还是就一般的oop?
还是吧spark API 用熟?
感谢
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
:Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
:bioinformatician.
:自己google,我就不贴link了。
:有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
:专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
:(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
:机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
:等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
:Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要
招人。
:..........
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s*s
43
bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
bioinformatician就算了,除非有其他特特特长

oop?

【在 n******g 的大作中提到】
: 麻烦具体说说Python 那方面需要比较强?难道是web framework ? 还是就一般的oop?
: 还是吧spark API 用熟?
: 感谢
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: :Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: :bioinformatician.
: :自己google,我就不贴link了。
: :有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: :专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons

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O*O
44
这么多要求
得pay到150K了

【在 s******s 的大作中提到】
: bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
: 的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
: 要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
: 哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
: 我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
: 大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
: 高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
: background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
: bioinformatician就算了,除非有其他特特特长
:

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s*s
45
你搞笑吧!
就是有人问了,我举几个栗子组里平常干啥,也没让你一人干5份活。

【在 O*O 的大作中提到】
: 这么多要求
: 得pay到150K了

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n*g
46
还是要找科研类Python 这种就是Python for data scientce 那套 做的好的真的不止
15万 除非人特别木讷
不然你能找到的就是懂皮毛的人 不是说你不好 看来这行的确如此
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
:的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
:要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
:哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
:我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
:大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
:高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
:background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
:bioinformatician就算了,除非有其他特特特长
:oop?
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s*s
47
你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
可能15万。

【在 n******g 的大作中提到】
: 还是要找科研类Python 这种就是Python for data scientce 那套 做的好的真的不止
: 15万 除非人特别木讷
: 不然你能找到的就是懂皮毛的人 不是说你不好 看来这行的确如此
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
: :的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
: :要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
: :哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
: :我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
: :大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再

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n*g
48
说的有道理 其实是个不错的职位 喜欢生信的比较适合
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
:比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
:定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
:可能15万。
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n*g
49
哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
他何苦作director 不涨工资。。
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
:比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
:定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
:可能15万。
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s*y
50
这就说明了一个很尴尬的局面
真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
的大神
会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
剩下的就是
不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是
生物信息的主力军,很多学校的生物信息都属于这个档次。基本上找不到工作,给你你
也不要。很多垃圾学校现在大量制造这种生物信息。既不懂生物,也不懂code,也不懂
统计。

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: 比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: 定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: 可能15万。

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s*s
51
他要来的话,我给老板讲,给他20万,哈哈
不过估计人不愿意做director,还要管人管事

【在 n******g 的大作中提到】
: 哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
: 他何苦作director 不涨工资。。
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: :比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: :定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: :可能15万。

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o*c
52
生物信息的软件又多又杂,即使是搞统计的或者数学的,,完全理解每个算法,也基本
是不可能的。还要懂genetics, transcriptomes, 还要大量的NGS分析经验,这很困难
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c*e
53

那他工资是工业界标准,director是26万。

【在 n******g 的大作中提到】
: 哥 可是李亨做senior scientist 已经15 万了
: 他何苦作director 不涨工资。。
: [在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
: :你说的这种人不是打广告招的,也不可能是senior bioinformatician这种title.
: :比如说Heng Li要来跳槽,他来申请bioinformatician职位我也不敢要啊。那肯
: :定是专门给他create个director of computational biology一类的title,这种才有
: :可能15万。

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c*e
54

工程项目不需要在生物就业,学校工资无法匹敌。

【在 s******s 的大作中提到】
: 借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: bioinformatician.
: 自己google,我就不贴link了。
: 有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
: 专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
: (GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
: 机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
: 等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
: Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要招

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s*s
55
学校还是有很多freedom的,不能全按照工资比较。而且很多政府项目,
尤其是NIH这种想要扶持学术发展的,会更加prefer学校/nonprofit拿。
不过还是developer比较自由,这些都是transferable的技术,我们早期
都是很多刚毕业的或者芝大物理系直接来实习的留下的,经验有了,
跳槽的到处都是。
老板是哈佛/普林斯顿数学系科班出身,特长是高速网络传输和cloud.

