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Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
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Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜# Biology - 生物学
z*a
1 楼
Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
.这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
年会依然请他做了一个演讲。
提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
。Arthur Winfree 2002 年去世的）。
为此，John Tyson & Leo
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z*a
2 楼
感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
一些。
我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
模型完整地解释细胞周期的机制。如果你能读懂Nonlinear dynamics and chaos 前面4
章，看他的文章应该就没问题了。这些成果是他近20年研究的集成，我么可以思考一下
如何在此基础上更进一步。同时，现在synthetic b
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c*r
3 楼
最简单的Logistic Map: X(n+1) = r*X(n)*(1-X(n))
function x = orbit(x0,r1,r2,m,n)
% draw the orbit diagram when r(lambda) change, nesting function iter.m
% orbit(x0,r1,r2,m,n)
% x0: initial condition
% r1% m: the sampling times between the r interval
% n: the iteration times for the logistic equation, in reality, n is the
% number of time points
if r1>=r2
error('r1 should be smaller than r2!!!');
else
if m==1
x = zeros(1,n);
x(1,:) = iter(r1,x0,n);
pl
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l*d
4 楼
"德艺双馨"，当浮一大白！

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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X*n
5 楼
Very nice.
How about Wendell Lim?
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h*a
6 楼
有没有做免疫的数学模型的牛人？前段时间试着学chaos, 差点把脑袋想破了。是不是
要先补习一下数学啊？
lz我如过要你推荐的那本书需要懂那些数学？
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s*o
7 楼
07 年的坑都被你们挖起来了。。。。
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z*a
8 楼
3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
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h*a
9 楼
lz有空能否回答下我6楼的问题啊。。多谢多谢。。。
另外多谢这么好的帖子哦！
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j*l
10 楼
zesta三年后的文章同样很精彩！ 江山代有才人出，各领风骚数几年；系统生物领域的浮沉
如同在招摇它的蓬勃发展；此间似乎不只是埋头苦干就可以站住脚的，新的想法更能带
来生机。
这里补充几个刚刚拿到位置的小牛们，看看他们能否后来居上
1)Stanford:
KC Huang, MIT理论凝聚态毕业，博后开始转生物，跟Princeton的Ned Wingreen做cell
shape,原来做纯计算的，现在自己的lab也开始做实验了.
Jan Skotheim,数学起家，MIT本科，剑桥博士，博后到Rockefeller跟两个cell cycle
的大牛Eric Siggia和Fred Cross.
2)MIT:
Jeff Gore和Long Cai, 两人都是名副其实的paper printer. 前者似乎非Nature不发，
个人认为Jeff有创新的天赋，从single molecular的Carlos Bustamante实验组出来就
加入van Oudenaarden的systems biology.那篇微生物的game theory听来很新颖，发出
去更是不费吹灰之力。Long和J
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p*r
11 楼
van oudenaarden 基本不搞systems biology了。
现在搞一个RNA 检测的新技术。

（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
。我们都老
了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
demoner当斑竹
了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
么新动态？又
有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
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p*r
12 楼
Elowitz is doing well. He gave an interesting talk here recently. If
smoebody wants to do sysbio, I suggest his lab.
He and windell Lim.

（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
。我们都老
了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
demoner当斑竹
了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
么新动态？又
有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
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S*G
13 楼
我就是好奇问一下
这个帖子外面看有七十几条回帖
怎么里面都没有？
我还想看看大家讨论呢。。。。
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X*n
14 楼
如果说Erin O Shea做的是系统生物学的话，我觉得Jonathan Weissman最近更牛一些，
他们两个一起发过几篇yeast的文章，但好像最近Weissman做的更好。当然主要归功于
他的那个E-MAP。
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c*y
15 楼
具体是什么样的技术？他不是已经发表了一些单细胞的fluorescence-based RNA定量检
测技术吗？

【在 p*******r 的大作中提到】
: van oudenaarden 基本不搞systems biology了。
: 现在搞一个RNA 检测的新技术。
:
: （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169
: 947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意
: 思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了
: 。我们都老
: 了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，
: demoner当斑竹
: 了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什
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l*g
16 楼
Alan Perelson in virus dynamics and theoretical immunology

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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p*r
17 楼
en en. He switched his whole lab to do this.

【在 c**y 的大作中提到】
: 具体是什么样的技术？他不是已经发表了一些单细胞的fluorescence-based RNA定量检
: 测技术吗？
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w*y
18 楼
好文！
Drew Endy属于和Marc Vidal一类的， hehe, 老婆到是个大美女
还有Adam Arkin, 我总觉得也是忽悠为主
华人里面Terry Hwa也建自己的实验室了， 还发了cell
另外总结一句， systems biology的牛人基本大多是出身物理学，
想想crick， 大概只有物理学家对很多东西的本质认识比较深刻吧


【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
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s*e
19 楼
回回上面的几个猜测
Wendell Lim对那篇cell还是还是有很大的贡献的，不光是挂个名的事，不然他也不会
在09年的systems biology大会上讲
Jonathan Weissman的E-map是和nevan krogan合作的
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M*s
20 楼
wendell lim 跟 chao tang的那篇文章并不一定是挂名～～～
听过第一作者那位 北大牛人 介绍过这篇文章 hana 和 wendell 貌似都有贡献的
而且Jonhan palsson 貌似 也开始要做试验了
我想最终 这些labs 会慢慢的 变成 实验 计算 两方面兼顾的
看看这十年的发展，牛人都在更新换代 原来 最初 hitano 和 hood 他们的观点已
经没那么appealing 了
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M*s
21 楼
还有就是
个人感觉wendell lim 组 确实是很有logical 比较合理的在研究 系统生物学和合成
生物学 的实验室
一般是 experiments， hypothesis testing ， engineering ， modeling &
simulation， reverse engineering ， building up
lead hood 的东西 过多依赖于 data 和 实验 跟理论相关的比较少
所以 单纯做理论 或 太依赖于大规模的实验 都不是明智之举 ～～～
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p*r
22 楼
他们有什么观点？
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e*n
23 楼
hitano 和 hood观点完全不同。
hitano有一种东方人特有的神秘主义逻辑，所以他看中的是复杂系统内在的稳定性。
hood的观点其实是工科思想，你听他一次讲演就明白，他就是认为技术的发展，可以保
证有一天，单个生物的所有组成部件都可以检测。他亲自领导自己搞了自己一个模式细
菌。不过现在也没见什么新的东西出来。
另外一个大拿是laufenbuger，也很偏工科。不过这三个人里我最喜欢他

【在 p*******r 的大作中提到】
: 他们有什么观点？
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n*1
25 楼
蛮好的东西，收藏了。
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i*a
26 楼
推荐你查一下alexander hoffmann的paper.
尤其是从2002年跟Baltimore合作的science 开始
他是做nkfb ，结合实验与模型。现在在UCSD
有没有其他人能对此人的工作comment一下

【在 h***a 的大作中提到】
: lz有空能否回答下我6楼的问题啊。。多谢多谢。。。
: 另外多谢这么好的帖子哦！
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i*a
27 楼
补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作。他们都能将生物问题用转换到物理上
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y*s
28 楼
同喜欢oudenaarden.

