问一下Next generation sequence analysis主要做点什么内容？# Biology - 生物学
M*7
1 楼
比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
Thanks.
以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
Thanks.
d*y
2 楼
你找个太general了。好几种技术呢
y*e
3 楼
找片nature的review看看就知道啦。
http://www.nature.com/subject/nextgenseq
http://www.nature.com/subject/nextgenseq
e*s
4 楼
I have the same questions for bioinformatics people.
存储用什么系统，是否开源，等等。
【在 M***7 的大作中提到】
: 比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
: 以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
: Thanks.
存储用什么系统，是否开源，等等。
【在 M***7 的大作中提到】
: 比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
: 以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
: Thanks.
h*0
5 楼
存储用什么系统，是否开源，等等。
如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
data mining主要用JAVA
data mining 你指什么?结合功能数据?
现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
comparative -omics的研究
还有各种分析软件的开发
测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做
【在 M***7 的大作中提到】
: 比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
: 以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
: Thanks.
S*l
6 楼
data mining 用java???
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 存储用什么系统，是否开源，等等。
: 如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
: data mining主要用JAVA
: data mining 你指什么?结合功能数据?
: 现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
: comparative -omics的研究
: 还有各种分析软件的开发
: 测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
: 分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 存储用什么系统，是否开源，等等。
: 如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
: data mining主要用JAVA
: data mining 你指什么?结合功能数据?
: 现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
: comparative -omics的研究
: 还有各种分析软件的开发
: 测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
: 分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做
S*l
7 楼
现在存储是个什么情况？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 存储用什么系统，是否开源，等等。
: 如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
: data mining主要用JAVA
: data mining 你指什么?结合功能数据?
: 现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
: comparative -omics的研究
: 还有各种分析软件的开发
: 测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
: 分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 存储用什么系统，是否开源，等等。
: 如果说sequence analysis, 主要是用PERL,
: data mining主要用JAVA
: data mining 你指什么?结合功能数据?
: 现在NGS相关的都很多, de novo的基因组注释已经没那么火了,现在主要是各种
: comparative -omics的研究
: 还有各种分析软件的开发
: 测序成本降了以后,计算升级以后,好多以前测不起的现在都能测了
: 分析方法要跟上,工具/软件开发肯定有好多活可以做
e*t
8 楼
linux clusters with storage on level of TB.
【在 S**********l 的大作中提到】
: 现在存储是个什么情况？
【在 S**********l 的大作中提到】
: 现在存储是个什么情况？
S*l
9 楼
那就是distributed的storage了？我们学校用的还是那种一个head node，file system
的。看来真得改改了。
【在 e*****t 的大作中提到】
: linux clusters with storage on level of TB.
的。看来真得改改了。
【在 e*****t 的大作中提到】
: linux clusters with storage on level of TB.
d*e
10 楼
我的理解：
测序从机器里面出来的是一段段的nucleotide序列，后续工作一般从这里开始。
粗略的说，一般第一步是mapping，就是把读出来的片段根据reference genome一段段
拼接起来。由于数据量很大，比如现在一条lane至少有几百万个read，快速和有效的算
法是必不可少的。这对计算机的要求也比较高，主要指内存，硬盘读写的速度，和cpu
的快慢。有了这个aligned文件以后，就可以根据自己的问题研究不同的内容。比如找
SNP/SNV，copy number variation，insertion/deletion。由于整个过程处理的是大文
件，linux比windows要有效率的多，而且由于大部分数据处理只是data manipulation
，在这种情况下script language更加方便易用。
所以现阶段做NGS analysis主要有这几个要求：
1 linux的基本操作
2 会至少一种script language，比如perl/python
3 会submit job to cluster，因为绝大多数情况下程序是在服务器而不是单机上运行
上面的介绍可以基本回答你的问题。到目前为止，所有常用的软件都是free的，我认为
如果你一定要开源也没有问题。
我以前没有做过genomics所以不知道趋势的问题。但是现在所有这些analysis都是和测
序的技术紧密相关的，有极大的时效性。目前的测序技术决定了有很多问题是难以解决
的，比如由于两次PCR带来的误差，coverage depth非常不均衡，mapping中repetitive
region的处理，insertion/deletion call的准确性等。如果第三代测序有了
breakthrough，那么所有分析的手段将又有根本的变化。
存储用什么系统，是否开源，等等。
【在 M***7 的大作中提到】
: 比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
: 以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
: Thanks.
