y*e
2 楼
请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
谢谢赐教！不胜感激！
个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
谢谢赐教！不胜感激！
c*g
3 楼
这是什么剧？
d*r
4 楼
选1.
不过你可以问SarahtheFool, 版上bioinfo这方面，她最知道了。
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
不过你可以问SarahtheFool, 版上bioinfo这方面，她最知道了。
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
s*n
5 楼
冰与火 山寨版
【在 c******g 的大作中提到】
: 这是什么剧？
【在 c******g 的大作中提到】
: 这是什么剧？
e*t
6 楼
how much for working in bioinfo core做bioinformatics analyst?
and how much for posdoc?
and how much for posdoc?
j*x
7 楼
不想一辈子做技术（当然，即使一想辈子在公司里做技术很可能也做不了），那就干几
年攒点钱和人脉再去读个MBA，这是标准途径。但是走不走得下去得看人。在大学的
core facility做一辈子技术倒是没啥问题
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
年攒点钱和人脉再去读个MBA，这是标准途径。但是走不走得下去得看人。在大学的
core facility做一辈子技术倒是没啥问题
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
y*e
8 楼
哇~回复好快！~
谢谢demoner的建议！
我去问问她~~~~
【在 d*****r 的大作中提到】
: 选1.
: 不过你可以问SarahtheFool, 版上bioinfo这方面，她最知道了。
:
: 有2
: gen
谢谢demoner的建议！
我去问问她~~~~
【在 d*****r 的大作中提到】
: 选1.
: 不过你可以问SarahtheFool, 版上bioinfo这方面，她最知道了。
:
: 有2
: gen
y*e
9 楼
这个还没有谈。。。。。
等定了上来报告哈
【在 e*****t 的大作中提到】
: how much for working in bioinfo core做bioinformatics analyst?
: and how much for posdoc?
等定了上来报告哈
【在 e*****t 的大作中提到】
: how much for working in bioinfo core做bioinformatics analyst?
: and how much for posdoc?
w*y
10 楼
The best way out is still faculty
but if you don't like writing papers and proposals,
you can take the core's offer IF you really like the school and the city
Usually, phd scientists at the bioinfo core are well paid
(not high as big pharma/biotech though), but there is little room for
promotion.
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
but if you don't like writing papers and proposals,
you can take the core's offer IF you really like the school and the city
Usually, phd scientists at the bioinfo core are well paid
(not high as big pharma/biotech though), but there is little room for
promotion.
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
y*e
11 楼
谢谢juzbox！！！
朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
整天加班，精神紧张的要死
吓到我了
如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
【在 j****x 的大作中提到】
: 不想一辈子做技术（当然，即使一想辈子在公司里做技术很可能也做不了），那就干几
: 年攒点钱和人脉再去读个MBA，这是标准途径。但是走不走得下去得看人。在大学的
: core facility做一辈子技术倒是没啥问题
:
: 有2
: gen
朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
整天加班，精神紧张的要死
吓到我了
如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
【在 j****x 的大作中提到】
: 不想一辈子做技术（当然，即使一想辈子在公司里做技术很可能也做不了），那就干几
: 年攒点钱和人脉再去读个MBA，这是标准途径。但是走不走得下去得看人。在大学的
: core facility做一辈子技术倒是没啥问题
:
: 有2
: gen
n*t
12 楼
如果选1，工资是最重要的衡量因素。在core做analyst说白了就是干杂活，别人要啥你
就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
j*x
13 楼
这个可能看学校吧，我知道的一般core里面都是朝九晚五的正常工作制，而且都是别人
求你
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢juzbox！！！
: 朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
: 整天加班，精神紧张的要死
: 吓到我了
: 如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
: 所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
求你
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢juzbox！！！
: 朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
: 整天加班，精神紧张的要死
: 吓到我了
: 如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
: 所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
y*e
14 楼
谢谢wsbioguy！
这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
也没有机会再转出去进公司
公司都招有postdoc经验的吧
【在 w******y 的大作中提到】
: The best way out is still faculty
: but if you don't like writing papers and proposals,
: you can take the core's offer IF you really like the school and the city
: Usually, phd scientists at the bioinfo core are well paid
: (not high as big pharma/biotech though), but there is little room for
: promotion.
:
: 有2
: gen
这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
也没有机会再转出去进公司
公司都招有postdoc经验的吧
【在 w******y 的大作中提到】
: The best way out is still faculty
: but if you don't like writing papers and proposals,
: you can take the core's offer IF you really like the school and the city
: Usually, phd scientists at the bioinfo core are well paid
: (not high as big pharma/biotech though), but there is little room for
: promotion.
:
: 有2
: gen
w*y
15 楼
that is so true
Also, you have to love your school/city
【在 n********t 的大作中提到】
: 如果选1，工资是最重要的衡量因素。在core做analyst说白了就是干杂活，别人要啥你
: 就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
: 是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
Also, you have to love your school/city
【在 n********t 的大作中提到】
: 如果选1，工资是最重要的衡量因素。在core做analyst说白了就是干杂活，别人要啥你
: 就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
: 是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
n*t
16 楼
analyst起早贪黑整天加班的基本是由其他想法，如果想做这个到退休的没必要这么拼
命吧，把一些常用的东西做熟手就行了，新东西出来能跟上就成
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢juzbox！！！
: 朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
: 整天加班，精神紧张的要死
: 吓到我了
: 如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
: 所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
命吧，把一些常用的东西做熟手就行了，新东西出来能跟上就成
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢juzbox！！！
: 朋友告诉我在学校里的core facility工作也起早贪黑怕丢工作
: 整天加班，精神紧张的要死
: 吓到我了
: 如果这样不如找个人好点的老板postdoc，起早贪黑起码有1作的paper发
: 所以飞奔上来问到底乍办泥~~~~
e*t
17 楼
lz ,have you try to find industry job?
company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
But they also have high demand though. solid programming skills and
statistics are necessary.
company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
But they also have high demand though. solid programming skills and
statistics are necessary.
d*r
18 楼
no, companies will not favor people with "postdoc" experiences, instead,
they like people with "company" experience.
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢wsbioguy！
: 这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
: 也没有机会再转出去进公司
: 公司都招有postdoc经验的吧
they like people with "company" experience.
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢wsbioguy！
: 这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
: 也没有机会再转出去进公司
: 公司都招有postdoc经验的吧
t*m
19 楼
yes. lz should go to pharma/biotech. Fresh PhDs may look for 100~110K to
start
job.
【在 e*****t 的大作中提到】
: lz ,have you try to find industry job?
: company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
: But they also have high demand though. solid programming skills and
: statistics are necessary.
start
job.
【在 e*****t 的大作中提到】
: lz ,have you try to find industry job?
: company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
: But they also have high demand though. solid programming skills and
: statistics are necessary.
