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XU Tian 许田# Biology - 生物学
s*n
1
我的pdf广告里说11月15号开始
结果今天他发信跟我说11月1号截至。
我网上看了看可能是后来改的,我也不知道。
还能跟他争取把我放进pool里吗?
气,离家最近的。
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h*m
2
简单美味营养啊~
三文鱼洗净去皮切丁,少许盐黑椒腌着备用。
大伙滚开加大米一杯more or less,煮20来分钟。看着差不多熟了就成。中间加香菇丁
,俺用了两个
小香菇,要泡发的哦
bacon一片 切定或小条随便 加入米锅。俺是用新鲜早市买的,看下图,感觉比超市要
好,更像湖南的
腊肉味道(想念啊~~)。待会再来兽下今儿早市的收获~~~
煮几分钟,放入三文鱼丁,豆子,玉米啥的,再滚开个一两分钟就好了。
咸淡自己定夺哈
嘿嘿,很美味,无腥味~
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d*r
3
今天收到一张新的Macy‘s American express 卡。奇怪的是我根本没有申请过啊,只
是很久以前有Macy's的star rewards visa卡,可是已经关了啊,他们怎么可以用我旧
的information自作主张寄给我新卡呢?想cancel了,但马上cancel是不是也会影响我
的credit啊?
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l*f
4
现在这些是不是集成到一张纸了?
Visa Appointment Confirmation Letter
DS-160 Confirmation
Original Visa Fee Receipt
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c*i
5
Michael Wines, A U.S.-China Odyssey: Building a Better Mouse Map. New York
Times, Jan 29, 2011.
http://www.nytimes.com/2011/01/29/world/asia
/29china.html?_r=1&scp=1&sq=fudan&st=cse
Note:
(a) Tian Xu, PhD, Department of Genetics, School of Medicine, Yale
Universoty, undated.
http://medicine.yale.edu
/genetics/people/tian_xu.profile
Quote:
"Professor of Genetics; Vice Chairman of Genetics; Investigator, Howard
Hughes Medical Institute; Director, Yale Center for Functional Genomics"
"Education[:] Ph.D., Yale University, 1990"
(b) salad days. The Phrase Finder, undated.
http://www.phrases.org.uk/meanings/salad-days.html
(c)
(i) Neoclassical architecture
http://en.wikipedia.org/wiki/Neoclassical_architecture
(Neoclassical architecture was an architectural style produced by the
neoclassical movement)
(ii) Neoclassism
http://en.wikipedia.org/wiki/Neoclassicism
(Neoclassicism is the name given to quite distinct movements in the
decorative and visual arts, literature, theatre, music, and architecture
that draw upon Western classical art and culture (usually that of Ancient
Greece or Ancient Rome). These movements were dominant in northern Europe
during the mid-18th to the end of the 19th century)
This report first mentions "Roman classroom buildings"--of Roman style.
(d) Fudan Institute of Developmental Biology and Molecular Medicine (IDM)
复旦大学发育生物学研究所
http://idm.fudan.edu.cn/
(e) gratis (adj or adv; gratis, from ablative plural of gratia favor--more
at GRACE):
"without charge or recompense : FREE "
(f) Jiaxing 浙江省 嘉兴市 (sothwest to, and next to, Shanghai)
http://en.wikipedia.org/wiki/Jiaxing
(g) CC Tan or Jiazhen Tan 谈家桢
(复旦大学生命科学学院) 复旦大学遗传学研究所
http://life.fudan.edu.cn/s/84/t
/296/p/10/c/3324/d/3418/list.htm
(复旦大学遗传学研究所创立于1961年; 创始人是谈家桢院士)
(h) The report says, "After postdoctoral work on fruit-fly genetics at the
University of California, Berkeley, he returned to the Yale School of
Medicine."
"Having been awarded with a Helen Hay Whitney Fellowship, he carried out his
postdoctoral training studying neural development, at the laboratory of G.
Rubin at the University of California
at Berkeley, which he completed in 1993."
CNIO Cancer Conference: The Cell Cycle and Cancer. Madrid, September 30-
October 2, 2002.
Spanish National Cancer Centre (Tian Xu's bio, at page 94).
www.cnio.es/eventos/descargas
/CCC/04116_782,76_booklet.pdf
That is Prof Gerald Rubin.
The Spanish name of the Centre is Centro Nacional de Investigaciones Oncoló
gicas (CNIO).
(i) The report states, "The first scientist who produced genetically altered
mice won the 2007 Nobel Prize in Medicine."
I think it is an error. There were three that year: Mario R. Capecchi, Sir
Martin J. Evans, Oliver Smithies.
http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2007/
(j) The report further comments, "A decade of trial and error rewarded Dr.
Xu with the jackpot: a butterfly gene, nicknamed piggyBac, that could insert
itself into the mouse genome, randomly turning off one gene per mouse.
The paper:
Ding S et al, Efficient transposition of the piggyBac (PB) transposon in
mammalian cells and mice. Cell, 122: 473-83 (2005).
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16096065
(k) My comment: I was unaware of the paper until now. I have not read it.
But as a rule of thumb, there are hot spots where transposons tend to move
into. Transpositions are believed not to be random, in other words. That is
why Dr Xu hopes to generate tens of thouosands of mice to observe them. And
the technology has not resolved the hardship to create a mutation by design,
which is his original goal ("he seeks a holy grail: the key to what makes a
mouse tick, gene by gene by gene"--paragraph 6, web page 1 of the NYT
report) and which was how the three biologists won the 2007 Nobel prize in
Medicine. Off hand, I can not assess impact of Dr Xu's PiggyBac.
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p*e
6
Move on bah.