测序从机器里面出来的是一段段的nucleotide序列，后续工作一般从这里开始。
粗略的说，一般第一步是mapping，就是把读出来的片段根据reference genome一段段
拼接起来。由于数据量很大，比如现在一条lane至少有几百万个read，快速和有效的算
法是必不可少的。这对计算机的要求也比较高，主要指内存，硬盘读写的速度，和cpu
的快慢。有了这个aligned文件以后，就可以根据自己的问题研究不同的内容。比如找
SNP/SNV，copy number variation，insertion/deletion。由于整个过程处理的是大文
件，linux比windows要有效率的多，而且由于大部分数据处理只是data manipulation
，在这种情况下script language更加方便易用。
所以现阶段做NGS analysis主要有这几个要求：
1 linux的基本操作
2 会至少一种script language，比如perl/python
3 会submit job to cluster，因为绝大多数情况下程序是在服务器而不是单机上运行
上面的介绍可以基本回答你的问题。到目前为止，所有常用的软件都是free的，我认为
如果你一定要开源也没有问题。
我以前没有做过genomics所以不知道趋势的问题。但是现在所有这些analysis都是和测
序的技术紧密相关的，有极大的时效性。目前的测序技术决定了有很多问题是难以解决
的，比如由于两次PCR带来的误差，coverage depth非常不均衡，mapping中repetitive
region的处理，insertion/deletion call的准确性等。如果第三代测序有了
breakthrough，那么所有分析的手段将又有根本的变化。
存储用什么系统，是否开源，等等。
【在 M***7 的大作中提到】
: 比如说主要用什么programming language， data minng 主要集中在什么方面, 数据存储用什么系统，是否开源，等等。
: 以前做过一阵GENOMICS，不知道现在是什么趋势？
: Thanks.
n*t
11 楼
一般的NFS不行，很快IO就成了瓶颈，现在俺们用的是SONAS
system
【在 S**********l 的大作中提到】
: 那就是distributed的storage了？我们学校用的还是那种一个head node，file system
: 的。看来真得改改了。
system
【在 S**********l 的大作中提到】
: 那就是distributed的storage了？我们学校用的还是那种一个head node，file system
: 的。看来真得改改了。
h*0
12 楼
cpu
manipulation
测序数据的误差也老雷人了
你总结的挺好
【在 d*******e 的大作中提到】
: 我的理解：
: 测序从机器里面出来的是一段段的nucleotide序列，后续工作一般从这里开始。
: 粗略的说，一般第一步是mapping，就是把读出来的片段根据reference genome一段段
: 拼接起来。由于数据量很大，比如现在一条lane至少有几百万个read，快速和有效的算
: 法是必不可少的。这对计算机的要求也比较高，主要指内存，硬盘读写的速度，和cpu
: 的快慢。有了这个aligned文件以后，就可以根据自己的问题研究不同的内容。比如找
: SNP/SNV，copy number variation，insertion/deletion。由于整个过程处理的是大文
: 件，linux比windows要有效率的多，而且由于大部分数据处理只是data manipulation
: ，在这种情况下script language更加方便易用。
: 所以现阶段做NGS analysis主要有这几个要求：
S*l
13 楼
不是吧。。。。这个俺们买不起，准备手工搭一个了。。。
【在 n********t 的大作中提到】
: 一般的NFS不行，很快IO就成了瓶颈，现在俺们用的是SONAS
:
: system
【在 n********t 的大作中提到】
: 一般的NFS不行，很快IO就成了瓶颈，现在俺们用的是SONAS
:
: system
S*l
14 楼
听报告都说误差很小？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: cpu
: manipulation
: 测序数据的误差也老雷人了
: 你总结的挺好
【在 h***0 的大作中提到】
:
: cpu