n*t
20 楼
不讨厌就成
【在 w******y 的大作中提到】
: that is so true
: Also, you have to love your school/city
【在 w******y 的大作中提到】
: that is so true
: Also, you have to love your school/city
y*e
21 楼
非常感谢！！！：）
过几天就要谈啦，得好好准备下
那么如果今后换工作，是不是也差不多是相同的职位，换个地方level up一下？
不知道还有其他的发展方向不？
【在 n********t 的大作中提到】
: 如果选1，工资是最重要的衡量因素。在core做analyst说白了就是干杂活，别人要啥你
: 就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
: 是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
过几天就要谈啦，得好好准备下
那么如果今后换工作，是不是也差不多是相同的职位，换个地方level up一下？
不知道还有其他的发展方向不？
【在 n********t 的大作中提到】
: 如果选1，工资是最重要的衡量因素。在core做analyst说白了就是干杂活，别人要啥你
: 就做啥，所以工资比啥都重要，入行时候的工资一定要好好bargain，因为以后涨基本
: 是百分比。想再有大的改变只有换工作了。
w*y
22 楼
I saw several people from the bioinfo cores landed industry jobs,
so I guess it is not so hard to do the switch later on
but of course you need to work in an industry friendly field--
NGS seems not bad for now
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢wsbioguy！
: 这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
: 也没有机会再转出去进公司
: 公司都招有postdoc经验的吧
so I guess it is not so hard to do the switch later on
but of course you need to work in an industry friendly field--
NGS seems not bad for now
【在 y******e 的大作中提到】
: 谢谢wsbioguy！
: 这也是我担心的问题，怕以后上升空间不大
: 也没有机会再转出去进公司
: 公司都招有postdoc经验的吧
O*e
23 楼
很多搞基因组的实验室都挺需要bioinformaticians。其实到一个牛点的实验室试两年
再决定是不是放弃faculty career path也是个OK的选择。
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
再决定是不是放弃faculty career path也是个OK的选择。
有2
gen
【在 y******e 的大作中提到】
: 请问有经验的大侠们，Bioinformatician的职业发展前景怎么样？刚PhD毕业，目前有2
: 个职位，一个是在学校的bioinfo core做bioinformatics analyst，专门分析next-gen
: data，另外一个是postdoc，研究cancer，也用到next-gen的技术。现在比较倾向于第
: 一个，因为以后不打算做faculty（其实是做不来，唉，不善于看paper写grant），想
: 进公司。但是担心如果做了是不是一辈子做Bioinformatician，最后升到senior就是瓶
: 颈啦？还有其他的发展方向吗？=）
: 谢谢赐教！不胜感激！
y*e
24 楼
恩纳，朋友在Baylor sequencing center
做得很辛苦
如果一般的还好就好啦：）
【在 j****x 的大作中提到】
: 这个可能看学校吧，我知道的一般core里面都是朝九晚五的正常工作制，而且都是别人
: 求你
做得很辛苦
如果一般的还好就好啦：）
【在 j****x 的大作中提到】
: 这个可能看学校吧，我知道的一般core里面都是朝九晚五的正常工作制，而且都是别人
: 求你
y*e
25 楼
谢谢wsbioguy~去了一趟瞅了瞅，看不错，有好吃的川菜馆
【在 w******y 的大作中提到】
: that is so true
: Also, you have to love your school/city
【在 w******y 的大作中提到】
: that is so true
: Also, you have to love your school/city
y*e
26 楼
恩纳，我也这么想 =D
【在 n********t 的大作中提到】
: analyst起早贪黑整天加班的基本是由其他想法，如果想做这个到退休的没必要这么拼
: 命吧，把一些常用的东西做熟手就行了，新东西出来能跟上就成
【在 n********t 的大作中提到】
: analyst起早贪黑整天加班的基本是由其他想法，如果想做这个到退休的没必要这么拼
: 命吧，把一些常用的东西做熟手就行了，新东西出来能跟上就成
w*y
27 楼
By thw way, an exceptional example is Li Ding
She is doing very well as a core lead
You could be a second Ding :-)
【在 y******e 的大作中提到】
: 恩纳，朋友在Baylor sequencing center
: 做得很辛苦
: 如果一般的还好就好啦：）
She is doing very well as a core lead
You could be a second Ding :-)
【在 y******e 的大作中提到】
: 恩纳，朋友在Baylor sequencing center
: 做得很辛苦
: 如果一般的还好就好啦：）
y*e
28 楼
哇，这么多回复！！！太感动了~~~
我也在找，投了30多，postdoc industry university
industry的统统没有回音
发信也不理
查状态还是applied
估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
job.
【在 e*****t 的大作中提到】
: lz ,have you try to find industry job?
: company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
: But they also have high demand though. solid programming skills and
: statistics are necessary.
我也在找，投了30多，postdoc industry university
industry的统统没有回音
发信也不理
查状态还是applied
估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
job.
【在 e*****t 的大作中提到】
: lz ,have you try to find industry job?
: company usually pays much more than school since you don't like faculty job.
: But they also have high demand though. solid programming skills and
: statistics are necessary.
y*e
29 楼
谢谢wsbioguy！听起来真鼓舞人心！
我很喜欢NGS这块，PHD也用到这方面的技术
【在 w******y 的大作中提到】
: I saw several people from the bioinfo cores landed industry jobs,
: so I guess it is not so hard to do the switch later on
: but of course you need to work in an industry friendly field--
: NGS seems not bad for now
我很喜欢NGS这块，PHD也用到这方面的技术
【在 w******y 的大作中提到】
: I saw several people from the bioinfo cores landed industry jobs,
: so I guess it is not so hard to do the switch later on
: but of course you need to work in an industry friendly field--
: NGS seems not bad for now
S*l
30 楼
我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
【在 y******e 的大作中提到】
: 哇，这么多回复！！！太感动了~~~
: 我也在找，投了30多，postdoc industry university
: industry的统统没有回音
: 发信也不理
: 查状态还是applied
: 估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
:
: job.
analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
【在 y******e 的大作中提到】
: 哇，这么多回复！！！太感动了~~~
: 我也在找，投了30多，postdoc industry university
: industry的统统没有回音
: 发信也不理
: 查状态还是applied
: 估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
:
: job.
y*e
31 楼
谢谢demoner啦！继续努力投简历~~
【在 d*****r 的大作中提到】
: no, companies will not favor people with "postdoc" experiences, instead,
: they like people with "company" experience.
【在 d*****r 的大作中提到】
: no, companies will not favor people with "postdoc" experiences, instead,
: they like people with "company" experience.
e*t
32 楼
only 30? u got two offers. u lucky bastard! sorry, not meant to be rude.
if it is 300, u'r qualified to complain. hehe
【在 y******e 的大作中提到】
: 哇，这么多回复！！！太感动了~~~
: 我也在找，投了30多，postdoc industry university
: industry的统统没有回音
: 发信也不理
: 查状态还是applied
: 估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
:
: job.
if it is 300, u'r qualified to complain. hehe
【在 y******e 的大作中提到】
: 哇，这么多回复！！！太感动了~~~
: 我也在找，投了30多，postdoc industry university
: industry的统统没有回音
: 发信也不理
: 查状态还是applied
: 估计不是还没处理就是被人鄙视了。。。。。。。。。。
:
: job.
y*e
33 楼
我也想呢！~
赫赫我是biology phd，虽然基本在做bioinfo
不过估计pay不到那么多啦 ：）
谢谢tim~~~~
【在 t*m 的大作中提到】
: yes. lz should go to pharma/biotech. Fresh PhDs may look for 100~110K to
: start
:
: job.
赫赫我是biology phd，虽然基本在做bioinfo
不过估计pay不到那么多啦 ：）
谢谢tim~~~~
【在 t*m 的大作中提到】
: yes. lz should go to pharma/biotech. Fresh PhDs may look for 100~110K to
: start
:
: job.
y*e
34 楼
先开会去了
非常感谢大侠们的回复！！！！
感动ING
回来再看~~~
非常感谢大侠们的回复！！！！
感动ING
回来再看~~~
d*r
35 楼
你那个十几万是说mol bio系？还是你们institute?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
a*y
36 楼
这么有钱？！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
n*t
37 楼
Junior的可能会在70-80k，好像UPENN里面的CHOP是这个价
【在 y******e 的大作中提到】
: 我也想呢！~
: 赫赫我是biology phd，虽然基本在做bioinfo
: 不过估计pay不到那么多啦 ：）
: 谢谢tim~~~~
【在 y******e 的大作中提到】
: 我也想呢！~
: 赫赫我是biology phd，虽然基本在做bioinfo
: 不过估计pay不到那么多啦 ：）
: 谢谢tim~~~~
g*r
38 楼
再帮朋友广告一次。
novartis也再招类似职位。现在NGS人少工作多，过几年就不是这个形势了。可以考虑
先占座。
http://www.mitbbs.com/article_t0/Biology/31552361.html
novartis也再招类似职位。现在NGS人少工作多，过几年就不是这个形势了。可以考虑
先占座。
http://www.mitbbs.com/article_t0/Biology/31552361.html
y*e
39 楼
哇，Li Ding，大牛人！！！
无限仰望
【在 w******y 的大作中提到】
: By thw way, an exceptional example is Li Ding
: She is doing very well as a core lead
: You could be a second Ding :-)
无限仰望
【在 w******y 的大作中提到】
: By thw way, an exceptional example is Li Ding
: She is doing very well as a core lead
: You could be a second Ding :-)
y*e
40 楼
恩纳，发paper完全不在行
超级佩服能做faculty的牛人们！
话说十几万真的好高。。。。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
超级佩服能做faculty的牛人们！
话说十几万真的好高。。。。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我觉得bioinfo的能发paper的就走faculty，不行的就做analytics.话说我们系的
: analytics比AP工资高。十几万，具体不记得了。
y*e
41 楼
多谢斑竹建议！！！
我会仔细考虑 ：）
【在 O******e 的大作中提到】
: 很多搞基因组的实验室都挺需要bioinformaticians。其实到一个牛点的实验室试两年
: 再决定是不是放弃faculty career path也是个OK的选择。
:
: 有2
: gen
我会仔细考虑 ：）
【在 O******e 的大作中提到】
: 很多搞基因组的实验室都挺需要bioinformaticians。其实到一个牛点的实验室试两年
: 再决定是不是放弃faculty career path也是个OK的选择。
:
: 有2
: gen
y*e
42 楼
这个~惭愧啊（捂脸>_其实是老板以前合作过的
我也参与过项目
其他海投的这不还没信儿泥
【在 e*****t 的大作中提到】
: only 30? u got two offers. u lucky bastard! sorry, not meant to be rude.