【在 c********e 的大作中提到】
:
: 工程项目不需要在生物就业,学校工资无法匹敌。

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m*b
56
私信请教你了 多谢
[在 shakuras (doskey) 的大作中提到:]
:学校还是有很多freedom的,不能全按照工资比较。而且很多政府项目,
:尤其是NIH这种想要扶持学术发展的,会更加prefer学校/nonprofit拿。
:不过还是developer比较自由,这些都是transferable的技术,我们早期
:都是很多刚毕业的或者芝大物理系直接来实习的留下的,经验有了,
:跳槽的到处都是。
:老板是哈佛/普林斯顿数学系科班出身,特长是高速网络传输和cloud.
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f*n
57
真是说出了我的心声
就是这样

这样
研究

【在 s******y 的大作中提到】
: 这就说明了一个很尴尬的局面
: 真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
: 的大神
: 会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
: 去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
: 不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
: 需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
: 好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
: 剩下的就是
: 不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是

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s*s
58
你说的没错,要求太多确实很难招。
又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
只想自己做研究的,比如Li Heng.
另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。

这样
研究

【在 s******y 的大作中提到】
: 这就说明了一个很尴尬的局面
: 真的会写code的然后还能明白生物研究需求的人很少,有你也招不到,比如heng li这样
: 的大神
: 会写code的,但是根本不明白生物研究需求,这类人一般除非没有身份,否则也不太会
: 去,这种一般是挂在计算机系下面的生物信息。
: 不会写code,但是会写bash,linux下面跑pipeline,本身也是bench 出身,对生物研究
: 需求很熟,多数还能写文章,这个是生物信息的业界良心。你又看不上,但是说实话,
: 好用的你未必找得到。这种一般都是转行自学的,但是境界没有heng li那样高
: 剩下的就是
: 不会写code,会跑pipeline,但是跑完了也不太明白数据的意义,不会写文章这个才是

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c*e
59

还是介绍一下你们究竟做啥东西吧?host更多data? wget就好了。

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的没错,要求太多确实很难招。
: 又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
: 我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
: faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
: 只想自己做研究的,比如Li Heng.
: 另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
: 多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
: 不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
: 纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。
:

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y*6
60
你好,我有生物信息学博士学位,开发过NGS算法,本身也是生物医学出身,干过两轮
生物信息学博后,分析过TCGA的RNAseq数据,本来要去一家机构做博后的,但是很不顺
利,他们准备给我发offer时,我的签证过期2周了,后来花了大半年时间办了个
J1waiver ,但是那边老板嫌等太久将职位给了另一人了,请问你们支持H1b签证吗?在
你们那有机会出一作paper吗?像我这种经历的年薪大概能到多少?另外我是临床医学
出身,希望对你们分析数据有所帮助,也可以加我微信81676503 细聊

:借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
:Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
:bioinformatician.
:自己google,我就不贴link了。
:有人问为啥我还在贴,因为组越来越大,一直在招人。我们就是属于楼主说的
:专门拿special funding/contract的这种。前几年在做Genomics Data Commons
:(GDC), 现在有许多新项目,多数是生物数据方面的,partner包括NIH下面数个
:机构,NOAA, NASA等政府机构,Broad, UCSC,OICR等学术机构,7-bridges
:等生物IT公司, 各种non-profit foundation, 各大药厂,Amazon, Google,
:Microsoft, IBM, INTEL等Cloud Provider, etc, etc, etc。 GDC和这些新项目都要
招人。
:..........

【在 s******s 的大作中提到】
: 你说的没错,要求太多确实很难招。
: 又懂生物code又好还是有的,不过大多数做个几年可能就要追求学术自由,
: 我们学校现在新create一个track,可以让很senior的转到non-tenure track
: faculty, 也可以自己申请funding, 其实还是有些人不喜欢教书和管系里的事情,
: 只想自己做研究的,比如Li Heng.
: 另外,很多小实验室喜欢招多面手,什么都会点的。我们比较大,招人比较
: 多,所以可以招一些不一样背景的互补。最近招的两个,一个coding有点短板,
: 不过其他有特长,一个生物有点短板,不过喜欢tinker。以前招了一个Master,
: 纯生物的自学计算机,很努力,干活卖力爱学习,也很棒。
:

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L*n
61
这个够直接,帮顶!