: manipulation
: 测序数据的误差也老雷人了
: 你总结的挺好
m*i
15 楼
精度比sanger sequencing 高不少。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 听报告都说误差很小？
【在 S**********l 的大作中提到】
: 听报告都说误差很小？
j*3
16 楼
如果测出来的和传统手段相差较远，信谁的
【在 S**********l 的大作中提到】
: 听报告都说误差很小？
【在 S**********l 的大作中提到】
: 听报告都说误差很小？
n*t
17 楼
不做WGS会好很多，俺们做WGS，现在的paper要求一般是20X的coverage在80%以上，结
果就是一个BAM200G+。。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 不是吧。。。。这个俺们买不起，准备手工搭一个了。。。
果就是一个BAM200G+。。。
【在 S**********l 的大作中提到】
: 不是吧。。。。这个俺们买不起，准备手工搭一个了。。。
h*0
18 楼
比以前物美价廉,但是误差还是有
而且拼接(assembly)还有很大提升空间
当然这也跟你测什么有关系
大基因组的还是没法做
重测序,一些功能的还可以吧
【在 S**********l 的大作中提到】
: 听报告都说误差很小？
S*l
19 楼
存储是便宜的。关键不能备份。备份只能自己搭了
【在 n********t 的大作中提到】
: 不做WGS会好很多，俺们做WGS，现在的paper要求一般是20X的coverage在80%以上，结
: 果就是一个BAM200G+。。。
【在 n********t 的大作中提到】
: 不做WGS会好很多，俺们做WGS，现在的paper要求一般是20X的coverage在80%以上，结
: 果就是一个BAM200G+。。。
h*0
20 楼
你覆盖率太低了,不能服众啊
花点钱吧,然后NG就跟你招手了
【在 n********t 的大作中提到】
: 不做WGS会好很多，俺们做WGS，现在的paper要求一般是20X的coverage在80%以上，结
: 果就是一个BAM200G+。。。
n*t
21 楼
关键是IO速度，以前俺们用NFS的时候，经常把整个cluster搞得象蚂蚁爬，还会出一堆
stale file handler的问题，现在用SONAS之后情况干改善很多
【在 S**********l 的大作中提到】
: 存储是便宜的。关键不能备份。备份只能自己搭了
stale file handler的问题，现在用SONAS之后情况干改善很多
【在 S**********l 的大作中提到】
: 存储是便宜的。关键不能备份。备份只能自己搭了
n*t
22 楼
没故事也没戏，而且这种东西bioinformatics的人能排在哪里呢？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 你覆盖率太低了,不能服众啊
: 花点钱吧,然后NG就跟你招手了
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 你覆盖率太低了,不能服众啊
: 花点钱吧,然后NG就跟你招手了
h*0
23 楼
编故事啊
生物信息的估计最好也就并列一作,排在第N位,在二作隔壁吧
华大反正是这样的
【在 n********t 的大作中提到】
: 没故事也没戏，而且这种东西bioinformatics的人能排在哪里呢？
n*t
24 楼
不是Li Ding这种级别的大概并列一作都很难
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 编故事啊
: 生物信息的估计最好也就并列一作,排在第N位,在二作隔壁吧
: 华大反正是这样的
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 编故事啊
: 生物信息的估计最好也就并列一作,排在第N位,在二作隔壁吧
: 华大反正是这样的
h*0
25 楼
哈哈,她是我偶像!
这种好几百人的文章,木有成就感啊
实际是因为排不上...哈哈
【在 n********t 的大作中提到】
: 不是Li Ding这种级别的大概并列一作都很难
n*t
26 楼
对了，听说华大算体制外，是不？
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 哈哈,她是我偶像!