: if it is 300, u'r qualified to complain. hehe
我也参与过项目
其他海投的这不还没信儿泥
【在 e*****t 的大作中提到】
: only 30? u got two offers. u lucky bastard! sorry, not meant to be rude.
: if it is 300, u'r qualified to complain. hehe
y*e
43 楼
7~8w！！！好高啊。。。
话说学校里的工资是不是只能靠内部打听啦？
在Indeed上查得信息好像很有限呢。。。
谢谢啦！
【在 n********t 的大作中提到】
: Junior的可能会在70-80k，好像UPENN里面的CHOP是这个价
话说学校里的工资是不是只能靠内部打听啦？
在Indeed上查得信息好像很有限呢。。。
谢谢啦！
【在 n********t 的大作中提到】
: Junior的可能会在70-80k，好像UPENN里面的CHOP是这个价
y*e
44 楼
也顶这个
上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
努力中！
【在 g********r 的大作中提到】
: 再帮朋友广告一次。
: novartis也再招类似职位。现在NGS人少工作多，过几年就不是这个形势了。可以考虑
: 先占座。
: http://www.mitbbs.com/article_t0/Biology/31552361.html
上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
努力中！
【在 g********r 的大作中提到】
: 再帮朋友广告一次。
: novartis也再招类似职位。现在NGS人少工作多，过几年就不是这个形势了。可以考虑
: 先占座。
: http://www.mitbbs.com/article_t0/Biology/31552361.html
g*r
45 楼
那个不是硬性条件。要包括博士研究经验的。博士以后三年经验的，市场上没有那样的
人。
【在 y******e 的大作中提到】
: 也顶这个
: 上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
: 努力中！
人。
【在 y******e 的大作中提到】
: 也顶这个
: 上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
: 努力中！
S*l
46 楼
是啊。这个要求太高了。不知道pay的到底怎么样？
【在 y******e 的大作中提到】
: 也顶这个
: 上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
: 努力中！
【在 y******e 的大作中提到】
: 也顶这个
: 上次就看到了，可惜还没赚满3年经验
: 努力中！
M*n
47 楼
到俺们这儿来呀。
俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
这一年来，job talks 非常多。
不过早点占位子才是关键哦。
俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
这一年来，job talks 非常多。
不过早点占位子才是关键哦。
S*l
48 楼
其实好几个学校这两年都建了。比如dartmouth,indiana,等等。有兴趣的同学可以申请哦。下两年肯定opening狂多.
俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
e*t
49 楼
dartmouth set up new bioinformatics dept? never heard of.
请哦。下两年肯定opening狂多.
opening。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 其实好几个学校这两年都建了。比如dartmouth,indiana,等等。有兴趣的同学可以申请哦。下两年肯定opening狂多.
: 俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
请哦。下两年肯定opening狂多.
opening。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 其实好几个学校这两年都建了。比如dartmouth,indiana,等等。有兴趣的同学可以申请哦。下两年肯定opening狂多.
: 俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
g*r
50 楼
novartis的，我知道是要经验，跟美国pay接近。wuxi pharma的，不太清楚pay，几十
万人刀总是有的。他们是跟美国争人。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 是啊。这个要求太高了。不知道pay的到底怎么样？
万人刀总是有的。他们是跟美国争人。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 是啊。这个要求太高了。不知道pay的到底怎么样？
S*l
51 楼
对他们有个新的center grant。
上个星期听说正在draft advertisement。我还以为已经贴出来了呢。
【在 e*****t 的大作中提到】
: dartmouth set up new bioinformatics dept? never heard of.
:
: 请哦。下两年肯定opening狂多.
: opening。
上个星期听说正在draft advertisement。我还以为已经贴出来了呢。
【在 e*****t 的大作中提到】
: dartmouth set up new bioinformatics dept? never heard of.
:
: 请哦。下两年肯定opening狂多.
: opening。
t*r
52 楼
bioinformaticsa never compare to biostatician,
pay lower and work harder
pay lower and work harder
g*l
53 楼
CHOP的哪个中心？
另外，CHOP和UPenn是分开的。。
【在 n********t 的大作中提到】
: Junior的可能会在70-80k，好像UPENN里面的CHOP是这个价
另外，CHOP和UPenn是分开的。。
【在 n********t 的大作中提到】
: Junior的可能会在70-80k，好像UPENN里面的CHOP是这个价
f*6
54 楼
我是pharm的学生，经常和baylor genome center的人打交道，个人感觉这玩意。。。公司
目前应该兴趣不大吧。欢迎指正
【在 y******e 的大作中提到】
: 恩纳，朋友在Baylor sequencing center
: 做得很辛苦
: 如果一般的还好就好啦：）
目前应该兴趣不大吧。欢迎指正
【在 y******e 的大作中提到】
: 恩纳，朋友在Baylor sequencing center
: 做得很辛苦
: 如果一般的还好就好啦：）
e*t
55 楼
search on job seeking websites, you will see.
large part of industry job come from biotech company not pharm.
by the way, why pharmacy need to 打交道 with baylor genome center? those are
so different fields. i didn't see...
。公司
【在 f****6 的大作中提到】
: 我是pharm的学生，经常和baylor genome center的人打交道，个人感觉这玩意。。。公司
: 目前应该兴趣不大吧。欢迎指正
large part of industry job come from biotech company not pharm.
by the way, why pharmacy need to 打交道 with baylor genome center? those are
so different fields. i didn't see...
。公司
【在 f****6 的大作中提到】
: 我是pharm的学生，经常和baylor genome center的人打交道，个人感觉这玩意。。。公司
: 目前应该兴趣不大吧。欢迎指正
H*J
56 楼
回国的话，我可以帮得上忙，^_^
Provide primary informatics support to the Disease & Translational Areas (
DTA) and Translational Research Sciences (TRS) in Shanghai. The candidate
will be expected to:
1. Liaise with scientific contacts in both discovery and translational
areas within the DTA and TRS organizations to understand informatics
requirements, identify technical solutions and partner with local and global
informatics teams to deliver projects
2. Must be able to analyze, model and optimize workflows, develop and use
best practices, including template development for biological data capture
, and have a working knowledge of laboratory statistics (e.g. t-test, ANOVA)
3. Work with Contract Research Organizations to ensure that data
standards are met and that data is made available to Roche scientists using
existing tools
4. Provide advanced technical expertise and systems integration in
supporting existing informatics tools and in developing and deploying new
tools, and managing systems lifecycles
5. Must be able to leverage understanding of next generation sequencing,
microarray, and other genetics/genomics technologies to contribute to the
delivery of platforms to support data management in understanding disease
Position requires that candidate have and keep up to date both scientific
and technical knowledge and skills. Will need to manage projects, vendors,
work with colleagues in the Global Informatics and pRED Informatics groups,
and work with colleagues in Roche pRED centers around the world.
罗氏上海机会（j****[email protected]）
Provide primary informatics support to the Disease & Translational Areas (
DTA) and Translational Research Sciences (TRS) in Shanghai. The candidate
will be expected to:
1. Liaise with scientific contacts in both discovery and translational
areas within the DTA and TRS organizations to understand informatics
requirements, identify technical solutions and partner with local and global
informatics teams to deliver projects
2. Must be able to analyze, model and optimize workflows, develop and use
best practices, including template development for biological data capture
, and have a working knowledge of laboratory statistics (e.g. t-test, ANOVA)
3. Work with Contract Research Organizations to ensure that data
standards are met and that data is made available to Roche scientists using
existing tools
4. Provide advanced technical expertise and systems integration in
supporting existing informatics tools and in developing and deploying new
tools, and managing systems lifecycles
5. Must be able to leverage understanding of next generation sequencing,
microarray, and other genetics/genomics technologies to contribute to the
delivery of platforms to support data management in understanding disease
Position requires that candidate have and keep up to date both scientific
and technical knowledge and skills. Will need to manage projects, vendors,
work with colleagues in the Global Informatics and pRED Informatics groups,
and work with colleagues in Roche pRED centers around the world.
罗氏上海机会（j****[email protected]）
h*r
57 楼
mark
y*e
58 楼
是啊
现在希望特别强化NGS的技术训练
目前掌握的不够精深
谢谢大侠们多多推荐！！
btw 给你发信啦 ：）
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
现在希望特别强化NGS的技术训练
目前掌握的不够精深
谢谢大侠们多多推荐！！
btw 给你发信啦 ：）
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
y*e
59 楼
多谢啦！
看到这个真是鼓舞人心！
这两个月真是愁啊愁~~~
请哦。下两年肯定opening狂多.
opening。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 其实好几个学校这两年都建了。比如dartmouth,indiana,等等。有兴趣的同学可以申请哦。下两年肯定opening狂多.