【在 y****6 的大作中提到】
: 你好,我有生物信息学博士学位,开发过NGS算法,本身也是生物医学出身,干过两轮
: 生物信息学博后,分析过TCGA的RNAseq数据,本来要去一家机构做博后的,但是很不顺
: 利,他们准备给我发offer时,我的签证过期2周了,后来花了大半年时间办了个
: J1waiver ,但是那边老板嫌等太久将职位给了另一人了,请问你们支持H1b签证吗?在
: 你们那有机会出一作paper吗?像我这种经历的年薪大概能到多少?另外我是临床医学
: 出身,希望对你们分析数据有所帮助,也可以加我微信81676503 细聊
:
: :借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: :Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: :bioinformatician.

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L*n
62
这个够直接,帮顶!

【在 y****6 的大作中提到】
: 你好,我有生物信息学博士学位,开发过NGS算法,本身也是生物医学出身,干过两轮
: 生物信息学博后,分析过TCGA的RNAseq数据,本来要去一家机构做博后的,但是很不顺
: 利,他们准备给我发offer时,我的签证过期2周了,后来花了大半年时间办了个
: J1waiver ,但是那边老板嫌等太久将职位给了另一人了,请问你们支持H1b签证吗?在
: 你们那有机会出一作paper吗?像我这种经历的年薪大概能到多少?另外我是临床医学
: 出身,希望对你们分析数据有所帮助,也可以加我微信81676503 细聊
:
: :借块地方贴广告。前两周贴了一个,加了个link估计被老刑干掉了。
: :Center for Data Intensive Science at the University of Chicago招
: :bioinformatician.

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b*3
63
最近在学习大数据等新技术。
希望能够跟大家讨论一下两方面的内容。
1. 大数据的学习内容:目前我知道的集中在Docker, Singularity, Hadoop, Spark等
。还有其他方面的推荐吗?
2. 如何找到大数据的高薪工作,比如有什么大数据的知名国际大公司推荐(最好在英
国有分部的)?
谢谢

【在 b**********3 的大作中提到】
: 有道理
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s*s
64
其实看你说的这些,和生物信息没啥关系。其实就是一个developer,
不过有些生物信息会用到而已。

【在 b**********3 的大作中提到】
: 最近在学习大数据等新技术。
: 希望能够跟大家讨论一下两方面的内容。
: 1. 大数据的学习内容:目前我知道的集中在Docker, Singularity, Hadoop, Spark等
: 。还有其他方面的推荐吗?
: 2. 如何找到大数据的高薪工作,比如有什么大数据的知名国际大公司推荐(最好在英
: 国有分部的)?
: 谢谢

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k*k
65
你的描述对python的要求已经不低了
就凭能写library能pipeline在很多公司可以轻松找到工作
更何况你还要懂生物的,还要做科研的
我很好奇什么背景的人能match这个需求
怎么感觉你们是为了省钱把bioinfo 和dev两个职位合二为一了

【在 s******s 的大作中提到】
: bioinformatician没有webframe work的需求,当然你会做,做两个有趣
: 的visualization小project也是好事。会做spark当然也是plus, 暂时没有需
: 要,不过说不定过几个月会有需要。反正如果会的多,我们都不嫌,哈
: 哈,这里developer比bioinformatician还多,不会找developer也行。
: 我的意思是Python是我们这里working language, 肯定要会用来分析处理
: 大量数据,写写pipeline,写写library,做做科研,画画plot等等,水平再
: 高的和dev一起构建系统也有,至于具体需要,我们项目多,事情杂,各种
: background的只要进来总能找到适合能力的位置。那种只会function, loop的
: bioinformatician就算了,除非有其他特特特长
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