作metabolic network reconstruction/analysis - 未名空间MITBBS历史存档

作metabolic network reconstruction/analysis# Biology - 生物学

w*82010-12-28 08:12

1 楼

代人问一下，有 non-profit H1B visa，找了第二个额外的公司工作，不是non-profit
, 申请了concurrent h1b, 问能不能在 concurrent h1b approval之后，放弃non-
profit 的工作, 用concurrent h1b visa在第二个新公司上班. 然后下一年再申请有
quota的H1B？多谢。

p*n2010-12-28 08:12

2 楼

有没有前途？微生物方向的

z*g2010-12-28 08:12

3 楼

可以。

s*e2010-12-28 08:12

4 楼

看看CNS都没有相关的文章了，已经过气了，没啥搞头了，留下1，2个重要的问题解决
不了，简单的都做完了。

j*p2010-12-28 08:12

5 楼

展开说说哪1，2个重要问题？

【在 s******e 的大作中提到】

: 看看CNS都没有相关的文章了，已经过气了，没啥搞头了，留下1，2个重要的问题解决
: 不了，简单的都做完了。

h*r2010-12-28 08:12

6 楼

看看paper就知道了，越来越没落了。以前随便做个菌就发NS.现在费牛劲只能挤进BMC
系列。
当然有牛的idea除外。
还是那句话，生物的问题有时候还是要靠双手来解决。
当然能进牛组除外。现在牛人有点想玩儿更复杂的模型的意思，可是这又离我们的初衷
背道而驰了。
感觉现在做做pathway hunter挺不错的，如果对metabolic engineering感兴趣的话。

p*n2010-12-28 08:12

7 楼

这么惨淡阿，我原来还以为这是systems bio应用的比较好的方向，唉。
不知道药厂需不需要做metabolic network的bioinformatist

BMC

【在 h**********r 的大作中提到】

: 看看paper就知道了，越来越没落了。以前随便做个菌就发NS.现在费牛劲只能挤进BMC
: 系列。
: 当然有牛的idea除外。
: 还是那句话，生物的问题有时候还是要靠双手来解决。
: 当然能进牛组除外。现在牛人有点想玩儿更复杂的模型的意思，可是这又离我们的初衷
: 背道而驰了。
: 感觉现在做做pathway hunter挺不错的，如果对metabolic engineering感兴趣的话。

c*r2010-12-28 08:12

8 楼

做这方面，发文章的档次取决于重建的网络质量怎么样以及研究的细菌的价值怎样，就
像基因组测序一样，当初随便都能发个NS，最次也能Genome Biology，现在一堆小物种
或亚型的全基因组测序只能搞个三四分的刊物；当然，也有还在发NS的，所以主要看工
作意义，不能否认全部。
代谢网络重建最近一年至少发了两篇Nature旗下的Molecular Systems Biology (IF:
12)，至少两篇Plant Physiology（IF: 5.9 ?)。BMC Systems Biology有一些，可以说
共同点是重建的网络质量都不太好，比如只重建了1/3的网络，或者没有给出有意义的
insight。
其实难点根本不在于“复杂”的数学上面，而是在于生物上。因为重建网络所用的各级
生物数据库以及工具包含大量的错误，需要手动校对，而这是需要很强的生物知识，得
懂从基因到蛋白到代谢的很多东西，包括教科书上以及近期paper上的成果。这也是为什么代谢网络重建无法用生物信息工具做到完全自动化的原因。
代谢网络重建还与所在生物实验室的研究手段和效率有很大关联。如果该实验室或其合
作实验室可以做从基因表达到蛋白质组/代谢组的所有测量，那么重建的网络质量就会
比较高。一句话，对网络了解越多，结果越好。
之后的分析目前主要还是利用化学计量矩阵做简单的代谢流量分析，其数学核心就是线
性规划或二次规划。此外，某些计算机背景的人喜欢研究网络的拓扑结构。长远的发展
，是如何利用更丰富的数据来完善，比如前一阶段版上讨论的下一代测序等；更长远的
发展，我觉得，应该与动力学结合起来，如果实验数据越来越齐备的话。
代谢网络重建虽然不会有什么技术上的突破，但很有实用意义，可以说大多生物研究是理科，而代谢网络重建就是工科。一个质量很高的网络，实用价值堪比n篇research article。
LZ为何不在一个帖子把所有问题都问完呢？你想进Palsson的组，这明显是在问代谢网
络重建么，呵呵。