补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作

【在 i***a 的大作中提到】
: 补几个个人观点（难得搞定tor）
: 1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
: sicence。
: 其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
: 是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
: 简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
: revealed in single cyanobacterial cells
: cellpaper给出这个假说背后的生物机制
: http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
: 2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
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z*a
29 楼
3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
好不风光。自然，科学随便发，麦克阿瑟奖也顺便拿了。连他自己的博士后也开始在西
南医学中心，麻省理工这样的学校开始自己的实验室了。他是一个很成功的少年得志的
例子。如果在读这篇文章的同学想以他为榜样，我可以给你一个参考。他的第一片又影
响力的文章 “生物振荡器”发表在2000年，那时他大概30岁。这边文章大概平均每年
有120左右引用。我个人还是很欣赏他的。
谈到这，我必须要提到他的老板，Stanislas Leibler。这个人在我心中就是少林扫地
老僧级别的人物。除去swain，elowitz。他的弟子绝对是个全明星队。uri alon 首当
其冲，最近几年风头最猛。Harvard就差跪下来求他去了，他毅然拒绝高薪，响应党和
人民的号召，回到祖国以色列。无奈harvard 还缠着，他随便打发一个博士后来了。去
年被缠的无奈了，来Harvard做两年客座教授。这个人十分随和，思维也很深刻缜密。
最难能可贵的是他积极的为教育下一代科学家出人出力。我个人从他的文章演讲中获益
匪浅。另外namar barkai，philip cluzel，也是这个实验室出来的。现在也是领域里
响当当的人物。namar barkai 前两年干的不错，但是philip cluzel 虽然到了 哈佛，
干的就相当一般了。
这里面还有个街头传闻，当年哈佛想找一个这个领域的年轻才俊，找到 Elowitz,但是
人家说加州理工挺好，不愿意换地方。哈佛吃了一惊，说居然还有不愿意来哈佛的。然
后search committee里有人推荐说，要不我们联系一下麻省理工的van oudenaarden,
可是search committee chair 一看人简历：荷兰的博士，不是名门正派。就没往下看
了。最后他们找了这个philip cluzel。现在看看这两个人的成绩，高下立现。这大概
是 2006-2008 的事。这个van oudenaarden 是另外一个我很欣赏的青年才俊。看看他
的paper, 非常非常牛。常青藤学校的那份傲慢有时真的是很让人不爽。不过可能由于
他比较低调，知名度和获的奖项比elowitz差一些。但我认为这两个人是这一辈的佼佼
者。
说道麻省，当时学校里另外一个明星是drew endy。这个人人不错，但是在麻省6年，啥
也没做出来。搞了个igem然后整天接受采访， 不务正业。最后麻省没有给恬妞。可是
人家给的一手好talk, 能忽悠，斯坦福决定把他招去，恬妞钟重启。当然也有人说他这
是靠他老婆，Christina smolke。 这个大姐是 jay keasling的学生，开始在加州理工
，后来和drew 恋上了，正好斯坦福想招她，就顺便把她老公一起招了吧。
这一来麻省走了一个，他们就把ron weiss从princeton招来。这个人早年靠细胞通讯造
图案火了一阵子，这两年不知道在干什么。据说在搞干细胞，搞了几年也没个文章。估
计是没有钱和恬妞的压力，想干啥就干啥。
另外一个上次提起的jeff hasty，最近也干的不错。连发了好几篇cns。他是james
Collins （也干的很好）的门下， 算是和elowitz一辈的吧。他同期的杜克 的
lingchong you也干的不错。发了好几篇nature 子刊。可能还是中国人关系不够强，文
章要上cns吃力多了。还有chris voigt， 头几年不行，这两年发了几篇大文章，正在
上升势头，估计是实验室开始上正轨了。
另外还有一门，就是erin oshea，wendell lim, adam arkin。他们好像是同（门/系）
同期。oshea前两年风头很劲，这两年好像不那么活跃了。反倒是wendell lim这两年势
头很猛。也是牛文章一篇接一篇。但是他跟汤超的那片“细胞”就是挂了个名，还落个
通讯作者。但是如果不挂上他，不知道这篇文章还能上“细胞”不。想想大陆出身的中
国PI真的挺吃亏的。看看哈佛的系统生物学系，就像魏斯曼的后院一样。犹太人照顾自
己人藏都不藏一下。大家以后审文章，看到同胞的，不要求您放低标准，但希望您能保
持平常心，不要对同胞过高要求就好了。
开始写的细，后来就不耐烦了，写的越来越糙。只是想给大家一个最近几年的一个小领
域的人的浮浮沉沉。能悟出什么就各自造化了。最后还是想说，各自努力干好各自的活
，别老盯着是一共，饶益。来了美国，看看别人怎么做的，有本事在美国站住脚，对同
胞能帮就帮，对自己只有好处没有坏处。
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j*l
30 楼
zesta三年后的文章同样很精彩！ 江山代有才人出，各领风骚数几年；系统生物领域的浮沉
如同在招摇它的蓬勃发展；此间似乎不只是埋头苦干就可以站住脚的，新的想法更能带
来生机。
这里补充几个刚刚拿到位置的小牛们，看看他们能否后来居上
1)Stanford:
KC Huang, MIT理论凝聚态毕业，博后开始转生物，跟Princeton的Ned Wingreen做cell
shape,原来做纯计算的，现在自己的lab也开始做实验了.
Jan Skotheim,数学起家，MIT本科，剑桥博士，博后到Rockefeller跟两个cell cycle
的大牛Eric Siggia和Fred Cross.
2)MIT:
Jeff Gore和Long Cai, 两人都是名副其实的paper printer. 前者似乎非Nature不发，
个人认为Jeff有创新的天赋，从single molecular的Carlos Bustamante实验组出来就
加入van Oudenaarden的systems biology.那篇微生物的game theory听来很新颖，发出
去更是不费吹灰之力。Long和Jeff的发展有异曲同工之处，也是从single molecule领
域跳出来，在Sunny Xie组PhD后就去Elowitz组钻研sys bio了，很喜欢他那篇讲
calcium singling的frequency modulation.
3)Princeton:
Thomas Gregor又一有潜力的俊杰,虽然两次被MIT物理系无情得拒绝了，可能是因为他
做果蝇（据说drosophila将要改名，跑题了）－－那只能怪mit物理系没有很open
minded，结果被princeton慧眼识去，又回到当初培养他的地方啦。
4)UPenn:
Arjun Raj, 不是很geek，是稀少的聪明又顾家的好男人，呵呵。毕业于NYU，van
oudenaarden组博后。他的single molecule mRNA labeling的技术让他没少光顾nature
,science;当然还有早年的plos biology，cite挺好。说到single transcripts,就不得
不提Ido Golding，当年和Johan Paulsson(Harvard)合作的那篇Cell很惊艳；据说他又
将有片Cell出炉，期待中。其乃又一个为家庭‘牺牲’的好男人，因为dual career
problem, 举家迁移到baylor college，不过baylor最近发展势头十分良好，可能是个
及明智之举。
avatar
i*a
31 楼
补几个个人观点（难得搞定tor）
1. Oudenaarden在我心目中是个天才级人物。最近同一时期发表一篇cell和一篇
sicence。
其中science文章是从现象角度证明并量化一种假说 circadian gating的假说。其实就
是设计测量两种rhythm的相关性，并用物理量和模型（非常简单的模型，物理强调的是
简化问题，抓住问题核心）刻画这一相关性， Circadian gating of the cell cycle
revealed in single cyanobacterial cells
cellpaper给出这个假说背后的生物机制
http://www.hubmed.org/display.cgi?uids=20178745
2. 现在大家都往data上结合实验开展工作了。往往实验中加入model并利用model
prediction 来指导实验。这是一个常用套路。当然还有反向的设计网络，synthetic
biology. 但是就出身物理的我，还是比较钦佩类似Wenzhe ma cell的工作以及一些能
发在prl上的工作。他们都能将生物问题用转换到物理上，并且漂亮解决。这个非常有
趣。 还有最近UCSD wolynes一派的利用能量面来解释生物网络动力学的方向的工作也
很有看见生物问题本质的味道
说的不好，见笑了。
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l*1
32 楼
Ps:
楼主可能漏了一位:
Luís A. Nunes Amaral (Northwestern)
HHMI Early Career Scientist
Professor of Chemical & Biological Eng.
Professor of Medicine
htp://amaral.northwestern.edu/people/amaral/
more try:
htp://www.jsmf.org/programs/cs/board.htm
other links:
htp://www.jsmf.org/apply/fellowship/board.php
all were from
htp://limlab.ucsf.edu/contact.html
htp://www.jsmf.org/programs/cs/