【在 s*******n 的大作中提到】
: 我的pdf广告里说11月15号开始
: 结果今天他发信跟我说11月1号截至。
: 我网上看了看可能是后来改的,我也不知道。
: 还能跟他争取把我放进pool里吗?
: 气,离家最近的。

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h*m
7


【在 h*****m 的大作中提到】
: 简单美味营养啊~
: 三文鱼洗净去皮切丁,少许盐黑椒腌着备用。
: 大伙滚开加大米一杯more or less,煮20来分钟。看着差不多熟了就成。中间加香菇丁
: ,俺用了两个
: 小香菇,要泡发的哦
: bacon一片 切定或小条随便 加入米锅。俺是用新鲜早市买的,看下图,感觉比超市要
: 好,更像湖南的
: 腊肉味道(想念啊~~)。待会再来兽下今儿早市的收获~~~
: 煮几分钟,放入三文鱼丁,豆子,玉米啥的,再滚开个一两分钟就好了。
: 咸淡自己定夺哈

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t*f
8
我也收到了
macys和ame合作了,都改成新的了
但是你都cancle还给你寄很怪啊,打电话问问吧
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z*g
9
不是,是3份不同的东西。
但是交费收据应该不再需要了。没有交费无法预约面谈的。
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M*n
10
this commetator is mean.
Piggybac is great, though transposons are never as unbiased as chemical
mutagens.
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s*n
11
是阿,拿他们没办法
我还是发信稍微争取了一下。至少得说明我看到的广告是15号开始
我move on
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h*m
12
Sign...
粥喝完了才想起来有酸辣椒萝卜。。。

【在 h*****m 的大作中提到】
: 简单美味营养啊~
: 三文鱼洗净去皮切丁,少许盐黑椒腌着备用。
: 大伙滚开加大米一杯more or less,煮20来分钟。看着差不多熟了就成。中间加香菇丁
: ,俺用了两个
: 小香菇,要泡发的哦
: bacon一片 切定或小条随便 加入米锅。俺是用新鲜早市买的,看下图,感觉比超市要
: 好,更像湖南的
: 腊肉味道(想念啊~~)。待会再来兽下今儿早市的收获~~~
: 煮几分钟,放入三文鱼丁,豆子,玉米啥的,再滚开个一两分钟就好了。
: 咸淡自己定夺哈

