主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS,因为
它完整且免费。但以后也可能用Amber,CHARMM或其他商业包。
首先就有一个软件问题,GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性,认为单精度
足够。但想当年我用单精度算一个系统,三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
来,那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有?
初步目标是,以2fs步长跑到一微秒左右的时候,已知结构的小蛋白分子不会炸开。
操作系统用CentOS应该没问题吧?我可能先装Windows,用Prime95烤机,因为熟悉。
接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
背书的CUDA硬件。所以作为起步,我打算入一块GTX 760 或 680,哪个更好?再推荐一
个品牌?
以上面说的计算为目的,显存多大比较合适?有没有更合适的推荐?预算上限$500左右
,所以Titan不考虑了。Amber评测C2050/C2070远不如GTX 680,也暂不考虑,除非捡到
$100的。
要是哪个同学成功编译验证了新的GROMACS-OpenCL,吱一声,我就转进R9 280X了。
还需要一些CPU/MB/RAM的建议。出于实验目的,机器配置不必太高,但又要可靠,不知
道是否非要ECC不可?不用ECC,i5/i7(with AVX)就可以了吧。或请推荐一个Xeon+MB+
ECC内存的组
合。包括上面的显卡,总开支不超过$1000比较理想,$1500封顶。因为更贵的话,我可
能愿意考虑Dell Precision,保修三年里随意整。
预先谢谢大家!