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问个electronic coupling的问题吧
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问个electronic coupling的问题吧# Chemistry - 化学
n*Z
1 楼
周围一些学生都对老板们直呼first name，刚来时我觉得好像很没礼貌，无论见面还是
email，我都称呼Dr. XXX，叫了几年，习惯了不好改口，但有时候觉得很别扭，尤其一
屋子人都叫他first name，我来个dr. last name，显得很格格不入
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e*x
2 楼
看到这里有很多牛人都做过CHIP试验。 想请教一下大家：
（1）一般做完IP以后大家是怎么purify pulled-down chromatin DNA的？ 我看到网上
说可以
用PCR purification Kit 直接纯化，请问这里有人试过吗？
（2） 我最近才开始摸索条件，上一次实践结果，一个sonicated lysate sample 还可
以， 但另
外一个IgG control 有阳性。请问可能什么地方出现问题了呢？
（3）大家有什么好的protocol可以推荐一下啊？我只是需要做一个简单的Myc-tag的
CHIP. 抓下来
Chromatin DNA 看看几个结合位点再两个条件下有没有变化。最后的结果想用Real-
time做。上次
买了一个Active Motif 的CHIP Kit. 但发现最后的elute buffer 好像和我的SYBR Mix
不兼
容，严重影响PCR反应 （必须稀释20倍以上）。
望高人指点， 万分感谢！！！！
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b*n
3 楼
版上牛人多，帮下忙哈！尤其是dragon, spades, SEM等诸多牛人原来指点过的
我想计算两个激发态的electronic coupling matrix element。好久以前请教过用DFT
算的问题（http://www.mitbbs.com/article_t1/Chemistry/31330535_0_1.html），后来由于很多limitation算不出具体结果。现在有了很多实验结果，又想用quantum chemistry来定性理解一下。
想要先把展开成分子轨道加和，然后由于正交，希望简化到
很少几个相关的分子轨道。再用DFT算出来的轨道形状来定性地解释实验结果。但是我
计算化学不过关，第一步展开就遇到困难，谁能帮我写下?或者相关文献？小弟叩谢！
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c*x
4 楼
各国籍的教授不一样。美国欧美籍的熟了的话一般可以用first name。东亚的一般叫Dr
.比较好。当然各国籍教授在一起的时候就尴尬一点。要不自己脸皮要厚点。
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a*e
5 楼
after elution, add >5x PB buffer from Qiagen kit, the clean up by the Qiagen
column.
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d*n
6 楼
首先申明不是大牛，只是对这方面感兴趣，基本没有实战经验。如果说错，还请版上大
牛斧正。
你要展开分子轨道，这个太难了。确实按定义应该这么算，但是要自己分析结果写程序
，为什么不用现有的软件算这个呢。
如果你有Molpro,我不知到怎么用Molpro,也没有权限，不过大致是这样的：里面有个
non-adiabatic coupling element calculation,就能算你要的psie(r,Rref)>.psi(r,Rref)是diabatic wavefunction,g和e是正交的，但是不是H(r,R
)的本征函数（因为R!=Rref),所以coupling不为0，只有R=Rref的时候,g和e才是正交的
，这个时候coupling 为0。
如果你没有Molpro,有Gaussian,一般都能用Gaussian.但是Gaussian只能算adiabatic
states, 你能用adiabatic和diabatic之间转换来算这个coupling.这个coupling在
avoided crossing的时候最大。
所以可以用avoid crossing这个时候的构型，然后用CASSCF算两个avoided crossing
level之间的能量差Delta,那个Delta/2就是>.
Diabatic Hamiltonian Matrix
(E Delta/2)
(Delta/2 E)
Adiabatic Hamiltonian Matrix
(E+Delta/2 0)
(0 E-Delta/2)
Gaussian 09,里面opt 不仅可以optimize到minium, TS,还可以optimize到conical
intersection/avoided crossing.这个你看看manual.
你可以先用简单的体系，如NaCl来试试，我就算了NaCl的avoided crossing bond
distance,跟文献挺接近的，这个时候的能量差就是coupling。能量差越小，adiabatic
crossing就越大。

