怎样检测肿瘤样本里单个基因的LOH（loss of heterozygosity）？# Biology - 生物学
s*k
1 楼
打算检测某特定基因在几百例肿瘤样本中的LOH，不想用CHIP，花费太大，可以设计几
个SNP
ASSAY做pyrosequence么？怎么设计？因为不是学遗传的，上来请教
个SNP
ASSAY做pyrosequence么？怎么设计？因为不是学遗传的，上来请教
M*n
2 楼
找几个informative （最好是minor allele frequency 在40-50%）的 SNP 作genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。
【在 s***k 的大作中提到】
: 打算检测某特定基因在几百例肿瘤样本中的LOH，不想用CHIP，花费太大，可以设计几
: 个SNP
: ASSAY做pyrosequence么？怎么设计？因为不是学遗传的，上来请教
如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。
【在 s***k 的大作中提到】
: 打算检测某特定基因在几百例肿瘤样本中的LOH，不想用CHIP，花费太大，可以设计几
: 个SNP
: ASSAY做pyrosequence么？怎么设计？因为不是学遗传的，上来请教
s*k
3 楼
谢谢啊，如果选frequency是50%的，那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢？如果是
mutated allele loss了，只检测到wild type的，那还是不能判定它是LOH吧。
我们这儿的sequencing core是饭桶，除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
【在 M*****n 的大作中提到】
: 找几个informative （最好是minor allele frequency 在40-50%）的 SNP 作genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
: 如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。
mutated allele loss了，只检测到wild type的，那还是不能判定它是LOH吧。
我们这儿的sequencing core是饭桶，除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
【在 M*****n 的大作中提到】
: 找几个informative （最好是minor allele frequency 在40-50%）的 SNP 作genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
: 如果你们有sequencing core, 他们应该知道怎么做的。
M*n
4 楼
不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
informative，通常有好几个allele,
只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
【在 s***k 的大作中提到】
: 谢谢啊，如果选frequency是50%的，那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢？如果是
: mutated allele loss了，只检测到wild type的，那还是不能判定它是LOH吧。
: 我们这儿的sequencing core是饭桶，除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
:
: genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
informative，通常有好几个allele,
只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
【在 s***k 的大作中提到】
: 谢谢啊，如果选frequency是50%的，那得找几个SNP才能把所有样品都COVER呢？如果是
: mutated allele loss了，只检测到wild type的，那还是不能判定它是LOH吧。
: 我们这儿的sequencing core是饭桶，除了做sanger sequence,其他的啥也不懂。。。
:
: genotyping, 又便宜又快，cheaper than Sanger sequencing.
s*k
5 楼
多谢指导，我先试试这个方法
【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative，通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative，通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
b*r
6 楼
我觉得也是，找SNP，成本太高，无论是测序还是array。STR informative 多了，找到一个很可
能就是多态的。
但STR也不是那么容易做的，主要是数量太少，定位精度不够高啊，看楼主要求的精度了
。如果有core帮忙会好点，但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
复，我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq，PCR扩起来“滑动”很多，一堆的峰，没经验的不
知道哪个峰是真的，呵呵
【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative，通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
能就是多态的。
但STR也不是那么容易做的，主要是数量太少，定位精度不够高啊，看楼主要求的精度了
。如果有core帮忙会好点，但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
复，我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq，PCR扩起来“滑动”很多，一堆的峰，没经验的不
知道哪个峰是真的，呵呵
【在 M*****n 的大作中提到】
: 不如先找你的基因区域有没有micro-satalite marker吧。这些marker比SNP
: informative，通常有好几个allele,
: 只要找三四个就可以大致确定那个区域是不是homo了。跑capillary 电泳确定长度就可
: 以了。sequencing core 可以做，一板96样品可能就一百块钱吧。
s*k
7 楼
其实是我先找了个做pyrosequence的公司，他们设计了三个ASSAY，直接就把150个样本
给测了，
结果其中两个ASSAY不WORK，因为他们说选的是frequency0.4-0.5的，可测出来的基本
是wild
type的，钱也付了。我不知道还要多少个SNP才能把这150个样本都给COVER了，所以现
在只能试下
STR了，谢谢回复哈
【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得也是，找SNP，成本太高，无论是测序还是array。STR informative 多了，找到一个很可
: 能就是多态的。
: 但STR也不是那么容易做的，主要是数量太少，定位精度不够高啊，看楼主要求的精度了
: 。如果有core帮忙会好点，但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
: 复，我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq，PCR扩起来“滑动”很多，一堆的峰，没经验的不
: 知道哪个峰是真的，呵呵
给测了，
结果其中两个ASSAY不WORK，因为他们说选的是frequency0.4-0.5的，可测出来的基本
是wild
type的，钱也付了。我不知道还要多少个SNP才能把这150个样本都给COVER了，所以现
在只能试下
STR了，谢谢回复哈
【在 b****r 的大作中提到】
: 我觉得也是，找SNP，成本太高，无论是测序还是array。STR informative 多了，找到一个很可
: 能就是多态的。
: 但STR也不是那么容易做的，主要是数量太少，定位精度不够高啊，看楼主要求的精度了
: 。如果有core帮忙会好点，但是结果恐怕也是要有点经验才能看的。STR最多的是CA二核苷酸重
: 复，我们以前用ABI推荐专门扩STR的gold taq，PCR扩起来“滑动”很多，一堆的峰，没经验的不
: 知道哪个峰是真的，呵呵
g*d
8 楼
ILMN SNP chip has LOH design
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