: 俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
看到这个真是鼓舞人心！
这两个月真是愁啊愁~~~
请哦。下两年肯定opening狂多.
opening。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 其实好几个学校这两年都建了。比如dartmouth,indiana,等等。有兴趣的同学可以申请哦。下两年肯定opening狂多.
: 俺对西岸和大城市不感兴趣。不过听说upenn也要建类似的center,他们去年有很多opening。
y*e
60 楼
恩
听说entry level就拿7，8w
羡慕嫉妒恨 =P
不过更喜欢bioinfo泥
【在 t******r 的大作中提到】
: bioinformaticsa never compare to biostatician,
: pay lower and work harder
听说entry level就拿7，8w
羡慕嫉妒恨 =P
不过更喜欢bioinfo泥
【在 t******r 的大作中提到】
: bioinformaticsa never compare to biostatician,
: pay lower and work harder
N*a
61 楼
Where are you?
I am looking for this type of positions.
Thanks.
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
I am looking for this type of positions.
Thanks.
【在 M*****n 的大作中提到】
: 到俺们这儿来呀。
: 俺们这儿刚刚建了一个bioinformatics的department, 狂招人呢。
: 这一年来，job talks 非常多。
: 不过早点占位子才是关键哦。
S*l
62 楼
俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
【在 N**a 的大作中提到】
: Where are you?
: I am looking for this type of positions.
: Thanks.
indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
【在 N**a 的大作中提到】
: Where are you?
: I am looking for this type of positions.
: Thanks.
e*t
63 楼
ri, all niu xiao! hard to get in without excellent publications.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
d*r
64 楼
good. 你那里消息最灵通了．
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
d*r
65 楼
for Niu Xiao, I think another equally important factor, if not even more
important, is the Genealogy, or connections.
【在 e*****t 的大作中提到】
: ri, all niu xiao! hard to get in without excellent publications.
important, is the Genealogy, or connections.
【在 e*****t 的大作中提到】
: ri, all niu xiao! hard to get in without excellent publications.
w*7
66 楼
这个纯生物的PhD 可以申请么？我们这些postdoc 是不是就没戏了？
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
S*l
67 楼
据我所知，现在的trend是必须有postdoc，哪怕两三年也好。我知道一个人裸申被很多
学校question。
生物phD当然可以。
【在 w***7 的大作中提到】
: 这个纯生物的PhD 可以申请么？我们这些postdoc 是不是就没戏了？
学校question。
生物phD当然可以。
【在 w***7 的大作中提到】
: 这个纯生物的PhD 可以申请么？我们这些postdoc 是不是就没戏了？
y*e
68 楼
UM要招人？？
目前还没有动静呐
赶紧记下
多谢！！！！！！！！！！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
目前还没有动静呐
赶紧记下
多谢！！！！！！！！！！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
s*u
69 楼
借人气问一下大虾们cancer epigenomics 这个方向怎么样？
w*y
70 楼
interesting ...
UM, upenn and yale already had strong bioinfo programs
Isn't it too crowded if 要狂招人?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
UM, upenn and yale already had strong bioinfo programs
Isn't it too crowded if 要狂招人?
【在 S**********l 的大作中提到】
: 俺来列一下今年要狂招人的bioinformatics方向的学校吧：dartmouth, michigan,
: indiana, upenn, virginia,yale，这几个都是有新的center
: 您要是足够牛的话可以申请mit, princeton,harvard,年年找人哦。
i*f
71 楼
希望楼主一切顺利
h*0
72 楼
NGS数据分析,我觉得应该多做一些
等以后更好的技术出来,好多数据要分析了.
说不定真能解决一下实际问题.
等以后更好的技术出来,好多数据要分析了.
说不定真能解决一下实际问题.
f*6
73 楼
it is just my personal opinion about gene sequencing coz it is one part of
my project. I don't think big pharms would be interested at least at this
moment. biotech will be bought by big pharms eventually, they can't develope
any drug.
are
【在 e*****t 的大作中提到】
: search on job seeking websites, you will see.
: large part of industry job come from biotech company not pharm.
: by the way, why pharmacy need to 打交道 with baylor genome center? those are
: so different fields. i didn't see...
:
: 。公司
my project. I don't think big pharms would be interested at least at this
moment. biotech will be bought by big pharms eventually, they can't develope
any drug.
are
【在 e*****t 的大作中提到】
: search on job seeking websites, you will see.
: large part of industry job come from biotech company not pharm.
: by the way, why pharmacy need to 打交道 with baylor genome center? those are
: so different fields. i didn't see...
:
: 。公司
e*t
74 楼
pharms have to be interested in how genetic variation affect drug's effcacy.
In the not far fure, FDA would require pharm companies provide clinical
trial data on subjects on different genetic background.maybe they've already
asked for it right now. That's trend. For big pharms, they have to move
ahead. otherwise, they will be eliminated.
develope
【在 f****6 的大作中提到】
: it is just my personal opinion about gene sequencing coz it is one part of
: my project. I don't think big pharms would be interested at least at this
: moment. biotech will be bought by big pharms eventually, they can't develope
: any drug.
:
: are
In the not far fure, FDA would require pharm companies provide clinical
trial data on subjects on different genetic background.maybe they've already
asked for it right now. That's trend. For big pharms, they have to move
ahead. otherwise, they will be eliminated.
develope
【在 f****6 的大作中提到】
: it is just my personal opinion about gene sequencing coz it is one part of
: my project. I don't think big pharms would be interested at least at this
: moment. biotech will be bought by big pharms eventually, they can't develope
: any drug.
:
: are
S*l
75 楼
我一直不太理解NGS有什么用处。那位高人点拨一下？
【在 h***0 的大作中提到】
: NGS数据分析,我觉得应该多做一些
: 等以后更好的技术出来,好多数据要分析了.
: 说不定真能解决一下实际问题.
【在 h***0 的大作中提到】
: NGS数据分析,我觉得应该多做一些
: 等以后更好的技术出来,好多数据要分析了.
: 说不定真能解决一下实际问题.
e*t
76 楼
gao ren bu gan
sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
You could have genetic structure variation, like CNV.
sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
modification.
bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
with gene expression.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我一直不太理解NGS有什么用处。那位高人点拨一下？
sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
You could have genetic structure variation, like CNV.
sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
modification.
bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
with gene expression.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我一直不太理解NGS有什么用处。那位高人点拨一下？
S*l
77 楼
这几种分析用的软件都一样么？map的步骤。我们一般都用maq,但是我感觉不够
professional
).
used
【在 e*****t 的大作中提到】
: gao ren bu gan
: sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
: You could have genetic structure variation, like CNV.
: sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
: for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
: Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
: modification.
: bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
: with gene expression.
professional
).
used
【在 e*****t 的大作中提到】
: gao ren bu gan
: sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
: You could have genetic structure variation, like CNV.
: sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
: for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
: Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
: modification.
: bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
: with gene expression.
O*e
78 楼
你是想说NGS的用处其实没有宣传的那么大？！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我一直不太理解NGS有什么用处。那位高人点拨一下？
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我一直不太理解NGS有什么用处。那位高人点拨一下？
e*t
79 楼
oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
reliable. but it's slow...
now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
you want to align on splicing junction...
【在 S**********l 的大作中提到】
: 这几种分析用的软件都一样么？map的步骤。我们一般都用maq,但是我感觉不够
: professional
:
: ).
: used
reliable. but it's slow...
now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
you want to align on splicing junction...
【在 S**********l 的大作中提到】
: 这几种分析用的软件都一样么？map的步骤。我们一般都用maq,但是我感觉不够
: professional
:
: ).
: used
S*l
80 楼
嗯。。。也不是这个意思。。。就是我觉得NGS好像应该和PCR类比。算是一种技术。但
是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
【在 O******e 的大作中提到】
: 你是想说NGS的用处其实没有宣传的那么大？！
是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
【在 O******e 的大作中提到】
: 你是想说NGS的用处其实没有宣传的那么大？！
S*l
81 楼
看来您真是NGS的高人了。能不能写一篇总结让我们这种菜鸟看看？
special
【在 e*****t 的大作中提到】
: oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
: reliable. but it's slow...
: now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
: algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
: you want to align on splicing junction...
special
【在 e*****t 的大作中提到】
: oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
: reliable. but it's slow...