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J*n
13
Macy's最基本的那张红色的会员卡算是信用卡吗
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b*n
14
许田的工作还是很出色的
piggbac已经是个指明了一条可能的突变体库的途径
现在他比较聪明的利用中国人工便宜和动物实验要求宽松的条件来建立大的突变体库
只是已经好几年了,还没有新的突破,那篇cell引用的人也不多
可能这个转座子系统不是那么完美吧
再过几年再看看吧
相对而言,化学突变的mapping太费力了

【在 c**i 的大作中提到】
: Michael Wines, A U.S.-China Odyssey: Building a Better Mouse Map. New York
: Times, Jan 29, 2011.
: http://www.nytimes.com/2011/01/29/world/asia
: /29china.html?_r=1&scp=1&sq=fudan&st=cse
: Note:
: (a) Tian Xu, PhD, Department of Genetics, School of Medicine, Yale
: Universoty, undated.
: http://medicine.yale.edu
: /genetics/people/tian_xu.profile
: Quote:

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O*n
15
laf

【在 h*****m 的大作中提到】
: Sign...
: 粥喝完了才想起来有酸辣椒萝卜。。。

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d*r
16
所以他们寄新卡时并没有再去pull credit,只是给个新卡?

【在 t**f 的大作中提到】
: 我也收到了
: macys和ame合作了,都改成新的了
: 但是你都cancle还给你寄很怪啊,打电话问问吧

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p*m
17
他那个piggybac的bias很严重 等到deep sequencing的价格下来了 他的系统也就没用
了:大家直接ENU突变然后上sequencing就好。其实现在已经有人这么做了

【在 b******n 的大作中提到】
: 许田的工作还是很出色的
: piggbac已经是个指明了一条可能的突变体库的途径
: 现在他比较聪明的利用中国人工便宜和动物实验要求宽松的条件来建立大的突变体库
: 只是已经好几年了,还没有新的突破,那篇cell引用的人也不多
: 可能这个转座子系统不是那么完美吧
: 再过几年再看看吧
: 相对而言,化学突变的mapping太费力了

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R*s
18
很赞啊, 黄师傅不传武功改教做饭啦。。

【在 h*****m 的大作中提到】
: 简单美味营养啊~
: 三文鱼洗净去皮切丁,少许盐黑椒腌着备用。
: 大伙滚开加大米一杯more or less,煮20来分钟。看着差不多熟了就成。中间加香菇丁
: ,俺用了两个
: 小香菇,要泡发的哦
: bacon一片 切定或小条随便 加入米锅。俺是用新鲜早市买的,看下图,感觉比超市要
: 好,更像湖南的
: 腊肉味道(想念啊~~)。待会再来兽下今儿早市的收获~~~
: 煮几分钟,放入三文鱼丁,豆子,玉米啥的,再滚开个一两分钟就好了。
: 咸淡自己定夺哈

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P*d
19
俺当年差点去engineer转座子。还好当时被一大牛泼冷水。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 他那个piggybac的bias很严重 等到deep sequencing的价格下来了 他的系统也就没用
: 了:大家直接ENU突变然后上sequencing就好。其实现在已经有人这么做了

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l*3
20
恩,好
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n*8
21
那个“睡美人”系统怎么样?
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s*i
22
赞,有鱼有肉,颜色好看
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O*e
23
我也很不看好他那套系统。真正的雷声大雨点小啊。我老等他的好东西出来都等得
很不耐烦了,呵呵

【在 p*****m 的大作中提到】
: 他那个piggybac的bias很严重 等到deep sequencing的价格下来了 他的系统也就没用
: 了:大家直接ENU突变然后上sequencing就好。其实现在已经有人这么做了

