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写了一个较通俗的RT-PCR数据计算的简介
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写了一个较通俗的RT-PCR数据计算的简介# Biology - 生物学
n*g
1 楼
【 以下文字转载自 NextGeneration 讨论区 】
发信人: nhewegg (新蛋), 信区: NextGeneration
标 题: 搬家前，需要通知房东自己将生小孩么？
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Nov 9 22:57:55 2009, 美东)
最近在看房，准备在BABY出生前，搬入新家。我担心小孩出生后，万一影响其它楼层的
房客，会带来什么麻烦。
不知是否该提前通知一下房东？但又怕房东知道后，不跟我们签LEASE。。。大家怎么
看？
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s*4
2 楼
往单个手机上发中文短信SMS,国内接受都没问题.一旦群发,接收人收到的短信就都是一
连串的问号,发信方自动显示"群发彩信".谁解疑一下?
我很怀疑这个"群发彩信"是问题的根源.因为我发的只是TEXT的短信不是照片,不知道为
什么被IDENTIFIED成彩信(multimedia).而我往单个手机上发照片(彩信)时,也是没问题
的.
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Y*H
4 楼
租房子？还是说下比较好
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i*e
5 楼
thanks a lot
up!
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w*e
6 楼
thanks a lot for sharing!!

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。
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y*u
7 楼
谢谢！你太牛了，我现在专业的东西好多都不知道中文是什么。

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。
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x*i
8 楼
纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
欢迎讨论。
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n*w
9 楼
谢谢分享。最爱学术帖～
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l*s
10 楼
niu!
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f*r
11 楼
这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
）就会偏离真实平均值比较多了。
与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

【在 x****i 的大作中提到】
: 纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
: 但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
: 这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
: ，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
: 的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
: 且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
: 欢迎讨论。
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s*s
12 楼
赞 谢谢～
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k*o
13 楼

我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
来了大家一块做
数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
为可以把所有
control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
？

【在 f*********r 的大作中提到】
: 这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
: 严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
: 但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
: 白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
: 甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
: 超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
: 说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
: ）就会偏离真实平均值比较多了。
: 与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
: 万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。
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f*r
14 楼
根据我的经验，对照组总是显示最小的SD。代数方法和对数方法的偏差也小。无须多虑
。不过，治疗组就大不一样了。SD大过了一两个数量级。通常我们每个组的n也就5个，
远远小于n=30。虽然我们认为，代数方法与对数方法都符合正态分布，但平均值的计算
结果相差比较大。我个人主张还是用复杂公式解开所有指数来计算。
我同意你说的，尽量将所有样品放在同一个plate上跑。如果跑不下，按照以下方法处
理：
1）尽量在一张盘上只跑内参和一个靶基因，把其它的靶基因用另外的盘子跑，虽然这
样有点费sybr green。如果还跑不下，就
2）把triplicate改成duplicate。如果还跑不下，就
3）不要duplicate。如果一定要duplicate，就把duplicate1跑在plate1，把
duplicate2跑在plate2。总之，让一个盘子上容纳所有样品（最大数为48个样品，应该
够了）。
当然，如你所说，在每张相关的plate上都重复跑一套对照，是一个很好的参照。不过
这仅仅是个quality control，对计算relative fold change没有影响。

出来了大家一块做
认为可以把所有
法 ？

【在 k****o 的大作中提到】
:
: 我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
: 来了大家一块做
: 数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
: 为可以把所有
: control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
: ？
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x*u
15 楼
Thanks a lot.
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s*t
16 楼
请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
原链接失效了
能否发给我？ s*********[email protected]
非常感谢！
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y*t
17 楼
Me neither,
please send one to y****[email protected]
Thanks

【在 s*********t 的大作中提到】
: 请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
: 原链接失效了
: 能否发给我？ s*********[email protected]
: 非常感谢！
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D*y
18 楼
原链接失效了
非常需要，能否发给我？ y***[email protected]
非常感谢！

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/92g0k9
: 欢迎挑错。
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s*t
19 楼
已经得到了 多谢！！
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I*a
20 楼
有mac版的么？
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d*i
22 楼
能不能再上传一次？谢谢！
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f*r
23 楼
不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
http://www.sendspace.com/file/ksadse
欢迎挑错。
3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。
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i*e
24 楼
thanks a lot
up!
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w*e
25 楼
thanks a lot for sharing!!