BMC

【在 h**********r 的大作中提到】

: 看看paper就知道了，越来越没落了。以前随便做个菌就发NS.现在费牛劲只能挤进BMC
: 系列。
: 当然有牛的idea除外。
: 还是那句话，生物的问题有时候还是要靠双手来解决。
: 当然能进牛组除外。现在牛人有点想玩儿更复杂的模型的意思，可是这又离我们的初衷
: 背道而驰了。
: 感觉现在做做pathway hunter挺不错的，如果对metabolic engineering感兴趣的话。

w*n2010-12-28 08:12

9 楼

说的不错

【在 c****r 的大作中提到】

: 做这方面，发文章的档次取决于重建的网络质量怎么样以及研究的细菌的价值怎样，就
: 像基因组测序一样，当初随便都能发个NS，最次也能Genome Biology，现在一堆小物种
: 或亚型的全基因组测序只能搞个三四分的刊物；当然，也有还在发NS的，所以主要看工
: 作意义，不能否认全部。
: 代谢网络重建最近一年至少发了两篇Nature旗下的Molecular Systems Biology (IF:
: 12)，至少两篇Plant Physiology（IF: 5.9 ?)。BMC Systems Biology有一些，可以说
: 共同点是重建的网络质量都不太好，比如只重建了1/3的网络，或者没有给出有意义的
: insight。
: 其实难点根本不在于“复杂”的数学上面，而是在于生物上。因为重建网络所用的各级
: 生物数据库以及工具包含大量的错误，需要手动校对，而这是需要很强的生物知识，得

h*r2010-12-28 08:12

10 楼

嗯，很深刻！
我是工科男，能给指点指点不？推荐点书籍给我读读吧，总想深入的学学。不知道从哪
儿开始。数学方面的也行。
多谢！

【在 c****r 的大作中提到】

: 做这方面，发文章的档次取决于重建的网络质量怎么样以及研究的细菌的价值怎样，就
: 像基因组测序一样，当初随便都能发个NS，最次也能Genome Biology，现在一堆小物种
: 或亚型的全基因组测序只能搞个三四分的刊物；当然，也有还在发NS的，所以主要看工
: 作意义，不能否认全部。
: 代谢网络重建最近一年至少发了两篇Nature旗下的Molecular Systems Biology (IF:
: 12)，至少两篇Plant Physiology（IF: 5.9 ?)。BMC Systems Biology有一些，可以说
: 共同点是重建的网络质量都不太好，比如只重建了1/3的网络，或者没有给出有意义的
: insight。
: 其实难点根本不在于“复杂”的数学上面，而是在于生物上。因为重建网络所用的各级
: 生物数据库以及工具包含大量的错误，需要手动校对，而这是需要很强的生物知识，得

w*n2010-12-28 08:12

11 楼

Palsson的书

【在 h**********r 的大作中提到】

: 嗯，很深刻！
: 我是工科男，能给指点指点不？推荐点书籍给我读读吧，总想深入的学学。不知道从哪
: 儿开始。数学方面的也行。
: 多谢！

s*r2010-12-28 08:12

12 楼

说实话，当今做代谢网络重组，还能发5以上文章的，也就是Palsson等少数几个了

【在 c****r 的大作中提到】

: 做这方面，发文章的档次取决于重建的网络质量怎么样以及研究的细菌的价值怎样，就
: 像基因组测序一样，当初随便都能发个NS，最次也能Genome Biology，现在一堆小物种
: 或亚型的全基因组测序只能搞个三四分的刊物；当然，也有还在发NS的，所以主要看工
: 作意义，不能否认全部。
: 代谢网络重建最近一年至少发了两篇Nature旗下的Molecular Systems Biology (IF:
: 12)，至少两篇Plant Physiology（IF: 5.9 ?)。BMC Systems Biology有一些，可以说
: 共同点是重建的网络质量都不太好，比如只重建了1/3的网络，或者没有给出有意义的
: insight。
: 其实难点根本不在于“复杂”的数学上面，而是在于生物上。因为重建网络所用的各级
: 生物数据库以及工具包含大量的错误，需要手动校对，而这是需要很强的生物知识，得