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h*m
24
老了。。。
江湖上的事管不上咯。。。

【在 R*****s 的大作中提到】
: 很赞啊, 黄师傅不传武功改教做饭啦。。
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z*t
25
目前用得挺好,UMN一哥们用这套系统找到了几个new oncogene
但transposon么,local hoop这些bias还是有的。
mouse的牛人可以具体讲讲。

【在 n**8 的大作中提到】
: 那个“睡美人”系统怎么样?
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l*t
26
喜欢吃粥!!!!
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f*u
27
我很不看好老鼠直接forward genetic screen,因为通量实在太低,这个是无法解决的。
而且也就是筛筛显性的突变或者enhancer/suppressor,隐性想都别想。
做过低等模式生物的看看老鼠的筛选量肯定都在窃笑。
至于许田,他还号称要在老鼠里面做balancer,这个如果成功了倒是会很有用。
可惜的是他嚷嚷了不少年头了也没听说现在有什么进展。
如果老鼠真有balancer了,每个基因也不久都会有KO line了,
那么老鼠的突变库加上clonal analysis的组合会很强大。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 他那个piggybac的bias很严重 等到deep sequencing的价格下来了 他的系统也就没用
: 了:大家直接ENU突变然后上sequencing就好。其实现在已经有人这么做了

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p*m
28
通量的问题当然是没办法了 不过我其实是喜欢老鼠forward screen的 毕竟光靠从低等
动物移植,或者用间接的办法搞(比如genomics手段)都没有直接上screen来的爽。而
且也得承认,老鼠forward screen还是搞出过很好的东西的 比如说clock和TLR,这都
还是在老鼠screen+mapping很麻烦很麻烦的时代呢。要说起来leptin也可以勉强算是
你为啥觉得balancer很重要呢?我觉得这个无非是省了n多genotyping的麻烦吧 对
biology有啥特别重要的意义没?

的。

【在 f**u 的大作中提到】
: 我很不看好老鼠直接forward genetic screen,因为通量实在太低,这个是无法解决的。
: 而且也就是筛筛显性的突变或者enhancer/suppressor,隐性想都别想。
: 做过低等模式生物的看看老鼠的筛选量肯定都在窃笑。
: 至于许田,他还号称要在老鼠里面做balancer,这个如果成功了倒是会很有用。
: 可惜的是他嚷嚷了不少年头了也没听说现在有什么进展。
: 如果老鼠真有balancer了,每个基因也不久都会有KO line了,
: 那么老鼠的突变库加上clonal analysis的组合会很强大。

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a*k
29
通量其实不那么重要。通常情况下一次screen出来10-20个specific的line不是问题,
如果你的question比较新/好,这里面如果能够有1/3的新东西(不一定要是新基因)就
非常了得了。说白了,关键还是看你想要做啥screen。老鼠可以问的问题比低等模式生
物复杂多了,如果对一个复杂问题有相对简单的readout,这个screen就nb大了。

的。

【在 f**u 的大作中提到】
: 我很不看好老鼠直接forward genetic screen,因为通量实在太低,这个是无法解决的。
: 而且也就是筛筛显性的突变或者enhancer/suppressor,隐性想都别想。
: 做过低等模式生物的看看老鼠的筛选量肯定都在窃笑。
: 至于许田,他还号称要在老鼠里面做balancer,这个如果成功了倒是会很有用。
: 可惜的是他嚷嚷了不少年头了也没听说现在有什么进展。
: 如果老鼠真有balancer了,每个基因也不久都会有KO line了,
: 那么老鼠的突变库加上clonal analysis的组合会很强大。

