反转录酶引起的 RNA sequence 假阳性 - 未名空间MITBBS历史存档

国际科技财经博客移民网络热点娱乐民生时事公众号

Redian新闻

>未名空间

>Biology - 生物学

反转录酶引起的 RNA sequence 假阳性

反转录酶引起的 RNA sequence 假阳性# Biology - 生物学

c*62013-10-03 07:10

1 楼

主申的NIW 140刚批,eb1a pending. 副申的 I484批了。批了快20天了，但是没有收到
任何mail.
Post Decision Activity
On November 2, 2010, we mailed you a notice that we have approved this I485
APPLICATION TO REGISTER PERMANENT RESIDENCE OR TO ADJUST STATUS. Please
follow any instructions on the notice. If you move before you receive the
notice, call customer service at 1-800-375-5283.

F*D2013-10-03 07:10

2 楼

【以下文字转载自 Dreamer 讨论区】
发信人: Dreamer (不要问我从哪里来), 信区: Dreamer
标题: Re: clemson的女ap事件背后有人阿
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 19 22:22:21 2011, 美东)
我就是wayne state的，没想到学校竟然出名了，是因为“烂校”出的名。其实我们学
校清华北大的学生还是有不少的，南大，上海交大，科技大的也很多。没他们说的那么
烂。你们不要看不起我们学校好不好。说说我的情况，gre2300， tofel 630，本科学
校比ap的好，班里考试没出过前3，在Wayne state我这样的大把抓，怎么就这么被人看
不起啊。看到family版这么说我们学校，我也不敢出来发言，怕被人说亲友团。哪个id
好心，把这个帖子转过去，让他们知道知道实际情况，别再说wayne 的坏话了。

n*e2013-10-03 07:10

3 楼

在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
-splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
性的例子。
有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
希望可以讨论讨论。
1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.
2. Zeng, X.C. and S.X. Wang, Evidence that BmTXK beta-BmKCT cDNA from
Chinese scorpion Buthus martensii Karsch is an artifact generated in the
reverse transcription process. FEBS Lett, 2002. 520(1-3): p. 183-4; author
reply 185.

k*e2013-10-03 07:10

4 楼

n*e2013-10-03 07:10

5 楼

没有人感兴趣吗？自己顶一下

Y*12013-10-03 07:10

6 楼

恭喜！！！！！！！！！！！！！！！

l*u2013-10-03 07:10

7 楼

RT 实验影响转录水平的研究不仅仅在RNA Seq 中存在，普通表达谱microArray中也有
，最好的方法是直接读RNA测序，还有的就是现在做转录的很好的工具 nanostring，
但是nanostring 不能做到 de novo sequencing 的很多东西。

trans
is

【在 n******e 的大作中提到】

: 在做肿瘤RNA测序相关的研究，最近才开始注意到反转录酶的出错率，看了一些文献报
: 道，觉得这是个大的问题，尤其是在做一些de novo sequence 研究的时候。比如trans
: -splicing 和alternative splicing，大多数开始的实验是通过cDNA来作研究的。对于
: 一两个的transcript到是可以用传统的方法来验证通过cDNA sequence 的结果，可是对
: 于高通量的测序结果，好像没有人去一个个都验证吧。下面是两篇由反转录酶引起假阳
: 性的例子。
: 有没有同学对这方面熟悉的，比如反转录酶的错误率，怎么控制RNA sequence的准确，
: 希望可以讨论讨论。
: 1. Houseley, J. and D. Tollervey, Apparent non-canonical trans-splicing is
: generated by reverse transcriptase in vitro. PLoS One. 5(8): p. e12271.

R*n2013-10-03 07:10

8 楼

GXGX

m*n2013-10-03 07:10

9 楼

cong

l*t2013-10-03 07:10

10 楼

congrats

d*o2013-10-03 07:10

11 楼

gxgx

l*82013-10-03 07:10

12 楼

恭喜恭喜！！记的发包子啊。

c*62013-10-03 07:10

13 楼

GXGX

g*e2013-10-03 07:10

14 楼

good news!

I485

【在 c*******6 的大作中提到】

: 主申的NIW 140刚批,eb1a pending. 副申的 I484批了。批了快20天了，但是没有收到
: 任何mail.
: Post Decision Activity
: On November 2, 2010, we mailed you a notice that we have approved this I485
: APPLICATION TO REGISTER PERMANENT RESIDENCE OR TO ADJUST STATUS. Please
: follow any instructions on the notice. If you move before you receive the
: notice, call customer service at 1-800-375-5283.