写了一个较通俗的RT-PCR数据计算的简介 - 未名空间MITBBS历史存档

写了一个较通俗的RT-PCR数据计算的简介# Biology - 生物学

n*g2011-03-25 07:03

1 楼

【以下文字转载自 NextGeneration 讨论区】
发信人: nhewegg (新蛋), 信区: NextGeneration
标题: 搬家前，需要通知房东自己将生小孩么？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 9 22:57:55 2009, 美东)
最近在看房，准备在BABY出生前，搬入新家。我担心小孩出生后，万一影响其它楼层的
房客，会带来什么麻烦。
不知是否该提前通知一下房东？但又怕房东知道后，不跟我们签LEASE。。。大家怎么
看？

s*42011-03-25 07:03

2 楼

往单个手机上发中文短信SMS,国内接受都没问题.一旦群发,接收人收到的短信就都是一
连串的问号,发信方自动显示"群发彩信".谁解疑一下?
我很怀疑这个"群发彩信"是问题的根源.因为我发的只是TEXT的短信不是照片,不知道为
什么被IDENTIFIED成彩信(multimedia).而我往单个手机上发照片(彩信)时,也是没问题
的.

f*r2011-03-25 07:03

3 楼

不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
http://www.sendspace.com/file/92g0k9
欢迎挑错。

Y*H2011-03-25 07:03

4 楼

租房子？还是说下比较好

i*e2011-03-25 07:03

5 楼

thanks a lot
up!

w*e2011-03-25 07:03

6 楼

thanks a lot for sharing!!

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。

y*u2011-03-25 07:03

7 楼

谢谢！你太牛了，我现在专业的东西好多都不知道中文是什么。

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。

x*i2011-03-25 07:03

8 楼

纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
欢迎讨论。

n*w2011-03-25 07:03

9 楼

谢谢分享。最爱学术帖～

l*s2011-03-25 07:03

10 楼

niu!

f*r2011-03-25 07:03

11 楼

这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
）就会偏离真实平均值比较多了。
与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

【在 x****i 的大作中提到】

: 纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
: 但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
: 这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
: ，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
: 的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
: 且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
: 欢迎讨论。

s*s2011-03-25 07:03

12 楼

赞谢谢～

k*o2011-03-25 07:03

13 楼

我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
来了大家一块做
数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
为可以把所有
control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
？

【在 f*********r 的大作中提到】

: 这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
: 严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
: 但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
: 白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
: 甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
: 超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
: 说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
: ）就会偏离真实平均值比较多了。
: 与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
: 万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

f*r2011-03-25 07:03

14 楼

根据我的经验，对照组总是显示最小的SD。代数方法和对数方法的偏差也小。无须多虑
。不过，治疗组就大不一样了。SD大过了一两个数量级。通常我们每个组的n也就5个，
远远小于n=30。虽然我们认为，代数方法与对数方法都符合正态分布，但平均值的计算
结果相差比较大。我个人主张还是用复杂公式解开所有指数来计算。
我同意你说的，尽量将所有样品放在同一个plate上跑。如果跑不下，按照以下方法处
理：
1）尽量在一张盘上只跑内参和一个靶基因，把其它的靶基因用另外的盘子跑，虽然这
样有点费sybr green。如果还跑不下，就
2）把triplicate改成duplicate。如果还跑不下，就
3）不要duplicate。如果一定要duplicate，就把duplicate1跑在plate1，把
duplicate2跑在plate2。总之，让一个盘子上容纳所有样品（最大数为48个样品，应该
够了）。
当然，如你所说，在每张相关的plate上都重复跑一套对照，是一个很好的参照。不过
这仅仅是个quality control，对计算relative fold change没有影响。

出来了大家一块做
认为可以把所有
法？

【在 k****o 的大作中提到】

:
: 我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
: 来了大家一块做
: 数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
: 为可以把所有
: control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
: ？

x*u2011-03-25 07:03

15 楼

Thanks a lot.

s*t2011-03-25 07:03

16 楼

请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
原链接失效了
能否发给我？ s*********[email protected]
非常感谢！

y*t2011-03-25 07:03

17 楼

Me neither,
please send one to y****[email protected]
Thanks

【在 s*********t 的大作中提到】

: 请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
: 原链接失效了
: 能否发给我？ s*********[email protected]
: 非常感谢！

D*y2011-03-25 07:03

18 楼

原链接失效了
非常需要，能否发给我？ y***[email protected]
非常感谢！

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。

s*t2011-03-25 07:03

19 楼

已经得到了多谢！！

I*a2011-03-25 07:03

20 楼

有mac版的么？

w*y2011-03-25 07:03

21 楼

能发一份给我么？谢谢
p***********[email protected]

d*i2011-03-25 07:03

22 楼

能不能再上传一次？谢谢！

f*r2011-03-25 07:03

23 楼

不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
http://www.sendspace.com/file/ksadse
欢迎挑错。
3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

i*e2011-03-25 07:03

24 楼

thanks a lot
up!

w*e2011-03-25 07:03

25 楼

thanks a lot for sharing!!