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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S*G
33 楼
谁知道92条回复跑到哪里去了。。
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s*a
34 楼
是个好帖子
为啥突然间浮上来？
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k*1
35 楼
问一个问题，不知道诸位如果评价一个mathematical Biology领域内的文章质量的好坏？
我觉得有两个人物不得不提，就是Alan Lloyd Hodgkin 和 Andrew Huxley，因为提出
Hodgkin-Huxley模型用来描述离子通道，因而获得诺贝尔奖的。这是我知道的唯一一个
理论模型对实验科学产生巨大影响的工作。
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b*y
36 楼
James Ferrell at Stanford is very influential, too. His work is mainly about
cell cycle control. Quite a few CNS papers.
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d*m
37 楼
van oudenaarden 和m. elowitz没法比，根本不是一个等级的。看开创性的paper就知
道了
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n*7
38 楼
好贴，拜读
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b*s
39 楼
这个帖子非常好！以前竟然没留意。
不过这些领域的大牛看起来谱系分明。是不是传统生物学的人想进入很难？

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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i*g
40 楼
顶这篇

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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y*s
41 楼
原来o'shea是女的啊...

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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l*1
42 楼
The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
its reference list CNS only limited:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
i.e.
M.Reza Ghadiri, Ph.D
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19520909
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19566101
J Am Chem Soc. 2009 Jul 8;131(26):9368-
Universal translators for nucleic acid diagnosis.
Picuri JM, Frezza BM, Ghadiri MR.
Source
Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla,
California 92037, USA.
Abstract
ignored
Here we investigate PCR-independent isothermal molecular translation strategies that function without the
need for post-translation purification and can be implemented with commercially available components.
Translation yields up to 96% are obtained in 5 min at room temperature with minimal background reaction
(<1%) and with discrimination of single nucleotide polymorphisms in the input sequence.
//www.scripps.edu/research/faculty/ghadiri
----
or
Jef Huisman PhD
//staff.science.uva.nl/~jefhuism/
//staff.science.uva.nl/~jefhuism/documenten/publications.htm
---
lastly
Hartmut Arndt PhD
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15988524
//www.general-ecology.uni-koeln.de/
//people.ibest.uidaho.edu/~etop/courses/bcb501.html
Ps.
plus one figure from it:

（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems
+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。
三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改
名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新
动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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D*a
43 楼
哇，膜拜牛人
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l*1
44 楼
Sure
updated:
now is
The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
within its reference list CNS only considered:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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l*1
45 楼
还有个法国的呢
//www.nature.com/nature/journal/v379/n6561/abs/379143a0.html
corresponding author is: Jean-Marc Flesselles PhD
//en.scientificcommons.org/jean-marc_flesselles
2004 retired already.
//www.saint-gobain-recherche.fr/fr/

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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l*1
46 楼
math physics biology Chaos 这个领域 was born in 1890
by 儒勒·昂利·庞加莱
维基
昂利·庞加莱
儒勒·昂利·庞加莱（法语：Jules Henri Poincaré，又译作彭加勒、昂利·彭加勒[
1]，1854年4月29日—1912年7月17日，法語发音宽式IPA ...++++），通常称为昂利·庞加莱，
法国最伟大的数学家之一，理论科学家和科学哲学家。庞加莱被公认是19世纪后和20世纪初的
领袖数学家，是繼高斯之後对于数学及其应用具有全面知识的最后一个人。
他对数学，数学物理，和天体力学做出了很多创造性的基础性的贡献。他提出的庞加莱
猜想是数学中最著名的问题之一。在他对三体问题的研究中，庞加莱成了第一个发现混
沌确定系统的人並为现代的混沌理论打下了基础。庞加莱比爱因斯坦的工作更早一步，
并起草了一个狭义相对论的简略版。庞加莱群以他命名。
//en.wikipedia.org/wiki/Henri_Poincaré
and
//www.scholarpedia.org/article/Dynamical_systems
//www.physicsland.com/Poincare.html
more please go to paper:
//www.ulb.ac.be/sciences/ptm/pmif/ProceedingsHP/Gaspard.pdf

【在 z***a 的大作中提到】
: 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
: 说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
: 一些。
: 我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
: 。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
: 的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
: 谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
: 现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
: 细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
: 果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
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l*1
47 楼
next is
Ludwig von Bertalanffy
卡尔·路德维希·冯·贝塔郎非
维基
卡爾·路德維希·馮·貝塔郎非(Karl Ludwig von Bertalanffy)（1901年9月19日－
1972年6月12日），奧地利生物學家，一般系統論創始人。他生於奧地利首都維也納附
近的阿茨格斯多夫，曾經在倫敦、加拿大及美國等地工作。
他在20世紀人類智慧歷史中佔了一個重要的地位。他的貢獻超越了生物學的範疇，更觸
及控制論、教育、歷史、哲學、精神科、心理學及社會學。推崇貝塔郎非的人士相信一
般系統論能夠為所有領域提供概念性架構。
//en.wikipedia.org/wiki/Ludwig_von_Bertalanffy
his 1950 paper:
An Outline of General System Theory
British Journal for the Philosophy of Science 1, p. 139-
link:
//isnature.org/Events/2009/Summer/r/Bertalanffy1950-GST_Outline_SELECT.pdf