: now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
: algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
: you want to align on splicing junction...
p*m
82 楼
这个 对于我这样的土人来说 ngs的意义就是一些本来做不起的实验现在做的起了。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 嗯。。。也不是这个意思。。。就是我觉得NGS好像应该和PCR类比。算是一种技术。但
: 是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 嗯。。。也不是这个意思。。。就是我觉得NGS好像应该和PCR类比。算是一种技术。但
: 是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
m*i
83 楼
you are right, maq is too slow
bowtie 不能做 gap alignment. no good.
GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
special
【在 e*****t 的大作中提到】
: oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
: reliable. but it's slow...
: now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
: algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
: you want to align on splicing junction...
bowtie 不能做 gap alignment. no good.
GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
special
【在 e*****t 的大作中提到】
: oh hell,there are so many software available. i used to use maq,it's quite
: reliable. but it's slow...
: now many ppl use bowtie, it's fast and memory economic because it's special
: algorithm. you can even run it on pc. for RNA-seq, some ppl use tophat if
: you want to align on splicing junction...
S*l
84 楼
哦。。。真是醍醐灌顶，一语惊醒梦中人！
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 对于我这样的土人来说 ngs的意义就是一些本来做不起的实验现在做的起了。。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 对于我这样的土人来说 ngs的意义就是一些本来做不起的实验现在做的起了。。
e*t
85 楼
bu gang bu gang. many ppl playing in this board are really gao shou. i am
still 菜鸟. wikipedia has a nice introduction:
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_softwar
one thing i am happy with is that some softwares developed in this field by
Chinese. They are really good. this is fast going field, which means great
opportunity for minority, like us.In my school, half of bioinfo faculty are
Chinese.Same to students. Even more for posdoc.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 看来您真是NGS的高人了。能不能写一篇总结让我们这种菜鸟看看？
:
: special
still 菜鸟. wikipedia has a nice introduction:
http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_sequence_alignment_softwar
one thing i am happy with is that some softwares developed in this field by
Chinese. They are really good. this is fast going field, which means great
opportunity for minority, like us.In my school, half of bioinfo faculty are
Chinese.Same to students. Even more for posdoc.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 看来您真是NGS的高人了。能不能写一篇总结让我们这种菜鸟看看？
:
: special
h*0
86 楼
看来NGS在某些领域的宣传还不够啊....
我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
等单分子测序技术成熟的时候
我觉得在癌症研究上会有很大的突破
对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
等单分子测序技术成熟的时候
我觉得在癌症研究上会有很大的突破
对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
p*m
87 楼
本质上 就是seq变便宜了方便了呗 呵呵 包括metagenomics
【在 h***0 的大作中提到】
: 看来NGS在某些领域的宣传还不够啊....
: 我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
: 等单分子测序技术成熟的时候
: 我觉得在癌症研究上会有很大的突破
: 对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
【在 h***0 的大作中提到】
: 看来NGS在某些领域的宣传还不够啊....
: 我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
: 等单分子测序技术成熟的时候
: 我觉得在癌症研究上会有很大的突破
: 对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
h*0
88 楼
会越来越便宜的,以后咱一人测一个gut meta
【在 p*****m 的大作中提到】
: 本质上 就是seq变便宜了方便了呗 呵呵 包括metagenomics
p*m
89 楼
这能养活多少bioinformatician啊 啊卡卡
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 会越来越便宜的,以后咱一人测一个gut meta
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 会越来越便宜的,以后咱一人测一个gut meta
S*l
90 楼
您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
？多谢指点！
【在 h***0 的大作中提到】
: 看来NGS在某些领域的宣传还不够啊....
: 我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
: 等单分子测序技术成熟的时候
: 我觉得在癌症研究上会有很大的突破
: 对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
？多谢指点！
【在 h***0 的大作中提到】
: 看来NGS在某些领域的宣传还不够啊....
: 我个人十分看好NGS,可能因为我做的就是这个
: 等单分子测序技术成熟的时候
: 我觉得在癌症研究上会有很大的突破
: 对上面的补充一下,还有METAGENOMICS
h*0
91 楼
我就靠这个活了
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这能养活多少bioinformatician啊 啊卡卡
S*l
92 楼
我也想靠这个活。现在开始太晚么？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 我就靠这个活了
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 我就靠这个活了
w*y
93 楼
The low-level analytical methods have not been fully developed.
Heng Li can defintely claim that he studies NGS.
Many others are just bioinfo technicians in this field.
But the demands are there.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
: ？多谢指点！
Heng Li can defintely claim that he studies NGS.
Many others are just bioinfo technicians in this field.
But the demands are there.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
: ？多谢指点！
O*e
94 楼
对，数据分析是最重要的。它对基因组学是一个巨大的推动。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 嗯。。。也不是这个意思。。。就是我觉得NGS好像应该和PCR类比。算是一种技术。但
: 是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 嗯。。。也不是这个意思。。。就是我觉得NGS好像应该和PCR类比。算是一种技术。但
: 是还得靠下面分析。然后我就不太清楚下面分析的都忙出啥有意义的结果了。
h*0
95 楼
NGS = next generation sequencer 就是我们说的新一代测序技术,或者说这个技术得
到的数据,反正你懂的
比如BGI家的137台(好像)Illumina HiSeq 2000高通量测序仪
用这种测序仪或技术,可以得到DNA-seq、small RNA-seq、transcriptomic、ChIP-seq
、meta-genomics的数据,
我说 我做NGS,就是说我的研究对象是NGS产生的数据,这些高通量的数据(比如说用重测
序做GWAS)自己就能做一个大项目来研究(你PCR就不行了)
因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的
我表达能力不好,不知道说明白了没
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
: ？多谢指点！
O*e
96 楼
有时候我对你的问题真是无语。。。。。
一个时髦技术的发展初期，可以做的东西很多，做出来的东西也很重要。等成了常规
技术了，自然就跟PCR一样了。可PCR再简单，它还是一项关键技术吧？！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
: ？多谢指点！
一个时髦技术的发展初期，可以做的东西很多，做出来的东西也很重要。等成了常规
技术了，自然就跟PCR一样了。可PCR再简单，它还是一项关键技术吧？！
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您能解释一下什么叫做做NGS的么？它不就是一种技术么？难道可以说，我就是做pcr的
: ？多谢指点！
S*l
97 楼
“因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
seq
【在 h***0 的大作中提到】
:
: NGS = next generation sequencer 就是我们说的新一代测序技术,或者说这个技术得
: 到的数据,反正你懂的
: 比如BGI家的137台(好像)Illumina HiSeq 2000高通量测序仪
: 用这种测序仪或技术,可以得到DNA-seq、small RNA-seq、transcriptomic、ChIP-seq
: 、meta-genomics的数据,
: 我说 我做NGS,就是说我的研究对象是NGS产生的数据,这些高通量的数据(比如说用重测
: 序做GWAS)自己就能做一个大项目来研究(你PCR就不行了)
: 因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的
,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
seq
【在 h***0 的大作中提到】
:
: NGS = next generation sequencer 就是我们说的新一代测序技术,或者说这个技术得
: 到的数据,反正你懂的
: 比如BGI家的137台(好像)Illumina HiSeq 2000高通量测序仪
: 用这种测序仪或技术,可以得到DNA-seq、small RNA-seq、transcriptomic、ChIP-seq
: 、meta-genomics的数据,
: 我说 我做NGS,就是说我的研究对象是NGS产生的数据,这些高通量的数据(比如说用重测
: 序做GWAS)自己就能做一个大项目来研究(你PCR就不行了)
: 因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的
h*0
98 楼
恩,你多说点的背景吧
是博士马上毕业吗?
晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
去BGI培训一下 :)
【在 S**********l 的大作中提到】
: 我也想靠这个活。现在开始太晚么？
p*m
99 楼
这个 你要靠和我合作哈 卡卡卡
资源
【在 S**********l 的大作中提到】
: “因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
: 下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
:
: seq
资源
【在 S**********l 的大作中提到】
: “因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
: 下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
:
: seq
p*m
100 楼
她已经AP了。。
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 恩,你多说点的背景吧
: 是博士马上毕业吗?
: 晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
: 去BGI培训一下 :)
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 恩,你多说点的背景吧
: 是博士马上毕业吗?
: 晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
: 去BGI培训一下 :)
S*l
101 楼
我已经千老了。。。编程序还是会一点儿的。
没钱去培训啊。以后有问题就问班上几个大牛了。
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 恩,你多说点的背景吧
: 是博士马上毕业吗?
: 晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
: 去BGI培训一下 :)
没钱去培训啊。以后有问题就问班上几个大牛了。
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 恩,你多说点的背景吧
: 是博士马上毕业吗?
