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求教科学计算的软硬配置
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求教科学计算的软硬配置# Hardware - 计算机硬件
w*c
1
Update.
LD面完了,感觉不错,希望是positive的结果。可能还有一次onsite。
继续求祝福!
LD马上去onsite,是一个比较靠谱的公司,希望能过。求祝福~
拿到offer发包子!
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f*o
2
我是主申请人,但是不得不离了。离了不report给uscis,有何后果?会不会因为没报而不给绿卡。
欢迎正面回答问题,冷嘲热讽的请移步。。。。不胜感激
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x*a
3
某夫妇当街而过,一只鸽子飞过天空,一泡鸽粪不偏不倚正巧落在太太肩上,太太急了
,忙叫丈夫拿纸。丈夫抬头,见鸽子不讲卫生,到处拉屎,却不知妻子叫他拿纸干嘛,
说:“叫我有啥办法,追上前去给它擦屁股呀!”
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T*O
4
主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS,因为
它完整且免费。但以后也可能用Amber,CHARMM或其他商业包。
首先就有一个软件问题,GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性,认为单精度
足够。但想当年我用单精度算一个系统,三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
来,那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有?
初步目标是,以2fs步长跑到一微秒左右的时候,已知结构的小蛋白分子不会炸开。
操作系统用CentOS应该没问题吧?我可能先装Windows,用Prime95烤机,因为熟悉。
接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
背书的CUDA硬件。所以作为起步,我打算入一块GTX 760 或 680,哪个更好?再推荐一
个品牌?
以上面说的计算为目的,显存多大比较合适?有没有更合适的推荐?预算上限$500左右
,所以Titan不考虑了。Amber评测C2050/C2070远不如GTX 680,也暂不考虑,除非捡到
$100的。
要是哪个同学成功编译验证了新的GROMACS-OpenCL,吱一声,我就转进R9 280X了。
还需要一些CPU/MB/RAM的建议。出于实验目的,机器配置不必太高,但又要可靠,不知
道是否非要ECC不可?不用ECC,i5/i7(with AVX)就可以了吧。或请推荐一个Xeon+MB+
ECC内存的组
合。包括上面的显卡,总开支不超过$1000比较理想,$1500封顶。因为更贵的话,我可
能愿意考虑Dell Precision,保修三年里随意整。
预先谢谢大家!
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A*8
5
big bless !

【在 w****c 的大作中提到】
: Update.
: LD面完了,感觉不错,希望是positive的结果。可能还有一次onsite。
: 继续求祝福!
: LD马上去onsite,是一个比较靠谱的公司,希望能过。求祝福~
: 拿到offer发包子!

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b*h
6
只要你老婆没交485,就和移民局没啥关系。

报而不给绿卡。

【在 f******o 的大作中提到】
: 我是主申请人,但是不得不离了。离了不report给uscis,有何后果?会不会因为没报而不给绿卡。
: 欢迎正面回答问题,冷嘲热讽的请移步。。。。不胜感激

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t*z
7
楼主,你需要这个:
http://tieba.baidu.com/p/3566829668

【在 T****O 的大作中提到】
: 主要打算利用动力学模拟来试验有关蛋白分子结构的一些想法。先依靠GROMACS,因为
: 它完整且免费。但以后也可能用Amber,CHARMM或其他商业包。
: 首先就有一个软件问题,GROMAS主页上好像不待见双精度浮点数的必要性,认为单精度
: 足够。但想当年我用单精度算一个系统,三个月后被一句“你为什么不用双精度”打回
: 来,那个惨哪。哪位同学仔细验证过GROMACS单精度、长时间运行结果的可靠性没有?
: 初步目标是,以2fs步长跑到一微秒左右的时候,已知结构的小蛋白分子不会炸开。
: 操作系统用CentOS应该没问题吧?我可能先装Windows,用Prime95烤机,因为熟悉。
: 接下来是硬件问题。GROMACS v5 的CUDA实现看上去不错。Amber那帮人干脆就开卖自己
: 背书的CUDA硬件。所以作为起步,我打算入一块GTX 760 或 680,哪个更好?再推荐一
: 个品牌?

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w*c
8
谢谢!