勒[
·庞加莱，
世纪初的

【在 l**********1 的大作中提到】
: math physics biology Chaos 这个领域 was born in 1890
: by 儒勒·昂利·庞加莱
: 维基
: 昂利·庞加莱
: 儒勒·昂利·庞加莱（法语：Jules Henri Poincaré，又译作彭加勒、昂利·彭加勒[
: 1]，1854年4月29日—1912年7月17日，法語发音宽式IPA ...++++），通常称为昂利·庞加莱，
: 法国最伟大的数学家之一，理论科学家和科学哲学家。庞加莱被公认是19世纪后和20世纪初的
: 领袖数学家，是繼高斯之後对于数学及其应用具有全面知识的最后一个人。
: 他对数学，数学物理，和天体力学做出了很多创造性的基础性的贡献。他提出的庞加莱
: 猜想是数学中最著名的问题之一。在他对三体问题的研究中，庞加莱成了第一个发现混
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l*1
48 楼
next is Ilya Prigogine
Ilya, Viscount Prigogine (Russian: Илья́ Рома́нович
Приго́жин, Ilya Romanovich Prigozhin) (25 January 1917 – 28
May 2003) was a Russian-born naturalized Belgian physical chemist and Nobel
Laureate noted for his work on dissipative structures, complex systems, and
irreversibility.
Prigogine, I., Non-Equilibrium Stastistical Mechanics, Interscience Publ.,
New York, London, 1962-1966. (For a brief history and original references.)
//www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1977/prigogine-autobio
.html#43
//en.wikipedia.org/wiki/Ilya_Prigogine
paper:
//www9.georgetown.edu/faculty/earleyj/papers/FOCH%20LP7.pdf
Blog:
//cscs.umich.edu/~crshalizi/notabene/prigogine.html
//www.cscs.umich.edu/~crshalizi/notebooks/
Over

【在 l**********1 的大作中提到】
: next is
: Ludwig von Bertalanffy
: 卡尔·路德维希·冯·贝塔郎非
: 维基
: 卡爾·路德維希·馮·貝塔郎非(Karl Ludwig von Bertalanffy)（1901年9月19日－
: 1972年6月12日），奧地利生物學家，一般系統論創始人。他生於奧地利首都維也納附
: 近的阿茨格斯多夫，曾經在倫敦、加拿大及美國等地工作。
: 他在20世紀人類智慧歷史中佔了一個重要的地位。他的貢獻超越了生物學的範疇，更觸
: 及控制論、教育、歷史、哲學、精神科、心理學及社會學。推崇貝塔郎非的人士相信一
: 般系統論能夠為所有領域提供概念性架構。
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l*1
49 楼
all three super Niu were from
one PhD thesis (2009) from Barcelona
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
please refer below figure right top sentence.

Nobel
and
autobio

【在 l**********1 的大作中提到】
: next is Ilya Prigogine
: Ilya, Viscount Prigogine (Russian: Илья́ Рома́нович
: Приго́жин, Ilya Romanovich Prigozhin) (25 January 1917 – 28
: May 2003) was a Russian-born naturalized Belgian physical chemist and Nobel
: Laureate noted for his work on dissipative structures, complex systems, and
: irreversibility.
: Prigogine, I., Non-Equilibrium Stastistical Mechanics, Interscience Publ.,
: New York, London, 1962-1966. (For a brief history and original references.)
: //www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1977/prigogine-autobio
: .html#43
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l*1
50 楼
En below figure using Rick map fro local and global extinction prediction is
similar to
celler (生活正常化了) loaded figure.

【在 c****r 的大作中提到】
: 最简单的Logistic Map: X(n+1) = r*X(n)*(1-X(n))
: function x = orbit(x0,r1,r2,m,n)
: % draw the orbit diagram when r(lambda) change, nesting function iter.m
: % orbit(x0,r1,r2,m,n)
: % x0: initial condition
: % r1: % m: the sampling times between the r interval
: % n: the iteration times for the logistic equation, in reality, n is the
: % number of time points
: if r1>=r2
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l*1
51 楼
Jean Clairambault PhD
Directeur de recherche à l'INRIA
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/JC/JCarticles.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/JC/Jean_Clairambault.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/people.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/index_en.html

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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z*a
52 楼
Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
.这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
年会依然请他做了一个演讲。
提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
。Arthur Winfree 2002 年去世的）。
为此，John Tyson & Leon Glass 还在 Journal of Theoretical Biology 上专门写了
一片悼念文章。说到这，就要说说John Tyson 这个人。作为最早的几个 Math Biology
先驱之一，John Tyson 不遗余力的推广数学在生物领域的认同，率先推出了
bistability 在生物领域的应用。当时还没有什么人能够接受这个概念。现在已经被广
泛的接受了。在人品上也是没得说，我觉得他配的上“德艺双馨“这个词了。但是
Virginia Tech 苦于没有医学院，在合作上受到一定限制。
悼念文章的另一个作者 Leon Glass 我了解不多。他现在McGill University. 现在与
他共事的一个年轻人叫Peter Swain. 相比生物背景的同学现在才开始看到认识的人名
吧？他早年和Michael Elowitz 一同投师于洛克菲勒大学 Dr. Leibler 门下，写出那
片“两个颜色看噪音：）“ 的文章。简单有效的想法，一目了然的结果。好文章。自
然现在要提起Michael Elowitz。他现在在caltech ，最近一篇文章也很有趣，成功用
数学模型解释了细胞为什么会暂时competent ( 我不知道这个词中文是什么)。 记得前
一阵子有一个同学还在化学版对他不屑，说他几年都讲同一个东西。我觉得这个批评不
大公平。虽然现在断言他的成就还为时过早，至少现在看来他还算是这个领域年轻一辈
的翘楚。
他的导师，Stanislas Leibler， 在生物版上有不少扇子。早年一篇“生物振荡器“（
呵呵）和 James Collins 的 “生物开关“背靠背在“自然“ 上发表开创了
Synthetic Biology 的新时代。据我所知此人物理背景。这几年文章不多，估计在琢磨
大问题呢。。。。。
这下又提出了另一个人物James Collins。 此人工程背景，因为作人体平衡研究得了麦
克阿瑟奖。进入Synthetic Biology 领域又打出一番天地。其中成功的秘诀也值得我们
学习。
他的一个弟子Jeff Hasty 现在在UCSD, 事业起步不久，势头不错。另外，他也是物理
背景。提起物理背景， 我又不得不提另外一个年轻才俊， Alexander van
Oudenaarden, 这个人也是几年内大杂志文章相关水一样，年纪轻轻，十分安静的一个
人。谈起年轻人，另外一个代表就是 Johan Paulsson. 此人现在在 哈佛 系统生物学
系。 不知为什么，他并没有出色的实验理论结合的文章， 就凭几篇理论文章就被哈佛
相中，以后会有什么成果，我们拭目以待。既然说到年轻人，还有一个不能漏掉的就是
MIT 的 Drew Endy， 这个人待人和善，没有别的年轻才俊那种盛气凌人的感觉，颇合
中国人的胃口。另外据说对学生也很好。但是这几年成果不多，不知道能否在MIT 一直
待下去。
说到这里，要提一下他的老板 Roger Brent, 也是牛人。领头一个阿尔法项目，结合生
物和数学想要把酵母研究个通透。也很有意思。
还是让我们接着年轻人这个话题吧，这个领域很年轻，很多行内人也很年轻。说说他们
也许对我们有些启发。
既然说到Roger Brent, 那就接着说加州吧。 伯克里是不可不提的。Jay Keasling 用
酵母生产奎宁，造福人类啊。这个项目是被盖茨梅林达基金资助的。虽然我不喜欢微软
，但是盖茨还是一个好人啊。跑题了。另外一个伯克里的年轻才俊就是 Adam Arkin 了
。前阵子好像还有这个版上同学想去他那里的。早年发过一些不错的文章，近年影响大
的文章不多。
说了这么多年轻人，怎么就没有中国人呢？ 在caltech 有个著名的女教授作“可控进
化“的叫Frances Arnold 的。使这个领域的带头人。她有个弟子叫 lingchong you,
现在在Duke。 他算是年轻一辈中国人在这个领域的代表了吧。但愿版上的同学好好学
习，天天向上，也能加入他的行列。
提到lingchong you, 他的一个合作者也不得不提，就是Ron Weiss. 此人MIT 电子工
程毕业，现在在普林斯顿。作出很多有趣的“细菌图案“。现在好像要开始搞干细胞了
。。。。。
说道细菌图案， 又想到了一个人就是Christopher Voigt，这个人曾经展示过用细菌照
相，现在又好像开始琢磨用细菌吐丝。河马不是还想过和他合作么，也不知道怎么样了
。。。。。。。他也是Frances Arnold的弟子。
还有个人我想提提的就是哈佛的Erin O’shea ，她好像是Decay 的原来老板，后来被
挖到哈佛。女强人，能干的很。年纪轻轻就是院士，听说3年拿到MIT 博士，惊人。(
传闻，没核实过)。
说了这么多人，没怎么提到神经生物学的。按理说，数学在神经生物学的应用历史很久
了。应该仅次于数学在生态和遗传学的应用。可惜我不是很熟悉这个领域。只好说说我
知道的数学方面的，但愿能有帮助。我知道一个大牛 Charles Peskin. 此人现在纽约
大学库兰研究院（数学重镇）。据说他还有一个MD 学位，后来觉得数学魅力大，改行
了。这样的人在库兰研究院不止一个，有意思。Charles Peskin 现在做什么我不清楚
，但是他桃李满天下，Paul Bresloff 在犹他，Lisa Fausi 在Tulane, 好像都是在做
神经方面的。好像还有个学生在做Alexander van Oudenaarden的博士后。另外还有个
人在匹兹堡,Bard Ermentrout,（不是Charles Peskin的学生）很有意思的一个人。也
是XPPAUTO 的作者。
先写这么多吧。。。。。。大家也来补充补充。。。。。
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z*a
53 楼
感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
一些。
我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
模型完整地解释细胞周期的机制。如果你能读懂Nonlinear dynamics and chaos 前面4
章，看他的文章应该就没问题了。这些成果是他近20年研究的集成，我么可以思考一下
如何在此基础上更进一步。同时，现在synthetic biology 里面应用的数学工具，也都
是这一类的。其它也有些工作应用类似方法解决不同问题的。数学是解释自然现象的终
极语言，但是在实验方法有限的今天，新技术的发展始终是这个领域的推动力，数学模
型是必要的工具，但不是推动力量。
另外一种sysbio 可能就是那种大规模的实验和偏统计的计算方法了。这里的代表人物
我想提出的是Lee Hood 和 Doug Lauffenburger。Lee Hood 是界中元老，在西雅图开
了个sysbio 的研究所。他们一般会用大量的high throughput ( 这个词不知道怎么翻
译，呵呵) 实验手段，得到大量数据。然后对生物体做出整体性的研究和分析。经常看
到密密麻麻的网络节点图，上百个蛋白质的联系。这里的数学方法更偏向统计和人工智
能类的方法。MIT 的 Doug Lauffenburger 的工作也经常使用类似的方法。这两个人是
应该提起的。
具体推荐哪一片文章，我还真为难。这个领域最近大家谈得多，但其实也很散，试验的
，数学的方法都很多。所要解决的问题也各种各样，实在是很难推荐。大家就看看这里
列出的人的文章摘要吧。阅读量比较大，包涵了。。。。。

