有啥办法可以证明一段序列不是promoter？ - 未名空间MITBBS历史存档

有啥办法可以证明一段序列不是promoter？# Biology - 生物学

t*y2010-10-15 07:10

1 楼

我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
周末愉快！！

s*x2010-10-15 07:10

2 楼

两张，上海到洛杉矶。要多少钱啊？可以paypal

b*n2010-10-15 07:10

3 楼

来的有点晚
你们...果然慢热

x*y2010-10-15 07:10

4 楼

唱得好啊, 而且还是清唱很显功力

d*n2010-10-15 07:10

5 楼

昨天ipad2出了点问题，不知道是什么原因。除了apple预装的程序，我自己安装的程序
，图标点不动了。怎么点都不行，只好重新启动了。然后就好了。
这是唯一一次遇到问题。这东西其实挺皮实的，我已经摔、压、磕多次了。

W*C2010-10-15 07:10

6 楼

一个gene文献里可以看到不同实验室找到了两个不同的相隔大概1KB的两个promoter，
从数据上来看第一个发现的那个好象是假的， luciferase assay只有不到两倍的变化
， primer extension能测到，也不见得是真的吧？

w*72010-10-15 07:10

7 楼

好吃

milk

【在 t******y 的大作中提到】

: 我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
: 馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
: 和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
: 把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
: 还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
: 辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
: 的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
: 我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
: 周末愉快！！

i*n2010-10-15 07:10

8 楼

是啊，都快结束了。。。

x*y2010-10-15 07:10

9 楼

http://www.mitbbs.com/article_t/Piebridge/33228983.html

v*p2010-10-15 07:10

10 楼

你iTunes的问题，你可以重新再恢复一下你的备份，恢复完了所有安装的程序还是一点
就闪退。
解决办法是到Appstore上下个免费软件或者更新任何软件。

y*82010-10-15 07:10

11 楼

POL II, ChIP

g*22010-10-15 07:10

12 楼

不错。方子。

milk

【在 t******y 的大作中提到】

: 我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
: 馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
: 和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
: 把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
: 还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
: 辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
: 的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
: 我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
: 周末愉快！！

y*i2010-10-15 07:10

13 楼

顶

s*n2010-10-15 07:10

14 楼

It sounds like a software issue ... so I guess LZ need not worry about it
too much. The extreme solution is to restore or reinstall everything.

W*C2010-10-15 07:10

15 楼

ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。而且promoter1在promoter2 下游，即便
promoter1是假的，那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
的pol ii会比转录区的多？因为trancription pausing？

R*s2010-10-15 07:10

16 楼

瓦，很赞，很诱人的样子。。

b*a2010-10-15 07:10

17 楼

哇塞，原来是无名氏mm
本版单身男青年还不踊跃一点？真是美女啊

d*n2010-10-15 07:10

18 楼

谢谢二位。iPad重启比我的老touch快多了。

y*82010-10-15 07:10

19 楼

I think the resolution of ChIP can be 200bp. If in genomic not plasmid
DNA, the promoter should hold more POL II than coding region.
And you can try other transcription initiators.

【在 W****C 的大作中提到】

: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。而且promoter1在promoter2 下游，即便
: promoter1是假的，那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？因为trancription pausing？

J*e2010-10-15 07:10

20 楼

真挺好。我还没自己试过蒸花卷呢。我觉得你的方子肯定不错。

l*m2010-10-15 07:10

21 楼

Wow，原来（B.T.)W.是桑海妹妹啊。很不错。

a*o2010-10-15 07:10

22 楼

you should check occupancy of GTFs such as TFIIA, IIB, IID or coactivators
such as Mediator, SAGA etc.
Or find if there are any binding motif of transcription factors and ChIP
them.
They are all better indicators than Pol2 for promoter.
You can also check histone density and mofifications. Histone density in
promoter regions are generally lower than that in coding region.

【在 W****C 的大作中提到】

: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。而且promoter1在promoter2 下游，即便
: promoter1是假的，那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？因为trancription pausing？

k*92010-10-15 07:10

23 楼

看着真好吃啊

a*u2010-10-15 07:10

24 楼

确实是美女。
但是小楼你这牺牲太大了。
因为大家都知道你没事去逛了。

【在 x******y 的大作中提到】

: 唱得好啊, 而且还是清唱很显功力

s*x2010-10-15 07:10

25 楼

No. The resolution of chip-seq is way smaller than 1kb. You should be able
to see two peaks of polII or h3k4me3.