: 这种好几百人的文章,木有成就感啊
: 实际是因为排不上...哈哈
【在 h***0 的大作中提到】
:
: 哈哈,她是我偶像!
: 这种好几百人的文章,木有成就感啊
: 实际是因为排不上...哈哈
m*i
27 楼
是的。
它是个民办企业。
【在 n********t 的大作中提到】
: 对了，听说华大算体制外，是不？
它是个民办企业。
【在 n********t 的大作中提到】
: 对了，听说华大算体制外，是不？
h*0
28 楼
是的,我觉得其实还挺好
做了一些实事,比许多科研机构强
【在 m*****i 的大作中提到】
: 是的。
: 它是个民办企业。
M*7
29 楼
这个，俺多年前在华大做过。
【在 m*****i 的大作中提到】
: 是的。
: 它是个民办企业。
【在 m*****i 的大作中提到】
: 是的。
: 它是个民办企业。
n*7
30 楼
什么叫精度？Phred score？
用NGS测的clone序列好像还不能submit到genbank，得sanger 再测一遍
【在 m*****i 的大作中提到】
: 精度比sanger sequencing 高不少。
用NGS测的clone序列好像还不能submit到genbank，得sanger 再测一遍
【在 m*****i 的大作中提到】
: 精度比sanger sequencing 高不少。
c*d
31 楼
可以submit到genbank，，没有问题。。
【在 n******7 的大作中提到】
: 什么叫精度？Phred score？
: 用NGS测的clone序列好像还不能submit到genbank，得sanger 再测一遍
【在 n******7 的大作中提到】
: 什么叫精度？Phred score？
: 用NGS测的clone序列好像还不能submit到genbank，得sanger 再测一遍
a*r
32 楼
说得很好啊
最近打算了解一下处理NGS数据的工具，搜了一下找到了一堆。哪位大侠能建议一些最
常用/效果不错的工具或者软件吗？谢谢！
cpu
manipulation
【在 d*******e 的大作中提到】
: 我的理解：
: 测序从机器里面出来的是一段段的nucleotide序列，后续工作一般从这里开始。
: 粗略的说，一般第一步是mapping，就是把读出来的片段根据reference genome一段段
: 拼接起来。由于数据量很大，比如现在一条lane至少有几百万个read，快速和有效的算
: 法是必不可少的。这对计算机的要求也比较高，主要指内存，硬盘读写的速度，和cpu
: 的快慢。有了这个aligned文件以后，就可以根据自己的问题研究不同的内容。比如找
: SNP/SNV，copy number variation，insertion/deletion。由于整个过程处理的是大文
: 件，linux比windows要有效率的多，而且由于大部分数据处理只是data manipulation
: ，在这种情况下script language更加方便易用。
: 所以现阶段做NGS analysis主要有这几个要求：
最近打算了解一下处理NGS数据的工具，搜了一下找到了一堆。哪位大侠能建议一些最
常用/效果不错的工具或者软件吗？谢谢！
cpu
manipulation
【在 d*******e 的大作中提到】
: 我的理解：
: 测序从机器里面出来的是一段段的nucleotide序列，后续工作一般从这里开始。
: 粗略的说，一般第一步是mapping，就是把读出来的片段根据reference genome一段段
: 拼接起来。由于数据量很大，比如现在一条lane至少有几百万个read，快速和有效的算
: 法是必不可少的。这对计算机的要求也比较高，主要指内存，硬盘读写的速度，和cpu
: 的快慢。有了这个aligned文件以后，就可以根据自己的问题研究不同的内容。比如找
: SNP/SNV，copy number variation，insertion/deletion。由于整个过程处理的是大文
: 件，linux比windows要有效率的多，而且由于大部分数据处理只是data manipulation
: ，在这种情况下script language更加方便易用。
: 所以现阶段做NGS analysis主要有这几个要求：
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