【在 c**y 的大作中提到】
: 具体是什么样的技术？他不是已经发表了一些单细胞的fluorescence-based RNA定量检
: 测技术吗？
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c*r
54 楼
最简单的Logistic Map: X(n+1) = r*X(n)*(1-X(n))
function x = orbit(x0,r1,r2,m,n)
% draw the orbit diagram when r(lambda) change, nesting function iter.m
% orbit(x0,r1,r2,m,n)
% x0: initial condition
% r1% m: the sampling times between the r interval
% n: the iteration times for the logistic equation, in reality, n is the
% number of time points
if r1>=r2
error('r1 should be smaller than r2!!!');
else
if m==1
x = zeros(1,n);
x(1,:) = iter(r1,x0,n);
plot(r1,x(1,:),'rx','MarkerSize',8,'LineWidth',2);
else
x = zeros(m+1,n);
t = (r2-r1)/m;
for j=r1:t:r2
x(round((j-r1+t)/t),:) = iter(j,x0,n);
end
plot(r1:t:r2,x(1:m+1,:)); grid;
end
end
function xn = iter(a,x0,n)
% get the X(n+1) value from iteration equation with initional conditions x0
% and iteration times n, control parameter lambda a
% xn = iter(a,x0,n)
xn = zeros(1,n);
xn(1) = a*x0*(1-x0);
for i=2:n
xn(i) = a*xn(i-1)*(1-xn(i-1));
end
end
end
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l*1
55 楼
Ps:
楼主可能漏了一位:
Luís A. Nunes Amaral (Northwestern)
HHMI Early Career Scientist
Professor of Chemical & Biological Eng.
Professor of Medicine
htp://amaral.northwestern.edu/people/amaral/
more try:
htp://www.jsmf.org/programs/cs/board.htm
other links:
htp://www.jsmf.org/apply/fellowship/board.php
all were from
htp://limlab.ucsf.edu/contact.html
htp://www.jsmf.org/programs/cs/

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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S*G
56 楼
谁知道92条回复跑到哪里去了。。
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s*a
57 楼
是个好帖子
为啥突然间浮上来？
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k*1
58 楼
问一个问题，不知道诸位如果评价一个mathematical Biology领域内的文章质量的好坏？
我觉得有两个人物不得不提，就是Alan Lloyd Hodgkin 和 Andrew Huxley，因为提出
Hodgkin-Huxley模型用来描述离子通道，因而获得诺贝尔奖的。这是我知道的唯一一个
理论模型对实验科学产生巨大影响的工作。
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b*y
59 楼
James Ferrell at Stanford is very influential, too. His work is mainly about
cell cycle control. Quite a few CNS papers.
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d*m
60 楼
van oudenaarden 和m. elowitz没法比，根本不是一个等级的。看开创性的paper就知
道了
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n*7
61 楼
好贴，拜读
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b*s
62 楼
这个帖子非常好！以前竟然没留意。
不过这些领域的大牛看起来谱系分明。是不是传统生物学的人想进入很难？

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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i*g
63 楼
顶这篇

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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y*s
64 楼
原来o'shea是女的啊...

