中科院生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展 - 未名空间MITBBS历史存档

中科院生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展# Biology - 生物学

s*i2011-08-07 07:08

1 楼

能用swipeselection快速迻动光标其实是我决定jailbreak的一个重要原因，苹果自己
的实在是太差了。不过发现swipeselection在Notes和safari里面真的很好用，可是在
Pages和其它一些app里，比如Evernote里却不能工作，实在太可惜了。有什么办法吗？

t*52011-08-07 07:08

2 楼

生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大中小】【打印】【关闭】
在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去
甲基化机制的研究发现。这项研究由徐国良、李林、丁建平实验室及中科院药物所等单
位合作完成，副研究员贺宇飞、博士后李滨忠等承担了主要工作。
动植物生长发育与疾病发生、发展都广泛受到表观遗传调控。目前研究得比较清楚的是
胞嘧啶第5位的甲基化。它直接参与了转录调控和基因组的其他调控过程。由于胞嘧啶
的甲基化会引起染色体的压缩和基因沉默，所以对于表达活跃的基因来说，它们的启动
子和增强子区域的DNA往往处于低甲基化水平状态。因此，DNA的去甲基化对于沉默基因
的转录重激活起着重要作用。在原始生殖细胞发生及受精后父源基因组的重塑过程中出
现的大规模的去甲基化，被认为是擦除父母甲基化谱式并建立后代新的甲基化谱式的关
键，这些表观遗传重编程过程中发生的去甲基化对于早期胚胎的发育及配子产生都是十
分重要的。
在此项研究发表之前，对于主动的去甲基化机制有多种猜想，包括通过直接氧化打开碳
-碳键，即直接将甲基基团从甲基胞嘧啶上切除；通过酶促反应将甲基基团以甲醛的形
式从5hmC上移除；以及通过DNA剪切修复将甲基胞嘧啶直接替换。但是，这些可能的途
径还没有任何一种得到生物化学或者遗传学实验的验证。尽管Tet1加氧酶从理论上推测
可能执行逆转DNA甲基化的功能，但是，其去甲基化过程是如何实现是未知的。生化与
细胞研究所的上述工作表明：5mC可以被Tet蛋白氧化为5-羧基胞嘧啶（5caC），而5caC
又进一步被TDG识别并切除(进而通过DNA剪切修复途径替换为没有修饰的C)，从而初步
阐明了一条DNA主动去甲基化的途径(5mC→5hmC→5caC→C)，为研究DNA去甲基化作用及
生理功能指明了方向。
这项工作得到了国家科技部、国家自然科学基金委、中国科学院的经费支持。（生化与
细胞所）

d*r2011-08-07 07:08

3 楼

真的吗？我用的挺好的，没有在PAGES里用过。干妈要用PAGES？ 300多兆的NOTEPAD
？ DTG或者QUICKOFFICE PRO好多了。

f*n2011-08-07 07:08

4 楼

我很多好友都在他们研究室哦。嘿嘿。厉害吧。
我不是说他们啦。我是说我。

s*i2011-08-07 07:08

5 楼

多谢回复，到不是非要用Pages，只不过在jailbreak前早就自己花钱买了Pages和
Keynotes，所以就直接用了。刚才装了Quickoffice，看上去不错，可是怎么感觉有点
延迟呀？把其他的app都关了打字也不是很流畅，不知道是什么原因，我用的是new
iPad。哦，对了，swipeselection在quickoffice还是不能用。。。

s*s2011-08-07 07:08

6 楼

做这行真恐怖。估计马上相关文章就源源而出，就跟年初tet1一样。
这个方向晚一个月就要死人的，那些lab是不是都在拼命赶

【在 t*********5 的大作中提到】

: 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
: 2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大中小】【打印】【关闭】
: 在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
: 种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
: 碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
: 修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
: 楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
: 的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
: 5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
: ，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去