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g*1
30
植物土人问一句,所谓老鼠转作子系统的bias,是指插入位点的偏好,还是转作子本身
对目标基因的影响?毕竟植物里转作子突变系统是跟T-DNA同样地位的重要手段。
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f*u
31
forward screen的确很爽,但老鼠其实天生不太适合。
果蝇现在很多时候追求的是saturated screen,每个筛到的基因经常都有几十个
alleles,
也就是说这条染色体我晒完了以后,别人肯定筛不出新东西了。
这样一遍筛下来就会对你问的那个生物学问题有一个比较全面地了解了。
老鼠里作forward screen的我看到的不多,好得更少,你提到的那几个其他我不了解,
但是leptin好像是属于自发突变的吧。
老鼠的screen当然是做出了东西的,但是跟genetic screen的潜力相比还是有点小儿科,
我觉得可能有两大原因,说白了其实都是因为通量。
一个原因是不可能或者很难筛隐性的东西,这样一下就起码丢掉了90%的东西。
第二个原因,由于显性突变很少,所以通常是筛显性的enhancer/suppressor,
也就是说对于你所研究问题的分子机理需要有一些prior knowledge才能设计screen。
这样genetic screen的一大优势又没有了。
我认为genetic screen最大的优点之一是在你对一个问题的分子机理一无所知的情况下,
一个screen下来就可以把大的框架给搭起来,然后你就能仔细做这个问题了。
至于balancer,我其实想说的是如果能在老鼠里做mosaic,那会很强大,
那样可以一个一个染色体去筛,每个学生薄厚筛一个染色体还是可以的。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 通量的问题当然是没办法了 不过我其实是喜欢老鼠forward screen的 毕竟光靠从低等
: 动物移植,或者用间接的办法搞(比如genomics手段)都没有直接上screen来的爽。而
: 且也得承认,老鼠forward screen还是搞出过很好的东西的 比如说clock和TLR,这都
: 还是在老鼠screen+mapping很麻烦很麻烦的时代呢。要说起来leptin也可以勉强算是
: 你为啥觉得balancer很重要呢?我觉得这个无非是省了n多genotyping的麻烦吧 对
: biology有啥特别重要的意义没?
:
: 的。

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f*u
32
说句你可能不太爱听的,你提到的这个screen的产出,
在做老鼠的看来可能是非常不错的,但实际上coverage还是小了点。
只是因为老鼠很难做,所以十几个line被认为是挺不错的结果。
说白了我觉得genetic screen的作用应当像大扫荡,一遍过去应该得到80%以上的东西。
目前在老鼠里面充其量起到的作用是顺藤摸瓜,原因还是老鼠本身的局限性。

【在 a********k 的大作中提到】
: 通量其实不那么重要。通常情况下一次screen出来10-20个specific的line不是问题,
: 如果你的question比较新/好,这里面如果能够有1/3的新东西(不一定要是新基因)就
: 非常了得了。说白了,关键还是看你想要做啥screen。老鼠可以问的问题比低等模式生
: 物复杂多了,如果对一个复杂问题有相对简单的readout,这个screen就nb大了。
:
: 的。

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a*k
33
呵呵,我不做老鼠。但是酵母,果蝇,斑马鱼的screen都做过一点。个人感觉是screen
的成败不在于通量,更在乎实验设计。老鼠screen当然不是强项,谁也不否认这点,但
是doable。

西。

【在 f**u 的大作中提到】
: 说句你可能不太爱听的,你提到的这个screen的产出,
: 在做老鼠的看来可能是非常不错的,但实际上coverage还是小了点。
: 只是因为老鼠很难做,所以十几个line被认为是挺不错的结果。
: 说白了我觉得genetic screen的作用应当像大扫荡,一遍过去应该得到80%以上的东西。
: 目前在老鼠里面充其量起到的作用是顺藤摸瓜,原因还是老鼠本身的局限性。