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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l*1
65 楼
The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
its reference list CNS only limited:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
i.e.
M.Reza Ghadiri, Ph.D
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19520909
and
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19566101
J Am Chem Soc. 2009 Jul 8;131(26):9368-
Universal translators for nucleic acid diagnosis.
Picuri JM, Frezza BM, Ghadiri MR.
Source
Department of Chemistry, The Scripps Research Institute, 10550 North Torrey Pines Road, La Jolla,
California 92037, USA.
Abstract
ignored
Here we investigate PCR-independent isothermal molecular translation strategies that function without the
need for post-translation purification and can be implemented with commercially available components.
Translation yields up to 96% are obtained in 5 min at room temperature with minimal background reaction
(<1%) and with discrimination of single nucleotide polymorphisms in the input sequence.
//www.scripps.edu/research/faculty/ghadiri
----
or
Jef Huisman PhD
//staff.science.uva.nl/~jefhuism/
//staff.science.uva.nl/~jefhuism/documenten/publications.htm
---
lastly
Hartmut Arndt PhD
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15988524
//www.general-ecology.uni-koeln.de/
//people.ibest.uidaho.edu/~etop/courses/bcb501.html
Ps.
plus one figure from it:

（http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems
+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。
三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改
名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新
动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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D*a
66 楼
哇，膜拜牛人
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l*1
67 楼
Sure
updated:
now is
The corresponding author of below Barcelona one PhD thesis (2009)
within its reference list CNS only considered:
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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l*1
68 楼
还有个法国的呢
//www.nature.com/nature/journal/v379/n6561/abs/379143a0.html
corresponding author is: Jean-Marc Flesselles PhD
//en.scientificcommons.org/jean-marc_flesselles
2004 retired already.
//www.saint-gobain-recherche.fr/fr/

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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l*1
69 楼
math physics biology Chaos 这个领域 was born in 1890
by 儒勒·昂利·庞加莱
维基
昂利·庞加莱
儒勒·昂利·庞加莱（法语：Jules Henri Poincaré，又译作彭加勒、昂利·彭加勒[
1]，1854年4月29日—1912年7月17日，法語发音宽式IPA ...++++），通常称为昂利·庞加莱，
法国最伟大的数学家之一，理论科学家和科学哲学家。庞加莱被公认是19世纪后和20世纪初的
领袖数学家，是繼高斯之後对于数学及其应用具有全面知识的最后一个人。
他对数学，数学物理，和天体力学做出了很多创造性的基础性的贡献。他提出的庞加莱
猜想是数学中最著名的问题之一。在他对三体问题的研究中，庞加莱成了第一个发现混
沌确定系统的人並为现代的混沌理论打下了基础。庞加莱比爱因斯坦的工作更早一步，
并起草了一个狭义相对论的简略版。庞加莱群以他命名。
//en.wikipedia.org/wiki/Henri_Poincaré
and
//www.scholarpedia.org/article/Dynamical_systems
//www.physicsland.com/Poincare.html
more please go to paper:
//www.ulb.ac.be/sciences/ptm/pmif/ProceedingsHP/Gaspard.pdf

【在 z***a 的大作中提到】
: 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
: 说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
: 一些。
: 我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
: 。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
: 的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
: 谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
: 现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
: 细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
: 果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
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l*1
70 楼
next is
Ludwig von Bertalanffy
卡尔·路德维希·冯·贝塔郎非
维基
卡爾·路德維希·馮·貝塔郎非(Karl Ludwig von Bertalanffy)（1901年9月19日－
1972年6月12日），奧地利生物學家，一般系統論創始人。他生於奧地利首都維也納附
近的阿茨格斯多夫，曾經在倫敦、加拿大及美國等地工作。
他在20世紀人類智慧歷史中佔了一個重要的地位。他的貢獻超越了生物學的範疇，更觸
及控制論、教育、歷史、哲學、精神科、心理學及社會學。推崇貝塔郎非的人士相信一
般系統論能夠為所有領域提供概念性架構。
//en.wikipedia.org/wiki/Ludwig_von_Bertalanffy
his 1950 paper:
An Outline of General System Theory
British Journal for the Philosophy of Science 1, p. 139-
link:
//isnature.org/Events/2009/Summer/r/Bertalanffy1950-GST_Outline_SELECT.pdf

勒[
·庞加莱，
世纪初的

【在 l**********1 的大作中提到】
: math physics biology Chaos 这个领域 was born in 1890
: by 儒勒·昂利·庞加莱
: 维基
: 昂利·庞加莱
: 儒勒·昂利·庞加莱（法语：Jules Henri Poincaré，又译作彭加勒、昂利·彭加勒[
: 1]，1854年4月29日—1912年7月17日，法語发音宽式IPA ...++++），通常称为昂利·庞加莱，
: 法国最伟大的数学家之一，理论科学家和科学哲学家。庞加莱被公认是19世纪后和20世纪初的
: 领袖数学家，是繼高斯之後对于数学及其应用具有全面知识的最后一个人。
: 他对数学，数学物理，和天体力学做出了很多创造性的基础性的贡献。他提出的庞加莱
: 猜想是数学中最著名的问题之一。在他对三体问题的研究中，庞加莱成了第一个发现混
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l*1
71 楼
next is Ilya Prigogine
Ilya, Viscount Prigogine (Russian: Илья́ Рома́нович
Приго́жин, Ilya Romanovich Prigozhin) (25 January 1917 – 28
May 2003) was a Russian-born naturalized Belgian physical chemist and Nobel
Laureate noted for his work on dissipative structures, complex systems, and
irreversibility.
Prigogine, I., Non-Equilibrium Stastistical Mechanics, Interscience Publ.,
New York, London, 1962-1966. (For a brief history and original references.)
//www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1977/prigogine-autobio
.html#43
//en.wikipedia.org/wiki/Ilya_Prigogine
paper:
//www9.georgetown.edu/faculty/earleyj/papers/FOCH%20LP7.pdf
Blog:
//cscs.umich.edu/~crshalizi/notabene/prigogine.html
//www.cscs.umich.edu/~crshalizi/notebooks/
Over

【在 l**********1 的大作中提到】
: next is
: Ludwig von Bertalanffy
: 卡尔·路德维希·冯·贝塔郎非
: 维基
: 卡爾·路德維希·馮·貝塔郎非(Karl Ludwig von Bertalanffy)（1901年9月19日－
: 1972年6月12日），奧地利生物學家，一般系統論創始人。他生於奧地利首都維也納附
: 近的阿茨格斯多夫，曾經在倫敦、加拿大及美國等地工作。
: 他在20世紀人類智慧歷史中佔了一個重要的地位。他的貢獻超越了生物學的範疇，更觸
: 及控制論、教育、歷史、哲學、精神科、心理學及社會學。推崇貝塔郎非的人士相信一
: 般系統論能夠為所有領域提供概念性架構。
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l*1
72 楼
all three super Niu were from
one PhD thesis (2009) from Barcelona
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
please refer below figure right top sentence.

Nobel
and
autobio

【在 l**********1 的大作中提到】
: next is Ilya Prigogine
: Ilya, Viscount Prigogine (Russian: Илья́ Рома́нович
: Приго́жин, Ilya Romanovich Prigozhin) (25 January 1917 – 28
: May 2003) was a Russian-born naturalized Belgian physical chemist and Nobel
: Laureate noted for his work on dissipative structures, complex systems, and
: irreversibility.
: Prigogine, I., Non-Equilibrium Stastistical Mechanics, Interscience Publ.,
: New York, London, 1962-1966. (For a brief history and original references.)
: //www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1977/prigogine-autobio
: .html#43
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l*1
73 楼
En below figure using Rick map fro local and global extinction prediction is
similar to celler (生活正常化了) loaded figure ago.
figure was from
one PhD thesis (2009) from Barcelona
link:
//www.tesisenred.net/bitstream/handle/10803/7182/tjsc.pdf?sequence=1
more please go to
//en.wikipedia.org/wiki/Ricker_model
or
//users.abo.fi/ghognas/pop.htm