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

y*u2011-03-25 07:03

26 楼

谢谢！你太牛了，我现在专业的东西好多都不知道中文是什么。

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

x*i2011-03-25 07:03

27 楼

纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
欢迎讨论。

n*w2011-03-25 07:03

28 楼

谢谢分享。最爱学术帖～

l*s2011-03-25 07:03

29 楼

niu!

f*r2011-03-25 07:03

30 楼

这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
）就会偏离真实平均值比较多了。
与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

【在 x****i 的大作中提到】

: 纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
: 但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
: 这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
: ，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
: 的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
: 且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
: 欢迎讨论。

s*s2011-03-25 07:03

31 楼

赞谢谢～

k*o2011-03-25 07:03

32 楼

我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
来了大家一块做
数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
为可以把所有
control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
？

【在 f*********r 的大作中提到】

: 这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
: 严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
: 但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
: 白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
: 甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
: 超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
: 说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
: ）就会偏离真实平均值比较多了。
: 与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
: 万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

f*r2011-03-25 07:03

33 楼

根据我的经验，对照组总是显示最小的SD。代数方法和对数方法的偏差也小。无须多虑
。不过，治疗组就大不一样了。SD大过了一两个数量级。通常我们每个组的n也就5个，
远远小于n=30。虽然我们认为，代数方法与对数方法都符合正态分布，但平均值的计算
结果相差比较大。我个人主张还是用复杂公式解开所有指数来计算。
我同意你说的，尽量将所有样品放在同一个plate上跑。如果跑不下，按照以下方法处
理：
1）尽量在一张盘上只跑内参和一个靶基因，把其它的靶基因用另外的盘子跑，虽然这
样有点费sybr green。如果还跑不下，就
2）把triplicate改成duplicate。如果还跑不下，就
3）不要duplicate。如果一定要duplicate，就把duplicate1跑在plate1，把
duplicate2跑在plate2。总之，让一个盘子上容纳所有样品（最大数为48个样品，应该
够了）。
当然，如你所说，在每张相关的plate上都重复跑一套对照，是一个很好的参照。不过
这仅仅是个quality control，对计算relative fold change没有影响。

出来了大家一块做
认为可以把所有
法？

【在 k****o 的大作中提到】

:
: 我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
: 来了大家一块做
: 数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
: 为可以把所有
: control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
: ？

x*u2011-03-25 07:03

34 楼

Thanks a lot.

s*t2011-03-25 07:03

35 楼

请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
原链接失效了
能否发给我？ s*********[email protected]
非常感谢！

y*t2011-03-25 07:03

36 楼

Me neither,
please send one to y****[email protected]
Thanks

【在 s*********t 的大作中提到】

: 请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
: 原链接失效了
: 能否发给我？ s*********[email protected]
: 非常感谢！

s*t2011-03-25 07:03

37 楼

已经得到了多谢！！

I*a2011-03-25 07:03

38 楼

有mac版的么？

w*y2011-03-25 07:03

39 楼

能发一份给我么？谢谢
p***********[email protected]

d*i2011-03-25 07:03

40 楼

能不能再上传一次？谢谢！

w*l2011-03-25 07:03

41 楼

求文件，w**********[email protected]

b*n2011-03-25 07:03

42 楼

同求

a*y2011-03-25 07:03

43 楼

谁有的放到文件共享服务器上吧
这个很容易做的为什么拿到的人就消失了呢

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

W*H2011-03-25 07:03

44 楼

please send me one copy at y*******[email protected] Thanks.

s*n2011-03-25 07:03

45 楼

同求：
s*********[email protected]

s*s2011-03-25 07:03

46 楼

跪求。
s********[email protected]

【在 b*******n 的大作中提到】

: 同求

A*02011-03-25 07:03

47 楼

谢谢～

b*02011-03-25 07:03

48 楼

同求
b*******[email protected]

r*a2011-03-25 07:03

49 楼

搭车求，谢谢
l***********[email protected]