c*r2010-12-28 08:12

13 楼

看这篇文章就行了：
http://www.nature.com/nprot/journal/v5/n1/abs/nprot.2009.203.html

【在 h**********r 的大作中提到】

: 嗯，很深刻！
: 我是工科男，能给指点指点不？推荐点书籍给我读读吧，总想深入的学学。不知道从哪
: 儿开始。数学方面的也行。
: 多谢！

c*r2010-12-28 08:12

14 楼

我说的两篇Molecular Systems Biology的文章都不是Palsson的，一个做传染病菌，一
个做动物的（人类肝脏？记不清了），难度都比Palsson要高很多。而Plant
Physiology中一篇做拟南芥，其复杂程度也比E.Coli要高几个数量级。

【在 s****r 的大作中提到】

: 说实话，当今做代谢网络重组，还能发5以上文章的，也就是Palsson等少数几个了

s*e2010-12-28 08:12

15 楼

从数学的角度来讲，有一个重要的问题是这样的：
这些整个基因组水平的代谢网络的重建，可能可以帮助我们提高一些细菌/细胞分泌物
的产量。从基因工程上来讲，删除或者过表达一个基因是非常可行的。现在问题是，如
何从模型上预测，删除或者过表达哪一个基因可以达到改良产量的目的。
如果有所有反应的正确的常微分方程，做做模拟就知道了。现在的问题是没有我们所需
要的参数。线性规划模型是不能完成这个目的的。
1，2年前，我帮助老板看了篇欧洲牛组的文章，基于一个明显错误的假设，给出了一些
貌似正确的结果，但没有提到可以应用他们的方法解决上面的问题，经过我的思考，他
们的方法是最接近解决上面的问题的一个办法。前提是要知道真实的流的分布。具体文
章的内容都忘了。
Palsson本人对上面的问题也没有解决方法。

【在 j****p 的大作中提到】

: 展开说说哪1，2个重要问题？

s*e2010-12-28 08:12

16 楼

从数学的角度来讲，有一个重要的问题是这样的：
这些整个基因组水平的代谢网络的重建，可能可以帮助我们提高一些细菌/细胞分泌物
的产量。从基因工程上来讲，删除或者过表达一个基因是非常可行的。现在问题是，如
何从模型上预测，删除或者过表达哪一个基因可以达到改良产量的目的。
如果有所有反应的正确的常微分方程，做做模拟就知道了。现在的问题是没有我们所需
要的参数。线性规划模型是不能完成这个目的的。
1，2年前，我帮助老板看了篇欧洲牛组的文章，基于一个明显错误的假设，给出了一些
貌似正确的结果，但没有提到可以应用他们的方法解决上面的问题，经过我的思考，他
们的方法是最接近解决上面的问题的一个办法。前提是要知道真实的流的分布。具体文
章的内容都忘了。
Palsson本人对上面的问题也没有解决方法。

【在 j****p 的大作中提到】

: 展开说说哪1，2个重要问题？

z*h2010-12-28 08:12

17 楼

In the viewpoint of (traditional) engineer, Palsson's work has little
application potential. It is why Metabolic Engineering Father JE Bailey
wrote a paper for expressing his doubt (Bailey JE. Mathematical modeling and
analysis in biochemical engineering: past accomplishments and future
opportunities. Biotechnol Prog. 1998;14:8-20.). Now Palsson and others just
open a new pit and put water in. They cannot change anything big. Any
living systems are so complicated beyond engineers and scientists'
imagination. How engineers can modify it as they like? So luck persons may
get positive results. Most are frustrated.
Simpler is better, when both systems can do the same work.