DFT

【在 b****n 的大作中提到】
: 版上牛人多，帮下忙哈！尤其是dragon, spades, SEM等诸多牛人原来指点过的
: 我想计算两个激发态的electronic coupling matrix element。好久以前请教过用DFT
: 算的问题（http://www.mitbbs.com/article_t1/Chemistry/31330535_0_1.html），后来由于很多limitation算不出具体结果。现在有了很多实验结果，又想用quantum chemistry来定性理解一下。
: 想要先把展开成分子轨道加和，然后由于正交，希望简化到
: 很少几个相关的分子轨道。再用DFT算出来的轨道形状来定性地解释实验结果。但是我
: 计算化学不过关，第一步展开就遇到困难，谁能帮我写下?或者相关文献？小弟叩谢！
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m*g
7 楼
我老板也要求Dr. last name，
欧洲人德国和瑞士的还要要求Professor Dr.last name
北欧的瑞典和丹麦 大部分直接叫first name好像就可以了。
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e*x
8 楼
DO I need add any carriers in the elution before I load to PCR purification
column?
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a*o
9 楼
别的不知道，但是展开分子轨道并不难。量化软件里面的积分都是基于原子轨道的，要
算任何期望值都要把分子轨道展开成原子轨道。

)|
,R

【在 d****n 的大作中提到】
: 首先申明不是大牛，只是对这方面感兴趣，基本没有实战经验。如果说错，还请版上大
: 牛斧正。
: 你要展开分子轨道，这个太难了。确实按定义应该这么算，但是要自己分析结果写程序
: ，为什么不用现有的软件算这个呢。
: 如果你有Molpro,我不知到怎么用Molpro,也没有权限，不过大致是这样的：里面有个
: non-adiabatic coupling element calculation,就能算你要的: psie(r,Rref)>.psi(r,Rref)是diabatic wavefunction,g和e是正交的，但是不是H(r,R
: )的本征函数（因为R!=Rref),所以coupling不为0，只有R=Rref的时候,g和e才是正交的
: ，这个时候coupling 为0。
: 如果你没有Molpro,有Gaussian,一般都能用Gaussian.但是Gaussian只能算adiabatic
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p*l
10 楼
我博士老板，一直以来要求学生叫他Dr. xx的。我毕业当天起，他email的落款变成了
David，陡然让我受宠若惊。可是我怎么都不能习惯，一如既往得叫他Dr. xx。他也一
直坚持email属名David。
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a*o
11 楼

I usually do decrosslinking @65C over night, before purify w/ QIAgen column,
no carrier DNA is required.
different genomic loci have different background binging. it is normal some
regions have higher IP efficiency than others. Decreasing average chromatin
size usually can decrease nonspecific background binding.
check current protocol molecular biology.
Good luck!

【在 e******x 的大作中提到】
: 看到这里有很多牛人都做过CHIP试验。 想请教一下大家：
: （1）一般做完IP以后大家是怎么purify pulled-down chromatin DNA的？ 我看到网上
: 说可以
: 用PCR purification Kit 直接纯化，请问这里有人试过吗？
: （2） 我最近才开始摸索条件，上一次实践结果，一个sonicated lysate sample 还可
: 以， 但另
: 外一个IgG control 有阳性。请问可能什么地方出现问题了呢？
: （3）大家有什么好的protocol可以推荐一下啊？我只是需要做一个简单的Myc-tag的
: CHIP. 抓下来
: Chromatin DNA 看看几个结合位点再两个条件下有没有变化。最后的结果想用Real-
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m*a
12 楼
这个好像是有这么个说法：就是写email落款是啥，就是他希望你当面叫他啥。我老板
这点特别明显，我硕士一答辩，他的落款就变了，我也跟着该称呼了。

【在 p*l 的大作中提到】
: 我博士老板，一直以来要求学生叫他Dr. xx的。我毕业当天起，他email的落款变成了
: David，陡然让我受宠若惊。可是我怎么都不能习惯，一如既往得叫他Dr. xx。他也一
: 直坚持email属名David。
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e*x
13 楼
万分感谢大侠们指点!!!
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M*D
14 楼
if you can publish a nature with his name as corresponding author,
he would never mind whatever you call him.