d*r2011-08-07 07:08

7 楼

出了系统的输入框就不能用了，不过我发现PAGES里移动很精确啊，不用
SWIPESELECTION也是能够接受的。

z*t2011-08-07 07:08

8 楼

是的。。。而且大家现在都在搞leulemia里的mutation,其实这些生化的东西不难，非
常容易做出来
愁死了我们了

【在 s******s 的大作中提到】

: 做这行真恐怖。估计马上相关文章就源源而出，就跟年初tet1一样。
: 这个方向晚一个月就要死人的，那些lab是不是都在拼命赶

s*i2011-08-07 07:08

9 楼

谢谢，你用quick office 有延迟吗？我在51ipa上下的，不知道有没有可能是ipa的问
题。

c*g2011-08-07 07:08

10 楼

我搞结构的，对这个不熟，但是我个人不认为这种去甲基化方式会是细胞内的主流，引
用上面的话，“在原始生殖细胞发生及受精后父源基因组的重塑过程中出现的大规模的
去甲基化，被认为是擦除父母甲基化谱式并建立后代新的甲基化谱式的关键”，细胞
内那么多CpG, 那么多甲基化的C，如果都用这种方法在原始生殖细胞阶段擦除，会产生
多少abasic位点，后续的修复过程一是不经济，而是会对基因组稳定性产生很大的影响
，所以我个人觉得这个可能只是一条路。
欢迎大家给我扫盲

d*r2011-08-07 07:08

11 楼

我用的是QUICK OFFICE PRO HD没有延迟。

s*s2011-08-07 07:08

12 楼

去碱基总比去核酸合算。反正生化上可行，具体多少百分比走这条路，我没具体看
paper

【在 c**g 的大作中提到】

: 我搞结构的，对这个不熟，但是我个人不认为这种去甲基化方式会是细胞内的主流，引
: 用上面的话，“在原始生殖细胞发生及受精后父源基因组的重塑过程中出现的大规模的
: 去甲基化，被认为是擦除父母甲基化谱式并建立后代新的甲基化谱式的关键”，细胞
: 内那么多CpG, 那么多甲基化的C，如果都用这种方法在原始生殖细胞阶段擦除，会产生
: 多少abasic位点，后续的修复过程一是不经济，而是会对基因组稳定性产生很大的影响
: ，所以我个人觉得这个可能只是一条路。
: 欢迎大家给我扫盲

s*i2011-08-07 07:08

13 楼

我也用的是quickoffice pro 4.5.0，延迟现象很明显。刚才google了一下，发现
quickoffice的用户论坛上都炸了锅了，很多人都在反应这个问题，好像大部分人用的
都是牛排，http://community.quickoffice.com/quickoffice/topics/slow_and_lagging

【在 d********r 的大作中提到】

: 我用的是QUICK OFFICE PRO HD没有延迟。

z*t2011-08-07 07:08

14 楼

有active demethylation与passive demethylation，passive指抑制DNMT活性通过cell
division来“稀释”甲基化水平，而active demethylation在很短的时间内发生，在
胚胎发育早期（合子阶段）一般是1-2个细胞周期左右时间，global甲基化就都消失了
，其中paternal在受精后先消失，maternal再消失。
还有一个问题就是，基因组水平去甲基化后有重建甲基化的过程，那么有什么来指导甲
基化的重建？

【在 c**g 的大作中提到】

: 我搞结构的，对这个不熟，但是我个人不认为这种去甲基化方式会是细胞内的主流，引
: 用上面的话，“在原始生殖细胞发生及受精后父源基因组的重塑过程中出现的大规模的
: 去甲基化，被认为是擦除父母甲基化谱式并建立后代新的甲基化谱式的关键”，细胞
: 内那么多CpG, 那么多甲基化的C，如果都用这种方法在原始生殖细胞阶段擦除，会产生
: 多少abasic位点，后续的修复过程一是不经济，而是会对基因组稳定性产生很大的影响
: ，所以我个人觉得这个可能只是一条路。
: 欢迎大家给我扫盲

x*q2011-08-07 07:08

15 楼

Do you know that google just bought Quickoffice?
http://www.usatoday.com/tech/news/story/2012-06-05/Google-Quick
So it is expected...
Try other app...