【在 W****C 的大作中提到】

: ChIP的话分辨率刚好在1kb左右，有点玄。而且promoter1在promoter2 下游，即便
: promoter1是假的，那它也在trancription area， pol ii 也会bind吧？ promoter上
: 的pol ii会比转录区的多？因为trancription pausing？

m*s2010-10-15 07:10

26 楼

也许很好吃，但是拍的的确不好看，第一张很恶心的样子

b*a2010-10-15 07:10

27 楼

哇哈哈
难道小楼还单身？赶快去投条吧

【在 a*******u 的大作中提到】

: 确实是美女。
: 但是小楼你这牺牲太大了。
: 因为大家都知道你没事去逛了。

s*s2010-10-15 07:10

28 楼

俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor

，

【在 W****C 的大作中提到】

: 一个gene文献里可以看到不同实验室找到了两个不同的相隔大概1KB的两个promoter，
: 从数据上来看第一个发现的那个好象是假的， luciferase assay只有不到两倍的变化
: ， primer extension能测到，也不见得是真的吧？

m*s2010-10-15 07:10

29 楼

第三张就更过分了，像个爬了绿蛆的便便

a*u2010-10-15 07:10

30 楼

对这个美女滴清唱听完以后也是这句话，
上设备啊，都上到macbook air了，
不在乎再上一个Apogee Duet 2了。
另外小楼我觉得你既然起了头，
要是大伙把这个弄上十大是不是就可以算帮你一把了？

【在 b*******a 的大作中提到】

: 哇塞，原来是无名氏mm
: 本版单身男青年还不踊跃一点？真是美女啊

W*C2010-10-15 07:10

31 楼

测到的可能是剪切过的mRNA

【在 s******s 的大作中提到】

: 俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
: 侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor
:
: ，

r*e2010-10-15 07:10

32 楼

好手艺!

x*y2010-10-15 07:10

33 楼

俺娃都打酱油了, haha, 一般不去雀版，这贴在首页上看到的

s*s2010-10-15 07:10

34 楼

但是lz是第一个promotor不知真假，不可能是第二个的transcript
剪切过吧？或者你的意思是上游其他基因的transcript？

【在 W****C 的大作中提到】

:
: 测到的可能是剪切过的mRNA

E*A2010-10-15 07:10

35 楼

面发的很好啊

a*u2010-10-15 07:10

36 楼

哦，误会误会。
那咱们还是偃旗息鼓好了。

【在 x******y 的大作中提到】

: 俺娃都打酱油了, haha, 一般不去雀版，这贴在首页上看到的

W*C2010-10-15 07:10

37 楼

第一个是指第一个被报道的觉得是假的那个在下游

A*02010-10-15 07:10

38 楼

Dry yeast selling in Costco is very cheap. No need to send from China.

【在 t******y 的大作中提到】

: 我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
: 馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
: 和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
: 把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
: 还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
: 辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
: 的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
: 我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
: 周末愉快！！

l*y2010-10-15 07:10

39 楼

555，听不到清唱。。。。。
对于mm这样认真的态度表示敬仰

【在 x******y 的大作中提到】

: 唱得好啊, 而且还是清唱很显功力

m*52010-10-15 07:10

40 楼

看pre-mRNA

l*j2010-10-15 07:10

41 楼

不得不批判下
这个估计味道是不错
卖相太差了
主要是拍的太高清了：）

b*a2010-10-15 07:10

42 楼

原来如此，不过我猜测小楼不怎么带娃
因为上次竟然跟我说可以带着娃去学习声乐~
哇哈哈

【在 x******y 的大作中提到】

: 俺娃都打酱油了, haha, 一般不去雀版，这贴在首页上看到的

a*o2010-10-15 07:10

43 楼

TSS is outside of Promoter. Promoter is upstream of TSS.
For example, the sidely used T7 promoter can direct transcription of its
downstream sequence. If you try to use primer extension to determine T7
promoter, you will ger zero information. Metazoan promoters are more complex
, but promoters are still upstream of transcription start sites.