【在 A*****8 的大作中提到】
: big bless !
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f*o
9
多谢答复。不好意思,没给够背景。
是跟着我办的,所以都交了485,还在等,没三年是下不来了。人现在可以跟别人拿绿
卡,只是要等到别人的公民下来。
他们的所作所为太伤人了,已经拖了一年,我没必要再等了。
所以现在的问题,如果我离婚而不上报(是我唯一能做的了),将来我自己的绿卡会否因
为这个而不批?
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n*7
10
当年年少无知的时候用P4电脑跑了几个月的AMBER MD,结果也还好
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s*h
11
bless

【在 w****c 的大作中提到】
: 谢谢!
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a*5
12
485 不同的人是不同的case,只有你前妻那方面需要结婚的证明,你的单独的case,应
该不会受影响的。
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E*e
13
老汤
被动散热的GPU chassis怎么搞?
求个零售廉价方案

【在 t*****z 的大作中提到】
: 楼主,你需要这个:
: http://tieba.baidu.com/p/3566829668

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m*g
14
huge bless!心想事成!

【在 w****c 的大作中提到】
: 谢谢!
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c*g
15
为什么递了485还要三年?
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t*z
16
你说的被动散热是指,把那些Tesla M2090不做任何改造就插在机箱里,然后依靠机箱
风扇来给它们散热吗?

【在 E***e 的大作中提到】
: 老汤
: 被动散热的GPU chassis怎么搞?
: 求个零售廉价方案

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b*u
17
bless

【在 w****c 的大作中提到】
: 谢谢!
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f*o
18
因为我办的是EB3,太老实了。job description 上说的是master 或2-3 years of
bachelor degree. 就觉得不应该EB2.

【在 c*******g 的大作中提到】
: 为什么递了485还要三年?
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E*e
19
有这么个意思
我现在有一个应用
对内存要求不高
感觉M2090的计算能力正合适
要是能搞个16*M2090的blade就牛叉了
这次搞GPU省了些budget
我不亲自花掉就要被白土豆拿去买macbook了

【在 t*****z 的大作中提到】
: 你说的被动散热是指,把那些Tesla M2090不做任何改造就插在机箱里,然后依靠机箱
: 风扇来给它们散热吗?

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M*o
20
祝福~
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f*o
21
谢谢! 在想会否因为隐瞒情况而不批。可能我是想多了

【在 a******5 的大作中提到】
: 485 不同的人是不同的case,只有你前妻那方面需要结婚的证明,你的单独的case,应
: 该不会受影响的。

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t*z
22
那么,你对显卡和CPU之间数据交换的速度有要求吗?我的意思是,你希望这些显卡都
插PCIex16,还是不介意它们插x1,就像矿机一样呢?

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 E***e 的大作中提到】
: 有这么个意思
: 我现在有一个应用
: 对内存要求不高
: 感觉M2090的计算能力正合适
: 要是能搞个16*M2090的blade就牛叉了
: 这次搞GPU省了些budget
: 我不亲自花掉就要被白土豆拿去买macbook了

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p*e
23
bless
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m*a
24
都这样了,干嘛不报啊?人家又不会体谅你!
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E*e
25
x1可能差了点
最好能x8+吧
给以后全换成k40留点空间

【在 t*****z 的大作中提到】
: 那么,你对显卡和CPU之间数据交换的速度有要求吗?我的意思是,你希望这些显卡都
: 插PCIex16,还是不介意它们插x1,就像矿机一样呢?
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

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w*c
26
谢谢楼上各位。希望能顺利通过!
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t*z
27
这样的话,主板推荐用那种双芯片组的服务器板,比如X8DAH+,通道数够多,然后按照
矿机的路子来。

[发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

【在 E***e 的大作中提到】
: x1可能差了点
: 最好能x8+吧
: 给以后全换成k40留点空间

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y*9
28
bless
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E*e
29
这板子没几个槽啊?
16槽的是不是没太多选择?