: 晚肯定不晚,不过看你的目标是什么了
: 去BGI培训一下 :)
S*l
102 楼
p fellow你不要在这儿妖言惑众
【在 p*****m 的大作中提到】
: 她已经AP了。。
【在 p*****m 的大作中提到】
: 她已经AP了。。
S*l
103 楼
我就是怕耽误了您老人家的project,所以才在这儿请教哦
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 你要靠和我合作哈 卡卡卡
:
: 资源
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 你要靠和我合作哈 卡卡卡
:
: 资源
S*l
104 楼
你有啥好无语的。我只是对正在做的东西以一种批判的眼光看而已。。。别忘了当年全
世界都研究太阳怎么绕着地球转
【在 O******e 的大作中提到】
: 有时候我对你的问题真是无语。。。。。
: 一个时髦技术的发展初期，可以做的东西很多，做出来的东西也很重要。等成了常规
: 技术了，自然就跟PCR一样了。可PCR再简单，它还是一项关键技术吧？！
世界都研究太阳怎么绕着地球转
【在 O******e 的大作中提到】
: 有时候我对你的问题真是无语。。。。。
: 一个时髦技术的发展初期，可以做的东西很多，做出来的东西也很重要。等成了常规
: 技术了，自然就跟PCR一样了。可PCR再简单，它还是一项关键技术吧？！
O*e
105 楼
术业有专攻么，这样大家才能互通有无共同发展。。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 你有啥好无语的。我只是对正在做的东西以一种批判的眼光看而已。。。别忘了当年全
: 世界都研究太阳怎么绕着地球转
【在 S**********l 的大作中提到】
: 你有啥好无语的。我只是对正在做的东西以一种批判的眼光看而已。。。别忘了当年全
: 世界都研究太阳怎么绕着地球转
y*e
106 楼
跑个程序回来变高楼了……
y*e
107 楼
谢谢！
：）
【在 i****f 的大作中提到】
: 希望楼主一切顺利
：）
【在 i****f 的大作中提到】
: 希望楼主一切顺利
h*0
108 楼
资源
这就是怎么来解释其中的生物学意义了
比如说吧我们一定要从海量的数据中,筛来筛去,运用各种数学方法,统计方法
找到几个我们感兴趣的candidates
举个例子,我不会干说
比如说我知道野生番茄,和栽培番茄的基因组数据,或者转录组数据
首先数据处理,比如说基因组拼接,注释都要用已有的工具, SNPs, SVs的检测又要用工具
表达差异分析又有N多工具
因为这两个物种太近,所以大部分相似,少量不同,我们对不同感兴趣
我们首先要找到显著不同的(用已有的工具,自己再写点perl scripts)
找到了显著的不同,我们要看看这个不同是不是栽培过程的人工选择等等
然后预测其功能(如果功能不已知)
最后发现了比如说一个基因,它的表达在野生跟栽培明显不同,而且它的功能可能与扛病
有关(比如它在拟南芥的同源基因是一个抗真菌的)
就用实验验证一下什么的
举的例子不贴切,但是大概就是这个意思,这个是技术分析的路线
你也可以做工具开发什么的,基因组注释什么的就一般跑个PIPELINE什么的,比较容易上
手了.
我觉得我都给我自己说凌乱了.......
【在 S**********l 的大作中提到】
: “因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
: 下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
:
: seq
y*e
109 楼
强烈的re这个！！！！
等总结~
【在 S**********l 的大作中提到】
: 看来您真是NGS的高人了。能不能写一篇总结让我们这种菜鸟看看？
:
: special
等总结~
【在 S**********l 的大作中提到】
: 看来您真是NGS的高人了。能不能写一篇总结让我们这种菜鸟看看？
:
: special
h*0
110 楼
靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
【在 p*****m 的大作中提到】
: 她已经AP了。。
y*e
111 楼
9494
技术总归是技术，最后的结果还要大牛来解释的
写出一个好的story
不过大牛总是少数
我等热爱技术的普通人就帮大牛分许数据好了 =P
工具
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
技术总归是技术，最后的结果还要大牛来解释的
写出一个好的story
不过大牛总是少数
我等热爱技术的普通人就帮大牛分许数据好了 =P
工具
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
s*f
112 楼
然后番茄就从此抗菌了
工具
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
工具
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
j*x
113 楼
BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
【在 m*****i 的大作中提到】
: you are right, maq is too slow
: bowtie 不能做 gap alignment. no good.
: GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
:
: special
【在 m*****i 的大作中提到】
: you are right, maq is too slow
: bowtie 不能做 gap alignment. no good.
: GATK is one of the main stream tools now. BGI's soap tools are also good.
:
: special
n*t
114 楼
俺一直怀疑用NGS做GWAS能有啥用，GWAS本身的问题就是n太小，p太大，所以FN太多。
用了NGS后，n更小，p更大，是不是有点南辕北辙？
seq
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
用了NGS后，n更小，p更大，是不是有点南辕北辙？
seq
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 靠,AP扯个啥啊,直接外包好了.........
h*0
115 楼
我也不是很待见GWAS,就目前来说
【在 n********t 的大作中提到】
: 俺一直怀疑用NGS做GWAS能有啥用，GWAS本身的问题就是n太小，p太大，所以FN太多。
: 用了NGS后，n更小，p更大，是不是有点南辕北辙？
:
: seq
h*0
116 楼
你真会总结,表达能力不好的我还是闭嘴吧
【在 s*f 的大作中提到】
: 然后番茄就从此抗菌了
:
: 工具
n*t
117 楼
下游？关键就是编故事，比如作paired analysis（tumor vs germline），最好就是找
到一些recurrent的mutation，fit某些hypothesis，独立验证后PI就可以开吹了，到这
一步bioinformatics的主要工作结束。
资源
【在 S**********l 的大作中提到】
: “因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
: 下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
:
: seq
到一些recurrent的mutation，fit某些hypothesis，独立验证后PI就可以开吹了，到这
一步bioinformatics的主要工作结束。
资源
【在 S**********l 的大作中提到】
: “因为我们不但要分析这些高通量数据,我们还有整合大量的已知的功能数据,生物学资源
: ,预测的功能数据,系统生物学等BLABLA的”
: 下游这写你们怎么弄？btw，你的表达能力很强
:
: seq
e*t
118 楼
GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
so far...
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 你真会总结,表达能力不好的我还是闭嘴吧
most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
so far...
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 你真会总结,表达能力不好的我还是闭嘴吧
h*0
119 楼
我看一个文章说,在众多molecula network中
transcriptional regulation还有phosphorylation是rewiring最快的两个
比蛋白序列的上的变化快
所以我觉得从dna,蛋白序列上找到真正起到作用的差异的几率很小,噪音太多了
同意你说的,RNA-seq, ChIP-seq, 还有proteomics的数据更可信,也更能反应真实情况
【在 e*****t 的大作中提到】
: GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
: most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
: so far...
n*t
120 楼
弱弱的说，俺们就是用这个mapping
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
n*7
121 楼
一直不清楚为什么bowtie比BWA流行很多
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
s*f
122 楼
phosphorylation 可以被高通量测量了吗？
这个的动态性高吗
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 我看一个文章说,在众多molecula network中
: transcriptional regulation还有phosphorylation是rewiring最快的两个
: 比蛋白序列的上的变化快
: 所以我觉得从dna,蛋白序列上找到真正起到作用的差异的几率很小,噪音太多了
: 同意你说的,RNA-seq, ChIP-seq, 还有proteomics的数据更可信,也更能反应真实情况
这个的动态性高吗
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 我看一个文章说,在众多molecula network中
: transcriptional regulation还有phosphorylation是rewiring最快的两个
: 比蛋白序列的上的变化快
: 所以我觉得从dna,蛋白序列上找到真正起到作用的差异的几率很小,噪音太多了
: 同意你说的,RNA-seq, ChIP-seq, 还有proteomics的数据更可信,也更能反应真实情况
h*0
123 楼
已经自称highthroughput了,我说在啤酒酵母中
动态非常不高,好多non-functional,需要各种预处理
人类的数据据说才cover到1/3不到........
【在 s*f 的大作中提到】
: phosphorylation 可以被高通量测量了吗？
: 这个的动态性高吗
j*x
124 楼
我也不能肯定，类比的看，为什么blast这么多年始终是最流行的比对算法，事实上几
乎任何一个local alignment的算法都比blast强，但是谁让blast最早被人接受呢？当
然，后台是NCBI应该是更重要的原因
【在 n******7 的大作中提到】
: 一直不清楚为什么bowtie比BWA流行很多
乎任何一个local alignment的算法都比blast强，但是谁让blast最早被人接受呢？当
然，后台是NCBI应该是更重要的原因
【在 n******7 的大作中提到】
: 一直不清楚为什么bowtie比BWA流行很多
s*f
125 楼
fp/fn 高吗？
然后一个东西被phrosy了它就肿么了呢？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 已经自称highthroughput了,我说在啤酒酵母中
: 动态非常不高,好多non-functional,需要各种预处理
: 人类的数据据说才cover到1/3不到........