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p*m
34
这个我不太同意。如果按照果蝇/线虫遗传学的思路 就是拿鲍和筛选来彻底搞清一个
pathway 这个老鼠肯定不行,事实上在老鼠里做modifier screen的好像就没有什么人
。但是你完全可以换个思路,screen出来一个hit,只要有意思,大可以接着用biochem
,用genomics的方法把它的上下游找出来接着做。这个时候forward screen找出的那个
hit是最重要的,别的方法替代不了的。
还是原来举的例子。当年Joe Takahashi作mouse screen其实就做了一丁点,就找到了
clock mutant,然后从clock gene出发能找出整套circadian rhythm的mechanism,后面
这部分就不需要genetic screen了,看看啥东西和clock binding,啥东西受clock调控
,blabla,也可以做得很好。但是这个clock gene如果没有forward screen就不知道什
么时候能找出来(当然现在往回看的话,如果mouse people相信fly的结果,完全可以
从fly circadian rhythm gene出发去找homolog,不过这个是事后诸葛亮)。以此类推
的还有Bruce Beutler做的TLR pathway。现在美国这里还是有几个大的mouse ENU
mutagenesis的中心在继续作。包括Takahashi那里和Beutler那里,JAX应该也有一个,
还有2个地方似乎。
还有就是楼上说的,老鼠能screen的东西不是每个都可以在fly/worm上作的。不可替代
性还是有的。

西。

【在 f**u 的大作中提到】
: 说句你可能不太爱听的,你提到的这个screen的产出,
: 在做老鼠的看来可能是非常不错的,但实际上coverage还是小了点。
: 只是因为老鼠很难做,所以十几个line被认为是挺不错的结果。
: 说白了我觉得genetic screen的作用应当像大扫荡,一遍过去应该得到80%以上的东西。
: 目前在老鼠里面充其量起到的作用是顺藤摸瓜,原因还是老鼠本身的局限性。

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f*u
35
我也很同意实验设计的重要性。一个好的screen和一个一般般的那差得很远。
但是任何物种都有其极限,这个极限很大的影响着你实验设计的空间,
对于genetic screen来说,这个极限我认为就是通量。
如果能很方便地提高通量,设计试验的腾挪空间就非常大,实在不行霸王硬上弓就是了。
如果通量上不去,即使通过精巧的实验设计大大降低了工作量,但最后coverage还是低。
就好像九十年代初的时候如果你需要用计算机算点什么,
如果你花一个小时写程序,通常需要花10个小时来优化你的程序,
让程序运行得快一点,因为那个时候的计算机运算能力很低。
但无论以如何优化很多时候跑一次程序还是需要好几个小时,
那个时候你要优化一个模型里的好几个参数能花你几个月。
但是现在谁还会花那么多时间去优化?对大部分工作跑个程序10秒钟和两分钟差别不大。

screen

【在 a********k 的大作中提到】
: 呵呵,我不做老鼠。但是酵母,果蝇,斑马鱼的screen都做过一点。个人感觉是screen
: 的成败不在于通量,更在乎实验设计。老鼠screen当然不是强项,谁也不否认这点,但
: 是doable。
:
: 西。

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f*u
36
你说得我都同意,我不是说老鼠不能做遗传,
但我始终觉得老鼠本身不是个合适的做遗传的物种。
之所以这么多人还在做,其实就是没办法,老鼠很重要,
而且也像你们说的,有些问题你必须用老鼠去做,
所以怎么整的都有,用什么方法作的都有。
如果老鼠遗传大多数时候都是只能找出一个hit,然后再顺藤摸瓜,
这就已经说明了老鼠遗传不是那么强大。
我不是说老鼠遗传没用,第一个hit很重要,有了就能牵出一片,
但是和线虫酵母一下就揪出一条甚至几条相关的pathway,还是有上下之别的。
也许老鼠就永远不可能把一个pathway一下揪出来,
所以就只能有什么方法都试着,看能不能揪出一两个hits出来。
另外你说老鼠里筛modifier的不多,挺巧的是我知道得那么一两个都是这么搞的。
现在老鼠里作forward screen大都怎么做的?直接晒显性?