【在 s*********i 的大作中提到】

: 我也用的是quickoffice pro 4.5.0，延迟现象很明显。刚才google了一下，发现
: quickoffice的用户论坛上都炸了锅了，很多人都在反应这个问题，好像大部分人用的
: 都是牛排，http://community.quickoffice.com/quickoffice/topics/slow_and_lagging

J*32011-08-07 07:08

16 楼

过几年徐国良当院士有戏了。
张毅是不是投稿后通知徐国良投Science了？

F*K2011-08-07 07:08

17 楼

Zhang Yi早些时候出了篇类似的，不知道是不是底下交流过

【在 t*********5 的大作中提到】

: 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
: 2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大中小】【打印】【关闭】
: 在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
: 种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
: 碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
: 修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
: 楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
: 的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
: 5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
: ，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去

a*a2011-08-07 07:08

18 楼

他们一直有交流
徐还有篇nature已接受。

z*t2011-08-07 07:08

19 楼

讲啥的？

【在 a*******a 的大作中提到】

: 他们一直有交流
: 徐还有篇nature已接受。

J*32011-08-07 07:08

20 楼

nature讲TDG识别结构机理吗？
感觉这个搞出来，现在可以发CNS

【在 a*******a 的大作中提到】

: 他们一直有交流
: 徐还有篇nature已接受。

m*b2011-08-07 07:08

21 楼

TDG识别结构机理已经有人发过了

【在 J********3 的大作中提到】

: nature讲TDG识别结构机理吗？
: 感觉这个搞出来，现在可以发CNS

t*p2011-08-07 07:08

22 楼

哇，这个牛啊。BigCon to Guoliang!
想当年有人认为去甲基化酶的谜底揭开该得诺奖的。
尽管这个可能只是去甲基化的其中一个通路，但是是一个很好的开始，至少证明主动去
甲基化是存在的。

【在 t*********5 的大作中提到】

: 生化与细胞所在DNA去甲基化机制研究中获得重要进展：发现一种新的修饰碱基
: 2011-08-08 10:02:00 | 来源： | 【大中小】【打印】【关闭】
: 在高等生物的基因组DNA中除含有腺嘌呤(A)、鸟嘌呤(G)、胞嘧啶(C)和胸腺嘧啶(T)四
: 种常见的碱基形式外，还含有胞嘧啶的修饰形式：5-甲基胞嘧啶（5mC），被称为第5种
: 碱基。而且它可以进一步被氧化为5-羟甲基胞嘧啶（5hmC），也被称为第6碱基。这些
: 修饰形式在表观调控中都具有重要的作用，但它们如何被可逆转变为胞嘧啶(C)还不清
: 楚。中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所的工作证明，DNA中
: 的5mC和5hmC都可以被Tet家族的双加氧酶进一步氧化为第7种碱基：5-羧基胞嘧啶（
: 5caC）；此外，胸腺嘧啶DNA糖基化酶（TDG）可以特异性地识别这一新的碱基修饰形式
: ，并将其从基因组中切除。2011年8月4日，《Science》杂志在线发表了这项关于DNA去

J*32011-08-07 07:08

23 楼

奥，俺鼓楼瓜闻了

【在 m*b 的大作中提到】

: TDG识别结构机理已经有人发过了

s*s2011-08-07 07:08

24 楼

这个好多lab几乎同时做出来的，而且可能好几个pathway共同作用，
诺贝尔分赃不匀啊

【在 t****p 的大作中提到】

: 哇，这个牛啊。BigCon to Guoliang!
: 想当年有人认为去甲基化酶的谜底揭开该得诺奖的。
: 尽管这个可能只是去甲基化的其中一个通路，但是是一个很好的开始，至少证明主动去
: 甲基化是存在的。

a*a2011-08-07 07:08

25 楼

不知道，挺保密的
已知的一点消息似乎是和李劲松组合作
多半是讲tet family在受精卵雌雄原核甲基化水平改变中的功能。
去年有篇pnas报道过这个现象
以上系个人猜测

【在 z*t 的大作中提到】

: 讲啥的？

z*t2011-08-07 07:08

26 楼

^O^估计IPS也加进去了

【在 a*******a 的大作中提到】

: 不知道，挺保密的
: 已知的一点消息似乎是和李劲松组合作
: 多半是讲tet family在受精卵雌雄原核甲基化水平改变中的功能。
: 去年有篇pnas报道过这个现象
: 以上系个人猜测