然后一个东西被phrosy了它就肿么了呢？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 已经自称highthroughput了,我说在啤酒酵母中
: 动态非常不高,好多non-functional,需要各种预处理
: 人类的数据据说才cover到1/3不到........
S*l
126 楼
您懂得真多！做了几年就知道这么多了？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 已经自称highthroughput了,我说在啤酒酵母中
: 动态非常不高,好多non-functional,需要各种预处理
: 人类的数据据说才cover到1/3不到........
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 已经自称highthroughput了,我说在啤酒酵母中
: 动态非常不高,好多non-functional,需要各种预处理
: 人类的数据据说才cover到1/3不到........
h*0
127 楼
我个人理解FP,FN都很高,比值我不知道....我感觉应该不高
它就NB了,各种功能,各种调节有木有啊
【在 s*f 的大作中提到】
: fp/fn 高吗？
: 然后一个东西被phrosy了它就肿么了呢？
h*0
128 楼
您别跟我您了,我博士还没毕业呢
我正好做这两个方向,comparative genomics,还有 yeast phosphoproteome
问别的我也不会了
【在 S**********l 的大作中提到】
: 您懂得真多！做了几年就知道这么多了？
s*f
129 楼
怎么确定这个功能真正是被打开了呢？ phosxx只是个必要条件吧
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 您别跟我您了,我博士还没毕业呢
: 我正好做这两个方向,comparative genomics,还有 yeast phosphoproteome
: 问别的我也不会了
w*y
130 楼
BWA is the one used in major genome centers
【在 n******7 的大作中提到】
: 一直不清楚为什么bowtie比BWA流行很多
【在 n******7 的大作中提到】
: 一直不清楚为什么bowtie比BWA流行很多
n*t
131 楼
这个只是测状态，不是功能，比如methylation也不是直接测功能
【在 s*f 的大作中提到】
:
: 怎么确定这个功能真正是被打开了呢？ phosxx只是个必要条件吧
【在 s*f 的大作中提到】
:
: 怎么确定这个功能真正是被打开了呢？ phosxx只是个必要条件吧
j*x
132 楼
在酵母里据说已经接近半定量了，是真的吗？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 您别跟我您了,我博士还没毕业呢
: 我正好做这两个方向,comparative genomics,还有 yeast phosphoproteome
: 问别的我也不会了
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 您别跟我您了,我博士还没毕业呢
: 我正好做这两个方向,comparative genomics,还有 yeast phosphoproteome
: 问别的我也不会了
h*0
133 楼
只用高通量数据当然不能确定了.......
http://www.phosphogrid.org/about.php
这个网站好,你感兴趣去看看,它整合了真正有功能的
【在 s*f 的大作中提到】
:
: 怎么确定这个功能真正是被打开了呢？ phosxx只是个必要条件吧
s*f
134 楼
总觉得序列上的东西可重复性高一些
RNA动态性这么大的，都不知道测的是它的动态还是稳态还是噪声
【在 e*****t 的大作中提到】
: GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
: most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
: so far...
RNA动态性这么大的，都不知道测的是它的动态还是稳态还是噪声
【在 e*****t 的大作中提到】
: GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
: most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
: so far...
s*f
135 楼
谢谢您！
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 只用高通量数据当然不能确定了.......
: http://www.phosphogrid.org/about.php
: 这个网站好,你感兴趣去看看,它整合了真正有功能的
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 只用高通量数据当然不能确定了.......
: http://www.phosphogrid.org/about.php
: 这个网站好,你感兴趣去看看,它整合了真正有功能的
m*i
136 楼
bwa is part of GATK
bwa is also written by Heng Li
a comparable tool is SOAP, by Ruiqiang Li
good.
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
bwa is also written by Heng Li
a comparable tool is SOAP, by Ruiqiang Li
good.
【在 j****x 的大作中提到】
: BWA也是一个很不错/更好的选择，相比Bowtie，可能还更快一点。
h*0
137 楼
是这样说
我们就做了饱受非议的定量分析
【在 j****x 的大作中提到】
: 在酵母里据说已经接近半定量了，是真的吗？
w*y
138 楼
they are independent tools
【在 m*****i 的大作中提到】
: bwa is part of GATK
: bwa is also written by Heng Li
: a comparable tool is SOAP, by Ruiqiang Li
:
: good.
【在 m*****i 的大作中提到】
: bwa is part of GATK
: bwa is also written by Heng Li
: a comparable tool is SOAP, by Ruiqiang Li
:
: good.
m*i
139 楼
GATK is a pipeline, BWA is part of it.
【在 w******y 的大作中提到】
: they are independent tools
【在 w******y 的大作中提到】
: they are independent tools
s*f
140 楼
再问问。。。
如果你们能在每个特定条件或者细胞种类情况下去测高通量的phosxx，是不是就基本上
揭示了当前情况下有可能的信号通路呢？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 是这样说
: 我们就做了饱受非议的定量分析
如果你们能在每个特定条件或者细胞种类情况下去测高通量的phosxx，是不是就基本上
揭示了当前情况下有可能的信号通路呢？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 是这样说
: 我们就做了饱受非议的定量分析
w*y
141 楼
GATK is a variant caller. It takes bam file as the input.
You can use whatever aligners to generate the bam file.
As I said above, BWA is the one used in major genome centers for the
illumina platform. For the solid platform, BWA is not the ideal one.
【在 m*****i 的大作中提到】
: GATK is a pipeline, BWA is part of it.
You can use whatever aligners to generate the bam file.
As I said above, BWA is the one used in major genome centers for the
illumina platform. For the solid platform, BWA is not the ideal one.
【在 m*****i 的大作中提到】
: GATK is a pipeline, BWA is part of it.
h*0
142 楼
现在MS设备的问题就是它灵敏度太高...
所以off-target的数据它也能检测到
如果能改进技术,应该能解释一些的
【在 s*f 的大作中提到】
: 再问问。。。
: 如果你们能在每个特定条件或者细胞种类情况下去测高通量的phosxx，是不是就基本上
: 揭示了当前情况下有可能的信号通路呢？
h*0
143 楼
关于SOAP跟li ruiqiang的故事是这样的
据说他们开发组的人废了N牛N虎之力也搞不定这个软件
li ruiqiang抬手把他们都打发回家了
然后第二天他们来到办公室的时候,这个程序已经写好了
li ruiqiang在桌子上睡的正香..........
【在 m*****i 的大作中提到】
: bwa is part of GATK
: bwa is also written by Heng Li
: a comparable tool is SOAP, by Ruiqiang Li
:
: good.
g*g
144 楼
建议你们看看最近的一篇文章.有各alignment软件在cancer and normal tissue 中的
比较.
http://www.nature.com/srep/2011/110805/srep00055/pdf/srep00055.
比较.
http://www.nature.com/srep/2011/110805/srep00055/pdf/srep00055.
h*8
145 楼
当年我硕士忙了3年，做的一点小东西，
现在半年就可以一网打尽了，
说起来悲催啊
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 对于我这样的土人来说 ngs的意义就是一些本来做不起的实验现在做的起了。。
现在半年就可以一网打尽了，
说起来悲催啊
【在 p*****m 的大作中提到】
: 这个 对于我这样的土人来说 ngs的意义就是一些本来做不起的实验现在做的起了。。
h*8
146 楼
高人发言
赶紧 mark
).
used
【在 e*****t 的大作中提到】
: gao ren bu gan
: sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
: You could have genetic structure variation, like CNV.
: sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
: for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
: Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
: modification.
: bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
: with gene expression.
赶紧 mark
).
used
【在 e*****t 的大作中提到】
: gao ren bu gan
: sequencing the whole genome, you could get SNP (for GWAS, linkage analysis).
: You could have genetic structure variation, like CNV.
: sequencing the mRNA, you will have gene expression data, which could be used
: for transcriptome analysis, or eQTL mapping.
: Chip-seq gives you DNA-binding proteins analysis, like TF, histone
: modification.
: bisulfite sequencing give you DNA methylation, which has high correlation
: with gene expression.