【在 t*****z 的大作中提到】
: 这样的话,主板推荐用那种双芯片组的服务器板,比如X8DAH+,通道数够多,然后按照
: 矿机的路子来。
:
: [发表自未名空间手机版 - m.mitbbs.com]

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HL
30
good luck!
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t*z
31
据我所知这世界上没有很多槽的主板,最多也就插四张双槽卡,而且还是相互挤得密不
透风的,要插更多显卡只能靠延长线实现。
要么你就上水冷,这样一张显卡甚至只需占单槽,你就可以插很多了。比方说ASUS ROG
Ares III,两个Hawaii核心,单槽。用我的H8DGi-F主板就能插六张,整整12颗Hawaii
核心。
还有,8x的槽,只要你自己用刀切开末端,就能插16x的卡了。

【在 E***e 的大作中提到】
: 这板子没几个槽啊?
: 16槽的是不是没太多选择?

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z*y
32
bless

【在 w****c 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位。希望能顺利通过!
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E*e
33
好吧看来还是得去问问16槽的server怎么卖

ROG
Hawaii

【在 t*****z 的大作中提到】
: 据我所知这世界上没有很多槽的主板,最多也就插四张双槽卡,而且还是相互挤得密不
: 透风的,要插更多显卡只能靠延长线实现。
: 要么你就上水冷,这样一张显卡甚至只需占单槽,你就可以插很多了。比方说ASUS ROG
: Ares III,两个Hawaii核心,单槽。用我的H8DGi-F主板就能插六张,整整12颗Hawaii
: 核心。
: 还有,8x的槽,只要你自己用刀切开末端,就能插16x的卡了。

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c*l
34
big bless
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T*O
35
这配置得超过一万块吧。
我现在想的是拿块单精度不错且可执行双精度的GTX卡,先做一个完整的软硬配置,跑
一跑,看看单精度结果怎样。
依据的是下面这个,Amber14在不同CUDA硬件上做的评测
一块GTX 680, 23K个原子的系统,2fs步长一天可跑完90纳秒,三天后结果就比较有代
表性了。我考虑的系统原子数量比这还小,照这效率,估计每周至少能试验一个想法。
现在旧货680和760,新960都差不多两百块,单精度却强不少,估计就它了。不过EVGA
,华硕、技嘉这几个牌子哪个好点?

【在 t*****z 的大作中提到】
: 楼主,你需要这个:
: http://tieba.baidu.com/p/3566829668

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wh
36
bless!

【在 w****c 的大作中提到】
: 谢谢楼上各位。希望能顺利通过!
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t*z
37
我看了一下这图表,觉得奇怪的是,两张卡的性能远不到一张卡的两倍。这说明各GPU
之间的数据传递是个瓶颈。因此,应该优先考虑少数大卡。现在性价比最高的单精度
CUDA卡应该是二手GTX 780 Ti(5046Gflops)。至于9xx系列,似乎都不高,比如980也
只有4612Gflops。
可惜不能跑OpenCL,否则R9 290X的性价比更高。

EVGA

【在 T****O 的大作中提到】
: 这配置得超过一万块吧。
: 我现在想的是拿块单精度不错且可执行双精度的GTX卡,先做一个完整的软硬配置,跑
: 一跑,看看单精度结果怎样。
: 依据的是下面这个,Amber14在不同CUDA硬件上做的评测
: 一块GTX 680, 23K个原子的系统,2fs步长一天可跑完90纳秒,三天后结果就比较有代
: 表性了。我考虑的系统原子数量比这还小,照这效率,估计每周至少能试验一个想法。
: 现在旧货680和760,新960都差不多两百块,单精度却强不少,估计就它了。不过EVGA
: ,华硕、技嘉这几个牌子哪个好点?

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w*c
38
谢谢大家~
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E*e
39
双精度小内存的最强卡现在是哪些?

GPU

【在 t*****z 的大作中提到】
: 我看了一下这图表,觉得奇怪的是,两张卡的性能远不到一张卡的两倍。这说明各GPU
: 之间的数据传递是个瓶颈。因此,应该优先考虑少数大卡。现在性价比最高的单精度
: CUDA卡应该是二手GTX 780 Ti(5046Gflops)。至于9xx系列,似乎都不高,比如980也
: 只有4612Gflops。
: 可惜不能跑OpenCL,否则R9 290X的性价比更高。
:
: EVGA