【在 c****r 的大作中提到】
: 最简单的Logistic Map: X(n+1) = r*X(n)*(1-X(n))
: function x = orbit(x0,r1,r2,m,n)
: % draw the orbit diagram when r(lambda) change, nesting function iter.m
: % orbit(x0,r1,r2,m,n)
: % x0: initial condition
: % r1: % m: the sampling times between the r interval
: % n: the iteration times for the logistic equation, in reality, n is the
: % number of time points
: if r1>=r2
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l*1
74 楼
Jean Clairambault PhD
Directeur de recherche à l'INRIA
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/JC/JCarticles.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/JC/Jean_Clairambault.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/people.html
HTTPS//www.rocq.inria.fr/bang/index_en.html

【在 D*a 的大作中提到】
: 哇，膜拜牛人
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l*1
75 楼
No
just try to catch up one of them:
国内外-系统生物学与生物信息学 大牛人物【慢慢补充】
2011-01-14
//fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201101434949948/

【在 b******s 的大作中提到】
: 这个帖子非常好！以前竟然没留意。
: 不过这些领域的大牛看起来谱系分明。是不是传统生物学的人想进入很难？
:
: chaos
: ICSB2005
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l*1
76 楼
Continue:
3)
//www.mdpi.com/1099-4300/11/4/606/
4)
//digitalcommons.unl.edu/chemeng_news/12/
5)
//vixra.org/pdf/0910.0067v3.pdf
6)
//www.bio.unipd.it/bam/PDF/7-3&4/art15.pdf
7)
//chfpn.pl/files/?id_plik=401
8) Google Book:
//books.google.se/books?id=PbS_moKY-nYC&pg=PA125&lpg=PA125&dq=negatives+
entropy+++uphill++Chemical+Thermodynamics++Prigogine&source=bl&ots=
KUcdUIQDBO&sig=Ly3zqw7ULTtReO4l6YUUmwD_IWM&hl=sv&sa=X&ei=QCx4T_
H5EpPE4gSxo5SFDw&sqi=2&ved=0CHgQ6AEwCQ#v=onepage&q=negatives%20entropy%20%20
%20uphill%20%20Chemical%20Thermodynamics%20%20Prigogine&f=false

Nobel
and
autobio

【在 l**********1 的大作中提到】
: next is Ilya Prigogine
: Ilya, Viscount Prigogine (Russian: Илья́ Рома́нович
: Приго́жин, Ilya Romanovich Prigozhin) (25 January 1917 – 28
: May 2003) was a Russian-born naturalized Belgian physical chemist and Nobel
: Laureate noted for his work on dissipative structures, complex systems, and
: irreversibility.
: Prigogine, I., Non-Equilibrium Stastistical Mechanics, Interscience Publ.,
: New York, London, 1962-1966. (For a brief history and original references.)
: //www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1977/prigogine-autobio
: .html#43
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z*u
77 楼
好看，有意思

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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l*1
78 楼
ZXW 凤凰女 还是选了Harvard
要是吴健雄 再世 会选Cal Tech的
如果由此和炸药奖无缘的话 50年后可能肠子都悔青了吧
cited:
在科研领域搭建关系网络并不是最重要的，在博士和博士后阶段更应该专注于课题研究
，成功的研究成果一定会引起别人的关注，功到自然成。”庄小威这样解释她的“顺”
----2001 博士后结束时，她拿到美国七所大学（哈佛、麻省理工、耶鲁、普林斯顿、康奈尔
、加州理工、加州大学洛杉矶分校）的 AP/PI offer（录用通知书），而此后她总能顺利获得
研究资金。
//www.douban.com/group/topic/17258267/
－－－－
and
多少著名的物理学家、化学家都在加州理工学院做出震动科学界的发现。爱因斯坦是在这儿放弃了他的“宇宙不变论”而
认可了“宇宙扩展论”；物理学家卡尔·安德逊在这里发现了阳电子；也是在这里，性格外向、诙谐幽默的诺贝尔物理学奖
得主理察·费尔曼几十年如一日地授课，成为学生们最崇拜的教授之一。现在，这里还有诺贝尔化学奖获得者鲁道夫·马尔
克斯（Rudolph Marcus），诺贝尔物理奖获得者莫利·吉尔曼（Murry Gellmann），和一九九七年刚刚荣膺诺贝尔生
物奖的艾德·路易斯（Ed Lewis）。前前后后，加州理工学院共出了二十四名诺贝尔奖获得者。它的学生们的确有权利骄
傲。
由于人数少，加州理工的人均研究资金、人均发表论文、人均引用以及人均诺贝尔奖数均远远高出麻省理工。师生比为
1：3，麻省理工仅为1：6。
//www.stkey.com/portal.php?mod=view&aid=99
全球排名哈佛大学首失榜首
2011年10月8日 – 然而，加州理工学院今年意外杀出，挤落哈佛。 ... 尽管在校学生数量不多，这所创建于1891年的高
等学府迄今产生31名诺贝尔奖得主，获得32项诺贝尔奖。 ... 英国主管高校教育的官员戴维·威利茨说：“考虑到国土面
积和人均资源更 ...
//www.360doc.com/content/11/1008/08/4249226_154215039.shtml

【在 z***a 的大作中提到】
: 感谢cnyy，demoner 的指正。关于math biology 的历史，我确实所知不多。我们不能
: 说过去几年开创了math biology 这个领域，只能说他焕发了青春。我想这么说更贴切
: 一些。
: 我想再补充一下，也顺便应云彩，司马不光大哥/老弟的要求，在这里献丑推荐些文章
: 。我想再强调一点的是，这个领域涉及面很广，很多化工，物理方面专家也做出了很大
: 的贡献（向我么中国人自豪的庄晓薇，sunny xie 都做出了很不错的成绩），如果有
: 谁的老板，同事被我漏掉了，请恕我疏漏。也欢迎大家来讨论补充。
: 现在的sysBio 大概能归为两类：一类是应用微分方程或者离散随机过程帮助研究比较
: 细节化的生物过程。细化到细胞内的某种分子的数量。一般大家只做某个通路，试验结
: 果也都小规模的。这方面我还是觉得John Tyson的工作最为系统和成功。他用微分方程
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h*e
79 楼
Arthur Winfree什么时候成strogatz的导师了，关系很好而已
strogatz只在普渡待过几个月

chaos
ICSB2005

【在 z***a 的大作中提到】
: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: 突然心血来潮也想写几句，文采没有云彩老兄好，大家凑合着看吧。
: 说起进入Math/Systems/Synthetic Biology这个领域， 我是从学习nonlinear
: dynamics开始的。用的书是Steve Strogatz那本经典的Nonlinear dynamics and chaos
: .这本书深入浅出，已经慢慢开始成为生物背景的同学学习应用微分方程的标准参考书
: 了。但是Steve Strogatz 的研究重点还是在应用数学上，但是2005年波士顿ICSB2005
: 年会依然请他做了一个演讲。
: 提到他，就要提到他的导师，Arthur Winfree，此人我觉得算得上当代math biology
: 的开山鼻祖了。Steve Strogatz ICSB2005 的演讲也就是作为对Arthur Winfree 的一
: 个致敬了 （全部内容都是Arthur Winfree 的研究，没有Steve Strogatz 自己的研究
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p*r
80 楼
I personally like Caltech much more than Harvard.
At Caltech, I felt sky is the limit, everybody is passionate about science.
At Harvard, I only feel politics.
MIT is more inbetween.