D*r
147 楼
昨天还听人说呢
过去花10年，3 billion dollars做的东西
很快就只需要两个小时，几十块钱
【在 h**********8 的大作中提到】
: 当年我硕士忙了3年，做的一点小东西，
: 现在半年就可以一网打尽了，
: 说起来悲催啊
过去花10年，3 billion dollars做的东西
很快就只需要两个小时，几十块钱
【在 h**********8 的大作中提到】
: 当年我硕士忙了3年，做的一点小东西，
: 现在半年就可以一网打尽了，
: 说起来悲催啊
L*a
148 楼
soapI的框架是07年夏天BGI从北京搬去深圳的最初期，Ruiqiang自己写的。后来又逐渐
有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 关于SOAP跟li ruiqiang的故事是这样的
: 据说他们开发组的人废了N牛N虎之力也搞不定这个软件
: li ruiqiang抬手把他们都打发回家了
: 然后第二天他们来到办公室的时候,这个程序已经写好了
: li ruiqiang在桌子上睡的正香..........
有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 关于SOAP跟li ruiqiang的故事是这样的
: 据说他们开发组的人废了N牛N虎之力也搞不定这个软件
: li ruiqiang抬手把他们都打发回家了
: 然后第二天他们来到办公室的时候,这个程序已经写好了
: li ruiqiang在桌子上睡的正香..........
t*m
149 楼
en. ruiqiang是个牛人。
等。
【在 L*******a 的大作中提到】
: soapI的框架是07年夏天BGI从北京搬去深圳的最初期，Ruiqiang自己写的。后来又逐渐
: 有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
: 再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。
等。
【在 L*******a 的大作中提到】
: soapI的框架是07年夏天BGI从北京搬去深圳的最初期，Ruiqiang自己写的。后来又逐渐
: 有其他人加入，最后找了香港的一个team优化了算法，进一步包装，然后发表。
: 再之后就一直有专门的人负责维护，以及开发之后一系列的soapSNP，soap de novo等。
n*7
150 楼
可能基于bowtie发展了tophat,cufflinks的缘故？
【在 j****x 的大作中提到】
: 我也不能肯定，类比的看，为什么blast这么多年始终是最流行的比对算法，事实上几
: 乎任何一个local alignment的算法都比blast强，但是谁让blast最早被人接受呢？当
: 然，后台是NCBI应该是更重要的原因
【在 j****x 的大作中提到】
: 我也不能肯定，类比的看，为什么blast这么多年始终是最流行的比对算法，事实上几
: 乎任何一个local alignment的算法都比blast强，但是谁让blast最早被人接受呢？当
: 然，后台是NCBI应该是更重要的原因
j*u
151 楼
Ph.D毕业，同一个学校，两个职位，一个是postdoc fellow， 另一个是staff informatician/
programmer，哪一个好？谢谢.
programmer，哪一个好？谢谢.
s*s
152 楼
你以后要走tenure的，postdoc
以后不care，现在钱多的，staff
informatician/
【在 j*****u 的大作中提到】
: Ph.D毕业，同一个学校，两个职位，一个是postdoc fellow， 另一个是staff informatician/
: programmer，哪一个好？谢谢.
以后不care，现在钱多的，staff
informatician/
【在 j*****u 的大作中提到】
: Ph.D毕业，同一个学校，两个职位，一个是postdoc fellow， 另一个是staff informatician/
: programmer，哪一个好？谢谢.
j*u
153 楼
请问staff informatician/programmer能升上去吗？ 或者以后能进工业界吗？谢谢
【在 s******s 的大作中提到】
: 你以后要走tenure的，postdoc
: 以后不care，现在钱多的，staff
:
: informatician/
【在 s******s 的大作中提到】
: 你以后要走tenure的，postdoc
: 以后不care，现在钱多的，staff
:
: informatician/
j*u
154 楼
re
j*u
155 楼
re
l*m
156 楼
If you want more flexibility and money, choose the staff position. If you
want to become professor one day, choose postdoc for sure.
【在 j*****u 的大作中提到】
: 请问staff informatician/programmer能升上去吗？ 或者以后能进工业界吗？谢谢
want to become professor one day, choose postdoc for sure.
【在 j*****u 的大作中提到】
: 请问staff informatician/programmer能升上去吗？ 或者以后能进工业界吗？谢谢
j*u
157 楼
staff informatician position有发展空间吗？
【在 l******m 的大作中提到】
: If you want more flexibility and money, choose the staff position. If you
: want to become professor one day, choose postdoc for sure.
【在 l******m 的大作中提到】
: If you want more flexibility and money, choose the staff position. If you
: want to become professor one day, choose postdoc for sure.
t*d
158 楼
can not agree more.
【在 e*****t 的大作中提到】
: GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
: most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
: so far...
【在 e*****t 的大作中提到】
: GWAS is only one option if you don't have other choices. Actually, I doubt
: most conclusion based on DNA sequencing. RNA-seq probably makes more sense
: so far...
C*s
159 楼
查一下SILAC方面的文章你就知道了。
【在 s*f 的大作中提到】
: phosphorylation 可以被高通量测量了吗？
: 这个的动态性高吗
【在 s*f 的大作中提到】
: phosphorylation 可以被高通量测量了吗？
: 这个的动态性高吗
C*s
160 楼
难。一个信号分子可能有10个phosphorylation sites，能结合不同的adaptors....
【在 s*f 的大作中提到】
: 再问问。。。
: 如果你们能在每个特定条件或者细胞种类情况下去测高通量的phosxx，是不是就基本上
: 揭示了当前情况下有可能的信号通路呢？
【在 s*f 的大作中提到】
: 再问问。。。
: 如果你们能在每个特定条件或者细胞种类情况下去测高通量的phosxx，是不是就基本上
: 揭示了当前情况下有可能的信号通路呢？
b*1
161 楼
Check the person you will work with. This is a very interesting direction,
but make sure not to spending too much time on providing service.
but make sure not to spending too much time on providing service.
u*1
162 楼
我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
高了运算速度。
然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
试过。
【在 w******y 的大作中提到】
: BWA is the one used in major genome centers
然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
高了运算速度。
然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
试过。
【在 w******y 的大作中提到】
: BWA is the one used in major genome centers
j*p
163 楼
Bowtie has an option to report all alignments.
-a/--all report all alignments per read (much slower than low -k)
的）
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
: 然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
: 高了运算速度。
: 然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
: 但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
: 候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
: 出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
: duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
: 家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
: 试过。
-a/--all report all alignments per read (much slower than low -k)
的）
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
: 然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
: 高了运算速度。
: 然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
: 但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
: 候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
: 出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
: duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
: 家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
: 试过。
w*i
164 楼
的）
I think bwa and bowtie were developed about the same time. bowtie was not
the first sequence alignment software to implemented bw transformation. The
first one was by a cs group from hku(or hkust), and BWA is based on that
software.(also soap2) bowtie also uses bw transformation but not directly
based on hk guys' work.
IMO bowtie over-advertised in their paper, it uses some aggressive
optimizations to achieve better speed and less memory usage, but at the
price of mapping sensitivity.
【在 u*********1 的大作中提到】
: 我的印象中是最早有MAQ，但速度很慢（好像还是和BLAST一样属于hash table-based的）
: 然后Bowtie使用了一种很独特的algorithm（Burrow-Wheeler algorithm?)，大大的提
: 高了运算速度。
: 然后Heng Li就把Bowtie的这个algorithm移植到了MAQ上成为了BWA
: 但其实上面这所有的alignment tool，当query sequence可以map到不同locations的时
: 候，是randomly pick up one的；纵然BWA可以设置report不同的location，其实回复
: 出来的信息还是很少的。尤其因为genome有很多的repetitive sequence和segmental
: duplication，所以这些alignment tool报告的信息是不全面的。而貌似现在就只有一
: 家UW的写出mrFAST这个alignment可以report所有的locations，不晓得这里有没有人尝
: 试过。
相关阅读
请版上朋友帮下篇Nature Review Micrbiology的paperpaper help JBCPaper求助有无PhD 申请research associate的呀Axel T. Brunger如何?读本科，哪所学校好些？问一个lentivirus的问题PPD试验阳性，会影响在美国分子生物学实验室工作吗？用苯来清洗太毒了，什么可以代替？MGH的Joseph El Khoury有人了解吗？谢谢！求一篇文献，谢谢！！如何分离nano particle (转载)发包子，求paper，谢谢！PTX使用时为什么培养基中不能加ＦＢＳ？急求1篇paper! thanks !!!!!八卦几个 Berislav Zlokovic，Maiken Nedergaard，Costantino Iadecola听说生物版最近也出了个喜欢装B的中国教授, 我特意过来看看..paper help- Nature Genetics 多谢！版上有没有熟悉Jonathan Stamler的啊,急【请问】大家参加过microRNA有关的会议吗多谢