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g*y
40
bless
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y*b
41
哎,又不是你开发,只是运行别人的程序,
还是申请个超级计算机的账号吧。
现在GPU结点也很普通了。
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x*n
42
bless
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T*O
43
我的想法试验起来算不了多久,大机器上估计半天不到。但有点bootstrapping,做完
一个才知道下一个做什么。排队的时间比算的时间恐怕都多。自己装一个合算。先搞清
楚实践上一些细节,比较好。

【在 y**b 的大作中提到】
: 哎,又不是你开发,只是运行别人的程序,
: 还是申请个超级计算机的账号吧。
: 现在GPU结点也很普通了。

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t*u
44
bless you and bless me as well. RP accumulation.
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w*c
45
LD面完了,感觉不错,希望是positive的结果。可能还有一次onsite。
继续求祝福!
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l*g
46
bless~
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w*c
47
Thanks!

【在 l********g 的大作中提到】
: bless~
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c*8
48
bless
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l*6
49
bless
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R*d
50
bless
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w*c
51
等HR消息中。。继续求祝福。
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d*4
52
big big bless and bless myself~
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C*l
53
祝一切顺利,拿到offer!

【在 w****c 的大作中提到】
: Update.
: LD面完了,感觉不错,希望是positive的结果。可能还有一次onsite。
: 继续求祝福!
: LD马上去onsite,是一个比较靠谱的公司,希望能过。求祝福~
: 拿到offer发包子!

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w*c
54
谢谢你啊!刚接到HR通知说过了一面,继续2面。

【在 l********g 的大作中提到】
: bless~
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s*y
55
bless
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r*t
56
bless

【在 w****c 的大作中提到】
: Update.
: LD面完了,感觉不错,希望是positive的结果。可能还有一次onsite。
: 继续求祝福!
: LD马上去onsite,是一个比较靠谱的公司,希望能过。求祝福~
: 拿到offer发包子!

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w*c
57
今天下午final interview! 希望LD面试顺利,拿到offer!继续求祝福~
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s*r
58
bless
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e*i
59
Bless
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w*c
60
谢谢各位~离面试还有2个小时,继续求祝福!
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y*1
61
Big Bless~~
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w*c
62
谢谢!

【在 y*****1 的大作中提到】
: Big Bless~~
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w*c
63
LD刚面完了VP和HM。感觉还不错。下周给通知,托mittbbs的福,希望能拿到offer。
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d*2
64
bless~
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w*c
65
HR说这几天就知道结果了,继续求祝福~~
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l*l
66
bless

【在 w****c 的大作中提到】
: HR说这几天就知道结果了,继续求祝福~~
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w*c
67
谢谢!焦急的等待中。。

【在 l******l 的大作中提到】
: bless
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b*0
68
big bless!
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R*d
69
bless
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w*1
70
big bless!
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j*8
71
BLESS,offer拿到手软~
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h*1
72
bless
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w*c
73
公司那边还在debating,2选1。唉。。都周3了还不给答复。
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d*2
74
bless~
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B*R
75
blessing
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w*c
76
看来这周是等不到了。。。唉
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h*1
77
bless
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b*e
78
bless
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y*i
79
祝福,我自己也在焦急等待中。

更新:LD刚面完了VP和HM。感觉还不错。下周给通知,托mittbbs的福,希望能拿到
offer。Update:这公司效率真高,今天下午final interview! 希望L........
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【在 w****c 的大作中提到】
: 看来这周是等不到了。。。唉
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w*c
80
bless
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m*o
81
bless
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f*b
82
re
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m*i
83
bless
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n*8
84
bless
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b*r
85
Bless!

祝福~

【在 w****c 的大作中提到】
: 看来这周是等不到了。。。唉
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w*c
86
等的真煎熬啊。。。
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a*t
87
Bless~

position本身
继续求祝
祝福~

【在 w****c 的大作中提到】
: 等的真煎熬啊。。。
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w*c
88
已经拿到offer!
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A*e
89
Con~
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l*n
90
bless

【在 l********g 的大作中提到】
: bless~
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D*g
91
cong
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c*l
92
cong~
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P*x
93
cong

【在 w****c 的大作中提到】
: 已经拿到offer!
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w*c
94
包子已发。
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A*8
95
Congrats!

【在 w****c 的大作中提到】
: 已经拿到offer!
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