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请大家介绍一下computational biology领域的大牛

请大家介绍一下computational biology领域的大牛# Biology - 生物学

l*r2010-12-30 08:12

1 楼

今天上完课和学生聊天，我问学生觉得课怎么样，有什么建议没。学生说 "It's not
that bad",然后我就笑着说，"Oh, that means bad." 学生也笑了说，"No no, that's
a compliment". 我对这个"It's not that bad"的意思有点好奇，我感觉这种话是对
某种事物挑不出来什么优点的时候才说的话，应该不算是compliment吧？请各位指教，
有砖轻拍。

f*t2010-12-30 08:12

2 楼

比如签证有效期2月10号过期（去年2月11号签证的），我能把机票定在2月10号那天吗
？到美国刚好还是10号。这样是不是风险很大？

a*d2010-12-30 08:12

3 楼

暴力血腥的画面，枪弹横飞的场景，
却配有着温婉舒缓的民乐，带着点忧伤，
慢慢地唱着，
为了实现理想需要吞下许多遗憾
为说出自己的话需要吞下许多屈辱

w*j2010-12-30 08:12

4 楼

我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢

L*s2010-12-30 08:12

5 楼

means it is really bad.

's

【在 l******r 的大作中提到】

: 今天上完课和学生聊天，我问学生觉得课怎么样，有什么建议没。学生说 "It's not
: that bad",然后我就笑着说，"Oh, that means bad." 学生也笑了说，"No no, that's
: a compliment". 我对这个"It's not that bad"的意思有点好奇，我感觉这种话是对
: 某种事物挑不出来什么优点的时候才说的话，应该不算是compliment吧？请各位指教，
: 有砖轻拍。

s*x2010-12-30 08:12

6 楼

万一航班延误或者取消改到次日，入境就麻烦了
早个一两天吧

【在 f****t 的大作中提到】

: 比如签证有效期2月10号过期（去年2月11号签证的），我能把机票定在2月10号那天吗
: ？到美国刚好还是10号。这样是不是风险很大？

H*72010-12-30 08:12

7 楼

实在觉得这个民歌有点多余和装

w*j2010-12-30 08:12

8 楼

不会吧，这种帖子没人回，自己顶一下

【在 w*****j 的大作中提到】

: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢

D*12010-12-30 08:12

9 楼

It is good > It is not too bad> It is not that bad> it is bad

【在 l******r 的大作中提到】

a*d2010-12-30 08:12

10 楼

有些人不在其境，难感其心

【在 H******7 的大作中提到】

: 实在觉得这个民歌有点多余和装

L*O2010-12-30 08:12

11 楼

版上就有

j*o2010-12-30 08:12

12 楼

lz标题就错了，it's not that bad不是一种评价，而是一种安慰，想开点

f*e2010-12-30 08:12

13 楼

googgle institute of system biology at seattle, 一堆computational 牛人吧

【在 w*****j 的大作中提到】

: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢

T*g2010-12-30 08:12

14 楼

口语里我感觉it's not that bad可以表示 it is very good.
看当时的语气

f*e2010-12-30 08:12

15 楼

protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
迎跳
坑。

【在 w*****j 的大作中提到】

: 我刚入门，请介绍一下，包括bioinformatics，protein structure prediction,
: molecular dynamics,各种各样领域的,谢谢

x32010-12-30 08:12

16 楼

肯定不是，如果是very good，那应该说it is not bad at all.

【在 T*******g 的大作中提到】

: 口语里我感觉it's not that bad可以表示 it is very good.
: 看当时的语气

f*e2010-12-30 08:12

17 楼

FT-ICR based H/D exchange for 3D structure 好像还是不错的？

【在 f**********e 的大作中提到】

: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。

G*h2010-12-30 08:12

18 楼

问了我刚上大学的儿子（是个ABC），他说: “It actually means very good!"
也许相当于我们常说的“很不错”吧。

w*22010-12-30 08:12

19 楼

hahaha

【在 f**********e 的大作中提到】

: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。

f*e2010-12-30 08:12

20 楼

structure prediction 隔一阵子就会有一些边角料出来，SAXS,
cryo-EM, Bayesian... 但这改变不了他们是边角料的事实。几个
创始者拿到一两个位置，然后所有的 followers 就等着做万老。
拜托，请相信我，我和 structure prediction/molecular
dynamics 的大头工作过。这真的是巨型屎坑，学术界工业界都没人要。

【在 f*********e 的大作中提到】

: FT-ICR based H/D exchange for 3D structure 好像还是不错的？

f*e2010-12-30 08:12

21 楼

hehe, if what you said were true, I would be really lucky that I didn't jump
into this 6 years ago. My primary concentration was X-ray crystallography
when applying for the integrated biomedical program. I gave it up in a month
after taking the structural class as I found I am too dumb to understand
the dynamics.