biochem

【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个我不太同意。如果按照果蝇/线虫遗传学的思路 就是拿鲍和筛选来彻底搞清一个
: pathway 这个老鼠肯定不行,事实上在老鼠里做modifier screen的好像就没有什么人
: 。但是你完全可以换个思路,screen出来一个hit,只要有意思,大可以接着用biochem
: ,用genomics的方法把它的上下游找出来接着做。这个时候forward screen找出的那个
: hit是最重要的,别的方法替代不了的。
: 还是原来举的例子。当年Joe Takahashi作mouse screen其实就做了一丁点,就找到了
: clock mutant,然后从clock gene出发能找出整套circadian rhythm的mechanism,后面
: 这部分就不需要genetic screen了,看看啥东西和clock binding,啥东西受clock调控
: ,blabla,也可以做得很好。但是这个clock gene如果没有forward screen就不知道什
: 么时候能找出来(当然现在往回看的话,如果mouse people相信fly的结果,完全可以

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p*m
37
能不能说说做modifier screen的情况?我不太熟悉的说

【在 f**u 的大作中提到】
: 你说得我都同意,我不是说老鼠不能做遗传,
: 但我始终觉得老鼠本身不是个合适的做遗传的物种。
: 之所以这么多人还在做,其实就是没办法,老鼠很重要,
: 而且也像你们说的,有些问题你必须用老鼠去做,
: 所以怎么整的都有,用什么方法作的都有。
: 如果老鼠遗传大多数时候都是只能找出一个hit,然后再顺藤摸瓜,
: 这就已经说明了老鼠遗传不是那么强大。
: 我不是说老鼠遗传没用,第一个hit很重要,有了就能牵出一片,
: 但是和线虫酵母一下就揪出一条甚至几条相关的pathway,还是有上下之别的。
: 也许老鼠就永远不可能把一个pathway一下揪出来,

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O*e
38
你这个80%似乎太高了吧,一般的筛选很难达到的。

西。

【在 f**u 的大作中提到】
: 说句你可能不太爱听的,你提到的这个screen的产出,
: 在做老鼠的看来可能是非常不错的,但实际上coverage还是小了点。
: 只是因为老鼠很难做,所以十几个line被认为是挺不错的结果。
: 说白了我觉得genetic screen的作用应当像大扫荡,一遍过去应该得到80%以上的东西。
: 目前在老鼠里面充其量起到的作用是顺藤摸瓜,原因还是老鼠本身的局限性。

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b*t
39
为什么老鼠不能筛隐性的?
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f*u
40
我只说我了解得比较详细的一个例子。
这个例子是关于遗传性的隐性的小脑症,英文好像叫microcephaly。
这个病人类遗传学已经map到了几个不同的基因,然后有人就做了KO小鼠。
对于其中一个基因的KO,纯合体有类似的小脑症状,分子机理是神经元非正常凋亡。
但有意思的是本来应该是黑毛的小鼠,如果是杂合体肚子上会有一大块白斑,
而且这个白斑phenotype好像很稳定。penetrance大概100%,expressivity也稳定。
我忘了他们有没有去解释为什么会有白斑,不过我猜是因为影响了neural crest。
于是他们就在这个白斑的基础上用ENU去筛选显性的modifiers,
readout就是白斑的大小位置什么的有变化的就统统都拿出来。
忘了他们的通量了,好像不是一千多就是一万多只,我觉得应该是一万多只。
还真筛出了不少个line,有的白斑变大了,有的变小了,还有的从一大块变成了斑点。
然后他们把这些新筛出来的东西分出来继续作characterization,有意思的再mapping。
起码有一个line如果是纯合体的话也会产生小脑症,其他的line我不清楚。
这个screen的优点就是周期短,做一轮可以非常快,小老鼠长出毛就可以看表型了。
不过实验设计还是有其特殊性在里面,而且运气成分也不小。

【在 p*****m 的大作中提到】
: 能不能说说做modifier screen的情况?我不太熟悉的说
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f*u
41
我不是说所有的screen都可以达到,但对于很多screen,有人都敢claim 100%。
对于果蝇,通常这些都是F1的screen,而且表型非常容易看,比如眼睛颜色什么的。
这种screen每条染色体筛上个1到2个million是很正常的,目标通常是essential基因。
每条染色体上也就那么一千来个essential基因,有时候一个基因会拿到四五十个line。