【在 s******s 的大作中提到】

: 俺不是做这行的，谁给我科普一下，primer extension能
: 侧到RNA起始，为啥就不见得是promotor
:
: ，

L*L2010-10-15 07:10

44 楼

第一张的馍像是没蒸熟
lz手艺还有很大的提升空间

a*u2010-10-15 07:10

45 楼

小楼美女刚才专门开贴来谢谢你了。

【在 x******y 的大作中提到】

: 俺娃都打酱油了, haha, 一般不去雀版，这贴在首页上看到的

v*02010-10-15 07:10

46 楼

美味

milk

【在 t******y 的大作中提到】

: 我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
: 馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
: 和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
: 把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
: 还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
: 辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
: 的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
: 我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
: 周末愉快！！

x*y2010-10-15 07:10

47 楼

等你娃长大点才行,现在还是个小闹闹当然不行

【在 b*******a 的大作中提到】

: 原来如此，不过我猜测小楼不怎么带娃
: 因为上次竟然跟我说可以带着娃去学习声乐~
: 哇哈哈

l*r2010-10-15 07:10

48 楼

好吃

x*y2010-10-15 07:10

49 楼

扯, 说了是感谢去雀版顶贴的, 俺都没顶阿

【在 a*******u 的大作中提到】

: 小楼美女刚才专门开贴来谢谢你了。

z*u2010-10-15 07:10

50 楼

花卷不错

i*i2010-10-15 07:10

51 楼

帮mm推广：
“如果你身边有单身优秀男青年但不上mitbbs，请将此贴随意转发~~~”：
http://www.mitbbs.com/article_t/Piebridge/33228983.html

H*o2010-10-15 07:10

52 楼

够辣。

milk

【在 t******y 的大作中提到】

: 我妈说担心我这里发面不方便，要给我稍干酵子过来，我说不用，于是昨天蒸了花卷和
: 馍馍。用的是超市里最普遍的red star dry yeast,我比较的奢侈，用了organic milk
: 和面，发现这样蒸出来的馒头超级白。现在夏天，面很快就发起来了。同时蒸了花卷，
: 把葱花用盐，五香粉，garlic olive oil拌了，夹在中间，做成花卷。
: 还有夫妻肺片，不算是很正宗，卤了牛肉牛筋，用买来的夫妻肺片调料，加现炸的花椒
: 辣椒油，LG不太爱吃肉，我又加了跟黄瓜，这样就不腻了，再加葱花，花生米，后院摘
: 的细辣椒，香菜，醋，就拌好了。
: 我大概9：30起来的，11：30就吃上了，然后12：30游泳，2：30看球。
: 周末愉快！！

y*i2010-10-15 07:10

53 楼

你俩的娃差不多大吧

【在 x******y 的大作中提到】

: 等你娃长大点才行,现在还是个小闹闹当然不行

x*y2010-10-15 07:10

54 楼

啊? 丫丫的娃不是刚断奶么. 俺娃都大班了

【在 y****i 的大作中提到】

: 你俩的娃差不多大吧

y*i2010-10-15 07:10

55 楼

奔

【在 x******y 的大作中提到】

: 啊? 丫丫的娃不是刚断奶么. 俺娃都大班了

I*y2010-10-15 07:10

56 楼

小楼大哥真是热心人！
赞！

b*a2010-10-15 07:10

57 楼

我娃16个半月了，羡慕你啊

【在 x******y 的大作中提到】

: 啊? 丫丫的娃不是刚断奶么. 俺娃都大班了

y*i2010-10-15 07:10

58 楼

大家去给一休哥加油吧，他报名了

b*a2010-10-15 07:10

59 楼

就怕大家去了给他吓跑。。。

【在 y****i 的大作中提到】

: 大家去给一休哥加油吧，他报名了

y*i2010-10-15 07:10

60 楼

恩，好的好的，还是闷声大发财好

【在 b*******a 的大作中提到】

: 就怕大家去了给他吓跑。。。

x*y2010-10-15 07:10

61 楼

后来呢？

r*d2010-10-15 07:10

62 楼

挖,美女在密歇根!我近水楼台啊!hohoho!
只是可惜我已经嫁人了...

【在 x******y 的大作中提到】

: 唱得好啊, 而且还是清唱很显功力