、康奈尔
顺利获得

【在 l**********1 的大作中提到】
: ZXW 凤凰女 还是选了Harvard
: 要是吴健雄 再世 会选Cal Tech的
: 如果由此和炸药奖无缘的话 50年后可能肠子都悔青了吧
: cited:
: 在科研领域搭建关系网络并不是最重要的，在博士和博士后阶段更应该专注于课题研究
: ，成功的研究成果一定会引起别人的关注，功到自然成。”庄小威这样解释她的“顺”
: ----2001 博士后结束时，她拿到美国七所大学（哈佛、麻省理工、耶鲁、普林斯顿、康奈尔
: 、加州理工、加州大学洛杉矶分校）的 AP/PI offer（录用通知书），而此后她总能顺利获得
: 研究资金。
: //www.douban.com/group/topic/17258267/
avatar
p*r
81 楼
我个人最看好的是Uri Alon.

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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p*r
82 楼
另外我刚和他实验室的人吃了饭， Van Ourdernardeen要去荷兰了，去当某个
institute director.
敬佩呀！爱国之心，不过科学估计废了。。。

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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p*r
83 楼
Chris Voigt 也非常牛， 好像要来MIT 了，总算挖了几个靠谱的人呀。。。

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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d*r
84 楼
totally agree...
Caltech是我心目中最好的做学术的地方。

【在 p*******r 的大作中提到】
: I personally like Caltech much more than Harvard.
: At Caltech, I felt sky is the limit, everybody is passionate about science.
: At Harvard, I only feel politics.
: MIT is more inbetween.
:
: 、康奈尔
: 顺利获得
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d*r
85 楼
他最近好像没有什么新的东西？
我比较看好Wendell Lim.. 他虽然不做理论，但是他那些东西我觉得更有实际意义。

【在 p*******r 的大作中提到】
: 我个人最看好的是Uri Alon.
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d*r
86 楼
啊，MIT都留不住人啊。可见学术本身某些时候并不是最重要的决定因素。

【在 p*******r 的大作中提到】
: 另外我刚和他实验室的人吃了饭， Van Ourdernardeen要去荷兰了，去当某个
: institute director.
: 敬佩呀！爱国之心，不过科学估计废了。。。
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d*r
87 楼
他跟Wendell Lim的那个light-switchable protein搞得怎么样了？

【在 p*******r 的大作中提到】
: Chris Voigt 也非常牛， 好像要来MIT 了，总算挖了几个靠谱的人呀。。。
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y*j
89 楼
看了下，大部分都不是生物背景的。
生物背景能不能进这个领域，到底有多大难度呢？

【在 z***a 的大作中提到】
: 3年前的一月，因为天冷没地方去，我写了“Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
: ” （http://www.mitbbs.com/bbsann2/scitech.faq/Biology/greatbiologist/M.1169947574.O0/Math+Systems+Synthetic+Biology+%C8%CB%CE%EF%B0%F1），引出不少有意思的讨论。neverthink还给了我20伪币（谢了）。三年后的今天，又有人把它翻出来了。我们都老了，物是人非，云彩回国and挨骂了，neverthink不说中文了，河马改名云舟了，demoner当斑竹了，decay想嫁人了，新的id也涌现了。那么这些曾经在我们视野中的所谓牛人都有什么新动态？又有什么新人涌现？我们又能从中学到些什么呢？
: 让我循着上次的顺序来吧。winfree 3年前已经不在了，现在依然不在。他的学生
: strogatz没在这个领域干什么。John Tyson依然还是cell cycle的权威，但是如我所说
: ，由于实验条件的缺乏，他的研究始终难于更上层楼。VT这两年有两个新的中国年轻教
: 授有意于这个领域，他们多少跟tyson有合作。但是刚刚起步，影响还不大，我就姑且
: 不提他们的名字了。有兴趣的同学很容易就搜出来了。
: John Tyson 一个朋友在McGill，Leon Glass。由此引出了 Peter Swain。 他当时也在
: McGill。但是现在在看，他已经跑到爱丁堡大学去了。为什么？细节我不清楚。但感觉
: 是发展不顺利了。他的同门师兄弟 Michael Elowitz 在加州理工却是干的风生水起，
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o*u
90 楼

不至于，绝大部分顶级荷兰（裔）科学家都在荷兰工作.毕竟还是个出了那么多诺奖的
国家.而且现在欧洲经费比美国多

【在 p*******r 的大作中提到】
: 另外我刚和他实验室的人吃了饭， Van Ourdernardeen要去荷兰了，去当某个
: institute director.
: 敬佩呀！爱国之心，不过科学估计废了。。。
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l*1
91 楼
2012 Science paper:
//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22223801
its last/corresponding author is Ahmed Zewail 1999 Nobel Prize in Chemistry for his work on
femtochemistry.
//en.wikipedia.org/wiki/Ahmed_Zewail
and
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31634079.html
回复]
[ 36 ]
发信人: demoner (星秀傳說), 信区: Biology
标 题: Re: Math/Systems/Synthetic Biology 人物榜
发信站: BBS 未名空间站 (Thu May 3 11:13:42 2012, 美东)
totally agree...
Caltech是我心目中最好的做学术的地方。

【在 p*******r 的大作中提到】
: I personally like Caltech much more than Harvard.
: At Caltech, I felt sky is the limit, everybody is passionate about science.
: At Harvard, I only feel politics.
: MIT is more inbetween.
:
: 、康奈尔
: 顺利获得
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p*r
92 楼
不是说荷兰，是说 director.

【在 o****u 的大作中提到】
:
: 不至于，绝大部分顶级荷兰（裔）科学家都在荷兰工作.毕竟还是个出了那么多诺奖的
: 国家.而且现在欧洲经费比美国多
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d*m
93 楼
说道这个Ahmed Zewail 我就觉得好笑。前阵子埃及暴动，穆沙拉夫下台，美国不是准
备把他送过去当埃及总统么。

Chemistry for his work on

【在 l**********1 的大作中提到】
: 2012 Science paper:
: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22223801
: its last/corresponding author is Ahmed Zewail 1999 Nobel Prize in Chemistry for his work on
: femtochemistry.
: //en.wikipedia.org/wiki/Ahmed_Zewail
: and
: http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31634079.html
: 回复]
: [ 36 ]
: 发信人: demoner (星秀傳說), 信区: Biology
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b*a
94 楼
puppeteer您好，请问您上线后方便给我个站内信吗，求您个其他的联系方式，您的信
箱满了不能给你写信，想请教您个问题，谢谢。
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l*1
95 楼
交叉学科
从以下的
10th Macy Conference (1953) 合影来看
认知科学的 算生物学的话
语言学家
Yuen Ren Chao
脑神经学家
Walter Pitt
都算吧
1953
Participants
Foreword
The Josiah Macy, Jr. Foundation Conference Program
Introductory Remarks
Warren S. McCulloch
Studies on Activity of the Brain
W. Grey- Walter
Semantic Information and its Measures
Yehoshua Bar-Hillel
Meaning in Language and How it is Acquired
Yuen Ren Chao
http://www.univie.ac.at/constructivism/pub/macy/
or
http://www.asc-cybernetics.org/foundations/history/Macy10Photo.

【在 y***j 的大作中提到】
: 看了下，大部分都不是生物背景的。
: 生物背景能不能进这个领域，到底有多大难度呢？
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x*6
96 楼
我再加一个：william bialek @ princeton
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R*n
97 楼
神贴，留名
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