【在 b*******0 的大作中提到】

: 同求
: b*******[email protected]

c*y2011-03-25 07:03

50 楼

同求
c****[email protected]

h*s2011-03-25 07:03

51 楼

能发一份给我吗？谢谢！k********[email protected]

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

n*k2011-03-25 07:03

52 楼

同求
t***[email protected]
Thanks a lot!

a*72011-03-25 07:03

53 楼

哎呀怎么才看见！！！
楼主能否再发一次啊，或者发给邮箱
a******[email protected]
谢谢啦！！！

X*n2011-03-25 07:03

54 楼

同求，谢谢
x******[email protected]

G*E2011-03-25 07:03

55 楼

同求，谢谢
g*****[email protected]

d*t2011-03-25 07:03

56 楼

Can you send me one copy? Thanks!
d****[email protected]

t*z2011-03-25 07:03

57 楼

同求同求，楼主好人啊：
t*****[email protected]

m*r2011-03-25 07:03

58 楼

同求，谢谢楼主了！
m**********[email protected]

m*p2011-03-25 07:03

59 楼

同求，谢谢m****[email protected]

【在 a***y 的大作中提到】

: 谁有的放到文件共享服务器上吧
: 这个很容易做的为什么拿到的人就消失了呢

h*r2011-03-25 07:03

60 楼

包子求，m******[email protected]

v*e2011-03-25 07:03

61 楼

我也包子求，
v****[email protected]
谢谢

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

f*62011-03-25 07:03

62 楼

x***********[email protected]
同求，谢谢先！

f*62011-03-25 07:03

63 楼

x***********[email protected]
同求，谢谢先！

m*r2011-03-25 07:03

64 楼

同求，谢谢楼主～～
m**********[email protected]

n*k2011-03-25 07:03

65 楼

me too, c**********[email protected]

【在 m*********r 的大作中提到】

: 同求，谢谢楼主～～
: m**********[email protected]

r*y2011-03-25 07:03

66 楼

谁有文件的给重新上传一下吧或者楼主自己传。。。。

【在 n********k 的大作中提到】

: me too, c**********[email protected]

f*62011-03-25 07:03

67 楼

x***********[email protected]
同求，大师！

y*i2011-03-25 07:03

68 楼

同求，y****[email protected]，谢谢！

x*u2011-03-25 07:03

69 楼

有好心人可以给我一份吗
m******[email protected]

w*a2011-03-25 07:03

70 楼

请发给 h******[email protected]
谢谢

【在 f*********r 的大作中提到】

: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。

g*a2011-03-25 07:03

71 楼

我也想要一个，多谢楼主 y********[email protected]

m*82011-03-25 07:03

72 楼

z*********[email protected]
Thanks a lot!

s*y2011-03-25 07:03

73 楼

能发一份给我么？谢谢
y******[email protected]

c*42011-03-25 07:03

74 楼

有好心人给一份么
f*********[email protected]

l*12011-03-25 07:03

75 楼

RE:
how to google search within MITBBS Biology branch:
a, go to
http://www.utu.fi/haetietoa.html
b: put the key wrords likes < qRT-PCR pdf >
c, click icon "Hae"
d, found no hint then changed
site:utu.fi
to site: www.mitbbs.com
e, click search icon agan
f. go anywhere you want to go
htp://www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-8%2F&q=写了一个较通俗的RT-PCR
数据计算的简介&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#sclient=psy-ab&hl=en&source=hp&
q=qRT-PCR++pdf+++site%3Awww.mitbbs.com&pbx=1&oq=qRT-PCR++pdf+++site:www.
mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_sm=s&gs_upl=
8382l11364l4l12629l11l10l0l0l0l2l176l1087l3.7l10l0&bav=on.2,or.r_gc.r_pw.,cf
.osb&fp=49bac6425dda1ccf&biw=1165&bih=590
i.e.:
11F
htp://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31610011.html
Ps:
这方法学会了用得好的童鞋今后转一包子给偶就扯平了...

【在 c*******4 的大作中提到】

: 有好心人给一份么
: f*********[email protected]

c*u2011-03-25 07:03

76 楼

是什么格式的阿？怎么我点了下载出来的都是EXE的？可以发给我不？
c******[email protected]

u*b2011-03-25 07:03

77 楼

能不能也发给我一份，万分感谢
u****[email protected]