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。
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y*u
26 楼
谢谢！你太牛了，我现在专业的东西好多都不知道中文是什么。

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。
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x*i
27 楼
纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
欢迎讨论。
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n*w
28 楼
谢谢分享。最爱学术帖～
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l*s
29 楼
niu!
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f*r
30 楼
这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
）就会偏离真实平均值比较多了。
与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。

【在 x****i 的大作中提到】
: 纯理论上讲，ct不能取算术平均值是对的，因为ct其实是指数。
: 但在所有的计算中，我们都去算术平均值，绝大多数人（甚至权威杂志）没有异议呢？
: 这是因为在大量sample的重复试验中，ct值是接近正态分布的。注意，这里说的是ct值
: ，而不是你真正的sample在每个管子里的loading量。这个ct是我们从机器直接读出来
: 的，它的正态分布特性是有机器的系统误差所决定的。一般来说，ct值的已经包含了而
: 且大于你每个管子loading量的误差，它的正态分布特性是ct值取平均值的理论依据。
: 欢迎讨论。
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s*s
31 楼
赞 谢谢～
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k*o
32 楼

我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
来了大家一块做
数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
为可以把所有
control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
？

【在 f*********r 的大作中提到】
: 这个说法本身我非常同意。所以，我现在对duplicates之间求平均的算法，也不是那么
: 严格了，只要他们之间相差不超过0.5cycle（2^0.5=1.4倍）。
: 但是，样品和样品之间求平均就是另一回事了。某种治疗对于某基因表达的影响，在蛋
: 白水平，也许是2倍甚至几倍；那么在mRNA的影响远远大于这个倍数关系，通常是10倍
: 甚至几十倍。换句话说，同在治疗组，样品之间Ct值（delta Ct可能更准确）差别往往
: 超过0.5cycle（1.4倍）。这在in vivo试验中相当普遍，in vitro中也不少见。也就是
: 说，这种差别已经超出了机器本身的系统误差。这种情况下，再采用近似法（代数平均
: ）就会偏离真实平均值比较多了。
: 与其在此处用完整公式推倒，在彼处用代数公式求近似值，搞得很混淆，还不如统一用
: 万能公式。反正也就输入一次公式，以后全都copy/paste，费不了多少事。
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f*r
33 楼
根据我的经验，对照组总是显示最小的SD。代数方法和对数方法的偏差也小。无须多虑
。不过，治疗组就大不一样了。SD大过了一两个数量级。通常我们每个组的n也就5个，
远远小于n=30。虽然我们认为，代数方法与对数方法都符合正态分布，但平均值的计算
结果相差比较大。我个人主张还是用复杂公式解开所有指数来计算。
我同意你说的，尽量将所有样品放在同一个plate上跑。如果跑不下，按照以下方法处
理：
1）尽量在一张盘上只跑内参和一个靶基因，把其它的靶基因用另外的盘子跑，虽然这
样有点费sybr green。如果还跑不下，就
2）把triplicate改成duplicate。如果还跑不下，就
3）不要duplicate。如果一定要duplicate，就把duplicate1跑在plate1，把
duplicate2跑在plate2。总之，让一个盘子上容纳所有样品（最大数为48个样品，应该
够了）。
当然，如你所说，在每张相关的plate上都重复跑一套对照，是一个很好的参照。不过
这仅仅是个quality control，对计算relative fold change没有影响。