【在 m*******a 的大作中提到】
: 这个好像是有这么个说法：就是写email落款是啥，就是他希望你当面叫他啥。我老板
: 这点特别明显，我硕士一答辩，他的落款就变了，我也跟着该称呼了。
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S*l
15 楼
叫Dr. XX不好。俺去别的学校参观的时候，有人说Dr. XXX怎样怎样，俺实在是不适应
，愣是没听懂，四处找，‘Dr. XXX？’过了半天才反应过来，原来我就是Dr. XX啊。

【在 n****Z 的大作中提到】
: 周围一些学生都对老板们直呼first name，刚来时我觉得好像很没礼貌，无论见面还是
: email，我都称呼Dr. XXX，叫了几年，习惯了不好改口，但有时候觉得很别扭，尤其一
: 屋子人都叫他first name，我来个dr. last name，显得很格格不入
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p*l
16 楼
呵呵！有一次开会，一个国内来的同行在大厅里看见了我，大叫张博士，张博士！我应
是没反应过来是叫我，等人家跑到我面前才明白。

【在 S**********l 的大作中提到】
: 叫Dr. XX不好。俺去别的学校参观的时候，有人说Dr. XXX怎样怎样，俺实在是不适应
: ，愣是没听懂，四处找，‘Dr. XXX？’过了半天才反应过来，原来我就是Dr. XX啊。
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a*y
17 楼
其实叫名字就好了， 在美国没几个人在意
除了唧唧歪歪的几个中国faculty。我遇到的从诺贝尔奖得主到科学院院士都要大叫叫
小名
就咱们中国人有些放不下
幸好我们这边好，基本上都主动说叫名字好了，包括老的中国faculty
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a*u
18 楼
怎么一个称呼就这么没完的呢。。很熟的人DR.XX，听起来不傻么。。
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U*B
19 楼
前一阵的讨论这个的很火的帖子怎么全被删了？
谁叫删的？ 你看看，所以大家都来讨论了，就是要没完没了
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m*s
20 楼
first name, 基本是同事之间用,如果你的上级愿意你直呼其first name,你也可以用.
但是没有得到准许,还是叫Dr. /Professor比较好,如果你收到他的email,落款是first
name,这不意味着你可以当面称呼她/他的first name. 我们的系秘从来不叫我们的
firstname, 都是叫Dr.
我的PhD老板,我从来都叫他Dr.虽然我们关系非常的好,可以一起打球,打游戏,下饭馆搓
饭,但这里面有一层尊敬的含义.我的postdoc老板,就直呼其first name了,因为我们的
关系是同事关系.
我个人的感觉美国人其实很在乎这些东西,虽然他们不流露出来.
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C*e
21 楼
phd在德国，老板是英国人，叫first name
postdoc在加拿大，老板是ABC，叫first name
但看到周围其他几个lab都是叫老板Dr.xx
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b*M
22 楼
我的女老板高兴时给我发邮件称我 Dear First Name,不高兴时First Name。
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S*l
23 楼
这个分人。
要是谁叫我Dr.XX，我肯定要么觉得这人是嘲讽我（比如同学，LD，孩子叫得时候），
要么觉得这人比较迂腐（上级，小米）。

first

【在 m*********s 的大作中提到】
: first name, 基本是同事之间用,如果你的上级愿意你直呼其first name,你也可以用.
: 但是没有得到准许,还是叫Dr. /Professor比较好,如果你收到他的email,落款是first
: name,这不意味着你可以当面称呼她/他的first name. 我们的系秘从来不叫我们的
: firstname, 都是叫Dr.
: 我的PhD老板,我从来都叫他Dr.虽然我们关系非常的好,可以一起打球,打游戏,下饭馆搓
: 饭,但这里面有一层尊敬的含义.我的postdoc老板,就直呼其first name了,因为我们的
: 关系是同事关系.
: 我个人的感觉美国人其实很在乎这些东西,虽然他们不流露出来.
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M*n
24 楼
礼多人不怪，
不熟识的就叫Dr. XXX， 或者为了表示正式和尊敬
如果熟悉了，平常见面多了，就叫first name。
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h*n
25 楼
看看这个系里别人怎么叫就可以了.
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h*n
26 楼
以前我在研究生的时候系里都是叫first name, 除了一个年纪很大的大牛被大家叫dr.
xxx. 可以我一样叫他mike.

【在 n****Z 的大作中提到】
: 周围一些学生都对老板们直呼first name，刚来时我觉得好像很没礼貌，无论见面还是
: email，我都称呼Dr. XXX，叫了几年，习惯了不好改口，但有时候觉得很别扭，尤其一
: 屋子人都叫他first name，我来个dr. last name，显得很格格不入
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O*r
27 楼
就单叫 professor。不落姓名。
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