【在 O******e 的大作中提到】
: 你这个80%似乎太高了吧,一般的筛选很难达到的。
:
: 西。

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f*u
42
F3的screen工作量实在太大,好像不太现实。

【在 b********t 的大作中提到】
: 为什么老鼠不能筛隐性的?
avatar
O*e
43
Cell line screening的效率也挺低的
低等生物无疑是遗传筛选的好材料,从根本上来说还是因为系统简单啊。可对我来说,
再在这些生物上花再多时间,你最终还是解决不了哺乳动物和人类的问题,因为本来
系统就不一样。不如多花人力物力去攻克小鼠和其它相对高等一点的生物的筛选问题。

line。

【在 f**u 的大作中提到】
: 我不是说所有的screen都可以达到,但对于很多screen,有人都敢claim 100%。
: 对于果蝇,通常这些都是F1的screen,而且表型非常容易看,比如眼睛颜色什么的。
: 这种screen每条染色体筛上个1到2个million是很正常的,目标通常是essential基因。
: 每条染色体上也就那么一千来个essential基因,有时候一个基因会拿到四五十个line。

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m*p
44
Each has its advantages. But eventually, the gold rule, as you said, will be
related to human health and
diseases.

【在 O******e 的大作中提到】
: Cell line screening的效率也挺低的
: 低等生物无疑是遗传筛选的好材料,从根本上来说还是因为系统简单啊。可对我来说,
: 再在这些生物上花再多时间,你最终还是解决不了哺乳动物和人类的问题,因为本来
: 系统就不一样。不如多花人力物力去攻克小鼠和其它相对高等一点的生物的筛选问题。
:
: line。

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f*u
45
问题的实质不是系统简单,而是繁殖快,短时间内可以有很多后代。
我也觉得低等生物可以用遗传做的重大问题也已经没有了,都被作光了。
也同意你和楼上说的,最终还是要回到人类的健康上面。
你说要攻克老鼠的筛选问题,我觉得这个恐怕是攻不克的,要说攻克最多就是硬攻。
因为老鼠一窝就生那么几个,多不了,所以这个瓶颈永远也没法克服。
所以老鼠的forward genetics我个得如果要做,就只能是大工作量地硬筛,
但是因为老鼠是和人最近的模式,还是会有大笔的钱扔进去让人硬筛。
这么搞有意义,但并不是说老鼠就适合用遗传方法来做,只是因为它重要。

【在 O******e 的大作中提到】
: Cell line screening的效率也挺低的
: 低等生物无疑是遗传筛选的好材料,从根本上来说还是因为系统简单啊。可对我来说,
: 再在这些生物上花再多时间,你最终还是解决不了哺乳动物和人类的问题,因为本来
: 系统就不一样。不如多花人力物力去攻克小鼠和其它相对高等一点的生物的筛选问题。
:
: line。

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s*s
46

大错特错。很多问题被做过了不等于被作光了,类似的问题可以有完全
重新设计出来的screen筛出无穷新基因,更不要说新的问题了

【在 f**u 的大作中提到】
: 问题的实质不是系统简单,而是繁殖快,短时间内可以有很多后代。
: 我也觉得低等生物可以用遗传做的重大问题也已经没有了,都被作光了。
: 也同意你和楼上说的,最终还是要回到人类的健康上面。
: 你说要攻克老鼠的筛选问题,我觉得这个恐怕是攻不克的,要说攻克最多就是硬攻。
: 因为老鼠一窝就生那么几个,多不了,所以这个瓶颈永远也没法克服。
: 所以老鼠的forward genetics我个得如果要做,就只能是大工作量地硬筛,
: 但是因为老鼠是和人最近的模式,还是会有大笔的钱扔进去让人硬筛。
: 这么搞有意义,但并不是说老鼠就适合用遗传方法来做,只是因为它重要。

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X*n
47
什么时候老鼠才能象酵母一样有各种KO、各种tag的库啊?
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