出来了大家一块做
认为可以把所有
法 ？

【在 k****o 的大作中提到】
:
: 我觉得要解决样品间Ct差异的问题，最好还是所有样品在同一个plate上跑，这样Ct出
: 来了大家一块做
: 数据处理，Control和加药组的平均和标准差很容易就出来了。如果条件不具备，我认
: 为可以把所有
: control单独拿出来跑一次，然后算relative fold change。不知道楼长有无更好办法
: ？
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x*u
34 楼
Thanks a lot.
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s*t
35 楼
请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
原链接失效了
能否发给我？ s*********[email protected]
非常感谢！
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y*t
36 楼
Me neither,
please send one to y****[email protected]
Thanks

【在 s*********t 的大作中提到】
: 请问谁还有这个帖子里面下载的pdf？
: 原链接失效了
: 能否发给我？ s*********[email protected]
: 非常感谢！
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s*t
37 楼
已经得到了 多谢！！
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I*a
38 楼
有mac版的么？
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d*i
40 楼
能不能再上传一次？谢谢！
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b*n
42 楼
同求
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a*y
43 楼
谁有的放到文件共享服务器上吧
这个很容易做的为什么拿到的人就消失了呢

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
: http://www.sendspace.com/file/ksadse
: 欢迎挑错。
: 3-26-2011 修正重要算式一次。请下载上一版的同学及时更新。
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s*s
46 楼
跪求。
s********[email protected]

【在 b*******n 的大作中提到】
: 同求
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A*0
47 楼
谢谢～
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h*s
51 楼
能发一份给我吗？谢谢！k********[email protected]

【在 f*********r 的大作中提到】
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a*7
53 楼
哎呀怎么才看见！！！
楼主能否再发一次啊，或者发给邮箱
a******[email protected]
谢谢啦！！！
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m*p
59 楼
同求，谢谢m****[email protected]

【在 a***y 的大作中提到】
: 谁有的放到文件共享服务器上吧
: 这个很容易做的为什么拿到的人就消失了呢
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v*e
61 楼
我也包子求，
v****[email protected]
谢谢

【在 f*********r 的大作中提到】
: 不知道怎么在帖子里输入公式，只好放在下边链接里
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r*y
66 楼
谁有文件的给重新上传一下吧 或者楼主自己传。。。。

【在 n********k 的大作中提到】
: me too, c**********[email protected]
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w*a
70 楼
请发给 h******[email protected]
谢谢

【在 f*********r 的大作中提到】
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l*1
75 楼
RE:
how to google search within MITBBS Biology branch:
a, go to
http://www.utu.fi/haetietoa.html
b: put the key wrords likes < qRT-PCR pdf >
c, click icon "Hae"
d, found no hint then changed
site:utu.fi
to site: www.mitbbs.com
e, click search icon agan
f. go anywhere you want to go
htp://www.google.com/search?ie=UTF-8%2F&oe=UTF-8%2F&q=写了一个较通俗的RT-PCR
数据计算的简介&btnG=Hae&as_sitesearch=utu.fi#sclient=psy-ab&hl=en&source=hp&
q=qRT-PCR++pdf+++site%3Awww.mitbbs.com&pbx=1&oq=qRT-PCR++pdf+++site:www.
mitbbs.com&aq=f&aqi=&aql=&gs_sm=s&gs_upl=
8382l11364l4l12629l11l10l0l0l0l2l176l1087l3.7l10l0&bav=on.2,or.r_gc.r_pw.,cf
.osb&fp=49bac6425dda1ccf&biw=1165&bih=590
i.e.:
11F
htp://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31610011.html
Ps:
这方法学会了 用得好的 童鞋 今后转一包子给偶就扯平了...

【在 c*******4 的大作中提到】
: 有好心人给一份么
: f*********[email protected]
avatar
c*u
76 楼
是什么格式的阿？怎么我点了下载出来的都是EXE的？可以发给我不？
c******[email protected]
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u*b
77 楼
能不能也发给我一份， 万分感谢
u****[email protected]
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