【在 f**********e 的大作中提到】

: structure prediction 隔一阵子就会有一些边角料出来，SAXS,
: cryo-EM, Bayesian... 但这改变不了他们是边角料的事实。几个
: 创始者拿到一两个位置，然后所有的 followers 就等着做万老。
: 拜托，请相信我，我和 structure prediction/molecular
: dynamics 的大头工作过。这真的是巨型屎坑，学术界工业界都没人要。

f*e2010-12-30 08:12

22 楼

请烧高香拜土地公。你做了正确的选择。

jump
crystallography
month
understand

【在 f*********e 的大作中提到】

: hehe, if what you said were true, I would be really lucky that I didn't jump
: into this 6 years ago. My primary concentration was X-ray crystallography
: when applying for the integrated biomedical program. I gave it up in a month
: after taking the structural class as I found I am too dumb to understand
: the dynamics.

f*e2010-12-30 08:12

23 楼

不是我做选择，是我完全听不懂那些东西。
烧高香庆幸土地公让我智商没那么高么：）

【在 f**********e 的大作中提到】

: 请烧高香拜土地公。你做了正确的选择。
:
: jump
: crystallography
: month
: understand

I*y2010-12-30 08:12

24 楼

那protein engineering是不是也比较扯蛋？

【在 f**********e 的大作中提到】

: protein structure prediction 和 molecular dynamics? 你如果对失业很感兴趣，欢
: 迎跳
: 坑。

f*e2010-12-30 08:12

25 楼

directed evolution 不是扯蛋。

【在 I*****y 的大作中提到】

: 那protein engineering是不是也比较扯蛋？

c*y2010-12-30 08:12

26 楼

能不能给一个directed evolution field目前的发展状况的简单综述，
比如主流技术和面临的比较大的技术难点还有你个人对这个领域的展望。

【在 f**********e 的大作中提到】

: directed evolution 不是扯蛋。

f*e2010-12-30 08:12

27 楼

我所知道的 directed evolution 都是从我和湾区某公司
interview 的过程中学的。
directed evolution 的基本想法就像遗传算法一样，从一个
已知功能的蛋白出发，用一个 move set 给个他引进几个突变，
再看看你要的功能有没有加强。整个基本上就是个人择的进化。
它的优点是：你原则上可以完全不需要知道这蛋白的 structure,
interaction, 等等。你只需要优化最后的目标函数。整个
directed evolution 其实就是个工程优化算法，基本上很难失败。
这就是我说他不是虎烂的原因 -- it just works.
问题是：如果你要优化的是一个自然界没有的反应，你的初始蛋白
序列哪里来？通常大家还是要用 structure 来胡猜。这是第一个难点。
第二是：在第一步做功能筛选时，你需要一个够大的 randomized
set of sequences. 要多大？每一个 round 的 "evolution"
基本上都是以 local regression (partial linear regression)
决定的。如何更有效的 encode 可能的 move set?

【在 c**y 的大作中提到】

: 能不能给一个directed evolution field目前的发展状况的简单综述，
: 比如主流技术和面临的比较大的技术难点还有你个人对这个领域的展望。

c*y2010-12-30 08:12

28 楼

你说的这个是计算方面的，
其实我想问的是实验上的：－）

【在 f**********e 的大作中提到】

: 我所知道的 directed evolution 都是从我和湾区某公司
: interview 的过程中学的。
: directed evolution 的基本想法就像遗传算法一样，从一个
: 已知功能的蛋白出发，用一个 move set 给个他引进几个突变，
: 再看看你要的功能有没有加强。整个基本上就是个人择的进化。
: 它的优点是：你原则上可以完全不需要知道这蛋白的 structure,
: interaction, 等等。你只需要优化最后的目标函数。整个
: directed evolution 其实就是个工程优化算法，基本上很难失败。
: 这就是我说他不是虎烂的原因 -- it just works.
: 问题是：如果你要优化的是一个自然界没有的反应，你的初始蛋白

f*e2010-12-30 08:12

29 楼

不好意思，上次做实验是 1993 年的事了。

【在 c**y 的大作中提到】

: 你说的这个是计算方面的，
: 其实我想问的是实验上的：－）

f*e2010-12-30 08:12

30 楼

这个算BSO每天听汇报么？

【在 f**********e 的大作中提到】

: 不好意思，上次做实验是 1993 年的事了。

f*e2010-12-30 08:12

31 楼

1993 跟上了一个美艳的新进女教授做纯计算去了。什么是听汇报？

【在 f*********e 的大作中提到】

: 这个算BSO每天听汇报么？

f*e2010-12-30 08:12

32 楼

D-level up的人不是每天坐在凳子上听下属汇报，然后“运筹帷幄，决战千里之外么”
。赫赫

【在 f**********e 的大作中提到】

: 1993 跟上了一个美艳的新进女教授做纯计算去了。什么是听汇报？